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Ipotesi di Crick
CODICE GENETICO
Dobbiamo effettuare un passaggio da un
codice a 4 lettere (nucleotidi) ad un codice a
20 lettere (amminoacidi)
DNA
CAGT
4 lettere
RNA
CAGU
4 lettere
Proteine
ARNDC etc
20 lettere
3
No. nucleotidi/a.a.
Possibilit
41=4
42=16
43=64
Minimo codice
proponibile
5
CODICE GENETICO
Aminoacidi = 20
Basi nucleotidiche = 4
Combinazioni possibili 24 = 16 insufficiente
34 = 64 sufficiente
Codone- tripletta di basi sullmRNA che
codifica per un aminoacido;
Anticodone- tripletta di basi sul tRNA che si
lega al codone corrispondente con interazioni
del tipo Watson-Crick
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CODICE GENETICO
Ogni tripletta di basi corrisponde ad un aminoacido
Un solo codone di START AUG codifica per la metionina
Tre codoni di STOP UGA, UAA, UAG non codificano per
alcun aminoacido
Il primo codone della sequenza determina un quadro di
lettura (reading frame) da 5 a 3
Non esiste punteggiatura fra i codoni, ma sono letti tutti
consecutivamente
Il codice genetico DEGENERATO pi codoni possono
codificare per un dato aminoacido.
Il codice genetico UNIVERSALE
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anticodone
codone
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NUCLEOTIDI INSOLITI
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20 aminoacidi-20 aminoacil
tRNA sintetasi ATP- Mg2+
2. Inizio
3. Allungamento
4. Termine e rilascio
5. Ripiegamento e modificazioni
post-traduzionali
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19
20
Da 73 a 93 ribonucleotidi;
Presenza di molte basi
insolite;
La met dei nucleotidi
appaiata a formare una
doppia elica
Lestremit 5 del tRNA
solitamente pG
Laminoacido attivato legato
con il gruppo carbossilico al
3-OH del tRNA
Lanticodone in un ansa al
centro del tRNA
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23
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Aminoacil tRNA
Ogni aminoacil tRNA
sintetizzato da una
aminoacil tRNA
sintetasi assolutamente
specifica per un
determinato
aminoacido. I siti
catalitici di ogni
aminoacil tRNA
sintetasi differiscono
in modo da aumentare
la specificit per il suo
aminoacido
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ATTIVAZIONE
AMINOACIL tRNA SINTETASI
Rappresenta un secondo codice genetico;
uno degli enzimi pi specifici;
deve poter scegliere fra 20 aminoacidi quello
corretto per un determinato tRNA e
viceversa;
Esistono tante aminoacil tRNA quanti sono
gli aminoacidi;
Presenta unattivit proofreading;
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Aminoacil-tRNA sintetasi
Mg2+
27
Aminoacil-tRNA sintetasi
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29
30
31
32
RNA ribosomiale
Procarioti
Eucarioti
70S
80S
35
36
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INIZIO
NH2-A1 - A2 - A3 - A4 - A5-COO5
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Direzione di lettura dellmRNA
Subunit
Fattori dinizio
tRNA iniziatore
Fonte di Energia
30S/ 50S
S
formilmetionina
GTP
40S/60S
S
metionina
ATP/GTP
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sintetizzato il metionil
tRNA dalla specifica
metionil tRNA sintetasi;
Il metionil tRNA
trasformato ad opera della
transformilasi in
formilmetionil tRNA usando
come cofattore N10tetraidrofolato
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Sequenza di
Shine-Dalgarno
43
Sequenza Shine-Dalgarno
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Linizio della
sintesi proteica
nei batteri
avviene vicino
alla sequenza di
Shine-Delgarno
nellmRNA
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Inizio
Ribosomi batterici tre siti per legare gli aminoacil
tRNA:
Sito A= Aminoacilico
Sito P = Peptidilico
Sito E= Uscita (subunit 50S)
tRNAfMet lunico che si posiziona nel sito P
Tutti gli altri aminoaciltRNA si posizionano sul sito A
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Inizio
IF1 si lega al sito A
della subunit 30S e lo
occupa
IF3 si lega alla subunit
ribosomiale 30S e
facilita il
posizionamento della
subunit 30S sullmRNA,
impedisce il precoce
legame con la subunit
50S ed aumenta la
specificit del sito P per
tRNAfMet
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Si forma un complesso
ancora pi grande
costituito da IF1-IF3subunit 30S- mRNA-IF2tRNAfMet
Il tRNAfMet legato ad
IF2-GTP
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Il complesso si
associa alla subunit
50S
contemporaneamente
viene idrolizzato GTP
e sono rilasciati i tre
fattori di inizio.
Il sito A libero e
mostra il codone per
il legame con un altro
tRNA
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eIF2B eIF3
eIF4A
Funzione di elicasi
eIF4B
eIF5
ALLUNGAMENTO
1. Complesso dinizio;
2. aminoacil tRNA;
3. Fattori di allungamento (EF-Tu, EF-Ts, EF-G nei
batteri);
4. GTP
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ALLUNGAMENTO NEI
BATTERI
1. Legame dellaminoacil tRNA
sul sito A
Laminoacil tRNA legato da
EF-Tu-GTP
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Avviene il
trasferimento del
I aminoacido dal
suo tRNA nel sito
P al tRNA del II
aminoacido sul
sito A.
Lattivit
enzimatica
chiamata
PEPTIDIL
TRANSFERASI
ed svolta
dallrRNA 23S
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3. Traslocazione
Si ha un movimento
dellmRNA in direzione
3. Questo
spostamento richiede
EF-G (traslocasi) ed
energia fornita
dallidrolisi di GTP.
Il tRNA scarico va nel
sito E, il dipeptide
legato al tRNA viene
spostato nel sito P il
sito A di nuovo
libero
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TERMINE
Il processo di allungamento si ripete fino allaggiunta
dellultimo aminoacido. La catena polipeptidica rimane
sempre legata allmRNA tramite lultimo aminoacil
tRNA aggiunto.
Codoni di Stop
UAA
UAG
UGA
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LRF probabilmente ha
struttura simile ai tRNA ma
non lega nessun aminoacido.
Induce la peptidil
trasferasi a far reagire una
molecola di acqua sul gruppo
carbossilico della catena
polipeptidica del sito P
fovorendone lidrolisi.
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Modificazioni covalenti
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Eventi post-traduzionali
Specifici segnali, contenuti nella sequenza amminoacidica delle
proteine, le dirigono alle loro destinazioni cellulari finali
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PUROMICINA
Struttura simile
allestremit 3 di
un aminoacil tRNA.
Si lega sul sito A e
partecipa alla
formazione del
legame peptidico
causando la
terminazione
prematura del
polipeptide.
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TETRACICLINE
CLOROAMFENICOLO
STREPTOMICINA