Phương pháp phân cụm sử dụng marker trên dữ liệu Comparative Genomic Hybridization

i i: wWw.SinhHoc.edu.
vn Ti li u chia s thc thI nguyn Tr-ng i hc y d-c
bo co
Ph-ng php phn cm s dng Marker
trn d liu Comparative Genomic Hybridization
Ng-i thc hin: ThS. Nguyn Th Tn Tin ThS. Th Ph-ng Qunh
Thi Nguyn, thng 1/2012

1
Ti li u chia s t i: wWw.SinhHoc.edu.vn
L DO NGHIN C U
C n b nh ung th qu c gia.
tr thnh n i m nh c a r t nhi u
Th c nghi m: Cc b nh nhn m c cng m t b nh ung th th m u quang sai c a h s t ng ng v i nhau Gi i php a ra: S d ng ph ng php phn c m nhm cc b nh nhn c m u quang sai gi ng nhau vo cng m t c m. Trn c s , chng ti nghin c u Ph ng php phn c m s d ng marker trn d li u Comparative Genomic Hybridization (CGH).
2
N I DUNG TRNH BY
D li u CGH 2 Ph ng php phn c m
N i dung
3 4
o Marker nh gi k t qu th c nghi m
3
LI U CGH
tiDn hnh lai DNA thu li b c c a tt bo tham kh o v DNA li u CGH l d c u gen c ph ng php lai gen thu c b a bo ki so snh, gen c s t d ng m tra. s khc th ng c a b gen o nh m pht hi n ra cc gen m t cn b ng gen d t t trong b nhi m s c th
D a trn c ch nhn
i c a t bo, trong k thu t CGH
li u th v sau khi
c lm m n
M i m u c a nhi m s c th CGH t ng ng v i m t dy cc gi tr 1, -1, 0 t ng ng v i 3 tr ng thi th a, thi u, khng i s l ng sao chp o n DNA
PH
NG PHP PHN C M
Nhm cc i t ng t ng t nhau trong t p d li u vo cc c m sao cho cc i t ng trong cng m t c m c t ng ng cao, cn cc i t ng cc c m khc nhau s c t ng ng th p h n.
Cc thu t ton phn c m
1 2 3
Thu t ton k -means Thu t ton top - down Thu t ton bottom - up
6
MARKER, NH N DI N MARKER Khi ni m Marker l m t kho ng gen quan tr ng vng bi n hi n chng). M i marker v q t c i di n b i 2 s <p, q> trong p i di n cho m t
i h i quy (recurrent alteration - t p h p cc
quang sai c cng tnh tr ng m nhi u m u CGH th
ng ng bi u th v tr v lo i quang sai.
7
V d :
Bi u
quang sai c a b nh ung th nguyn bo vng m c. cc kho ng gen 52, 69, 287, 690
8
C 4 marker
O RSIM
o Sim l php o s ch ng cho gi a cc phn o n o Rsim l php o s ch ng cho gi a cc phn o n giao v i m t marker m gi tr c a phn o n ch ng cho gi ng gi tr c a marker.
V d
Cc kho ng gen
m1
m2
O RSIM
So snh hai Gi ng nhau:
o Sim v Rsim: u l php o cc phn o n ch ng
cho trn t ng c p m u CGH Khc nhau: o Sim o s phn o n ch ng cho.
Cn Rsim khng xem xt cc phn o n ch ng cho m khng giao nhau v i marker no. B i v y, l i th c a o Rsim l lo i b
10
c nhi u.
CH
NG TRNH TH C NGHI M
Input: B d li u 23 lo i b nh ung th bi u m, l file c d ng *.txt, c l y t i c s d li u progenetix [10] (trang web http://www.progenetix.net). y l b d li u g m 6000 m u CGH. M i m u c 862 kho ng gen c l y ra t 24 nhi m s c th . Output: Hnh nh phn c m v i s l ch nh tr c. Cng c Ngn ng : Matlab, C++
11
ng marker
c xy d ng b i Jun Liu (2008)
Hnh 3. 1: Hnh nh phn c m trn t p m u th c nghi m

12
Ti li u chia s K i: wWw.SinhHoc.edu.vnM NH GI t T QU TH C NGHI
So snh
o Sim v Rsim
o
l Ch ySth cng nghi m thu t ton top - down s d ng hai 4 c khc nhau Sim vm Rsim, thu 6c k t qu8 nh b 10 sau: 12 ng o Sim Rsim 945 993 1303 1463 1611 1764 1884 2006 2123 2257
13
NH GI K T QU
TH C NGHI M
Hnh 3. 2: S d ng Sim
o
14
Hnh 3. 3: S d ng RSim
NH GI K T QU
nh gi s l
TH C NGHI M
ng marker
Th i gian (h) 3h 3h30 4h 5h 9h
ng v ch t l
Ch t l ng c m 455.6411 510.6452 624.3025 628.7182 737.851
S l
ng marker 10 20 40 60 80
S l ng marker khc nhau th ch t l ng phn c m thu

c c ng khc nhau: khi t ng s l ng marker th m t nhi u th i gian h n tuy nhin ch t l ng phn c m t t h n.
15
L IC M
CHNG TI TRN TR NG C M N QU TH Y C!
16
TI LI U THAM KH O
[1] Anil K.Jain, Richard C. Dubes (1988), Algorithms for clustering data. Michigan State Univ..East Lansing. [2] A. Fritz, C. Percy, A. Jack, L. Sobin, and M. Parkin, editors, (2000) International Classification of Diseases for Oncology (ICD-O), Third Edition. World Health Organization, Geneva [3] Jun Liu, (2008), mining comparative genomic hybridization data, University of Florida. [4] Jun Liu, S. Ranka, and T. Kahveci, (2007) Markers improve clustering of CGH data. Bioinformatics [5] Jun Liu, J. Mohammed, J. Carter, S. Ranka, T. Kahveci, and M. Baudis, (2006) Distance-based clustering of CGH data. Bioinformatics. [6] Jiawei Han, Micheline Kamber, (2001) Data mining: concepts and techniques
17
V d THU
T TON TOP - DOWN
18
i i: wWw.SinhHoc.edu.vn Ti li u chia s thc thI nguyn Tr-ng i hc y d-c
bo co
Ph-ng php phn cm s dng Marker trn d liu Comparative Genomic Hybridization Nhm h tr chn on mt s bnh ung thNg-i thc hin: ThS. Nguyn Th Tn Tin ThS. Th Ph-ng Qunh
Thi Nguyn, thng 1/2012

19
N I DUNG TRNH BY
D li u CGH 2 Marker v nh n di n marker
N i dung
3 4 Ph
o Rsim ng php phn c m
nh gi k t qu th c nghi m
20
MARKER, NH N DI N Ti li u chia s t i: wWw.SinhHoc.edu.vn MARKER

h tr
21
TR
22
NH N DI N MARKER
V n nh n di n marker
Input: Cho S l t p cc m u CGH S={s1,s2,,sn} Output: Tm t p M g m R cc marker M={m1,m2,,mr}, p<p1<p2<<pr sao cho t ng h tr cc marker trong M l t i a
23
Tr ng h p 1: T n t i 1 marker mr t i kho ng gen d

O (d 1, r 1) Support (mr ) (d 2, r 1) Support (m ) O r O (d , r ) ! max ... (b 1, r 1) Support (mr ) O
Tr ng h p 2: Khng t n t i 1 marker mr no t i kho ng gen d
O (d , r ) ! max_ (d 1, r )a O
24
Ti li u chia s t i: wWw.SinhHoc.edu.vn 2. Cc khi ni m c b n
2.1. Phn o n (segment)
25
Ti2.2.u chia s n ch wWw.SinhHoc.edu.vn li Phn o t i: ng cho (overlapping)
Cho 2 m u CGH X v Y. Hai phn o n t 2 m u l ch ng cho (overlapping) n u chng c cng gi tr t i t nh t m t kho ng gen gi ng nhau.
V d
26
Ti li u chia s t i: wWw.SinhHoc.edu.vn 2.3. Gi tr nhi u
Nh ng kho ng gen thu c phn o n nh ng khng thu c phn o n ch ng cho g i l gi tr nhi u
27
li tr (support) * Ti h u chia s t i:
wWw.SinhHoc.edu.vn
28
29

Phương pháp phân cụm sử dụng marker trên dữ liệu Comparative Genomic Hybridization

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Phương pháp phân cụm sử dụng marker trên dữ liệu Comparative Genomic Hybridization

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

i i: wWw.SinhHoc.edu.

vn Ti li u chia s thc thI nguyn Tr-ng i hc y d-c

Ng-i thc hin: ThS. Nguyn Th Tn Tin ThS. Th Ph-ng Qunh

Thi Nguyn, thng 1/2012

D li u CGH 2 Ph ng php phn c m

i c a t bo, trong k thu t CGH

M i m u c a nhi m s c th CGH t ng ng v i m t dy cc gi tr 1, -1, 0 t ng ng v i 3 tr ng thi th a, thi u, khng i s l ng sao chp o n DNA

i h i quy (recurrent alteration - t p h p cc

quang sai c cng tnh tr ng m nhi u m u CGH th

So snh hai  Gi ng nhau:

o Sim v Rsim: u l php o cc phn o n ch ng

cho trn t ng c p m u CGH  Khc nhau: o Sim o s phn o n ch ng cho.

c xy d ng b i Jun Liu (2008)

Hnh 3. 1: Hnh nh phn c m trn t p m u th c nghi m

Ti li u chia s K i: wWw.SinhHoc.edu.vnM NH GI t T QU TH C NGHI

S l ng marker khc nhau th ch t l ng phn c m thu

T TON TOP - DOWN

i i: wWw.SinhHoc.edu.vn Ti li u chia s thc thI nguyn Tr-ng i hc y d-c

Thi Nguyn, thng 1/2012

D li u CGH 2 Marker v nh n di n marker

o Rsim ng php phn c m

MARKER, NH N DI N Ti li u chia s t i: wWw.SinhHoc.edu.vn MARKER

Tr ng h p 1: T n t i 1 marker mr t i kho ng gen d

Tr ng h p 2: Khng t n t i 1 marker mr no t i kho ng gen d

Ti li u chia s t i: wWw.SinhHoc.edu.vn 2. Cc khi ni m c b n

2.1. Phn o n (segment)

Ti2.2.u chia s n ch wWw.SinhHoc.edu.vn li Phn o t i: ng cho (overlapping)

Ti li u chia s t i: wWw.SinhHoc.edu.vn 2.3. Gi tr nhi u

Nh ng kho ng gen thu c phn o n nh ng khng thu c phn o n ch ng cho g i l gi tr nhi u

You might also like

So snh hai Gi ng nhau:

cho trn t ng c p m u CGH Khc nhau: o Sim o s phn o n ch ng cho.