Departamento de Bioqumica y Biologa Molecular ph y equilibrios acido-base

3. AMINOACIDOS. PROPIEDADES ACIDO-BASE

ESQUEMA - Aminocidos. Definicin, funciones y clasificacin - Tipos de aminocidos: aminocidos proteingenos codificables aminocidos proteingenos no codificables aminocidos no proteingenos derivados de aminocido - Comportamiento cido-base de los aminocidos Propiedades cido-base de los Formas inicas y equilibrios de los aminocidos en funcin de pH del medio Tabla resumen de las propiedades cido-base de los aminocidos en solucin Carga de los aminocidos en funcin del pH. Separacin de aminocidos

Aminocidos. Definicin, funciones y clasificacin Dentro del estudio de los aminocidos es necesario abordar los siguientes apartados: - Abreviaturas - Estructura qumica - Estereoisomera - Propiedades qumicas y biolgicas - Esencialidad Concepto de aminocido Un aminocido (abreviado como aa ) es un compuesto nitrogenado que se caracteriza por presentar un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH) unidos al mismo carbono (C). La nica excepcin a esta regla es la prolina, que es un aminocido.

Veronica Gonzalez Nez

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Funciones de los aminocidos - estructural: forman parte de las protenas - informativa: hormonas (derivados : T3,T4, adrenalina) neurotransmisores (Glu, Gly y derivados como el GABA) mediadores qumicos (histamina) - generalmente no tienen funcin energtica, a no ser en situaciones extremas, como la inanicin Caractersticas generales - anfoterismo: pueden actuar como cidos o como bases, dependiendo del pH del medio. - se pueden polimerizar formando largas cadenas pptidos y protenas. - poseen una estructura tetradrica con un carbono asimtrico (exc. Gly) estereoisomera. Clasificacin de los aminocidos - Aminocidos proteingenos codificables (20) - Aminocidos proteingenos no codificables - Aminocidos no proteingenos - Derivados de aminocidos - Aminocidos esenciales en humanos y en condiciones normales: Val, Leu, Ile, Met, Phe, Trp, The, Lys, His (Arg solo en lactantes)

Aminocidos proteingenos codificables (20). Todos L-

hidrofbicos o apolares de cadena aliftica Glycina (Gly, G), Alanina (Ala, A), Valina
(Val, V), Leucina (Leu, L), Isoleucina (Ile, I) & Metionina (Met, M) Caractersticas - hidrofobicidad de la cadena lateral: se localizan en el interior de las protenas globulares y contribuyen a la formacin de la estructura global de la protena (efecto ncleo hidrofbico). - reactividad qumica muy baja.

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Glicina (Gly, G): Sin actividad ptica ni estereoisomera y con mucha flexibilidad y capacidad de rotacin. Suele estar excluido de las estructuras en -hlice, excepto en la hlice del colgeno, y aparece con frecuencia en los giros codos de las protenas. La posicin de Gly en una protena dada suele estar altamente conservada en series filogenticas, debido a su pequeo tamao (el nico posible en esa posicin). Alanina (Ala, A): aminocido ms pequeo con isomera y activdad ptica. Valina (Val, V), Leucina (Leu, L) e Isoleucina (Ile, I): mayor ndice de hidrofobicidad. La Ile presenta dos carbonos asimtricos, uno el C y otro en la cadena lateral. Metionina (Met M): iniciador en la biosntesis de protenas. Tioaminocido.

hidrofbicos de cadena aromtica Fenilalanina (Phe, F), Tirosina (Tyr, Y) &

Triptfano (Trp, W) Caractersticas - alta hidrofobicidad - Tyr grupo OH que se puede desprotona ( O-) a pH muy alto. Se puede fosforilar. - estos presentan absorbancia en la franja UV (280nm), debido a la presencia de los anillos aromticos deteccin de protenas por espectrofotometra. - son precursores de hormonas y neurotransmisores: T3, T4, dopamina, adrenalina

polares sin carga Serina (ser, S), Treonina (Thr, T), Cistena (Cys, C), Prolina (Pro, P),
Asparragina (Asn, N) & Glutamina (Gln, Q) Caractersticas - mayor carcter hidroflico - se localizan en la parte externa de la protena. Serina (Ser, S) & Treonina (Thr, T): hidroxiaminocidos que forman enlaces glicosdicos en ciertas protenas. El grupo OH se puede fosforilar, regulando la funcin proteica. - La Ser se localiza en el centro activo de enzimas como las serin proteasas. - La Thr presenta dos carbonos asimtricos, uno el C y otro en la cadena lateral.

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Cistena (Cys, C): tioaminocido que forma enlaces disulfuro intra- y/o intercatenarios. El grupo sulfhidrilo (SH -S-) puede disociarse a pH muy alto. La Cys forma parte del centro activo de muchas enzimas. Prolina (Pro, P): aminocido con un papel estructural muy importante, ya que est excluido de las estructuras en -hlice = helix breaker (si bien aparece en la hlice de colgeno), pero es clave en la formacin de giros codos en las protenas. Alto grado de conservacin en las en series filogenticas. Asparragina (Asn, N) & Glutamina (Gln, Q): aminocidos amidados, ya que son las amidas de los cidos dicarboxlicos. Desempean un papel importante como intermediarios en el
+ ). metabolismo nitrogenado, estando implicados en el transporte de iones amonio ( NH 4

Asimismo, estn implicados en la gluconeognesis a partir de los esqueletos carbonados de los aminocidos. - La Gln es clave para el reciclaje del Glu en el tejido nervioso (recaptacin de neurotransmisores).

polares cargados Acido asprtico (asp, D), cido glutmico (Glu, E), Histidina (His,
H), Lisina (Lys, K) & Arginina (Arg, R) Acido asprtico (Asp, D) y glutmico (Glu, E): aminocidos dicarboxlicos con carga negativa. Presenta carga negativa a pH fisiolgico, por lo que son muy polares. Forman parte del centro activo de glicosidasas y Ser proteasas, y presentan enlaces de coordinacin con cationes metlicos (cofactores de protenas). Adems, estn implicados en el metabolismo nitrogenado y en la gluconeognesis. Histidina (His, H), Lisina (Lys, K) & Arginina (Arg, R): aminocidos dibsicos con carga postiva. Presentan Q positiva a pH fisiolgico, por lo que son muy polares. - La Lys forma bases de Schiff, que actan como intermediarios covalentes en la catlisis enzimtica e interviene en la unin de coenzimas a las protenas. - La Arg es un metabolito intermediario en el ciclo de la urea. - La His se localiza en el centro activo de muchas enzimas, ya que puede actuar donando captando protones del sustrato. Esta propiedad se debe a la presencia de un grupo imidazol en

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la cadena lateral. Adems, debido a que el pKR pH fisiolgico, las protenas ricas en His actan como tampones en los medios biolgicos (ejemplo, la Hemoglobina).

Figura 1: Aminocidos proteingenos

Fuente: Dan Cojocari. http://commons.wikimedia.org/wiki/Category:Amino_acids Creative Commons Attribution-Share Alike license

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Aminocidos proteingenos no codificables Aparecen por modificaciones postrasduccionales de los otros 20 aminocidos. hidroxilados: 5-hidroxi-Lys, 4-hidroxi-Pro Aparecen en el colgeno. La hidroxilacin est catalizado por la prolil-hidroxilasa, siendo el proceso dependiente de vitamina C. fosforilados: fosfo-Ser, fosfo-Thr, fosfo-Tyr. La fosforilacin de estos residuos regula la funcin proteica. La fosforilacin no es un proceso espontneo, sino que est catalizado por protena kinasas, y el proceso inverso, por protena fosfatasas. dimerizados: cistina, por dimerizacin de dos cistenas. Se forma un puente disulfuro entre las dos cadenas laterales, que contribuye al mantenimiento de la estructura 3D de las protenas. Puede ser inter- intracatenario. metilados: 6N-Me-Lys. Presente en la miosina. carboxilados: -carboxi-Glu. Se encuentra en los factores de coagulacin de conforman la cascada de la coagulacin sangunea (carboxilacin dependiente de la vitamina K). con selenio: La Selenocistena est localizada en el centro activo de determinadas enzimas, que generalmente catalizan procesos redox (ejemplo: glutation peroxidasa). Est codificada por un codon UGA (= STOP) en presencia de elementos SECIS en el RNA. Desmosina: cross-link formado por 3 cadenas alifticas y la cadena lateral de lisina del mismo polipptido o de pptidos vecinos. Est presente en la elastina (componente de la matriz extracelular).

Aminocidos no proteingenos No estn presentes en las protenas, aunque s tienen otras funciones importantes L-: aparecen como intermediarios metablicos. - homo-Ser, homo-Cys: intermediarios en el metabolismo de

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- ornitina, citrulina: intermediarios en el ciclo de la urea. D-: D-Ala, D-Ser, D-Glu. Se encuentran en la pared celular bacteriana, especficamente en el peptidoglicano. Adems, la D-Ala es el sitio de accin de antibiticos -lactmicos. , y : La Ala forma parte del cido pantotnico (CoA) y el cido -aminobutrico es el principal neurotransmisor inhibidor en el SNC.

Derivados de aminocidos De Phe/Tyr: laL-Dopa es el precursor de las catecolaminas: adrenalina, noradrenalina hormonas tiroideas: T3, T4 melanina De Trp: serotonina, melatonina Cys: taurina - se conjuga con cidos biliares (c. Tauroclico y c. Tauroquenodesoxiclico) y est presente en bebidas energticas (Red Bull), pues parece que presenta actividad como neurotransmisor inhibidor, acta como detoxificante y aumenta la contractilidad cardiaca. His: histamina - regulador de la respuesta inmune local.

Comportamiento cido-base de los aminocidos Propiedades cido-base de los aminocidos Los aminocidos son compuestos nitrogenados que se caracterizan por presentar un grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH) unidos al mismo carbono. Estos dos grupos se pueden ionizar en medio acuoso, siendo los responsables del anfoterismo de los aminocidos, es decir, pueden actuar como cidos o como bases, en funcin del pH del medio (los compuestos que son capaces de aceptar

COOH

NH 3+ C H
R
Estructura de un aminocido

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o ceder protones se denominan anfteros o anfolitos): el grupo -carboxilo se comporta como un cido dbil y el grupo amino, como una base dbil. Por ello, la carga de los aminocidos vara en funcin del pH. Adems, cinco de los aminocidos proteingenos presentan otro grupo ionizable en su cadena lateral: Lys, Arg, His (aminocidos con carga positiva o bsicos), Asp y Glu (Aminocidos con carga negativa o cidos).

Tal y como se ha descrito previamente, la relacin cuantitativa entre la concentracin de un cido dbil (HA) y su base conjugada (A-) viene definida por la ecuacin de Henderson-Hasselbalch.
[ A ][ H 3 O + ] [ AH ] ] [ H 3O + ] = K a [[AH A ]

Ka AH A + H 3O +

H 2O

Ka =
[ AH ] [ A ]

Log10 [ H 3O ] = ( Log10 K a

Por lo tanto:

[ A ] pH = pK a + Log10 [ AH ]

En el caso de los aminocidos neutros, se establecen dos equilibrios en solucin acuosa entre tres formas inicas distintas. Dichos equilibrios vienen determinados por las constantes de equilibrio del grupo carboxilo (KC) y del grupo amino (KN):

H3O + Kc pKC = 2-3 Catin

H3O + KN pKN = 9-10 Zwitterion ion dipolar Anion (Q -), pH > 8 especie (III)

(Q +), pH < 6 especie (I)

(Q = 0), pH = 6-8 especie (II)

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Formas inicas y equilibrios de los aminocidos en funcin de pH del medio Al existir dos equilibrios, aparecen dos constantes de equilibrio distintas y tres especies inicas en solucin. Constante de equilibrio del grupo carboxilo (KC): relaciona las formas inicas I & II y viene definida por la siguiente ecuacin. Si se utiliza la formula de
][ H 3O K C = [ R [COO R COOH ]
+

la

ecuacin

de

Henderson-Hasselbalch,

entonces

pH = pK C + Log10

[ R COO ] [ R COOH ]

pH = pK C + Log10

[ II ] [I ]

Constante de equilibrio del grupo amino (KN): relaciona las formas inicas II & III y viene definida por la siguiente ecuacin. K N = Si se utiliza la formula
[ R NH 2 ][ H 3O + ] [ R NH 3 + ]

de

la

ecuacin

de

Henderson-Hasselbalch,

entonces

pH = pK N + Log10

[ R NH 2 ] + [ R NH 3 ]

pH = pK N + Log10

[ III ] [ II ]

Zwitterion o ion dipolar: se corresponde con la forma II, en la que el grupo -carboxilo y el grupo amino estn disociados, por lo que la carga neta del aminocido es nula. A este pH, el aminocido no presentara movilidad electrofortica.

Punto isoelctrico (pI): pH en que la carga neta del aminocido es nula; en este punto el aminocido se encuentra en forma de ion dipolar, as como en pequeas cantidades equimolares de aniones y cationes y una pequea fraccin de aminocido no ionizado. El pI de los aminocidos neutros se localiza a pH 6-8.

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El pI se calcula como la media aritmtica de los pKC y pKN.

pI =

pKC + pK N 2

Para realizar la demostracin se utilizan las ecuaciones de Henderson-Hasselbalch de los dos equilibrios inicos.

Aminocidos con un grupo disociable en la cadena lateral: son los aminocidos cidos Asp & Glu, y los bsicos His, Lys & Arg. Existe un tercer equilibrio, que viene definido por su valor pK, pKR (R = cadena lateral), y cuatro formas inicas. El orden de desprotonacin viene determinado por la fuerza de disociacin de cada uno de los grupos, es decir, por el valor de los pK. A modo de resumen, se puede decir que el orden de desprotonacin es el siguiente: 1. COOH (C): el equilibrio viene determinado por el pKC. 2. cadena lateral para Glu, Asp (COOH) e His (imidazol): el equilibrio viene determinado por el pKR. 3. NH3+ (C): el equilibrio viene determinado por el pKN. 4. cadena lateral para Lys ( NH2) & Arg (grupo guanidino): el equilibrio viene determinado por el pKR.

En estos casos, el pI se calcula teniendo en cuenta el equilibrio del grupo disociable de la cadena lateral.

pI aa acidos =

pK C + pK R 2 pK N + pK R 2

El pI se localiza a pH 3 para los aminocidos cidos

pI aa basi cos =

El pI se localiza a pH > 7 para los aminocidos bsicos

Para realizar las demostraciones correspondientes, tambin se pueden utilizar las ecuaciones de Henderson-Hasselbalch de los equilibrios inicos.

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Tabla resumen de las propiedades cido-base de los aminocidos en solucin

AMINOCIDOS neutros Cys (-SH) / Tyr (-OH) cidos bsicos His

Q A PH = 7.4

pI 6 5 3 10 7.59

CAPACIDAD TAMPON
pH 2 - 3 pH 9 - 10 pH 2 - 3 pH 9 - 10 pH 2 - 3 pH 3 - 4 pH 9 - 10 pH 2 - 3 pH 9 pH 10.5 - 12.5 pH 2 - 3 pH 6 pH 9 - 10

+
> + -1 +1 0

Asimismo, se puede observar que la solubilidad mxima de los aminocidos se localiza en las zonas extremas del pH, y es mnima cuando pH = pI.

Carga de los aminocidos en funcin del pH. Separacin de aminocidos. El hecho de que la carga neta de un aminocido vare con el pH del medio, y de que venga determinada por los valores pK de los grupos ionizables, implica que los aminocidos se pueden separar por electroforesis. La separacin electrofortica es una de las tcnicas ms empleadas en Bioqumica y consiste en la separacin de molculas cargadas (en este caso, aminocidos) en presencia de un campo elctrico. Al existir una diferencia de potencial que genera un campo elctrico, las molculas se desplazarn hacia el polo positivo (nodo) o hacia el polo negativo (ctodo), en funcin de su carga elctrica. La velocidad de migracin electrofortica de una molcula dada depende la carga elctrica, de las dimensiones moleculares y del soporte empleado. Para realizar una electroforesis se necesita una fuente de alimentacin (que genera la diferencia de potencial), una cubeta y un soporte (papel o diferentes geles de acetato de celulosa, agarosa o poliacrilamida). En el caso de molculas pequeas como los aminocidos, se utiliza el papel como soporte. As, se deposita una muestra de la solucin problema (por ejemplo una mezcla de aminocidos)

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sobre la tira de papel, que hace de puente entre los dos polos (que se encuentran en dos cubetas con tampn a un pH determinado). La fuente de alimentacin se enciende, generando un campo elctrico y transcurrido un cierto tiempo, se apaga, se retira el papel, se revela con un reactivo apropiado y se identifican los componentes de la mezcla. La carga neta de cada aminocido al pH en el que tiene lugar la electroforesis determinar la direccin y la velocidad de la migracin electrofortica. De esta forma, se pueden separar los aminocidos presentes en una mezcla en disolucin. - Aquellos aminocidos cuyo pI = pH del tampn de electroforesis no presentarn carga neta, ya que la forma predominante es el Zwitterion o ion dipolar; dichos aminocidos no presentarn movilidad electrofortica. - Aquellos aminocidos cuyo pI > pH estarn cargados positivamente y, por lo tanto se comportarn como cationes se desplazarn hacia el polo negativo o ctodo. - Aquellos aminocidos cuyo pI < pH estarn cargados negativamente y, por lo tanto se comportarn como aniones se desplazarn hacia el polo positivo o nodo.

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