MC LC

MC LC..................................................................................................................... 1 TI LIU THAM KHO................................................................................................. 18

1. LI M U
Sinh hc phn t l mn khoa hc nghin cu gii sinh vt mc phn t. Phm vi nghin cu ca mn ny c phn trng lp vi cc ngnh khc trong Sinh hc, c bit l di truyn hc v ha sinh. Sinh hc phn t ch yu nghin cu tng tc gia cc h thng cu trc khc nhau trong t bo, gm quan h qua li gia qu trnh tng hp ca DNA, RNA v protein cng nh tm hiu cch thc iu ha cc mi tng tc ny... Mt trong cc lnh vc quan trng thuc ngnh sinh hc phn t chnh l nghin cu gen cu trc ca tt c loi trong t nhin. Gen cu trc ng vai tr quan trng trong vic tn ti, sinh trng pht trin, di truyn bin d ca mi loi sinh gii. Nghin cu gen cu trc gip ta hiu r hn v c im sng, cc quy lut vn ng v tun hon ca cc loi trong chui tun hon vt cht trong t nhin. Trong sinh gii, sinh vt c chia thnh hai nhm chnh Sinh vt bc thp (Prokaryote) v Sinh vt bc cao (Eukaryote). Mi nhm c cc c im hnh thi, vn ng, sinh sn v di truyn khc nhau.

V vy, nghin cu gen cu trc, ta s i xem xt c im ca n mi nhm, t a ra nhng so snh v s ging v khc nhau phc v cho mc ch nghin cu khoa hc v ng dng vo thc tin. l l do m chng em chn ti So snh cu trc gen ca sinh vt bc thp v sinh vt bc cao (gen m ha protein) lm ti tiu lun cho mn hc Di truyn v Sinh hc phn t do PGS.TS.Khut Hu Thanh ph trch ging dy.

2. GEN CU TRC (GEN M HA PROTEIN)

2.1. Khi nim chung
- Chng ta c th im qua nhng mc chnh trong lch s nghin cu v gen nh sau: Mendel (1865) l ngi u tin a ra khi nim nhn t di truyn. Johansen (1909) xut thut ng gen (t genos, ngha l sn sinh, ngun gc) ch nhn t di truyn xc nh mt tnh trng no . Sau , Morgan trong nhng nm 1920 c th ha khi nim v gen, khng nh n nm trn nhim sc th v chim mt locus nht nh, gen l n v chc nng xc nh mt tnh trng. Vo nhng nm 1940, Beadle v Tatum chng minh gen kim tra cc phn ng ha sinh v nu gi thuyt mt gen-mt enzyme. Tuy nhin, trng hp hemoglobin l mt protein nhng li gm hai chui polypeptide do hai gen xc nh, do gi thuyt trn buc phi iu chnh li l mt gen-mt polypeptide.

Vo nhng nm 1950, DNA (deoxyribonucleic acid) c chng minh l vt cht di truyn. M hnh cu trc DNA ca Watson v Crick c a ra v l thuyt trung tm (central dogma) ra i. Gen c xem l mt on DNA trn nhim sc th m ha cho mt polypeptide hay RNA. Cui nhng nm 1970, vic pht hin ra gen gin on sinh vt eukaryote cho thy c nhng on DNA khng m ha cho cc amino acid trn phn t protein. V th, khi nim v gen li c chnh l mt ln na: Gen l mt on DNA m bo cho vic to ra mt polypeptide, n bao gm c phn pha trc l vng 5 khng dch m (5 untranslation) hay cn gi l vng ngc hng (upstream) v pha sau l vng 3 khng dch m (3 untranslation) hay cn gi l vng cng hng (downstream) ca vng m ha cho protein, v bao gm c nhng on khng m ha (intron) xen gia cc on m ha (exon). Hin nay, c th nh ngha gen mt cch tng qut nh sau: Gen l n v chc nng c s ca b my di truyn chim mt locus nht nh trn nhim sc th v xc nh mt tnh trng nht nh. Cc gen l nhng on vt cht di truyn m ha cho nhng sn phm ring l nh cc mRNA c s dng trc tip cho tng hp cc enzyme, cc protein cu trc hay cc chui polypeptide gn li to ra protein c hot tnh sinh hc. Ngoi ra, gen cn m ha cho cc tRNA, rRNA v snRNA... - V mt chc nng tng hp protein, ngi ta phn bit 2 loi: + Gen cu trc: mang thng tin m ha cho sn phm to nn thnh phn cu trc hoc thnh phn chc nng ca t bo (thng l polypeptit). + Gen iu ha mang thng tin m ha cho sn phm kim sot hot ng ca gen khc. B gen (genome)theo ngha rng l tp hp ton b vt cht di truyn trong t bo v trong c th sinh vt. B gen gm DNA (RNA) trong cc gen v DNA (RNA) khng nm trong cc gen (cc trnh t lp, cc on cha r chc nng). B gen gm cc gen trong nhn v gen trong cc bo quan (gen ngoi nhn), cha ton b thong tin di truyn ca t bo v ca c th sng. - Eukaryote: Sinh vt nhn chun, cn gi l sinh vt nhn thc (sinh vt nhn in hnh) l mt sinh vt gm cc t bo phc tp, trong vt liu di truyn c sp t trong nhn c mng bao bc. Sinh vt nhn chun gm c ng vt, thc vt v nm, hu ht chng l sinh vt a bo.

- Prokaryote:Sinh vt nhn s hay sinh vt tin nhn hoc sinh vt nhn nguyn thy l nhm sinh vt m t bo khng c mng nhn.

2.2. Cu trc gen m ha protein

B gen ca sinh vt gm cc trnh t DNA trong gen v trnh t DNA ngoi gen. DNA trong b gen gm 2 nhm gen ch yu l cc gen mang m di truyn v gen khng mang m di truyn. + Gen khng mang m di truyn gm cc on DNA lp li nhiu, cc gen gi, gen m hay mnh gen, cc intron. +Gen mang m di truyn hay cn gi l gen in hnh l cc on DNA hoc RNA, mang thong tin di truyn xc nh cu trc ca mt chui polypeptid hoc mt phn t RNA nht nh. Mt gen mang m di truyn c cu trc in hnh gm 3 vng chnh: - Vng iu khin hay vng 5 c mt s trnh t c hiu (promoter, operater, enhancer) c chc nng iu khin hot ng gen. Promoter (P) l trnh t nhn bit v v tr tip cn vi gen ca enzyme RNA polymerase v cc nhn t phin m (promoter cn gi l trnh t khi ng). Operator (O) cn c gi l trnh t ch huy, l trnh t m ha cc phn t protein hoc enzyme kim sot hot ng ca gen cu trc, xc tc hot ng phin m hoc khng phin m ca gen cu trc.Promoter gm tm promoter (core promoter) v phn m rng. Tm promoter ca sinh vt prokaryote gm 2 trnh t c trng: trnh t TTAATA v tr -10 (TATA box), trnh t TTGACAT v tr -35 (cn gi l CAAT box), gn trnh t TATA box l trnh t Shine-Dalgarno (SD) gip cho cc riboxom nhn bit ng v tr khi u dch m trn mRNA trong qu trnh dch m. Trnh t cc nucleotid trong promoter c tnh c trng vi mi gen v mi loi sinh vt.

S cu trc Promoter v cc vng gen - Vng mang m di truyn (coding senquace) hay khung c m m (ORF open readin g fream), c phin m to thnh cc RNA thng tin (mRNA), hoc cc loi RNA khc (tRNA, rRNA, small RNA). Cc mRNA c th dch m to nn cc sn phm protein). - Vng kt thc hay vng 3 gm cc trnh t tn hiu kt thc cho php enzyme RNA polymerase nhn bit du hiu ngng phin m, cc trnh t kt thc mt gen phn bit gen ny vi gen khc, tn hiu gn ui poly A eukaryote, trnh t kt thc (terminator) v mt s trnh t lp ngn cha r chc nng. Cu trc gen mang m di truyn cn c mt s trnh t c trng khc nh cc trnh t iu ha, trnh t tang cng (enhance), trnh t bt ht (silencer) v cc trnh t gia gen (intergenic) Enhancer v silencer l cc trnh t c vai tr iu ha hot ng gen, enhancer v silencer c th nm v tr trong vng promoter, nm trong vng mang m di truyn ca gen hoc nm trong cc on intergenic pha trc hoc pha sau gen, Hot ng ca cc trnh t enhancer v silencer lm thay i cng hot ng ca gen, hoc lm ngng hot ng phin m ca gen. Enhancer c th lm tng cng mc ti bn hoc phin m ca gen ln hng trm, hng nghn ln. Ngc li, trnh t silencer hoc lm gim cng phin m hoc gy ngng hot ng ca gen

2.3. c im cu trc gen m ha protein ca prokaryote

Trong b gen ca prokaryote cc gen c cu trc tng i ng nht, phn ln cc gen mang m di truyn, nhiu gen cng hng trao i cht tp hp thnh cc operon.

Cu trc Operon prokaryote

Cu trc gen in hnh gm c 3 vng: - Vng 5 c promoter vi TATA box v tr -10 v CAAT box v tr -25. - Vng mang m di truyn ca sinh vt prokaryote ch yu l cc trnh t mang m di truyn, khng c intron. Operon gm nhiu cistron c chung vng iu khin v vng kt thc, mi cistron tng ng vi mt gen m ha protein sinh vt bc cao. - Vng kt thc 3

S phin m v dch m mt Operon ca prokaryote Trong mt operon, qu trnh phin m khi u t cistron th nht n cistron cui cng, khng c qu trnh gn m v gn ui poly A, phin m ng thi vi dch m. Hin tng cc gen cng hng trao i cht tp hp thnh cc operon, tng i ph bin vi khun, gip cho vi khun thch ng nhanh vi iu kin mi trng.

2.4. c im cu trc gen m ha protein ca eukaryote

B gen ca cc sinh vt eukaryote gm cc gen c vng iu khin v vng kt thc ring, khng c hin tng to thnh operon. Cc gen m ha protein sinh vt eukaryote phn ln l gen phn on, mi gen gm cc on DNA mang m di truyn (exon) xen k vi cc on DNA khng mang m di truyn (intron). Cc loi sinh vt cc bc cng cao trong h thng tin ha, c hm lng DNA trong cc intron ca mi gen cng ln.

Cu trc chung mt gen mang m di truyn ca eukaryote Cc gen ca sinh vt prokaryote c mt loi promoter cu trc tng i ging nhau. Cc gen mang m di truyn ca sinh vt eukaryote c chia lm 3 nhm ch yu vi 3 loi promoter khc nhau. - Promoter nhm I l promoter ca cc gen m ha cc loi RNA riboxom (rRNA 18S, rRNA 28S, rRNA 5, rRNA 8S). Promoter nhm I c 2 trnh t c trng: tm promoter (core promoter) nm v tr -40 n +20 v trnh t Uptream Control Element (UCE) v tr -156 n -107 trong vng 5 UTR ca gen. - Promoter nhm II l promoter ca cc gen m ha protein v mt s gen m ha cc loi RNA kch thc nh (small RNA). Cu trc promoter nhm II gm 4 phn: tm promoter, trnh t UP(upstream element), trnh t khi u (Inr) v trnh t DE (Downstream element). - Promoter nhm III l promoter ca cc gen m ha cc loi tRNA, rRNA 5S v mt s phn t RNA kch thc nh (small RNA nh U 5, U6 ), trnh t c trng ca cc promoter nhm III ang c tip tc nghin cu.

S cu trc cc loi promoter sinh vt eukaryote

Vng mang m di truyn ca sinh vt Eukaryote c cu trc phc tp, mi gen m ha protein mang thng tin di truyn m ha mt chui polypeptid xc nh. Phn ln gen m ha protein gm cc on mang m di truyn(exon), xem k vi cc intron l cc on khng mang m di truyn (no coding sequences). Kch thc mt intron c th t vi chc cp bazo nit n hng nghn cp bazo nito, khc nhau ty tng gen loi sinh vt. V d: cc intron ca gen ovalbumin trong lng trng trng g chim 75% chiu di gen; gen m ha globin ngi c intron chim gn 25% kch thc gen, gen m ha yu t VIII ngi c intron chim ti gn 95% hm lng DNA trong gen.

S cc trnh t c hiu ca gen m ha protein

Trong qu trnh phin m cc exon v intron u c phin m to thnh phn t tin mRNA(pre mRNA).Sau khi gene tin hnh phin m xong, nhng on intron s b loi b khi phn t mRNA bng c ch x l RNA (RNA splicing).C ch ny ch c thc hin cc t bo Eukaryote (nhn thc).Cc on intron ny s t xc tc cho chnh phn ng ct n ra khi on mRNA (nhng on RNA c tnh cht nh vy c gi l ribozyme) t lm cho cc on exon gn li vi nhau v nh vy qu trnh dch m c th din ra lin tc. Sau cc phn t mRNA trng thnh qua mng nhn ra t bo cht, tham gia qu trnh dch m tng hp protein. n nay, vai tr ca cc intron trong gen cha c bit y , cc t bin trong intron cng lm thay i cu trc protein c dch m. V d: bnh mu kh ng(Hemophillia) ngi trong nhiu trng hp b bnh c lin quan n cc t bin intron 18 v intron19. Intron c th c vai tr quan trng trong s biu hin thng tin di truyn Eukaryote, hoc chc nng n nh ca cu trc gen v cu trc nhim sc th.

2.5. im ging v khc nhau c bn trong cu trc gen ca sinh vt bc thp v sinh vt bc cao.
- Ging nhau: +u c cu to t cc phn t DNA xon kp. + u mang thng tin di truyn. - Khc nhau: c im Prokaryote n gin -Cha c gene nhn. -Bao gm: cc on DNA xon kp dng vng, cc gen trong Plasmid( l thnh phn quan trng), cc gene nhy( nm trn DNA b gen hoc trn DNA ca cc plasmid) Eukaryote Phc tp -C gene nhn - H gene ngoi nhn( tp trung ti th i vi t bo ng vt v nm men, lp th i vi t bo thc vt)

Cu to h gene

c im DNA

DNA xon kp dng vng DNA xon kp kt hp vi cc phn t protein hoc dng si kim( histon) to nn cc cu trc c trng gi l nhim sc th ( NST) Phn ln mang m di Phn ln khng mang truyn chc nng hoc cha r chc nng DNA mang m di truyn Lng nh m ha protein: Lng ln t trnh t DNA lp li c chia lm 3 nhm: Lp li nhiu( 10-15%); t lp li ( xut hin cc

gene gi) v khng lp li ( l gene m ha protein v enzyme) Cc gene c cng hng Cc gene c chc nng trao i cht to thnh cc ring nn khng to Operon. S lng Operon Operon. c tnh c trng

Cu trc b gene

3. V D V CU TRC GEN MT S LOI PROKARYOTE V EUKARYOTE

3.1. Cu trc gene ca mt s Prokaryote . 3.1.1.
Cu trc b gene vi khun Escherichia Coli K12

B gene vi khunEscherichia Coli K12 l 1 phn t DNA xon kp di 1,6mm to thnh 40-50 vng siu xon, mi vng kch thc khong 100kb. B genevi khunEscherichia Coli K12 c gii m hon thin nm 1977. Trong b gene E.Coli c 89% hm lng DNA mang m di truyn, gm 4258 gene m ha Protein, 122 gen m ha cc dng RNA, v cc gen m ha cc trnh tiu ha hot ng ca gen, cc gen nhyCc gene m ha protein trong b gen ca vi khun E.coli trung bnh 317 acid amin/ 1 chui polipeptid. Phn khng mang m di truyn trong b gen trong b gen E.Coli chim khong 11%, bao gm ccon DNA intergenic v 77 trnh t lp li. Ccon intergenic c kch thc trung bnh l 130bp, on c kch thc ln nht lon lp cc DNA khng mang m, khong 1730bp. B gen vi khun E.coli K12 c khong 630-700 Operon, c 1632 gene cha r chc nng, chim khong 38,6% b gen.

3.1.2.

Cu trc b gene vi khun Methanococcus Jannaschii.

Cu trc b genevi khun Methannococcus jannaschii c Vin nghin cu b gene gii trnh t nm 1996, l vi khun t dng u tin c gii trnh t.

B gene vi khun Methanococcus jannaschii ch gm mt phn t DNA xon kp dng vng, kch thc ln (1666976 bp) v hai phn t DNA dng si c kch thc 58407 bp v 16550 bp. B gene gm 1743 gen mang m di truyn trong c 1682 gen nm trn DNA dng vng. Phn t DNA dng si c kch thc ln c 44 gene, DNA ckch thc nh c 12 gene. Cc gene m ha protein thng tp trung trong cc Operon.

3.2. Cu trc gen ca mt s Eukaryote. 3.2.1.

B gen ca nm men.

B gen ca nm men c kch thc l 135000kp. tp hp thnh 16 NST. Cc NST ca nm men c kch thc khc nhau: NST s IV c kch thc lnnht( 1352 kb). NST s I c kch thc nhnht( 230kb). B gen gm 5885 gen m ha protein( coding gene), gn 140 gen m ha RNA ribosomal ( rRNA), 40 gen m ha snRNA ( small nuclear RNA) v 275 m ha RNA vn chuyn ( tRNA). B gen nm men c mt gen m haprotein( coding gene) cao hn rt nhiu so vi cci din Eukaryote khc. ( Caenorhabditis elegans, Drosophila Melanogaster, ngi). Trong b gen nm men, s lng gen c intron chim t l rtthp( khong 231 gen c intron, chim 4% tng s gen). Trong b gen nm men intron thng c kch thc nh, cc trnh t DNA lp li chim t lt hn rt nhiu so vi cc sinh vt Eukaryote khc. Trong tng s 5885 gen m ha protein ca t bo, nm men bit chnh xc 3408 loi protein,trong hn 1000 loi protein ging nh sinh vt bc cao khc. nm men, nhiu gen c cu trc tng ng vi cc gen ca sinh vt Prokaryote.

3.2.2.

B gen cy m tc ( Mustard- Arabidopsis Thaliana)

Cy m tcArabidopsis Thaliana thuc ngnh thc vt c hoa, kch thc b gen 125mb, gm 25498 gen. B gen cy m tc c gii trnh t nm 2000. Cy m tc c 5 cp NST. B gen gm cc gen c kch thc nh, 1 gen c kch thc trung bnh 4,6kb. Cc gen c cu trc exon xen k intron, kch thc trung bnh 1 exon gm khong 250bp, kch thc trung bnh mt intron 170bp. Hm lng DNA ti th ca cy chim gn 25% tng lng DNA trong t bo ( t bo ng vt, h gen ti th chim khong 5% b gen). Trong b gen cy m tc DNA lp li

chim 58%hm lng DNA ca b gen, gm 24 on di trn 100kb. B gen cy m tc c nhiu h gen, chim 17% hm lng DNA b gen ( 23 h gen vi 4140 gen).

Hnh nh c nhm tc gi Vin Khoa hc Carnegie th hin l bn gen cy m tc, mu sc m nht cho thy mc lin kt gen. Nh vy sinh vt cng c mc tin ha cai th s phn ha b gen cng phc tp, t l DNA lp li trong b gen cng ln v t l DNA m ha protein trong b gen cng gim.

3.2.3.

B gen ngi:

B gen ngi c cu trc tng i phc tp, gm h gen nhn v gen ti th. Gen nhn c kch thc khong 3,0. 10 4 nucleotid (3000mb), gp 3 ln kch thc b gen C. Elegans hoc D. Melanogaster. B gen ngi gm 22 cp NST thng v 2 cp NST gii tnh (nng mang cp NST XY, n b mang cp NST XX). Hm lng DNA trong cc NST phn b khng ng u, bin ng t 48Mb 279Mb.

Trong b gen ngi cc gen m ha protein c cu trc xen k exon v intron, exon c kch thc nh cn intron c kch thc rt ln, mi gen thng c t 1-75 exon. B gen ngi c t l gen m ha protein thp( chim di 3% hm lng DNA b gen), hm lng DNA lp li chim t l rt cao ( trn 70% hm lng DNA ca t bo). Kt qu gii m b gen ngi cho thy, b gen ngi c khong 32 000-40 000 gen, t l G-C=41%, cc trnh t DNA m ha protein chim khong 1,7% hm lng DNA ca b gen. Trong b gen ngi hm lng DNA khng mang m di

truyn chim t l rt cao ( DNA gia cc gen (intergenic) chim 52% , hm lng DNA trong cc intron chim 34%, cc trnh t DNA lp li khng mang m di truyn chim khong 12% hm lng DNA ca t bo) B gen ngi c khong 40% DNA khng lp li( singer copy DNA) trong cc gen m ha protein ch chim 3%. Cc trnh t DNA lp lit ( t 10-105 ln) chim khong 30% b gen, trnh t DNA lp li cao( trn 106 ln) gm cc trnh t t 5-100bp, chim khong 10%. Intergenic DNA l cc trnh t DNA nm gia cc gen lp li nhiu ln mt trnh t nhtnh, bao gm cc trnh tiu ha, promoter, enhancerCc yu t di truyn vn ng (transposable elements), ccon SINE, LINE v cc gen gi khng c dch m.

Trnh t SINE l cc on lp DNA ngn, trong t bo ngi, trnh tSINE in hnh l trnh t Alu. Trnh t Alu lon DNA lp nhiu ln, mt trnh t 100300bp. Trong b gen ngi trnh t Alu chim ti 13% hm lng DNA ca tbo, c khong 1500000 bn sao cc trnh t Alu phn b khp b gen, tp trung nhiu cc h gen. V d, h gen Globin c 13 trnh t Alu. Trnh t LINE l cc on DNA lp li di, kch thc 6000-8000bp. Trong b gen ngi c khong 850000 bn sao, chim 21% hm lng DNA b gen. Cc on lp di (LTR) gm 15000-110000bp chim 8% DNA ca b gen vi khong 450000 bn sao. B gen ngi c cc h gen m haprotein( h gen Globin, h gen Actin..) v cc h gen m ha tRNA, rRNA. Trong b gen ngi c 497 gen m ha tRNA phn b thnh cc h gen, trong c 1 h gen ln nm trn NST s 6 c kch thc 4Mb, gm 140 gen m ha tRNA. Cc gen m ha rRNA tp hp trong cc h gen nm trong nhng vng DNA lp lit. Gen m ha tRNA 28S v rRNA 5,8S c t 150-200 bn, gen m ha rRNA 5S gm 200-3000 gen. Trong b gen ngi ngoi cc gen m ha protein, cc trnh t DNA khng mang m di truyn cn c cc gen gi. Gen gi l nhng gen c cu trc ging nh gen m ha protein nhng khng c phin m, hoc c phin m nhng khng c dch m. H gen ti th ngi l phn t DNA xon kp, dng vng kch thc khong 16569bp cha 44% (G+C), gm 37 gen. trong 24 gen m ha tRNA v 13 gen m ha 13 chui polypeptid. M di truyn h gen ty th ngi c mt s khc bit so vi m di truyn ca cc gen nhn. Mt s t bin nh trong gen ty th, gy nn cc bnh ngi nh hi chng lit thn kinh thnh gic di truyn Leber, hi chng bi no Leigh, chng li vn ng, chng d tha acid lactic trong t bo. Mt s nghin cu miy ca cc nh khoa hc Trung Quc cho rng, dt bin trong h gen ty th c lin quan n bnh tiu ng Typ II..

4. KT LUN
Qua nhng ti liu thu thp c, chng em c nhng so snh c bn v gen cu trc ca sinh vt nhn s (Prokaryote) v Sinh vt nhn thc (Eukaryote). Ta c th nhn thy vai tr rt quan trng ca gen cu trc trong mi c th sng. Khi hiu r v gen cu trc ca mi loi, ta c th tm cch tc ng ph hp ln i tng cn nghin cu thu c kt qu nh mong mun. T nhng s ging v khc nhau , ta c th tm ra nhng ng hng nghin cu v ng dng c nhng c im ca gen cu trc vo cc vn thc tin.

TI LIU THAM KHO

1.K thut gen: Nguyn l v ng dng / Khut Hu Thanh - NXB Khoa hoc ky thut, 2006. 2. C s di truyn phn t v k thut Gen / Khut Hu Thanh - NXB Khoa hoc v ky thut, 2003. 3. Gio trnh sinh hc phn t/Nguyn Hong Lc - NXB i hc Hu, 2007 4. http://vi.wikipedia.org 5. http://thuviensinhhoc.com