Program Professional Development Workshop USTM July 22-27, 2013 Day 1: Introduction (all) Leadership and career development

(Geri Richmond) General introduction to the goals of the workshop 9:00-9:45 Overview of the goals of the workshop Overview of assignments for the workshop Introduction of participants and instructors Session I: Effective leadership skills 9:45-10:30 Overview of recent research on leadership qualities that lead to success and failure 10:30-11:15 Discussion of different styles that work in different cultures 11:15-12:00 Self-assessment to identify areas for skills enhancement and career advancement 12:00-1:00 Lunch Session II: Career launch and acceleration 1:00-2:15 Methods and exercises in effective communication 2:15-3:00 Building a strong CV 3:00-4:00 Effective scientific presentations 4:00-5:00 Developing professional networks Development of a professional website (Gabriel Fiorini and Christie Sukhdeo) Day 2: Publishing your research in peer-reviewed journals (Mike Bruford, Nicky Anthony and Geri Richmond) Session I: Publishing your paper 9:00-9:45 Assessment of skills you would like to learn today Discussion of your publication history and aspirations for future publication 9:45-10:30 IMRAD: the nuts and bolts of writing a scientific paper 10:30-11:15 Ethics in scientific writing Organizing the bibliography using the software Endnote and Mendeley 11:15-12:00 Assignment #1: Writing a scientific abstract 12:00-1:00 Lunch Session II: The peer review process 1:00-1:45 What is the peer review process and why is it important? 1:45-2:15 Preparing an effective cover letter Identifying a list of potential reviewers of your manuscript 2:15-3:00 Common errors encountered by editors Responding to reviewer criticisms Session III: Communicating with your peers and with the public 3:00-4:00 Writing a critical review of another paper Writing for the general public

4:00-5:00

Assignment #2: Writing a critique of a scientific paper or an article about your research for the public

Day 3: Writing a grant (Nicky Anthony, Mike Bruford and Geri Richmond) Session I: Preparing a grant proposal 9:00-9:45 Discussion of potential funding sources for biodiversity and evolutionary research 9:45-10:30 The overall structure of a proposal Writing a project summary 10:30-11:15 Criteria frequently used to evaluate a proposal 11:15-12:00 Assignment #3: Drafting a concept note 12:00-1:00 Lunch Session II: Writing the project description and developing a time line 1:00-1:45 Sampling strategies and experimental design 1:45-2:15 Drafting a detailed research plan Outlining your proposed methods 2:15-3:00 Drafting a realistic time frame for the proposed work Session III: Budget and data management 3:00-3:30 Budget and its justification 3:30-4:00 Data and collections management (Jake Lowenstein, Breda Zimkus) 4:00-5:00 Assignment#4: Brief chalk talk of your concept note Day 4: GIS Skills (Ryan Harrigan) Session I: Introduction to analysis of biodiversity data using GIS 9:00-9:45 GIS overview Introduction to QGIS Review of the literature on the use of GIS to analyze biodiversity data 9:45-10:30 Entering biodiversity data collected in the field into QGIS: entering data recorded with GPS and geo-referencing occurrences based on place names 10:30-11:15 Entering data from databases such as GBIF and GenBank into QGIS 11:15-12:00 Hands-on experience working with GIS data from Gabon 12:00-1:00 Lunch Session II: Advanced topics in GIS-based data analysis 1:00-1:45 Useful resources for GIS data related to biodiversity in Central Africa including NASA EchoReverb Review of GIS data types (raster, polygon). 1:45-2:15 Introduction to remote sensing and remote sensed data sets relevant to biodiversity Projection of remote sensed data for use with Central African coordinate systems 2:15-3:00 Province- and department-level analysis: counting occurrences of species in a province Using zonal statistics to summarize remote sensed data in a province.

Session III: Using spatial modeling to make predictions about biodiversity in Gabon 3:00-4:00 Review of important concepts in spatial modeling: presence-only vs. presenceabsence data Cases studies of presence-only and presence-absence data using examples from Gabon 4:00-5:00 Using the free software package Maxent for spatial modeling of species using presence-only data Day 5: Statistical analysis of ecological and genetic data Session I: Using the program R (Instructor: Ryan Harrigan) 8:00-8:45 Entering data into R from the keyboard Reading datasets into R from files on your computer 8:45-9:30 Calculating descriptive statistics in R (mean, median, and standard deviation) 9:30-11:00 Basic univariate statistics in R (t-tests and ANOVA) 11:00-12:00 Hands-on experience working with R 12:00-1:00 Lunch Session II: Statistical analysis of genetic data (Instructors: Jean-Francois Mboumba, Stephan Ntie, Ryan Harrigan, Mike Bruford, Nicky Anthony, Breda Zimkus) 1:00-1:45 Brief presentations by instructors on examples of genetic data analysis and their applications to conservation 1:45-4:00 Break-out groups: modeling in POPULUS, phylogenetic analysis of sequence data using PAUP, population genetic analysis of microsatellite data in ARLEQUIN, STRUCTURE and GENELAND 4:00-5:00 Wrap up and discussion of grant panel Day 6: Mock panel discussion of grant proposals Session I: Grant panel review (Panelists: All) 9:00-10:00 Brief presentation of grant funding agencies to be considered Overview of panel organization and review criteria 10.00-12:00 Discussion of grant proposals 12:00-1:00 Wrap up and conclusions

Programme Atelier de perfectionnement professionnel 22-27 Juillet 2013, USTM Jour 1: Introduction gnrale (tout le monde) Leadership et dveloppement de carrire (Geri Richmond) Introduction gnrale aux objectifs de latelier 9:00-9:45 Prsentation des objectifs de latelier, vue densemble des travaux de latelier et prsentation des participants et des formateurs. Session I: Competence en leadership efficace 9:45-10:30 Prsentation des recherches rcentes sur les qualits de leadership qui mnent la russite et l'chec 10:30-11:15 Discutez des styles diffrents qui marchent dans des diffrentes cultures 11:15-12:00 Effectuer une auto-valuation pour identifier les domaines d'amlioration des comptences et l'avancement de carrire 12:00-1:00 Djeuner Session II: Le lancement de carrire et son acclration 1:00-2:15 Les mthodes et les exercices de communication efficace 2:15-3:00 Comment construire un bon CV 3:00-4:00 Les prsentations scientifiques efficaces 4:00-5:00 Le dveloppement des rseaux professionnels Le dveloppement dun site Web professionnel (Gabriel Fiorini and Christie Sukhdeo) Jour 2: La publication de votre recherche dans des revues scientifiques (Mike Bruford, Nicky Anthony and Geri Richmond) Session I: Publier votre recherche 9:00-9:45 L'valuation des comptences que vous souhaitez apprendre aujourd'hui Une discussion de votre historique de publication et les aspirations que vous avez pour vos publications dans lavenir 9:45-10:30 IMRAD: les tenants et aboutissants de la rdaction d'un article scientifique 10:30-11:15 Lthique dans la rdaction dun article Lorganisation de la bibliographie l'aide du logiciel Endnote et Mendeley 11:15-12:00 Devoir # 1: Rdaction d'un rsum scientifique 12:00-1:00 Djeuner Session II: Le processus dexamination par les pairs dun article scientifique 1:00-1:45 Qu'est-ce que le processus dexamination par les collgues scientifiques et pourquoi est-il important? 1:45-2:15 Prparation d'une lettre de motivation efficace et lidentification dune liste des examinateurs potentiels de votre manuscrit 2:15-3:00 Les erreurs frquemment rencontres par les diteurs et comment rpondre aux critiques des examinateurs Session III: Communiquer avec vos collgues scientifiques et avec le public

3:00-4:00 4:00-5:00

Rdiger une analyse critique d'un article dont on nest pas lauteur Comment crire pour le grand public Devoir #2: Ecrire une critique d'un article scientifique ou un article au sujet de votre recherche pour le grand public

Day 3: Rdaction dune subvention (Nicky Anthony, Mike Bruford et Geri Richmond) Session I: Prparation d'une proposition de subvention 9:00-9:45 Discussion sur les sources de financement potentielles pour la recherche sur la biodiversit et l'volution 9:45-10:30 La structure gnrale d'une proposition de projet de recherche et la rdaction de son rsum 10:30-11:15 Les critres frquemment utiliss pour valuer une proposition de projet de recherche 11:15-12:00 Devoir #3: Rdaction d'une note conceptuelle 12:00-1:00 Dejeuner Session II: Rdaction de la description du projet et llaboration dun calendrier 1:00-1:45 Les stratgies d'chantillonnage et la conception exprimentale 1:45-2:15 La rdaction d'un plan dtaill de recherche Dcrire vos mthodes proposes 2:15-3:00 La rdaction d'un calendrier raliste pour le travail propos Session III: La gestion du budget et les donnes 3:00-3:30 Le budget et sa justification 3:30-4:00 Gestion des donnes et des collections (Jake Lowenstein, Breda Zimkus) 4:00-5:00 Assignment#4: Une prsentation brve classique (chalk and talk) de votre note conceptuelle Day 4: GIS Skills (Ryan Harrigan) Session I: Introduction l'analyse des donnes sur la biodiversit en utilisant le SIG 9:00-9:45 Un aperu des SIG Introduction QGIS Revue de la littrature sur l'utilisation des SIG pour analyser les donnes sur la biodiversit. 9:45-10:30 Saisir les donnes de la biodiversit recueillies sur le terrain dans QGIS: la saisie des donnes enregistres avec le GPS et des occurrences go-rfrences sur la base des noms de lieux. 10:30-11:15 Saisie des donnes des bases de donnes telles que GBIF et GenBank dans QGIS 11:15-12:00 Une exprience pratique de travail avec des donnes SIG du Gabon. 12:00-1:00 Djeuner Session II: Les thmes avancs dans lanalyses des donnes SIG 1:00-1:45 Ressources utiles pour les donnes SIG relatifs la biodiversit en Afrique centrale, y compris la NASA EchoReverb Examen des types de donnes SIG (raster, polygone).

1:45-2:15

Introduction la tldtection et aux donnes de tldtection concernant la biodiversit Projection des donnes de tldtection pour l'utilisation avec les systmes de coordonnes de lAfrique centrale 2:15-3:00 Les analyses au niveau des provinces et des dpartements: compter les occurrences d'espces dans une province Utilisation des statistiques zonales pour rsumer des donnes de tldtection dans une province Session II: Utilisation de la modlisation spatiale pour faire des prdictions sur la biodiversit au Gabon 3:00-4:00 Examen des concepts importants dans la modlisation spatiale: les donnes de prsence seulement comparer celles de prsence-absence Les tudes de cas de donnes de prsence-seulement et de prsence-absence en utilisant des exemples du Gabon. 4:00-5:00 Utilisation du logiciel gratuit Maxent pour la modlisation spatiale des espces en nutilisant que des donnes de prsence Day 5: Les analyses statistiques des donnes cologiques et gntiques Session I: Utiliser le logiciel R (Instructor: Ryan Harrigan) 8:00-8:45 Entrer des donnes dans R partir du clavier La lecture de donnes dans R partir de fichiers sur votre ordinateur 8:45-9:30 Calcul des statistiques descriptives dans R (moyenne, mdiane et cart-type) 9:30-11:00 Les analyses statistiques de base dans R (t-tests et lanalyse de la variance) 11:00-12:00 Une exprience pratique de travail avec R 12:00-1:00 Dejeuner Session II: Lanalyse statistique des donnes gntiques (Instructors: Jean-Francois Mboumba, Stephan Ntie, Ryan Harrigan, Mike Bruford, Nicky Anthony) 1:00-1:45 Prsentations trs brves par les formateurs dexemples d'analyse de donnes gntiques et leurs applications la conservation 1:45-4:00 Petits groupes: modlisation avec POPULUS, analyse phylogntique des squences de donnes en utilisant PAUP, analyse de la gntique des populations des donnes microsatellites avec ARLEQUIN, STRUCTURE et GENELAND Synthse et discussion pour examiner les demandes de subventions

4:00-5:00 (too short?)

Day 6: Table ronde pour lexamen des demandes de subventions Session I: Panel de rvision des demandes de subventions (Les examinateurs: tous) 9:00-10:00 Brve prsentation des organismes de financement de subventions considrer Aperu de lorganisation du panel et des critres de revue

10.00-12:00 12:00-1:00

Discussion sur les demandes de subventions soumises Synthse et conclusions