Jika kita amati dengan mikroskop, kebanyakan bakteri mempunyai ukuran dan

bentuk yang sama. Akan tetapi, bukti biologi molekuler menunjukkan adanya
perbedaan pada RNA ribosom. Pada ahli mikrobiologi membagi bakteri
menjadi dua, yaitu Archaebacteria dan Eubacteria. Dengan metode skeunsing
gen, Woese dan kawan-kawan membagi kelompok bakteri menjadi
Archaebacteria dan Eubacteria.
1. Archaebacteria
Archaebacteria merupakan kelompok bakteri yang menghasilkan gas metan
dari sumber karbon yang sederhana, uniseluler, mikroskopik, dinding sel bukan
peptidoglikon, dan secara biokimia berbeda dengan Eubacteria.
Selain itu, sifat Archaebacteria yang lain adalah bersifat anaerob, dapat hidup
di sampah, tempat-tempat kotor, saluran pencernaan manusia atau hewan,
halofil ekstrem, lingkungan bergaram, serta termoplastik pada suhu panas dan
lingkungan asam. Archaebacteria dianggap sebagai nenek moyang dari bakteri
yang ada sekarang ini.
Archaebacteria mencakup makhluk hidup autotrof dan heterotrof.
Archaebacteria terbagi menjadi tiga kelompok sebagai berikut.
a. Bakteri metanogen.
b. Halobakterium. Genus Halobacterium dan Halococcus mencakup bakteri
yang halofil ekstrem, bersifat aerob, dan heterotrof. Bakteri genus ini banyak
ditemukan di tambak garam laut.
Pada saat terjadi penggandaan sel dari halobakterium yang mengandung
karotenoid, air akan berwarna merah intensif. Selain itu, Halobakterium dan
Halococcus dapat tumbuh optimum pada larutan NaCl, 3,5 sampai 5 molar,
serta mampu memanfaatkan energi cahaya untuk metabolisme tubuhnya.
c. Bakteri termo-asidofil. Dalam kelompok ini, terhimpun Archaebacteri yang
bersifat nonmetanogen yang berbeda-beda. Di dalamnya juga terdapat wakil
autotrof dan heterotrof, asidofil ekstrem, neurofil, serta aerob dan anaerob.
2. Eubacteria
Eubacteria adalah bakteri yang bersifat prokariot. Inti dan organelnya tidak
memiliki membran, bersifat uniseluler, bersifat mikroskopik, serta mempunyai
dinding sel yang tersusun dari peptidoglikon. Selnya dapat berbentuk bulat
atau batang yang lurus, terpisahpisah atau membentuk koloni berupa rantai,
serta bertindak sebagai dekomposer pengurai. Bakteri ini hidup secara parasit
dan patogenik.
Akan tetapi, ada pula yang bersifat fotosintetik dan kemoautotrof. Eubacteria
menjadi unsur yang sangat penting dalam proses daur ulang nitrogen dan
elemen lain. Selain itu, beberapa Eubacteria dapat dimanfaatkan dalam proses
industri. Eubacteria terbagi menjadi enam filum, yaitu bakteri ungu, bakteri
hijau, bakteri gram positif, Spirochaet, Prochlorophyta, dan Cyanobacteria.
Beberapa Eubacteria bergerak secara peritrik atau tidak bergerak. Beberapa
kelas dalam Eubacteria adalah sebagai berikut.
a . Kelas Azotobacteraceae
Ciri-ciri yang dimiliki oleh bakteri kelas Azotobacteraceae adalah sel berbentuk
batang, hidup bebas di dalam tanah, mirip sel khamir, dan pada kondisi aerob
dapat menambat N2. Misalnya, Azotobacter Chlorococcum, Azotobacter
indicus, dan Azotobacter agilis.
b . Kelas Rhizobiaceae
Ciri-ciri bakteri kelas Rhizobiaceae adalah sel berbentuk batang atau
bercabang, bersimbiosis dengan legominosae, membentuk bintil akar, dan
mengonversi nitrogen udara yang dapat bermanfaat bagi tumbuhan
leguminosae. Misalnya, Rhizobium leguminosarum membentuk bintil akar
pada akar Lathyrus, Pisum, Vicia; Rhizobium japonicum pada kedelai;
Agrobacterium tumefaciens menimbulkan pembengkakan pada akar pohon.
c . Kelas Micrococcaceae
Ciri-ciri bakteri kelas Micrococcaceae adalah sel berbentuk peluru, berbentuk
koloni tetrade, serta kubus dan massa tidak beraturan. Contohnya, Sarcia dan
Staphyloccus aureus yang bersifat patogen serta dapat menimbulkan berbagai
penyakit.
d . Kelas Enterobacteriaceae
Eubacteria yang terdapat dalam kelas Enterobacteriaceae dapat menimbulkan
fermentasi anaerobik pada glukosa atau laktosa, hidup sebagai dekomposer
pada serasah atau patogen pada manusia, juga pada saluran pernapasan dan
saluran kencing Vertebrata. Contohnya, E. coli yang terdapat di usus besar
manusia dan Vertebrata; Salmonela typhosa, yaitu patogen penyebab penyakit
tifus; serta Shigella dysenteriae penyebab disentri.
e . Kelas Lactobacillaceae
Sel Lactobacillaceae berbentuk peluru dan dapat menimbulkan fermentasi
asam laktat. Contohnya, Lactobacillus caucasicus yang membantu pembuatan
yogurt; Streptococcus pyogenes yang dapat menimbulkan nanah atau
keracunan darah pada manusia; serta Diplococcus pneumoniae sebagai
penyebab pneumonia.
f . Kelas Bacillaceae
Sel Bacillaceae berbentuk batang dan berfungsi sebagai pembentuk
endospora. Misalnya, Bacillus antraks penyebab penyakit antraks dan
Clostridium pasteurianum, yaitu bakteri anaerob penambat N2.
g. Kelas Neisseriaceae
Sel Neisseriaceae berbentuk peluru dan umumnya berpasangan. Misalnya,
Neisseria meningitidis, yaitu bakteri penyebab meningitis; Neisseria
gonorrhoeae penyebab penyakit kencing nanah; serta Veillonella parvula
berada di mulut dan saluran pencernaan manusia dan hewan.