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Einfhrung in die
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Biosig4OctMat - Einfhrung
Table of Contents
EE3-Ana!+se $it 4Biosig for Octa*e and Mat!a'5...................................................................................1 61 Ein!eitung...................................................................................................................................... 62 Vorauset ungen ............................................................................................................................. 6. 2nsta!!ation ...................................................................................................................................7 64 Daten in den Mat!a'-8or-space !aden.........................................................................................9 67 )rigger: Ereignisse: Mar-er und Annotationen ...........................................................................; 69 E*o ierte /otentia!e......................................................................................................................< 6; "tatisti-: t-test ..............................................................................................................................9 6< O*erf!o01"=ttigungsartefa-te ....................................................................................................10 69 >=u$!iche ?spatia!6 @i!ter ?Mono: ,A>: Aap!ace: /,A: ,"/: ...6 ...........................................11 610 Borre-tur *on EO3-Artefa-ten ...............................................................................................12 611 Dete-tion *on Mus-e!artefa-ten..............................................................................................1. 612 Missing Va!ues ........................................................................................................................14 61. "ing!e )ria! B!assifi-ation .......................................................................................................17 614 Bopp!ungsana!+se ...................................................................................................................19 617 Anhang% ...................................................................................................................................1;
1)
Einleitung
Biosig ist eine 4@reie5 "oft0are'i'!iothe- ur Verar'eitung *on 'io$edi inischer "igna!daten ?-ur % 'iosigna!e6: 0ie .'. das E!e-troen epha!ogra$$ ?EE36 und das E!e-tro-ardiogra$$ ?EB36. 5@reiC 'e ieht sich nicht auf den /reis: sondern auf fo!gende *ier @reiheiten ?06 Das /rogra$$ u Dede$ E0ec- aus ufhren: ?16 Das /rogra$$ u studieren und u *er=ndern: ?26 Das /rogra$$ u *er'reiten: ?.6 Das /rogra$$ u *er'essern und u *er'reiten: u$ da$it einen Fut en fr die 3e$einschaft u er eugen. G$ diese @reiheit auch fr die Eu-unft u ge0=hr!eisten: ist Biosig $it der 43FG 3enera! /u'!ic Aicence5 ?3/A6 !i ensiert. Biosig 'esteht aus $ehreren )ei!en: 0ie .'. Biosig4OctMat: Biosig4,HH: "igVie0er: u.a. 4Biosig4OctMat5 unterstt t die Biosigna!*erar'eitung $it Mat!a' und auch Octa*e. Octa*e ist eine @reie A!ternati*e u Mat!a' 0e!che 0eitgehende -o$pati'!e u Mat!a' ist. Biosig -ann auch $it Octa*e *er0endet 0erden. 2$ fo!genden 0erden ins'esondere die 0ichtigesten @un-tionen *on Biosig4OctMat 'eschrei'en. Die Beschrei'ung ist -eines0egs *o!!st=ndig sondern hat den E0ec- den Einstieg in die Ver0endung *on Biosig u er!eichtern.
2)
Vorausetzungen
Tabelle 1: Voraussetzungen fr die verschiedenen Biosig-Module. Beschrei'ung Biosig4OctMat Biosig4,HH "igVie0er rtsB,2 Biosig4/+thon Biosigna!ana!+se $it Octa*e oder Mat!a' !i''iosig: $eI"AOAD: Daten-on*erter Vie0ing und "coring "oft0are Echt eitdatenauf eichnung 2$portfi!ter fr /+thon Vorausset ungen Mat!a' ?*9.7 oder h#her6 oder Octa*e ?*2.9 oder h#her6 M" 8indo0s oder AinuI oder MaIO"J M" 8indo0s oder AinuI oder MaIO"J Mat!a': "i$u!in-: und >)8too!'oI: Biosig4OctMat
3rund-enntnisse in Matri enrechnung ?Matri en$u!tip!i-ation6 0erden *orausgeset t. Die ein e!nen Biosig-Modu!e ha'en unterschied!iche Vorausset ungen ?siehe )a'e!!e 16. @r die Ver0endung *on 4Biosig4OctMat5 0ird ent0eder Mat!a' oder Octa*e 'en#tigt. @a!!s -eine Mat!a'.
Ai en ur Verfgung: ist Octa*e eine gute A!ternati*e. Octa*e fr 8indo0s ist auf http%11octa*e.sourceforge.net1 *erfg'ar oder -ann auch 'er c+g0in http%11000.c+g0in.co$1 insta!!iert 0erden. Octa*e ist auch fr a!!e g=ngigen AinuI-"+ste$en *orhanden. @r eine Einhrung in Octa*e1Mat!a' sind eine >eihe *on Einfhrungen i$ 888 *erfg'ar. Kier ist eine -ur e Aus0ah!. Mat!a'1Octa*e /ri$er http%11peop!e.sc.fsu.edu1Lsachins1$at!a'.pri$er.pdf 3etting "tarted 0ith Mat!a' http%11000.$ath0or-s.co$1access1he!pdes-1he!p1pdfMdoc1$at!a'1getstart.pdf A 'eginners 3uide to Mat!a' http%11000.e*ergreen.!o+o!a.edu1LcIenophontos1pu's1other1BeginnersMguideMtoMMA)AAB.pdf 2ntroduction to 3FG Octa*e http%11$ath.Daco's-uni*ersit+.de1o!i*er1teaching1iu'1resources1octa*e1octa*e-intro1octa*e-intro.ht$! 3FG Octa*e - An 2ntroduction http%11!inuIga ette.net11091odono*an.ht$!
3)
Installation
1. Do0n!oad 5'iosig4oct$at-2..9. ipC *on http%11'iosig.sourceforge.net1do0n!oad.ht$! N 2. Entpac-e die Datei 'iosig4oct$at-2..9. ip in das Ver eichnis c%O'iosigO oder ein 'e!ie'iges anderes Ver eichnisN 2$ fo!genden 0ird dieses Ver eichnis $it PB2O"23D2>P 'e eichnen. .. "tarte Mat!a' und 0echs!e $it de$ Befeh! 5cdC in das Ver eichnis PB2O"23D2>P N 4. QO/)2OFAAR Bonfiguriere den MeI-,o$pi!er $it de$ Befeh! mex -setup 7. @hre den Befeh! 5biosig_installerC ausN Da'ei 0erden die *erschiedenen Gnter*er eichnisse in den /fad einge'unden ?siehe )a'e!!e 16. Des 0eiteren 0ird *ersucht ein e!ne $eI-@un-tionen neu u -o$pi!ieren: u$ 3esch0indig-eits*ortei!e u erha!ten. @a!!s mex nicht -onfiguriert ist: 0erden !angsa$ere $-scripts *er0endet: und Biosig4OctMat ist e'enfa!!s fun-tionsf=hig. 9. Biosig4OctMat ist -orre-t intsta!!iert.
4)
Biosig unterstt t an die 40 *erschiedenen Datenfor$ate: das ist $ehr a!s Dede andere EE3-"oft0are. Da'ei 0erden die *erschiedenen @or$ate auto$atisch er-annt. De$ Benut er 0ird eine einheit!iche "chnittste!!e ur Verfgung geste!!t. Der a-tue!!e "tand fr die Gnterstt ung *erschiedener @or$ate ist hier http%11'iosig-consu!ting.co$1'iosig1)E")ED u finden. Es gi't 0ei M#g!ich-eiten u$ Daten in den Ar'eitspeicher ?0or-space6 u !aden. sload !=dt die gesa$te Datei. Fach M#g!ich-eit greift sload auf die die $eI-@un-tion mexSLOAD urc-. [d,HDR]=sload dateiname!" Mit sopen#sread#sclose ist es $#g!ich ein e!ne A'schnitte *on Daten u !aden. Dies hat den Vortei!: dass auch sehr groUe Dateien: 0e!che nicht a!s gan es in den Ar'eitsspeicher passen: 'ear'eitet 0erden -#nnen. HDR=sopen dateiname,$r$!" [d,HDR]=sread dateiname, %umberO&Seconds, Start'osition!" HDR = sclose HDR!" 2n 'eiden @=!!en 0ird die Keaderstru-tur HDR und eine Daten$atriI d urc-ge!iefert. HDR enth=!t *erschiedene @e!der 0ie A'tastrate ?HDR(SampleRate6: Bana!'e eichnungen ?HDR(Label6: "-a!ierungsfa-toren: 2nfor$ationen 'er @i!tereinste!!ungen ?HDR()ilter6: so0ie Ereignisse und Annotationen ?HDR(*+*%,6. Eine u$fassende Do-u$entation ist in der Datei biosig#doc#-eader(txt u finden. Die Daten$atriI d enth=!t HDR(S'R.HDR(%Rec A'tastpun-te ?Eei!en6 und HDR(%S Ban=!e ?"pa!ten6.
5)
Ereignisse sind in HDR(*+*%, gespeichert. Da'ei enth=!t HDR(*+*%,('OS die ?"tart-6/osition der ein e!nen Mar-er entha!ten. HDR(*+*%,(,/' enth=!t die Bodierung des Ereignist+ps. Optiona! -#nnen noch die @e!der HDR(*+*%,(D0R und HDR(*+*%,(1H% *orhanden sein: 0e!che die Dauer eines Ereignisses und eine Bana! uordnung 'e eichnen. Eine Aiste *on *ordefinierten Ereignist+pen fr die Bodes in HDR(*+*%,(,/' ist in der Datei biosig#doc#e2entt3pes(txt u finden. Da'ei ist er Bereich *on )V/T1..277 fr 'enut erspe ifische Ereignisse: 0e!che nicht durch andere )+pen 'eschrie'en 0erden -ann: *orgesehen. K=ufig sind die Ereignisse *on 2 oder $ehrern Versuchs'edingungen u eItrahieren: und die Daten in ein e!ne )ria!s u seg$entieren. Dies -ann fo!gender$assen durchgefhrt 0erden% t4 = HDR(*+*%,('OS HDR(*+*%,(,/' == -ex5dec $6664$!!" 7 ,riggerpun8te 2on +ersuc-sbedingung 4 t5 = HDR(*+*%,('OS HDR(*+*%,(,/' == -ex5dec $6665$!!" 7 ,riggerpun8te 2on +ersuc-sbedingung 5
2n $anchen @=!!en $ssen die )rigger aus eine$ eigenen )rigger-ana! eItrahiert 0erden. t6 = gettrigger d 9,triggerc-annel!!" Die )riggerung ?"eg$entierung6 der Daten -ann dann $it fo!gende$ Befeh! durchgefhrt 0erden% [:4,sx4] = trigg d, t4, 'R*, 'S, [, ;A']! J hat HDR(%S Eei!en ?N6 und lengt- t4!. 'S,-'R*<4<;A'! Spa!ten. Mit de$ Befeh! res-ape :4,sx4! 0erden die Daten in eine .-di$onsiona!e MatriI $it den Di$ensions [%S, 'S,-'R*<4<;A'!, lengt- t4!] u$ge0ande!t.
#) E$ozierte %otentiale
Fachde$ die Daten getriggert sind: -ann eine Mitte!0ert'i!dung 'er a!!e )ria!s durchgefrhrt 0erden u$ die E*o ierten /otentia!e u erha!ten. *' = mean res-ape :4,sx4!,=!" [/(S*>,/(>*A%] = sem permute res-ape :4,sx4!,[5,4,=]!,=!" /(, = ['R*9'S,]#HDR(SampleRate" /(datat3pe = $>*A%<S,D$" /(Label = HDR(Label" plota /!"
Da$it 0ird das e*o ierte /otentia! *on a!!en Ban=!e fr den Ereignist+p 1 dargeste!!t. Die @un-tion e2o8ed_potential(m fhrt a!!e diese Ar'eitsschritte durch. R = e2o8ed_potential &ilename, 1HA%, t_start, t_end, *2ent,3p!" plota R!"
<
&)
'tatistik! t-test
G$ einen statistischen t-test durch ufhren: stehen die 'eiden @un-tionen t_test und t_test_5 ur Verfgung. ['+AL, ,, D)] = t_test ['+AL, ,, D)] = t_test_5 :, >, AL,! :, /, AL,! 7 gepaarter ,-,est 7 ungepaarter ,-,est
G$ die e*o ierten /otentia!e *on 0ei Versuchsgruppen auf unterschiede u testen: -#nnte $an fo!genden Bode *er0enden /4 = res-ape :4,sx4!" /5 = res-ape :5,sx5!" p = repmat %a%,sx 495!!" &or 84=49sx4 4!, &or 85=49sx4 5!, p 84,85! = t_test_5 /4 84,85,9!, /5 84,85,9!, $?@$!" end" end"
()
)$er*lo+,'-ttigungsarte*akte
Vie!e Datenfor$ate unterstt en -eine auto$atische O*erf!o0dete-tion: da die entsprechenden "=ttigungs0erte nicht i$ Datenfor$at gespeichert 0erden. G$ die entsprechenden "=ttigungs0erte effi ient u 'esti$$en: -ann die eine Kistogra$$-Methode ?"ch!#g! et a! 199916 *er0endet 0erden. A = eeg5-ist &ilename,$manual$!" 7 manual selection o& t-res-old clear H" H()ile%ame = A()ile%ame"
1 http%11000.'iosig-consu!ting.co$1pu'!ications1neuroph+s1999M2197.pdf
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.)
>=u$!iche @i!ter sind ein 0ichtiges 8er- eug ur Vor*era'eitung *on EE3-Daten. B = spatial&ilter (((!" Be-annte >=u$!iche @i!ter sind 5'ipo!areC A'!eitungen: 5co$$on a*erage referenceC ?,A>6: und Aap!ace fi!ter. A'er auch Kaupt-o$ponentenana!+se ?/,A6 und 52ndependent ,o$ponent Ana!+sisC ?2,A6 =h!en da u. "o'a!d die Boeffi ienten des >=u$!ichen @i!ters 8 er$itte!t sind: -ann das @i!ter durch eine einfache Matri en$u!tip!i-ation auf die Daten ange0andt 0erden. D = d.B"
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2 http%11000.'iosig-consu!ting.co$1pu'!ications1sch!oeg!200;eog.pdf
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Es sind *ier Methoden i$p!e$entiert. A!!erdings 0urde die 3enauig-eit dieser Methoden noch nicht e*a!u!iert. Daher 0ird e$pfoh!en: Mus-e!artefa-te $anue!! ? .B. $it "ig*ie0er6 u $ar-ieren: und diese Mar-ierungen
1.
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G$ die /erfor$an u Yuantifi ieren: gi't es *erschiedene E*a!uierungs-riterien: 0ie .B. @eh!erratge: ,ohenZs Bappa Boeffi ient: Mutua! infor$ation und 2nfor$ationstransferraten. [8ap,sd,H,F,A11,sA11,>C] = 8appa d4,d5!"
14) 8opplungsanal:se
demoG(m [AR,R1,'*] = m2ar /,'!" > = siFe AR,4!" 7 number o& c-annels A = [e3e >!,-AR]" D = e3e >!" 1 = '* 9,>.'<49>. '<4!!" [S,-,'D1,1OH,D,),D1,p1OH,dD,),&&D,),p1OH5,'D1),co-,;;1,A&,;'D1] = m2&reHF D,A,1,&,)s! R = t&m2ar s,,RC;,,,>O',&,)s! plota R!" plot_coupling tI64#main(m elpos elpos= 7 demo
19
15) "n1ang;
a=49J b=[I9K]$ c=[4,5"=,J] b$ c 4,9! c 9,5! -elp -elp -elp plot siFe lengtE-os
1;