TRUONG DAI HOC BACH KHOA HA NOI 50 NAM XAY DUNG VA PHAT TRIEN 1956 - 2006 TS. NGUYEN VAN CACH TIN-SINH HOC aren cles Tats SEENENEV LOKEF DVR BE DRE T PK SRM VK POUKKNGICGS MSS Pr TA VLOK EE DGB Om > TDS) eae ome KCGICGS! GE PHORON LEVEE CSE ie NHA XUAT BAN KHOA HOC VA KY THUATTS. NGUYEN VAN CACH TIN - SINH HOC NHA XUAT BAN KHOA HOC VA K¥ THUAT HA NOILoi noi dau Trong nila cuot thé’ ky XX, nén khoa hoc cong nghé thé gidi dd tao ra buée phdt wién mang tinh dot phé ngoan muc tén rat nhiéu link vue khdc nhau. trong dé dae biét-nhdt la ba tinh vue tin hoc, cong nghé thong tin trén nén tdag internet va cong nghé sink hoc. Thanh céng trong link vec cong nghé sinh hoc phai ké dén bude phat trién dot phd cia cong nghe len men hién dai, ctia sink hoc phan ne va k§ thudt gen, ctia cong nghé enzym va dong hoc phan ing... Chink trong thoi khde lich si khoa hov méi dd ra dot ta tin-sink hoc. mit link vue Tin-sink hoc chink la su hoi ty. hop te hitu co va dae biet hiéu qua cua cd ba link vyc cong nghé hang ddu: tin hoc- cong nghé thing tin-cong nghé sink hoc, cling cong tac véi nhau kham phd thé'eidi séng. Thue té dd cho thiy, ngay wt khi ra doi tin-sinh hoc da thee su rd thank cong cu nghién cite méi, ry ghip dde hyc va hien qua dé dd’y nhanh tov dé nghie clit va ting dung cong nghé sinh hoe: chdp cdnh cho céng nghé sink hoc ni riéng va sinh hac ndi chung. bay len tim cao moi. Vide bién soan cudn “Tin-sink hoc” nay nhdm cung cdp cho cdn bé va sink vién ngdinh cong nghé sink hoe vd cho cdc déi wong khdc cé tien quan, nhiing kien tute co bin vé tin-sinh hoc va diém qua mot vai ting dung cia linh vite khow hoc nay. Tdc gid rdt mong nhan duoc su déng gép cita déc gid dé hiéu chink cho lan in sau duoc hoan chink hon. Xin chan thanh cam on su khich lé va ting Ad cila dong nghiép va cita ban doc. Xin chan thanh cdm on ban doc. TS. Nguyén Van Cach Ha Ndi, 2005Muc LUC 1, Médau 7 2. Dai cuong vé internet in 2.1. Khai ni¢m vé intemet va dia chi trén mang u 2.2. Thong tin én internet 13 2.3. Mot sé dich vu trén internet 14 2.4, Truy cap tim kiém dif liéu thong tin qua internet 18 3 Ca sé dit liéu cong nghé sinh hoc 21 3.1. Dai curong 21 diém cia dif ligu cong nghé sinh hoc 29 3. 3. Met 86 co s6 dit ligu sinh hoc 1én trén thé gidi 30 3.3.1. Co sé dit liéu Trung tam Thong tin 32 Quéc gia vé Cong nghé Sinh hoc MY 3.3.2. Co sé dit li¢u EMBL 35 3.3.3. Co sé dit ligu CIB-DDBJ 37 4. Nghién ctu cau tric chuéi DNA va amino axit 39 4.1, Co sé xay dung chuong tinh xit ly dit liéu 39 4.2, Nghién ctu so sanh cau tric chudi 49 5. scree trinh phan tich cau trie chudi ClustalW 53 . Dai cuong vé chuong tinh Clustal 53 3 2. Sit dung chuong tinh 55 6. Chuong trinh thiét ké va lua chon doan mdi Primer3 76 6.1. Dai cuong 76 6.2. Thao téc stt dung chuong trinh 79 7. Chuong trinh phan tich cau tric tuong dong BLAST 90 TA. Dai cyong 90 7.2. Sit dung chuong trinh BLAST 91 8. Chuong trinh hién thi phan tich cdu tric khong gian Cn3D 104 8.1. Dai cuong 106 8.2. Sir dung chuong trinh 105 wa8.2.1. Sirdung céng cu tim kiém cau tric chudi qua Entrez 8.2.2. Titdich vu entrez sequence neighbor 8.2.3. Tirdich vu phan tich cau tric chudi BLAST 8.2.4. Sitdung ma hiéu chuéi PDB Identifier 9, Tra eiftu dir ligu qua Internet 9.1. Dich vu PubMed 9.2. Dich vu thu vién qua mang ScienceDirect® 9.3. Dich vu Entrez cua NCBI va SRS cia EBL 10. Khai thac théng tin co sd dif ligu cau tric dé thiét ké gen 10.1. Co so dit ligu RFLP (Resiviction Fragment Length Polymorphism) va co so dit lita ESTs (Expressed Sequence Tags) . 10.1.1. Co s& dit ligu RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) «© 10.1.2. Co sé dit Tau ESTs (Expresed Séquence Tags) 10.2. Khai théc thong tin co sé dit ligu chudi trong thiét ké va tach dong gen 10.2.1. Tach déng gen trén cdc toai da biét cfu tric di truyén 10.2.2. Thiét ké tach dong gen tir ching mang hoat tinh gen : 10.2.3. Thiét ké tach dong gen tir cc ching méi Tai liéu tham khao 106 108 110 i 112 112 114 116 123 123 126 134 135 138 139 1421. MO DAU Su phat trién nhw vd bao cila khoa hoc va cong nghé trong thé ky XX da fao ra co sé ly luan, vat chat va su lién két hé tro lan nhau, tac déng thic day su phat tién cla moi linh vyc hoat dong cla doi song x4 hoi. Trong linh vuc cong nghé sinh hoc, nho nhimg thanh tu v6 cing to 16n cla sinh hoc va sinh hoc tng dung (dac biét la trong cdc linh vyc: di truyén hoc, sinh hoe phan ti, ky thuat gen, céng nghé [én men hién dai...), cing voi viéc hon thién va hién dai hod cdc trang thiét bi phuc vu nghién ettu khoa hoc di cho phép con ngudi trong khodng thdi gian ngan thu dude khdi luong di liu khoa hoe khong Id vé cong nghé sinh hoc, ndi riéng va vé khoa hoe su Sng néi chung. Sif phat trién v6 cimg manh mé cla sinh hoc phan tu va k¥ thuat gen trong nia cudi thé ky XX da cho phép con ngudi kham pha ban chat sinh hoe, 6 cap dé phan tit, cde don vj co sd nhd nhat cdu thanh nén timg bo phan co thé vi cdc qua trinh van dong bién déi xay fa trong cdc co thé séng, Chinh cae yéu té trén da cau thanh nén co si vat chat ban dau cho cdc ngén hang dé li¢u cong nghé sinh hoe. Nguén dif liéu co sé nay, thuc té 1A cdc dif liéu két qua nghién city thu duge cia timg cd nhan hay cata cdc co sé nghién cifu rai rac khap noi trén thé gidi. V6i dac thi I ng’nh khoa hoc thyc nghiém, day chinh [a san phdm két tinh cua khéi hung rat 1én lao dong ui tue, hao phi vat chat, tién bac va tiéu ton thdi gian, cong stic. Viéc bao quan tai ché két qua nghién ctu nay Ki khong hiéu qua va khong thé tranh khéi mat mat hay that lac, do nhiéu nguyén nhan khdc nhau, thi du: do co sé ha tang vat chat k¥ thuat lachau, nang lye ti chinh han ché, diéu kign dia ly, khi hau khong thuan loi hay cdc yéu t6 chinh tri lién quan... Trong khi d6, viée sir dung cdc trang thiét bi phan tich hién dai da cho phép thu duoc khéi lugng théng tin rat \6n, cho mdi nghién citu rieng biét. Két qua 1a trong hau hét cdc trutng hop, bang cdc phuong tién thong tin truyén théng (tap chi, sch, hdi nghi, héi thdo khoa hoc...) nhin chung khéng di dung Iuong va moi trudng dé truyén tai hét ¥ tuéng va dir ligu ket qua nghién citu cla cdc tac gid. Day cing 14 mot nguyén nhan dan t6i kha nang that thodt tai nguyén truc tiép hay gidn tiép, do lac hgu vé thong tin nén cé thé tiéu tén tign bac vao céc muc tiéu nghién edu da dugc giai quyét thanh céng & noi khdc. Trong khi doi hdi thuc tién dat ra cho su phat trién toan dién va sau rong cong nghé sinh hoc ngay cang tré nén cap bach. Nhu mot hé qua tat yeu dé gidi quyét cde van dé tén, cic tung tam dif ligu cong nghé sinh hoc di ra ddi va phat trién hét sttc nhanh chéng, trén ca hai mat quy mo va sé Ivong cdc don vi thanh vién. Vé mat ban chat, sinh hoc hién dai da chi r3 ring: dac tinh riéng biét cha méi toai trong su da dang ctia thé gidi sinh hoc due quyét din chinh trong kich thuée va cau tric gen cia timg cd thé, véi don vi cau tric co sé 1a bén loai nucleotide: Adenine, Guanine, Cytosine vA Thymine (Uracil thay thé Thymine trong RNA). Déng thai, protein (thanh phén quan trong nhat cita moi co thé séng) duoc tao thanh trén co sé két ndi cha 20 amino axit khac nhau. Logic chinh x4e trong guy luat cua thé gidi sOng wong moi trudng tin hoc da cho phép con ngudi “sé hod va ky tw hod ” trong viéc mo ta bin chat va su van dong cita thé gidi sinh hoc. Két hop vai kha nang két n6i trao déi théng tin “v6 han ” cua cong nghé thong tin va internet da ma ra diéu kien ly tudng cho cdc nha sinh hoc dé cat git, lien két, xit ly va trao déi kho ting dif lieu giita cdc thanh vien vdi nhau. Nhi sur hop tac va lien két rong rai nay, mét mat mo ra kha nang tu van, trao déi va hé tro cho nha nghién ctu hay céc t6 chic thanh vién tham gia. Nhung mat khdc, chink su lién két nay da tao ra cong cy méi dé nghién ctu su bién déi trong cd cothé sGng hay cdc hign tong song, tén co sé phan tich phat hin tinh quy luat tt v6 sé cdc dit ligu thyc nghiém wong kho tang dif tiéu khong 16 nay... Nehia 1a, thong qua xit ly hing loat mang dit liu thuc nghiém rdi rac, ngudi ta thu due cdc mang dit liéu thi cap, dé tir dé cd thé khdi quat hod thanh quy luat bien déi ua nd; hod wén co 8 xi ly co $6 dif fidu da 06 dé dinh hung, hoach dinh ké hoach va 16 chic thyc nghiem khoa hoc cla minh sao cho higu qua hon, hay trén co so ndm hat duge quy lat van dong cita ty nhién dé “thiét ké * ra cdc san pham hoan toan mdi, tham chi cé thé chua xuat hién trong thién nhién Chinh tr cdc co sé ly tuan va thue tién néu trén, mot linh vue khoa hoc méi di ra ddi, d6 chinh 1a tin-sinh hoc. Tin-sinh hoc (Bioinformatic) cé thé higu IA khoa hoc bao gém viée xay dung, quan ly va luu giit nguén dit lieu thong tin quy mo toan cau lien quan dén sinh hoc lam moi trudng dit ligu cu sd. trén dé xay dung va hon thién cdc chuong trinh xir ly dit lieu dng dung lam cong cu hé try higu qua cho viée nghién ctu kham phd ban chat sinh hoc cia gidi ty nbién, dé thu nhan cdc san phdm sinh hoe quy, dé “thigt ke” va sain xuat ra cdc sin pham sinh hoc mong mu@n khde nhau phuc vu divi séng con ngubdi... Sura doi cila tin-sinh hoe khong chi m@ ra kha nang khai thac co sé dit liu thuc nghiém thu duoc, ma trong thuc 1é chinh tin-sinh hoc da thyc su tré thanh cong cu nghién cttu mdi, tro gitip déc tuc va higu qua dé day nhanh te do nghién cdu va tng dung cong nghe sinh hoc: chap canh cho cong nghé sinh hoe néi ng va sinh hoc ndi chung, bay lén tam cao méi. Co so dit Héu céng nghé sinh hoc khong chi dimg lai 6 tap hop cdc két qua nghién citu thuc nghiém don thudn, ma né cdn bao gdm kha nang khéi quat hod, m6 phong hod thanh nhing “doi tugng sé” cla thé gidi_ sinh hoc séng dong. Thi du, véi céng cu tin-sinh hoc d3 cho phép con ngudi tim hiéu va kham pha cdc qua trinh van dong noi tai trong ban than minh, nhd nghién evtu dit ligu thuc nghiem én cae déi tugng sinh vat khdc, hay cho phép con ngudi ché tao ra ca nhitg sinh gigi moi vuot ra khoi quy luat tién hod va chon loc tu nhién...