Tiểu luận sinh học phân tử Vai trò của enzim trong quá trình tái bản phiên

hiên mã và dịch mã.

I. VAI TRÒ CỦA ENZIM TRONG QUÁ TRÌNH TÁI BẢN:
I.1. Những enzim tham gia vào quá trình tái bản:
Sự tái bản ADN cần sự tham gia của nhiều protein - enzim, mỗi loại có chức
năng đặc biệt. Sau đây là cơ chế xúc tác của những enzim - protein trong quá trình tái
bản ADN.
Bảng 1: Những protein - enzim của sự tái bản (ở E.coli)
Protein Chức năng
- Protein dna A - Mở xoắn kép ở vị trí đặc biệt
- protein dna B - Xúc tác sự khởi đầu của primase
- Primase (dna G protein) - Xúc tác sự tổng hợp ARN mồi
- Helicase - Mở xoắn kép
- Protein-SSB - Ổn định những vùng của sợi đơn
- ADN gyrase (topoisomerase II) - Chuyển xoắn phải thành xoắn trái
- ADN polymerase III - Tiếp tục sự tổng hợp ADN trên cơ sở của ARN
(holoenzym) mồi.
- Loại ARN mồi và thay vào đó bằng ADN
- ADN polymerase I - Tham gia vào quá trình sửa chữa ADN, thay
đoạn ADN hỏng bằng ADN bình thường
- ADN polymerase II - Nối liền những đoạn ADN
- ADN ligase

I.2. Cơ chế xúc tác của enzim trong quá trình tái bản:
I.2.1. Những ADN polymerase ở E.coli:
ADN polymerase là enzim chính của sự tái bản, chịu trách nhiệm tổng hợp hai
chuỗi ADN ở chạc tái bản.
I.2.1.1. Các ADN polymerase:
Tế bào E.coli chứa ba loại ADN polymerase khác nhau với ký hiệu I, II và III,
trong đó ADN polymerase I nhiều hơn cả. ADN I được Kornberg tìm thấy vào năm
1955 và mãi đến năm 1969, ADN polymerase II và III mới được tìm thấy.
- ADN polymerase I: không phải là enzim chủ yếu trong quá trình kéo dài chuỗi
ADN mà có chức năng loại bỏ ARN mồi nhờ cắt đầu 5  3 và thay vào chỗ ARN
mồi bằng ADN khác.
- ADN polymerase II: tác dụng của enzim này chưa được biết rõ. Có thể ADN
polymerase II tham gia vào quá trình sữa chữa, tức thay thế một đoạn ADN hỏng bằng
ADN bình thường.
- ADN polymerase III: là enzim chủ yếu xúc tác quá trình kéo dài hai chuỗi ADN
mới ở chạc tái bản theo hướng 5  3. Ở tế bào E.coli, hoạt động của ADN
polymerase cần sự có mặt của một khuôn và một mồi. ADN polymerase III không có
tác dụng khởi đầu sự tổng hợp ADN.

-1-
Tiểu luận sinh học phân tử Vai trò của enzim trong quá trình tái bản phiên mã và dịch mã.
Bảng 2: Hoạt động của ADN polymerase của E.coli
ADN polymerase Hoạt động
(E.coli)
ADN polymerase I Trùng hợp theo hướng 5  3
Exonuclease 5  3
Exonucleoase 5  3
Vận tốc gắn/ph: 600 nucleotid
ADN polymerase II Trùng hợp theo hướng 5  3
Exonuclease 5  3
Sửa chữa ADN
Vận tốc gắn/phút: 600 nucleotid
ADN polymerase III Trùng hợp theo hướng 5  3
Polymerase Exonuclease 5  3
polymerase Exonucleoase 3  5
Vận tốc gắn/phút: 9000 nucleotid
Thực tế, không có một ADN polymerase nào được biết có thể tổng hợp được
ADN mà không cần đến mồi và khuôn, bởi vậy tên chính xác của enzim này là ADN
polymerase phụ thuộc vào ADN.
Thông thường, mồi là một đoạn ARN được tổng hợp bởi primasehoặc một chuỗi
ADN đang phát triển.
I.2.1.2. Cấu trúc của ADN polymerase III holoenzim:
ADN polymerase III kết hợp với nhiều tiểu đơn vị. Phức hợp nhiều tiểu đơn vị
này đưcợ gọi là ADN polymerase III holoenzim, ADN polymerase III holoenzim này
có ít nhất 10 tiểu đơn vị:
- Ba tiểu đơn vị tạo thành “lõi” của enzim.
- Bốn tiểu đơn vị khác là những tiểu đơn vị phụ.
Ba tiểu đơn vị của lõi enzim là:
- Tiểu đơn vị α , bản thân nó là polymerase, chịu trách nhiệm của phản ứng tổng
hợp.
- Tiểu đơn vị ε chịu trách nhiệm của phản ứng exonuclease 3  5.
- Tiểu đơn vị θ mà chức năng chưa được rõ.
Bốn tiểu đơn vị khác τ , γ , β và δ tăng cường hiệu quảt của phản ứng trùng
hợp và kiểm soát sự chính xác của phản ứng.
Tiểu đơn vị β hoặc copolymerase III cần thiết cho sự nhận diện và gắn chuỗi ADN
mồi với chuỗi ADN mẹ làm khuôn. Một khi holoenzim được gắn vào vị trí khởi đầu,
copolymerase III tách ra dưới dạng tự do.

copolymerase III

-2-
Tiểu luận sinh học phân tử Vai trò của enzim trong quá trình tái bản phiên mã và dịch mã.

Hình 1: holoenzim của ADN polymerase III. Nó gồm bản thân polymerase (tiểu
đơn vị α ) cộng với một số tiểu đơn vị khác.
ADN polymerase là những enzim hướng tới khuôn, xúc tác sự tạo thành liên kết
phosphodieste giữa một gốc - OH tự do ở vị trí 3 của deoxyribose với nguyên tử
phospho (phospho trong cùng) của một deoxyribonucleosid-5-triphosphat tới, kèm
theo sự giải phóng một phân tử pyrophosphat. ADN polymerase không thể bắt đầu sự
tạo thành một chuỗi ADN mới, mà nó chỉ biết kéo dài một chuỗi nucleotid, tức bổ
sung một nucleotid ở đầu 3-OH của một acid nucleic.
I.2.1.3. Hoạt động của ADN polymerase:
Những ADN polymerase xúc tác phản ứng kéo dài chuỗi ADN: cộng thêm “từng
bước” những đơn vị deoxiribonucleotid và chuỗi ADN sẵn có
Mg2+
(ADN)n gốc + dNTP  (ADN)n + 1 gốc + PPi
Trong đó dNTP là một trong bốn deoxyribonucleosid-5-triphosphat (dATP,
dGTP, dCTP, dTTP) và Ppi là nhóm pyrophosphat.
Thành phần các bazơ trong ADN mới được tổng hợp phụ thuộc vào thành phần
các bazơ của khuôn chứ không phải vào tỉ lệ tương đối của bốn deoxyribonucleotid
tiền thân. Sự tạo thành một liên kết phosphodieste chỉ có được khi bazơ của nucleotid
thêm vào là bổ sung với bazơ sẵn có của chuỗi ADN mẹ làm khuôn.
I.2.1.4. Tác dụng exonuclease của ADN polymerase I:
ADN polymerase còn có thêm tác dụng thuỷ phân chuỗi ADN trong một số
trường hợp. ADN polymerase I có thể thủy phân dần dần từ 3-hydroxyl tận cùng của
chuỗi ADN. Sản phẩm tạo thành là những mônnucleotid.
Như vậy ADN polymerase I là một exonuclease 3  5. Nucleotid được giải
phóng bởi 3  5 exonuclease có gốc -OH tận cùng tự do và không tham gia vào xoắn
kép ADN.
ADN polymerase I cũng có thể thủy phân chuỗi ADN từ đầu 5 của chuỗi, đó là
exonuclease 5  3. Exonuclease 5  3 rất khác exonuclease 3  5 ở chỗ:
- Vị trí cắt của exonuclease 5  3 phải ở vùng xoắn kép của ADN.
- Vị trí cắt có thể ở liên kết phosphodieste cuối cùng hoặc ở liên kết
phosphodieste cách xa đầu 5. Sản phẩm được giải phóng có gốc -OH tự do hoặc được
phosphoryl hóa.

53 53
Polymerase
Exonuclease Exonuclease

-3-
Tiểu luận sinh học phân tử Vai trò của enzim trong quá trình tái bản phiên mã và dịch mã.
Hình 5: ADN polymerase I gồm một chuỗi polypeptid có ba hoạt động enzim
trên cùng một chuỗi polypeptid: exonuclease 5  3, exonuclease 3  5 và
polymerase.
I.2.2. Những topoiisomeraza:
a) Topoisomer: Có hai phân tử có cùng số lượng và trình tự các nucleotid hoàn
toàn như nhau. Giữa hai phân tử này có thể có số vòng xoắn trong phân tử khác nhau.
Số vòng xoắn là số lần của một chuỗi ADN quấn xung quanh chuỗi kia. Hai phân tử
chỉ khác nhau bởi số vòng xoắn là các Topoisomer.
Đặc trưng quan trọng nhất của các phân tử ADN này là số vòng. Số vòng là hằng
số cho mỗi loại Topoiisomeraza.
Có hai dạng Topoiisomeraza:
- Dạng nới lỏng: ở dạng này sức căng của chuỗi xoắn là tối thiểu. Đây là dạng có
cấu trúc ổn định nhất của ADN.
- Dạng siêu xoắn: Có dạng siêu xoắn dương số vòng xoắn tăng. Chiều xoắn cùng
chiều với xoắn kép của ADN làm cho phân tử xoắn chặt hơn. Dạng siêu xoắn âm có
số vòng xoắn giảm do xoắn ngược chiều với chiều xoắn kép của ADN làm cho phân
tử ADN tách hai chuỗi ra một đoạn dẫn đến số vòng xoắn giảm.
b) Topoiisomerase: là các enzim xúc tác quá trình biến đổi số vòng xoắn của
ADN, làm chuyển đổi các dạng Topoiisomerase. Để thay đổi số vòng cần phải cắt rời
một hay hai chuỗi, sự cắt rời này do hai loại Topoiizomeraza xúc tác.
- Topoiisomeraza I: có ở cả procaryot lẫn eucaryot. Topoiisomeraza I cắt tạm thời
và lại nối lại một chuỗi của ADN xoắn kép. Tác dụng của topoiisomeraza I như sau:
+ Cắt một chuỗi của ADN, tở một vòng xoắn sau vị trí cắt.
+ Nối lại chuỗi ADN đã bị cắt bởi liên kết phosphodieste mới.
ADN và polymeraza được tái tạo lại, nhưng lúc này ADN có cấu trúc “nới lỏng”
hơn.
- Topoiisomeraza II của procaryot có tên là ADN gyraza. Những topoiisomeraza
tham gia vào quá trình tái bản, đặc biệt là gyraza. ADN gyraza cắt tạm thời hai chuỗi
của ADN, có tác dụng sắp xếp lại siêu xoắn, tạo ra siêu xoắn trái (-) của xoắn kép
ADN. Phản ứng này được kết hợp với phản ứng thủy phân một phân tử ATP.
Tất cả những nghiên cứu về topoiisomer và topoiisomeraza chủ yếu được thực
hiện trên những phân tử chuỗi kép ADN dạng vòng khép kín.
Những topoiisomeraza I và II cũng được tìm thấy ở eucaryot, nhưng được biết ít
hơn.
I.2.3. Helicaza và protein SSB:
- Helicaza: các helicaza làm nhiệmvụ mở xoắn kép ADN thành hai chuỗi đơn
bằng cách cắt các liên kết hidro, phản ứng này có sự tham gia của ATP cung cấp năng
lượng.
- Protein SSB (protein gắn vào chuỗi đơn ADN). Protein SSB cũng có tên là
protein làm mất ổn định xoắn .
Những chuỗi đơn đã được tách rời sẽ được ổn định dưới dạng chuỗi đơn nhờ
protein SSB. Các protein SSB gắn lên phần chuỗi đơn, ngăn chặn không cho hai chuỗi

-4-
Tiểu luận sinh học phân tử Vai trò của enzim trong quá trình tái bản phiên mã và dịch mã.
đơn gấp khúc lại để tạo thành một vòng, và như vậy sẽ không tạo ra những vùng tự bổ
sung.
I.2.4. ADN - ligaza:
ADN-polymeraza không có khả năng nối hai chuỗi ADN hay nối hai đoạn thành
một chuỗi đơn của ADN. Để thực hiện quá trình này cần có sự xúc tác một loại enzim
khác, đó là ADN-ligaza. Enzim này cần thiết một gốc OH tự do ở đầu 3 của một chuỗi
ADN. Năng lượng cần thiết cho phản ứng này là NAD + (ở vi khuẩn) hay ATP (đối với
eucariote).
ADN-ligaza chỉ có thể nối liền hai phần của một phân tử ADN chứ không nối
được hai phân tử ADN khác nhau lại với nhau.

-5-