Professional Documents
Culture Documents
Chương III
Gen và genome của sinh vật
Cấu trúc của gen
Gen là một đơn vị di truyền quyết định or đóng góp vào việc hình một tính
trạng của cơ thể sinh vật. Thông tin di truyền của gen được mã hoá trong
DNA dựa trên trình tự đặc hiệu của các nucleotide. Gen có chức năng sản
xuất ra phân tử RNA hoặc một chuỗi polypeptide.
Gen mã hoá tạo ra polypeptide th«ng qua hai quá trình:
Thứ nhất, gen cấu trúc hoạt động làm khuôn để sản sinh ra một phân tử
mRNA (quá trình phiên mã).
Thứ 2, phân tử mRNA riêng biệt tương tác với các cấu tử khác như:
ribosome, RNA vận chuyển mang a.amin (tRNA) và thông qua phản ứng
của một số enzyme để sản sinh ra một phân tử protein (quá trình dịch
mã).
Central Dogma
DNA
Transcription
RNA
Translation
Protein
Cellular Activity
CÊu tróc gen cña sinh vËt nh©n
chuẩn
Promoter
Khung đọc mã
Bắt đầu
Kết thúc
phien mã
dịch mã
Bắt đầu
Hộp dịch mã Kết thúc
AGGA/ UAA phiên mã
Intron UAG
CAAT
UGA
AUG
5’ 3’
Tín hiệu
Hộp Exon
chuyển
TATA AATAAT
peptit
Vị trí gắn Tín hiệu
riboxom poly A
hóa
Vùng upstream
Vùng downstream
Các exon và intron của gen
Exon là trình tự mang thông tin di truyền,
thường được dịch mã sang protein.
Intron hay trình tự câm, n»m xen kẽ và không
mang thông tin di truyền. Chúng được phiên
mã đến tiền mRNA nhưng không được dịch
mã thµnh protein. C¸c intron bÞ
c¾t bá trong qu¸ trình biÕn ®æi
tiÒn mRNA thµnh mRNA (chín hay
hoạt động).
Vïng khởi động (promoter)
hay tRNA.
c- DÞch m· hay sinh tæng hîp protein
Bé m¸y dÞch m·
Protein ribosomea
B¸n ph©n tö nhá rps1,rps3, rps7, rps12
rps13, rps14, rps19
B¸n ph©n tö lín rp12, rp15, rp116
RNA vËn chuyÓn Ýt nhÊt lµ 16
C¸c b¸n ph©n tö cña c¸c phøc hîp chuçi h« hÊp
5’ I P O Z Y A 3’
DNA
3’ 5’
Retrotransposon
Tổng hợp DNA từ bản RNA
được phiên mã. Quá trình này
có sự tham gia của enzyme
phiên mã ngược (reverse
Phiên mã transcriptase). Thường enzyme
này được mã hoá bởi gen nằm
ngay trong đoạn transposon
Phiên mã ngược
Bản sao DNA của transposon
RNA
tổ hợp vào genome. Chúng có
cDNA
thể được tổ hợp lại trong cùng
Tái tổ hợp một nhiễm sắc thể trên đó có
mang đơn vị lặp lại nguyên
thuỷ hoặc cũng có thể được
chèn vào một nhiễm sắc thể
Bản sao của khác
Retrotransposon
Retrotransposon
Là virus có genome cấu trúc từ phân tử RNA. Khi xâm nhiễm vào tế bào ký
chủ, genome RNA của virus được sao chép thành DNA bởi enzyme phiên
mã ngược reverse transcriptase được mã hoá bởi gen pol của virus, råi
sau ®ã bản sao DNA tổ hợp vào genome của tế bào chủ. Các virus mới có
thể được tạo thành bằng việc sao chép đoạn DNA mới tổ hợp vào thành
RNA và bọc gói bằng protein vỏ virus được mã hoá bởi gen env trong hệ
gen của virus.
+Các retrovirus nội sinh
( Endogenous retrovirus, ERVs) là genome của retrovirus khi
được tổ hợp vào nhiễm sắc thể của tế bào vật ký chủ, chủ yếu là
động vật có xương sống. Một số trong chúng vần còn hoạt tính,
thậm chí ở một giai đoạn phát triển nào đó của tế bào, chúng có thể
tổng hợp nên các virus nội sinh. Tuy nhiên điều này hầu như không
xảy ra. Các trình tự này hầu như không còn hoạt động và được tìm
thấy ở nhiều vị trí trong genome. Trong genome của người, những
trình tự như vậy có khoảng 1000 bản sao. Phổ biến hơn là những
phiên bản được rút ngắn của chúng hay gọi là các yếu tố giống
retroviruss (retrovirus-like element ), được gọi tắt la RTVLs và có
khoảng 20 000 bản trong genome của người.
+Retrotransposon:
(b)Ty1/copia retrotransposon
• Là các đoạn có trình tự tương tự như các ERV tuy nhiên chúng được tìm
thấy chủ yếu trong các eukaryote như thực vật, nấm và động vật không
xương sống. Các retrotransposon thường có số lượng bản sao lớn và tồn tại
ở nhiều dạng khác nhau. Ví dụ ở Ngô, hầu hết các trình tự lặp lại phân bố
rộng trong genome là các retrotransposon và các yếu tố này chiếm đến gần
một nửa genome. Nhóm này được chia thành hai nhóm phụ là :
• Nhóm Ty3/gypsy (Ty3 đặc trưng ở nấm men và gypsy đặc trưng ở
ruồi giấm. Nhóm này cũng chứa một nhóm các gen giống như ERV
• Nhóm Ty1/copia. Nhóm này thiếu gen env mã hoá protein vá cña
retrovirus. Sù v¾ng mÆt cña env cã nghÜa lµ chóng
kh«ng thể hình thµnh c¸c thÓ gièng virus.
(a) Retrovirus
(b)Ty1/copia retrotransposon
gag ? pol ~6 kb
poly A
(d) SINE
~0,3 kb
gag ? pol ~6 kb
SINEs (short interspersed nuclear
elements)
Yếu tố này không có gen mã hoá tạo enzyme phiên mã ngược nhưng
vẫn có khả năng chuyển vị. Có thể chúng di chuyển bằng cách “mượn”
enzyme phiên mã ngược được tổng hợp bởi một retrotransposon khác.
SINE có độ lớn từ 100 đến 300 bp.
SINE rất phổ biến ở động vật
ví dụ như chuỗi Alu ở người có mặt tới hàng triệu bản sao. Alu có thể có
nguồn gốc từ các gen mã hoá cho 7SL RNA có vai trò điều khiển sự di
chuyển của protein xung quanh tế bào. Yếu tố Alu có thể được tạo ra ban
đầu bởi quá trình phiên mã ngược ngẫu nhiên của 7SL RNA sau đó DNA
tạo ra tái tổ hợp vào genome của người. Do Alu được phiên mã một cách
chủ động nên thường xuất hiện một lượng lớn Alu RNA trong tÕ bào, tạo
ra khả năng lớn để khuyếch đại yếu tố này. Trong thực vật SINE tương đối
hiếm.
poly A
(d) SINE
~0,3 kb
(ii) Nhóm các yếu tố di chuyển không
cần RNA (DNA transposons)
Một số yếu tố chuyển vị có khả năng di chuyển một cách trực tiếp hơn mà
không cần qua trung gian RNA. Chúng di chuyển bằng cách cắt và tổ hợp
trực tiếp cấc đoạn DNA. Có hai cơ chế giải thích cho sự chuyển vị của
các yếu tố này, đó là:
+Sự di chuyển có tính tự tái bản (replicative transposition): Phiên
bản của các yếu tố chuyển vị được sao chép từ vị trí ban đầu và tái tổ hợp
vào vị trí míi mục tiêu. Sau mỗi lần di chuyển thì số lượng bản sao được
tăng lên.
+ Sự di chuyển có tính bảo thủ (conservative transposition) các yếu
tố chuyển vị có thể tách ra khỏi vị trí ban đầu và sau đó là tái tổ hợp lại ở
một vị trí mới. Trong trường hợp này, số lượng của các transposon là
không thay đổi.
Vị trí cho Vị trí nhận
1 2 3 4 5
11bp 11bp
Ac 4563bp
11bp 11bp
Ds9 ∇ 194 bp
4369bp
11bp 11bp
Ds6 2042bp
∇ 2521 bp
11bp 11bp
~0,3 kb
Resolvase
(c) Transposon dạng Tn3 Transposase
Gen kháng kháng sinh
~5 kb
ITR ITR
ITR ITR
IS (insertion sequence) hay các trình tự xen đoạn
Các IS là những đơn vị độc lập, chúng chỉ mã hoá cho một hoặc hai gen
mã hoá cho enzyme transposase cần thiết cho sự chuyển vị của chúng.
ở E. coli, người ta tìm thấy khoảng 20 yếu tố IS với các dạng khác nhau.
Điển hình là yếu tố IS1, IS2 và IS10R. IS1 có chiều dài 786bp với 4-9 bản
sao trên nhiễm sắc thể của E.coli.
IS2 có từ 0-12 bản sao trên nhiễm sắc thể của E coli và một bản trên
plasmid F.
Nguyên tố IS10R được tìm thấy trên các R plasmid.
Trong prokaryote, các IS có kích thước thay đổi từ 768 bp đến 5000 bp.
và chiếm khoảng 0,3% hệ gen của prokaryote.
Cơ chế chuyển vị của IS
Các IS có thể chuyển vị theo cả cơ chế tái bản và bảo thủ. Chúng
chèn vào nhiễm sắc thể ở những vị trí có tính ngẫu nhiên, gây ra
đột biến thông qua hoạt động xáo trộn trình tự mã di truyền của
một gen hay làm xáo trộn vùng điều hoà hoạt động của gen.
Những promoter nằm trong các IS có thể gây ảnh hưởng làm thay
đổi sự biểu hiện của gen kế cận. Khi chuyển vị theo cơ chế tái bản,
sự tái bản chính xác của IS nguyên thuỷ là cần thiết. Enzyme
transposase nhận biết các trình tự IR (inverted repeat) của IS để
khởi động tiến trình chuyển vị.
Tần xuất chuyển vị của mối IS là tư 10-5 – 10-7 trong mỗi thế hệ.
(hìnhXX)
IS
5’ ACAGTTCAG CTGAACTGT 5’
3’ TGTCAÂGTC GACTACACA 3’
IR IR
chèn vào
cắt
IS chèn vào
Chuỗi nucleotitde lặp lại trực tiếp (direact repeat) ở vị trí IS được chèn vào
Sơ đồ quá trình tổ hợp của nguyên tố IS vào DNA nhiễm sắc thể
+ transposon Tn:
• Composite transposon: Yếu tố này về cơ bản chính là một đoạn
DNA có gắn đoạn IS ở hai đầu và mang 1 hoặc vài gen thường mã hoá
cho khả năng kháng l¹i kháng sinh. Sự chuyển vị của composite
transposon được hoạt hoá bởi enzyme transposase mã hoá bởi 1 hoặc cả
hai đoạn IS ở hai đầu. Yếu tố thuộc nhóm này chuyển vị theo có chế bảo
thủ
Resolvase
(c) Transposon dạng Tn3
Transposase
Gen kháng kháng sinh
~5 kb
ITR ITR
+ Transposable phage:
Là virus ký sinh trong vi khuẩn. Sự di chuyển của chúng có tính tái bản
như một phần trong một chu kỳ lây nhiễm bình thường của chúng.
Ví dụ điển hình cho nhóm này là thực khuẩn thể Mu. Cũng như các
thực khuẩn thể λ , phage Mu có khả năng hoạt động trong chu kỳ phân
giải hoặc xâm nhập vào pha phân giải (lysogenic phase). Mu chuyển vị
theo cơ chế tự tái bản và gây ra sự kiện đột biến. Chính vì thể Mu là
viết tắt của ‘mutator’ tức là thể gây đột biến.Trong Phage, Mu là một
đoạn DNA thẳng có độ lớn khoảng 37 kb chứa các gen cã liên quan
đến quá trình di chuyển và các gen mã hoá cho các protein cấu trúc có
chức năng đóng gói DNA để tạo thể phage mới.
Thực khuẩn thể Mu
Giống như các transposon khác,Mu có giới hạn ở hai đầu
bởi các đoạn nucleotide lặp lại ngược chiều (IR) và chúng
tạo ra các đoạn ngắn lặp lại cùng chiều dài 5 bp của
genome vật chủ tại vị trí ghép vào. Đáng chú ý là khi đóng
gói tạo thể phage mới, hai đầu của Mu luôn có các đoạn
DNA của vi khuẩn tại vị trí mà Mu ghép vào. Các đoạn này
sẽ được phân huỷ khi Mu tiếp tục sự xâm nhiễm của mình.
DNA vi khuẩn DNA vi khuẩn
Mu DNA vi khuẩn
(~50 bp) (~1000 bp)
(38 kb)
Pseudo- Intron,
Các đoạn DNA lặp lại DNA lặp lại
Gene leader,
gen liền kề phân bố
trailer
rải rác
Ph Ph
Dạng dại + Ds Dạng dại + sAc
Ph Ds
Đột biến
chèn đoạn
Ph: : Ds
di chuyển
Transposase
Ph
sAc
Ph
x Hạt phấn F1
Ph