Professional Documents
Culture Documents
K I M I A AN ALI S I S
:
Drs. Adiwarna
Disusun oleh
2008
b. Analisa kimia kuantitatif adalah analisa kimia untuk mengetahui kadar atom, unsur, ion,
molekul, spesies yang terdapat dalam suatu sampel. Analisa kuantitatif dinyatakan dalam
satuan %, ppt, molaritas, normalitas, molalitas, ppm, ppb.
1.2. Sampling
Sampling adalah cara pengambilan sampel untuk digunakan dalam analisa kimia. Pada
dasarnya cara sampling dapat dibagi menjadi :
a. Gross sampling adalah pengambilan sampel secara kasar
b. Random sampling adalah penganbilan sampel secara acak dari distribusi sampel
c. Sistematik sampling adalah pengambilan sampel secara sitematik dari distribusi
sampel
d. Industrial sampling adalah pengambilan sampel sesuai dengan sampling port yang
telah ditetapkan dalam suatu sistem industri kimia.
3.2. kesalahan analisa
3.2.1. Kesalahan konstan
a. kesalahan operasional dan personal
b. kesalahan alat dan reagen
c. kesalahan metode
d. kesalahan additive dan proporsional
3.2.2. Kesalahan aksidental
3.2.3. Minimasi kesalahan
a. kalibrasi Perlakuan dengan blanko
c. Perlakuan larutan standar
d. menggunakan berbagai cara analisa
e. Perlakuan analisa parallel
f. Standard addisi
g. standard dalam
h. Aplikasi metode
i. Dilusi isotop
3.2.4. Statistik sampling
a. Ketepatan : nilai hasil ukur analisa mendekati nilai sebenarnya
b. Ketelitian : selisih antara dua hasil ukur
c. Nilai rata-rata (: Jumlah hasil ukur (xi)/ jumlah pengukuran (n)
ml
d. Deviasi relatif rata-rata :
e. Kesalahan
- kesalahan absolut ( e )
- kesalahan random ( xi -
- bias (
e = (xi -
e. Distribusi Normal
f. Pembandingan hasil
h. Standar deviasi
--------------------------------------------------
s = (Xi Xr )2/ n - 1
- uji t
t = ( x - n )/s
uji t untuk pembandingan metode
- uji F
F = S2A /S2B
- uji
j. Analisa parallel
Beberapa reaksi analisa kualitatif dan kuantitatif berlangsung dalam larutan encer. Oleh
karena itu Hal ini merupakan pengetahuan dasar dimana pada kondisi tersebut reaksi ini
berlangsung. Konsep tersebut merupakan teori sederhana dari disosiasi elektrolitik.
Ionisasi asam dan basa di dalam larutan.
Suatu asam bisa didefinisikan sebagai suatu senyawa yang bila dilarutkan dalam air akan
mengalami disosiasi dengan pembentukan ion hidrogen sebagai ion positif. Kenyataannya ion
hydrogen tak terdapat dalam kedaan bebas dalam larutan encer, tetapi setiap ion hydrogen
bergabung dengan satu molekul air membentuk ion hidroksonium. Ion hidroksonium adalah
proton terhidrasi sebagai berikut :
a. Asam mono proton
HCl + H2O
HNO3 + H2O
H3O+ + Cl-
H3O+ + NO3 -
Ionisasi dapat menggambarkan seberapa besar kecengerungan ion hydrogen untuk bergabung
dengan molekul air membentuk ion hidroksonium. Asam klorida dan asam nitrat diatas
terurai dengan hampir sempurna di dalam larutan encer sesuai dengan persamaan reaksi di
atas. Hal ini dapat dijelaskan dengan pengukuran titik beku dan metoda lainnnya.
b. asam poliproton terionisasi dalam beberapa tahap. Pada asam sulfat satu ion hidrogennya
dapat terdisosiasi hamper sempurna
H2SO4 + H2O
H3O+ + HSO4-
HSO4- + H2O
H3O+ + SO4=
H3PO4 + H2O
H3O+ + H2PO4-
H2PO4- + H2O
H3O+ + HPO4=
HPO4= + H2O
H3O+ + PO4-3
c. Asam lemah
HOAct + H2O
H3O+ + ActO -
c. basa
NaOH + 2H2O
Na(H2O)2+ + OH-
Ca(H2O)4+2 + 2 OH-
Al(OH)3 + 6H2O
Al(H2O)6+3 + 3OH-
Air
Air akan mengalami reaksi kesetimbangan berikut :
H2O
H+ + OH-,
asam
Asam dalam air akan memisahkan, yang itu menyumbangkan proton itu. Kami menyebutnya
asam yang terdisosiasi asam benar-benar kuat dan asam yang terdisosiasi asam hanya
sebagian yang lemah.
Kuat Asam Contoh:
HNO3 (aq) + H2O NO3-(aq) + H3O + (aq)
Keq = jumlah yang sangat besar
Dalam contoh ini, HNO3 adalah asam dan H2O bertindak sebagai basis.
NO3-disebut basa konjugasi dari asam HNO3, dan H3O + adalah asam konjugasi dari basa
H2O.
basa
Basis dalam air dapat menerima sebuah proton dari air untuk menghasilkan OH-. Basa kuat
adalah garam hidroksida yang terdisosiasi sepenuhnya dalam air, jadi pernyataan ini
berlebihan. Tapi basa lemah tidak harus mengandung hidroksida sendiri, tetapi mereka
menghasilkan solusi dasar dengan bereaksi dengan air.
Lemahnya dasar contoh:
NH3 (aq) + H2O NH4 + (aq) + OH-(aq)
K = 1.8x10-5
Dalam contoh ini, NH3 adalah basa dan H2O bertindak sebagai asam. NH4 + adalah asam
konjugasi dari dasar NH3, dan OH-adalah basa konjugat dari asam H2O.
Sebuah senyawa yang dapat bertindak baik se
2.2. hukum aksi massa aktivitas larutan,
k1
A + B ==== C + D
k2
v1 = k1 [ A ] [ B ]
v2 = k2 [ C ] [ D ]
k1 [ A ] [ B ] = k2 [ C ] [ D ]
k1
K = --------K2
[C][D]
= ------------------[ A] [ B ]
Titrasi setup. Buret biasanya akan dipegang oleh penjepit, tidak ditampilkan di sini. Merah
muda ini kemungkinan besar disebabkan oleh penggunaan indikator fenolftalein.
Titrasi asam-basa adalah penentuan konsentrasi asam atau basa dengan persis menetralkan
asam / basa dengan asam atau basa konsentrasi diketahui. Hal ini memungkinkan untuk
analisis kuantitatif dari konsentrasi asam diketahui atau larutan basa. Itu membuat
penggunaan reaksi netralisasi yang terjadi antara asam dan basa dan pengetahuan tentang
bagaimana asam dan basa akan bereaksi jika rumus mereka diketahui.
Asam-Base titrasi juga dapat digunakan untuk mencari kemurnian persen bahan kimia.
Methoda titrasi
Sebelum memulai suatu titrasi harus dipilih indikator yang cocok. Titik ekivalen pada suatu
reaksi adalah titik dimana jumlah ekivalen dari reakstan yang bereaksi. Yang sangat realtif
tergantung dengan asam dan basa yang digunakan. Ph pada titk equivalen dapat diperkirakan
dengan menggunakan rumus berikut :
Asam kuat akan bereaksi dengan asam lemah membentuk pH larutan asam (pH<7) .
Asam lemah akan bereaksi dengan basa kuat membentuk larutan basa (pH>7) .
Bila asam lemah bereaksi dengan basa lemah titik equivalen akan menjadi basa jika basanya
lebih kuat dari asamnya. Jika asam dan basanya sama kuat akan terjadi titik equivalent pada
pH netral. Akan tetapi jika asam lemah sering kali tak bisa dititrasi dengan basa lemah karena
karena perubahan warna pada indikator sering kali sangant cepat oleh karena itu sulit sekali
untuk diamati perubahan warna indikatornya.
Titik pada saat perubahan warna indikator disebut titik akhir titrasi. Pemilihan indikator
yang cocok harus dilakukan, sebaiknya agar perubahan warna indikator menunjukan titik
ekivalen dari suatu titrasi.
Pertama buret harus dibasahi dengan larutan standard, pipet larutan yang tak diketahui, dan
Erlenmeyer diisi dengan aquades.
Kedua volume yang diketahui dari larutan yang tak diketahui konsentrasinya harus dipipet
dan dimasukan kedalam erlenmeyer sambil ditambahkan beberapa tetes indikator. Buret
harus selalu terisi larutan pentiter diatas skala buret agar mudah melakukan pembacaan skala
volum pentiter yang terpakai.
Kemudian larutan pentiter dialirkan dari buret ke dalam labu erlenmeyer titrat. Dengan cara
demikian bisa diketahui banyaknya pentiter terpakai untuk netralisasi. Larutan pentiter
dialirkan melalui ujung buret sampai indikator dalam larutan titrat berubah warna untuk
menadai titrasi telah berakhir.voluume larutan pentiter yang terpakai dicatat sebagai volume
untuk perhitungan titrasi..
Tiga titrasi harus dilakukan, kali ini lebih akurat, dengan mempertimbangkan kira-kira di
mana titik akhir akan terjadi. Pembacaan pada buret pada titik akhir harus dicatat, dan ratarata untuk memberikan hasil akhir. Titik akhir tercapai ketika indikator hanya berubah warna
secara permanen. Hal ini dapat dicapai dengan mencuci penurunan tergantung dari ujung
buret ke dalam labu kanan pada akhir titrasi untuk mencapai penurunan yang lebih kecil
dalam volume dari apa yang biasanya dapat dicapai dengan hanya solusi menetes dari buret.
Asam-basa titrasi dilakukan dengan indikator fenolftalein, bila asam lemah - titrasi basa kuat,
indikator biru bromthymol dalam asam kuat - reaksi basa kuat, dan indikator metil oranye
untuk asam kuat - reaksi basa lemah. Jika dasar adalah dari skala, yaitu pH> 13,5, dan asam
memiliki pH> 5,5, maka indikator kuning Alizarie dapat digunakan. Di sisi lain, jika asam
adalah dari skala, yaitu pH <0,5, dan basis memiliki pH <8,5, maka indikator biru timol dapat
digunakan.
Rumus yang lebih umum [2] yang menggambarkan titrasi asam lemah dengan basa
kuat diberikan di bawah ini
= fraksi penyelesaian titrasi ( <1 adalah sebelum , titik ekivalen = 1 adalah titik
ekivalen, dan > 1 adalah setelah titik ekivalen)
Ca, Cb = konsentrasi asam dan basa
Va, Vb = volume asam dan basa
= fraksi asam lemah yang terionisasi
Indicator
Low pH color
Transition pH
range
High pH color
yellow
0.02.0
blue-violet
yellow
0.02.0
green
green
11.614
colorless
red
1.22.8
yellow
yellow
8.09.6
blue
Methyl yellow
red
2.94.0
yellow
Bromophenol blue
yellow
3.04.6
purple
Congo red
blue-violet
3.05.0
red
Methyl orange
red
3.14.4
orange
Bromocresol green
yellow
3.85.4
blue
Methyl red
red
4.46.2
yellow
Methyl red
red
4.55.2
green
Azolitmin
red
4.58.3
blue
Bromocresol purple
yellow
5.26.8
purple
Bromothymol blue
yellow
6.07.6
blue
Phenol red
yellow
6.88.4
red
Neutral red
red
6.88.0
yellow
Naphtholphthalein
colorless to
reddish
7.38.7
greenish to
blue
Cresol Red
yellow
7.28.8
reddish-purple
Phenolphthalein
colorless
8.310.0
fuchsia
Thymolphthalein
colorless
9.310.5
blue
Alizarine Yellow R
yellow
10.212.0
red
Litmus
red
4.5-8.3
blue
[edit] References
1. ^ Medical CHEMISTRY Compendium. By Anders Overgaard Pedersen and Henning Nielsen.
Aarhus University. 2008
2. ^ Quantitative Chemical Analysis, 7Ed. by Daniel C. Harris. Freeman and Company 2007.
Retrieved from "http://en.wikipedia.org/wiki/Acid-base_titration"
Categories: Titration
Ba2+(aq) + 2 IO3-(aq)
[Ba2+]3 = 3.75x10-10 M
S = [Ba2+] = 7.2x10-4 M
Or in mass terms: S = (7.2x10-4 M)(487 g/mol) = 0.35 g/L
ada alasan bahwa saya mengambil garam jelas seperti barium iodat untuk contoh ini.
Menentukan kelarutan Ba (IO3) 2 sederhana dibandingkan untuk menentukan kelarutan
garam larut banyak. Ba2 + adalah ion penonton jadi kami tidak khawatir tentang hal itu
bereaksi dengan pH = 7 air. Bagaimana dengan anion iodat? Ini adalah dasar dan dapat
bereaksi dengan air:
IO3-(aq) + H2O HIO3 (aq) + OH-(aq)
Sejauh mana hasil reaksi ini diberikan oleh nilai Kb. Ka untuk asam iodic adalah 0,17 (itu
adalah asam cukup kuat).
Kb = Kw / Ka = 1x10-14/0.17 = 5.9x10-14.
Ini nilai Kb sangat kecil sehingga kita dapat menyimpulkan bahwa hidrolisis oleh iodat tidak
mempengaruhi kelarutan Ba (IO3) 2.
Contoh 3: Apa kelarutan barium iodat, Ba (IO3) 2, pada 25 oC dalam larutan 0,10 M barium
nitrat, Ba (NO3) 2?
.
Di mana dari contoh-contoh berikut ini kita harus khawatir tentang kegiatan?
kelarutan barium iodat dalam air
kelarutan barium iodat dalam larutan 0,10 M barium nitrat
kelarutan barium iodat dalam larutan 0,50 M NaCl
Contoh 4: Will bentuk endapan ketika 100,0 mL 0,2 M Fe3 + dalam 0,5 M H2SO4 dicampur
dengan 100,0 mL 1,0 M NaOH?
Sebelum memikirkan keseimbangan, melihat masalah ini dan memutuskan apakah sesuatu
akan terjadi ketika dua solusi dicampur. Larutan basa kuat dicampur dengan larutan yang
mengandung asam kuat. Asam dan basa akan bereaksi sampai salah satu dari keduanya
dikonsumsi. Dalam hal ini jumlah yang sama mol H + dan OH-dicampur sehingga solusi
yang dihasilkan akan berada di pH = 7.
The solubility equilibrium is:
Fe(OH)3 (s)
Fe3+(aq) + 3OH-(aq)
Ini adalah diprediksi [Fe3 +] dalam air. Dalam sistem air nyata jumlah total zat besi
dalam larutan bisa jauh lebih tinggi karena besi yang bisa eksis dalam berbagai
bentuk seperti kompleks besi dan koloid.
Selain: Besi dan asam sulfat yang hadir di drainase tambang karena oksidasi
pirit, FeS2. Salah satu reaksi yang terjadi adalah:
FeS2 (s) + 14 Fe3 + (aq) + 8 H2O + 15 Fe2 (aq) + 2 SO42-(aq) + 16 H + (aq)
Hasil terakhir [Katrina J. Edwards, dan rekan kerja, Sains 287 (2000) 1796.]
Telah mengidentifikasi mikroorganisme yang mengoksidasi Fe2 + Fe3 + untuk
menjaga reaksi ini terjadi.
Ketika drainase tambang diencerkan secukupnya untuk menaikkan pH, besi
presipitasi sebagai hidroksida besi dan menciptakan lapisan jeruk di sungai dan
sungai
Competing Equilibria
What is the solubility of CaCO3 in water at 25 oC?
The solubility is equal to [Ca2+]. The dissolution equilibrium is:
CaCO3 (s)
Ca2+(aq) + CO32-(aq)
HCO3-(aq) + OH-(aq)
If we multiply the simplified mass balance expression by two and relate it to the charge
balance expression we get:
2[CO32-] + 2[HCO3-] = 2[CO32-] + [HCO3-] + [OH-]
[HCO3-] = [OH-]
We can use this relationship to simplify the Kb expression:
[HCO3-]2
Kb = -------[CO32-]
or [HCO3-] = (Kb[CO32-])1/2
So we can eliminate [HCO3-] from [Ca2+] = [CO32-] + [HCO3-] to get:
[Ca2+] = [CO32-] + (Kb[CO32-])1/2
Now we can eliminate [CO32-] using the Ksp expression.
[Ca2+] = Ksp/[Ca2+] + (KbKsp/[Ca2+])1/2
Multiplying each side by [Ca2+] and rearranging gives:
[Ca2+]2 - (KbKsp)1/2[Ca2+]1/2 - Ksp = 0
or
[Ca2+]2 - (9.8x10-7)[Ca2+]1/2 - 4.5x10-9 = 0
The easiest way to solve this equation is to put the expression [Ca2+]2 + (9.8x10-7)[Ca2+]1/2 4.5x10-9 in a spreadsheet and try a series of values for [Ca2+] to find the one that gives a result
closest to zero.
In the absence of the second equilibrium the solubility would have been:
Ksp = 4.5x10-9 = [Ca2+][CO32-]
[Ca2+] = (4.5x10-9)1/2
S = 6.7x10-5 M
Which gives us a starting point for finding [Ca2+].
[Ca2+]
6.00x10-5
-8.49x10-9
7.00x10-5
-7.80x10-9
8.00x10-5
-6.87x10-9
9.00x10-5
-5.70x10-9
1.00x10-4
-4.30x10-9
1.20x10-4
-8.35x10-10
1.30x10-4
1.23x10-9
1.40x10-4
3.50x10-9
This set of data shows that the solution is between 1.20x10-4 and 1.30x10-4. We can do
another set of data at smaller intervals to pin down the solution:
[Ca2+]
1.22x10-4
-4.40x10-10
1.23x10-4
-2.40x10-10
1.24x10-4
-3.68x10-11
1.25x10-4
1.68x10-10
1.26x10-4
3.76x10-10
[Ca2+] = 1.2x10-4 M
The competing equilibrium for carbonate increases the calcium carbonate solubility by a
factor of approximately 2 (LeChatelier strikes again).
The assumption we made that 2[Ca2+] >> [H+] in basic solution was valid.
Mg2+(aq) + 2 OH-(aq)
[Mg2+]3 = 1.8x10-12
[Mg2+] = 1.2x10-4
An example where Ksp is very small and we can neglect hydroxide from the metal hydroxide
dissolution:
Al(OH)3 (s)
Al3+(aq) + 3 OH-(aq)
[OH-]
[Al3+]
1x10-11
3x10-1
1x10-10
3x10-4
1x10-9
3x10-7
1x10-8
3x10-10
1x10-7
3x10-13
At some pH the [Al3+] reaches a minimum and then increases with further increase in pH. The
solubility of Al(OH)3 increases because a soluble complex, Al(OH)4-, begins to form at high
pH.
Precipitation (Insoluble Salts)
pengantar
Banyak ion logam membentuk senyawa yang larut dalam air. Kami menyebutnya garam larut
(duhhh) atau presipitat. Umum presipitat karbonat, hidroksida, sulfat, dan sulfida. Ion yang
kita anggap ion penonton ketika membahas kesetimbangan asam-basa akan membentuk
garam larut.
Garam larut dalam kontak dengan air mempertahankan keseimbangan dengan ion. Dalam
kasus sederhana di mana tidak ada ion umum atau kesetimbangan bersaing, konsentrasi ion
bergantung hanya pada konstanta kesetimbangan untuk endapan tertentu. Ketika kita
berbicara tentang kesetimbangan kelarutan kita selalu menulis keseimbangan dengan padat di
sebelah kiri. Sebagai contoh:
Ba (IO3) 2 (s) Ba2 + (aq) + 2 IO3-(aq)
Ekspresi konstanta kesetimbangan untuk garam larut ditulis mengikuti aturan yang sama
seperti untuk keseimbangan lainnya. Konstanta kesetimbangan disebut produk kelarutan,
Ksp. Ekspresi Ksp untuk kesetimbangan di atas adalah:
Ksp = [Ba2+][IO3-]2
Name
Ksp
AgCl
silver chloride
1.8x10-10
barium carbonate
5x10-9
Ba(IO3)2
barium iodate
1.6x10-9
BaSO4
barium sulfate
1.3x10-10
Fe(OH)2
iron(II) hydroxide
8x10-16
Fe(OH)3
iron(III) hydroxide
4x10-38
FeS
iron sulfide
6x10-18
PbCrO4
lead chromate
1.8x10-14
Pb(OH)2
lead hydroxide
2.5x10-16
PbS
lead sulfide
7x10-28
PbSO4
lead sulfate
1.6x10-8
The equilibria of insoluble salts is described in more detail in the document on solubility.
Fajans method
alam metode Fajans, dinamai Kazimierz Fajans, biasanya diklorofluoresein digunakan
sebagai indikator, titik akhir ditandai dengan suspensi hijau berubah merah muda. Sebelum
titik akhir titrasi, ion klorida tetap lebih. Mereka menyerap pada permukaan AgCl,
menanamkan muatan negatif pada partikel. Melewati titik akhir-perak, kelebihan (I) ion
menyerap pada permukaan AgCl, menanamkan muatan positif. Pewarna anionik seperti
diklorofluoresein tertarik pada partikel, dan mengalami perubahan warna pada adsorpsi, akili
titik akhir. Eosin (tetrabromofluorescein) cocok untuk titrasi melawan bromida, iodida, dan
anion tiosianat, memberikan tajam akhir-poin dibandingkan diklorofluoresein. Hal ini tidak
cocok untuk titrasi terhadap anion klorida karena mengikat AgCl lebih kuat daripada klorida
tidak. [2]
Cl- (aq) + Ag + (aq) AgCl (s) (Ksp = 1,70 10-10)
Ind-n (aq) + Ag + (aq) AgnInd (s) (Ksp = 6,3 10-16)
Ind = indikator
3. Titrasi redoks
Titrasi redoks adalah titrasi antara oksifator dengan reduktor. Oksidator meningkatkan
muatan hasil reduksi, dan reduktor menurunkan muatan pengoksidasi. Contoh reaksi oksidasi
reduksi adalah titrasi permanganometri antara anion permanganate dengan anion oksalat pada
suhu 50 70 oC.
MnO4 + 8H+ + 5e Mn2+ + 4H2O
Eo = +1.5119 Volt
C2O4=
CO2 + 2eEo = - 0,44 Volt
---------------------------------------------------------------------------------------------2 MnO4- + 16 H+ + 10e
2 Mn+2 + 8 H2O
Eo = + 1,5119 Volt
5 C2O4=
10 CO2 + 10e-
Eo = - 0,44
Volt
+
----------------------------------------------------------------------------------------------2 MnO4- + 16 H+ + 5 C2O4=
2 Mn+2 + 8 H2O + 10 CO2 Eo = + 1,0719 Volt
Esel
Esel
(aMn+2)2
K = --------------------------------------(aMnO4-)2 (aC2O4=)5 (aH+)16
Contoh lain dari reaksi redok adalah reaksi iodometri
2I3- + 2e-
6I-
Eo = 0,535
Volt
2S2O3=
S4O6= + 2eEo = - 0,17 Volt
----------------------------------------------------------------------------------------------------------- +
2I3- + 2S2O3=
6I- + S4O6=
Eo = 0,365 Volt
o (V)
Li+ + e Li(s)
3.0401
+
K + e K(s)
Ca2+ + 2e Ca(s)
Na+ + e Na(s)
Mg2+ + 2e Mg(s)
Al3+ + 3e Al(s)
Mn2+ + 2e Mn(s)
2H2O + 2e H2(g) + 2OH
Zn2+ + 2e Zn(s)
Cr3+ + 3e Cr(s)
Fe2+ + 2e Fe(s)
Cr3+ + e Cr2+(s)
Cd2+ + 2e Cd(s)
Ni2+ + 2e Ni(s)
Sn2+ + 2e Sn(s)
Pb2+ + 2e Pb(s)
2H+ + 2e H2(g)
Cu2+ + e Cu+(s)
SO42 + 4H+ + 2e SO2(g) + 2H2O
Cu2+ + 2e Cu(s)
O2(g) + 2H2O + 4e 4OH
Cu+ + e Cu(s)
I2(s) + 2e 2I
MnO4 + 2H2O +3e MnO2(s) + 4OH
Fe3+ + e Fe2+
Ag+ + e Ag(s)
NO3 + 4H+ + 3e NO(g) + 2H2O
Br2(l) + 2e 2Br
Br2(aq) + 2e 2Br
2IO3 + 12H+ + 10e I2(s) + 6H2O
O2(g) + 4H+ + 4e 2H2O
Cr2O72 + 14H+ + 6e 2Cr3+ + 7H2O
Cl2(g) + 2e 2Cl
-PbO2(s) + 4H+ + 2e Pb2+ + 2H2O
-PbO2(s) + 4H+ + 2e Pb2+ + 2H2O
ClO + 2H+ + 2e Cl + H2O
MnO4 + 8H+ + 5e Mn2+ + 4H2O
Au3+ + 3e Au(s)
H2O2(l) + 2H+ + 2e 2H2O
Au+ + e Au(s)
F2(g) + 2e 2F
+2.890
+REDUCING
2.931
2.868
2.7144
2.3568
1.676
1.185
0.8277
0.7628
0.74
0.440
0.42
0.40
0.236
0.13
0.1266
0.0000
+0.159
+0.17
+0.3394
+0.414
+0.5180
+0.535
+0.597
+0.769
+0.7996
+0.96
+1.066
+1.0873
+1.2093
+1.2288
+1.33
+1.3601
+1.458
+1.468
+1.46
+1.5119
+1.52
+1.78
+1.83
+OXIDIZING
Chromatography jar
Kertas kromatografi adalah teknik kimia analitik untuk memisahkan dan mengidentifikasi
campuran atau yang bisa berwarna, terutama pigmen. Hal ini juga dapat digunakan dalam
warna sekunder atau primer dalam percobaan tinta. Metode ini telah digantikan dengan
kromatografi lapis tipis, namun masih merupakan alat pengajaran yang kuat. Dua-cara kertas
kromatografi, juga disebut dua dimensi kromatografi, melibatkan menggunakan dua pelarut
dan putar kertas 90 di antara. Hal ini berguna untuk memisahkan campuran kompleks dari
senyawa yang sama, misalnya, asam amino
Displacement chromatography
Tempat terkonsentrasi kecil solusi yang berisi sampel zat terlarut diterapkan pada secarik
kertas kromatografi sekitar dua cm dari dasar piring, biasanya menggunakan tabung kapiler
untuk presisi maksimum. Sampel ini diserap ke kertas dan dapat membentuk interaksi dengan
itu. Setiap zat yang bereaksi atau obligasi dengan kertas tidak dapat diukur dengan
menggunakan teknik ini. Makalah ini kemudian dicelupkan ke dalam perawatan pelarut,
seperti etanol atau air, mengambil tempat cocok yang berada di atas permukaan pelarut, dan
ditempatkan dalam wadah tertutup.
Bergerak pelarut kertas dengan aksi kapiler, yang terjadi sebagai akibat dari daya tarik
molekul pelarut untuk kertas, hal ini juga dapat dijelaskan sebagai diferensial adsorpsi dari
komponen zat terlarut ke dalam pelarut. Sebagai pelarut naik melalui kertas itu bertemu dan
melarutkan campuran sampel, yang kemudian akan melakukan perjalanan ke kertas dengan
sampel zat terlarut pelarut. Berbeda senyawa dalam campuran sampel pada tingkat yang
berbeda karena perbedaan dalam kelarutan dalam pelarut, dan karena perbedaan ketertarikan
mereka pada serat di koran. Komponen lebih mudah larut yang lebih lanjut ia pergi.
Kromatografi kertas mengambil mana saja dari beberapa menit sampai beberapa jam.
Dalam beberapa kasus, kromatografi kertas tidak pigmen terpisah sepenuhnya, ini terjadi
ketika dua zat tampaknya memiliki nilai yang sama dalam pelarut tertentu. Dalam kasus ini,
dua arah kromatografi digunakan untuk memisahkan beberapa tempat-pigmen.
[Sunting] kromatografi Ascending
Dalam metode ini, pelarut adalah di kolam renang di bagian bawah kapal di mana kertas yang
supported.The cromatogram menaik dilipat di atas batang gelas yang setengah lainnya
menjadi teknik chromatogram.This turun memberikan pemisahan cepat seperti yang dari
teknik individu .
[Sunting] kromatografi Descending
Dalam metode ini, pelarut disimpan dalam sebuah palung di bagian atas ruangan dan
dibiarkan mengalir ke bawah kertas. Cairan bergerak turun oleh aksi kapiler serta oleh gaya
gravitasi, sehingga metode ini juga dikenal sebagai metode gravitasi. [Rujukan?] Dalam hal
ini, aliran lebih cepat dibandingkan dengan metode ascending, dan kromatografi adalah
menyelesaikan lebih cepat. Aparat dibutuhkan untuk kasus ini lebih canggih. Pelarut
berkembang ditempatkan di palungan di bagian atas yang biasanya terdiri dari bahan inert.
Makalah ini kemudian ditangguhkan dalam pelarut. Zat yang tidak dapat dipisahkan dengan
metode naik kadang-kadang dapat dipisahkan dengan metode menurun. [Rujukan?]
[Sunting] Kromatografi sebagai seni
Kromatografi dapat digunakan sebagai alternatif seni karena warna tertentu yang
menciptakan, tapi kromatografi kertas jarang menghasilkan warna dipahami jika dijalankan
dengan benar. Kadang-kadang, hasil kromatografi dapat memulai dengan yang tidak
diinginkan "berdaun" warna, tetapi jika dilakukan dengan benar dan lengkap, warna megah
dapat diproduksi.
[Sunting] R nilai
Nilai R dapat didefinisikan sebagai rasio dari jarak yang ditempuh oleh substansi ke jarak
yang ditempuh oleh pelarut. Nilai R biasanya dinyatakan sebagai pecahan dari dua tempat
desimal tetapi disarankan oleh Smith bahwa angka persentase harus digunakan sebagai
gantinya. Jika R nilai solusi adalah nol, zat terlarut tetap dalam fase diam dan dengan
demikian itu bergerak. Jika R value = 1 maka zat terlarut tidak memiliki afinitas untuk fase
diam dan perjalanan dengan pelarut depan.
[Sunting] Penemuan
Munculnya kromatografi perpindahan dapat dikaitkan dengan Tiselius [1], yang pada tahun
1943 pertama kali diklasifikasikan mode kromatografi yang frontal, elusi, dan perpindahan.
Kromatografi Pemindahan sejak menemukan berbagai aplikasi dari isolasi unsur transuranic
[2] untuk entitas biokimia [3]. Pemindahan kromatografi adalah metode kromatografi di
mana komponen diselesaikan dalam berturut-turut "persegi panjang" zona zat murni sangat
terkonsentrasi daripada pelarut dipisahkan "puncak". Molekul-molekul dipaksa untuk
bermigrasi ke kolom oleh gelombang maju dari molekul displacer yang memiliki afinitas
yang lebih tinggi untuk fase diam daripada larutan umpan. [4] Karena migrasi paksa,
konsentrasi produk yang lebih tinggi dan kemurnian dapat diperoleh dibandingkan dengan
moda lain kromatografi. Teknik ini ditemukan kembali oleh Horvath [5] dan telah sejak
menemukan banyak aplikasi, terutama di bidang pemurnian makromolekul biologi.
[Sunting] Prinsip
Prinsip dasar kromatografi perpindahan adalah: Sebuah molekul dengan afinitas tinggi untuk
matriks kromatografi (displacer) akan bersaing secara efektif untuk situs mengikat, dan
dengan demikian menggantikan seluruh molekul dengan afinitas yang lebih rendah [6] Ada
perbedaan jelas antara perpindahan dan kromatografi elusi. . Dalam modus elusi, zat biasanya
muncul dari sebuah kolom di sempit, puncak Gaussian. Pemisahan yang luas dari puncak,
sebaiknya ke baseline, yang diinginkan untuk mencapai pemurnian maksimal. Kecepatan di
mana setiap komponen campuran perjalanan ke kolom dalam mode elusi tergantung pada
banyak faktor. Tapi untuk dua zat untuk melakukan perjalanan dengan kecepatan yang
berbeda, dan dengan demikian dapat diselesaikan, harus ada perbedaan substansial dalam
beberapa interaksi antara biomolekul dan matriks kromatografi. Parameter operasi yang
disesuaikan untuk memaksimalkan efek dari perbedaan ini. Dalam banyak kasus, dasar
pemisahan puncak dapat dicapai hanya dengan elusi gradien dan beban kolom yang rendah.
Dengan demikian, dua kelemahan kromatografi elusi modus, terutama pada skala preparatif,
adalah kompleksitas operasional, karena gradien pelarut memompa, dan throughput rendah,
karena beban kolom yang rendah. Pemindahan kromatografi memiliki keunggulan
dibandingkan kromatografi elusi dalam komponen diselesaikan menjadi zona berturut-turut
zat murni daripada "puncak". Karena proses mengambil keuntungan dari nonlinier dari
isoterm, feed kolom yang lebih besar dapat dipisahkan pada kolom tertentu dengan
komponen dimurnikan pulih pada konsentrasi lebih tinggi secara signifikan.
[Sunting] Teori dan Metode
Seperti ditunjukkan di atas, proses kromatografi perpindahan dapat dipecah menjadi tiga
tahap yang berbeda: loading, perpindahan, dan regenerasi. Demi kesederhanaan, contoh
pemurnian biomolecule diberikan di sini akan dibatasi untuk protein. Pada prinsipnya, semua
biomolekul kepentingan komersial saat ini - termasuk oligonukleotida dan antibodi - dapat
dimurnikan dalam mode perpindahan, dengan pilihan yang tepat matriks kolom dan displacer.
Memuat fase
Pemurnian dimulai dengan kolom disetimbangkan dengan buffer pemuatan mirip dengan
metode kromatografi elusi. Campuran pakan yang mengandung protein murni dalam buffer
dimuat ke kolom pada tingkat yang cukup lambat, dalam kondisi di mana bahan baik
dipertahankan. Tujuan dari langkah ini adalah untuk memulai pengikatan biomolekul dalam
keadaan semiequilibrium. Hal ini ditunjukkan dalam grafik sebagai campuran protein dimulai
pemisahan awal ke komponen kuning dan ungu.
Perpindahan fase
Setelah sampel telah dimuat, kolom diberi makan larutan displacer pada konsentrasi yang
cukup rendah (biasanya 5 mM) dalam buffer yang sama yang digunakan untuk memuat
sampel. Displacer ini dirancang untuk mengikat lebih erat dengan matriks dari salah satu
biomolekul dan dengan demikian "mendorong" semua komponen campuran dari matriks
depan itu. Selama masing-masing komponen sampel dan displacer tersebut tidak ireversibel
teradsorpsi pada matriks kolom, ada beberapa dari masing-masing terus menyerap ke, dan
dari desorbing, matriks.
Dalam modus elusi, hasil yang optimal diperoleh ketika konsentrasi sangat rendah sehingga
komponen individu bertindak independen dan tidak bersaing untuk situs mengikat matriks.
Dalam modus perpindahan, komponen sampel diperkenalkan dalam bentuk yang jauh lebih
terkonsentrasi, dan sehingga memungkinkan untuk komponen yang mengikat kuat - baik
displacer atau salah satu protein dalam campuran sampel - bersaing untuk situs mengikat.
Komponen mengikat kuat (awalnya, displacer sendiri) kemudian menggantikan dengan
berhasil bersaing untuk situs mengikat. Berdasarkan kekuatan masing-masing mengikat,
setiap komponen dalam sampel asli kemudian menjadi "displacer" untuk komponen kurang
terikat erat berikutnya. Jadi kereta perpindahan didirikan sebagai berdekatan, band terfokus
dengan sedikit tumpang tindih (kuning dan ungu dalam grafik). Dalam menjalankan sukses,
kereta sepenuhnya dibentuk sebelum komponen bunga tiba di bagian bawah kolom. Pecahan
dapat dikumpulkan dan pemotongan produk yang diinginkan dibuat.
regenerasi fase
Ketika displacer yang menerobos, yaitu, mulai muncul dari kolom, jalankan selesai dan
regenerasi kolom dapat dimulai. Regenerasi dilakukan dengan menggunakan buffer yang
dapat menghapus displacer dari matriks, diikuti oleh equilibrium dengan memuat penyangga
dalam persiapan untuk menjalankan berikutnya. Karena displacers harus mengikat lebih kuat
dari protein apapun yang dimurnikan, maka diharapkan bahwa penghapusan mereka dari
kolom harus memerlukan beberapa kondisi khusus. Bagian non-sepele dari desain yang
displacer baik, maka, adalah penggabungan dari beberapa fitur struktural yang
memungkinkan untuk penghapusan lengkap dari matriks di bawah beberapa kondisi.
[edit] Applications
Pemurnian kromatografi protein dari campuran kompleks bisa sangat menantang, terutama
ketika campuran mengandung protein yang sama dipertahankan atau bila diinginkan untuk
memperkaya komponen jejak dalam feed. Selanjutnya, beban kolom sering terbatas ketika
resolusi tinggi diperlukan menggunakan mode tradisional kromatografi (misalnya linear
gradien, isokratik kromatografi). Dalam kasus ini, kromatografi perpindahan merupakan
teknik yang efisien untuk pemurnian protein dari campuran kompleks pada beban tinggi
kolom dalam berbagai aplikasi. Sebuah kemajuan penting dalam keadaan seni kromatografi
pemindahan adalah pengembangan rendah displacers massa molekul untuk pemurnian
protein dalam sistem pertukaran ion [7]. [8] [9]. Penelitian ini adalah signifikan dalam bahwa
itu mewakili keberangkatan utama dari kebijaksanaan konvensional bahwa polimer
polyelectrolyte besar dibutuhkan untuk menggantikan protein dalam sistem pertukaran ion.
Rendah displacers massa molekul memiliki keuntungan operasional yang signifikan
dibandingkan dengan displacers polyelectrolyte besar. Misalnya, jika ada tumpang tindih
antara displacer dan protein yang menarik, bahan-bahan massa molekul rendah dapat dengan
mudah dipisahkan dari protein dimurnikan selama pasca-perpindahan pengolahan
menggunakan ukuran standar berbasis metode pemurnian (misalnya ukuran kromatografi
eksklusi, ultrafiltrasi) . Selain itu, perilaku garam bergantung adsorpsi ini displacers MW
rendah sangat memudahkan regenerasi kolom. Ini displacers telah digunakan untuk berbagai
macam pemisahan resolusi tinggi di sistem pertukaran ion [10] [11] [12] [13] [14] [15] [16].
Selain itu, kegunaan kromatografi perpindahan untuk pemurnian faktor pertumbuhan
rekombinan [17], antigen protein vaksin [18] dan oligonukleotida antisense [19] juga telah
ditunjukkan. Ada beberapa contoh di mana perpindahan kromatografi telah diterapkan pada
pemurnian protein menggunakan pertukaran ion, interaksi hidrofobik, serta terbalik
kromatografi fase [20]. Kromatografi Pemindahan cocok untuk memperoleh jumlah mg
protein dimurnikan dari campuran kompleks dengan menggunakan kolom kromatografi
standar analitis pada skala bangku. Hal ini juga sangat cocok untuk memperkaya komponen
jejak dalam feed. Kromatografi Pemindahan dapat dengan mudah dilakukan dengan
menggunakan berbagai sistem resin termasuk, pertukaran ion, HIC dan RPLC [21], [22] Duadimensi kromatografi merupakan pendekatan yang paling menyeluruh dan ketat untuk
evaluasi proteome. Sementara pendekatan diterima sebelumnya telah digunakan pendekatan
modus elusi kromatografi seperti pertukaran kation HPLC fase terbalik, hasil biasanya sangat
rendah membutuhkan kepekaan analitis dalam picomolar berkisar femptomolar [23]. Sebagai
kromatografi Pemindahan menawarkan keuntungan dari konsentrasi komponen jejak, dua
dimensi kromatografi memanfaatkan perpindahan daripada modus elusi pada langkah
kromatografi hulu merupakan alat yang berpotensi kuat untuk analisis komponen jejak,
modifikasi, dan identifikasi komponen dinyatakan minor proteome. [ 24]
[edit] References
1. ^ A. Tiselius. Displacement development in adsorption analysis. Ark. Kemi. Mineral Geol.
16A: 118 (1943).
2. ^ G. T. Seaborg. The Transuranium Elements. Science 104(2704):379-386 (1946).
3. ^ J. Frenz and C.S. Horvath. High performance displacement chromatography. pp 212-314 in
C. Horvath (Ed.) High Performance Liquid Chromatography-advances and perspectives. Vol.
5, Academic Press, San Diego, CA.
4. ^ N. Tugcu . Purification of proteins using displacement chromatography. pp 71-89 in M.
Zachariou (Ed.) Methods in Molecular Biology: Vol 421 Affinity Chromatography: Methods
and Protocols. 2nd edition. Humana Press, Totowa NJ.
5. ^ C.S. Horvath, A. Nahum, and J. Frenz. High performance displacement chromatography. J.
Chromatogr. 218, 365393(1981).
6. ^ Displacement Chromatography 101. [1] Sachem, Inc. Austin, TX 78737
7. ^ S. M. Cramer and G. Jayaraman, Current Opinions in Biotechnology 4: 217-225, (1993)
8. ^ G. Jayaraman, S. Gadam, and S. M. Cramer. J. Chromatogr. A 630:53-68. (1993)
9. ^ G. Jayaraman, Y. Li, J. A. Moore, and S. M. Cramer. J. Chromatogr. A 702:143-155. (1995)
10. ^ A. Kundu, S. Vunnum, G. Jayaraman, and S. M. Cramer. Biotech. and Bioeng. 48: 452-460.
(1995)
11. ^ A. Kundu, S. Vunnum, and S. M. Cramer. J. Chromatogr. A, 707:57-67. (1995)
12. ^ A. Kundu, S. Vunnum, and S. M. Cramer. Adsorption 4:3-4. (1998)
13. ^ A. Kundu, K. Barnthouse, and S. M. Cramer. Biotech. and Bioeng., 56:119-129. (1997)
14. ^ KA. Kundu, A. A. Shukla, K. A. Barnthouse, J. Mooreand S. M. Cramer. BioPharm 10 :64.
(1997)
15. ^ A. Kundu, and S. M. Cramer. Anal. Biochem., 248:111-116. ( 1997)
16. ^ A. A. Shukla, K. A. Barnthouse, S. S. Bae, J. A. Moore, and S. M. Cramer.. J. Chromatogr.
A 814:1-2. (1998)
17. ^ K. A. Barnthouse, W. Trompeter, R. Jone, P. Inampudi, R.Rupp, and S. M. Cramer. J.
Biotechnol. 66:125-136 (1998)
18. ^ A. A. Shukla, R. L. Hopfer, D. N. Chakravarti, E. Bortell, and S. M. Cramer. Biotechnol.
Prog. 14: 91-101(1998)
19. ^ N. Tugcu, R. R. Deshmukh, Y. S. Sangvic, J. A. Moored, and S. M. Cramer J. Chromatogr.
A 923:65-73(2001)
20. ^ R. Freitag and J. Breier. J. Chromatogr. A 691, 101112 (1995).
21. ^ Trace Component Amplification. [2] Sachem, Inc. Austin, TX 78737
22. ^ N. Tugcu, R. R. Deshmukh, Y. S. Sanghvi, and S. M. Cramer. Reactive and Functional
Polymers 54, 3747(2003).
23. ^ . E. Nagele, M. Vollmer, P. Horth, and C. Vad. 2D-LC/MS techniques for the identification
of proteins in highly complex mixtures. Expert Reviews in Proteomics. Vol. 1, No. 1, Pages
37-46 (2004).
24. ^ 2D-HPLC Course SACHEM, Inc. Austin, TX, 78737[3]
Ion chromatography
Pertukaran ion kromatografi (atau kromatografi ion) adalah proses yang memungkinkan
pemisahan ion dan molekul polar berdasarkan muatan mereka. Dionex Corp
memperkenalkan sistem komersial pada awal tahun 1970 yang menggunakan teknologi
revolusioner penekanan untuk mengurangi konduktivitas latar belakang, sehingga
meningkatkan kemampuan deteksi ion. Hal ini dapat digunakan untuk hampir semua jenis
molekul dibebankan termasuk protein yang besar, nukleotida kecil dan asam amino. Solusi
harus disuntikkan biasanya disebut sampel, dan komponen individual dipisahkan disebut
analit. Hal ini sering digunakan dalam pemurnian protein, analisis air, dan kontrol kualitas
Sejarah
Ion methods have been in use since 1850, when H. Thompson and J. T. Way, researchers in
England, treated various clays with ammonium sulfate or carbonate in solution to extract the
amonia dan kalsium rilis. Pada tahun 1927, kolom pertama mineral zeolit digunakan untuk
menghilangkan kalsium dan ion magnesium mengganggu dari solusi untuk menentukan isi
sulfat air. Versi modern dari IEC dikembangkan selama Proyek Manhattan perang. Suatu
teknik yang diperlukan untuk memisahkan dan berkonsentrasi pada unsur-unsur radioaktif
yang diperlukan untuk membuat bom atom. Para peneliti memilih adsorben yang akan latch
ke unsur transuranium dibebankan, yang kemudian dapat dielusi diferensial. Pada akhirnya,
sekali declassified, teknik ini akan menggunakan resin IE baru untuk mengembangkan sistem
yang sering digunakan saat ini untuk pemurnian tertentu biologi dan inorganics. Pada awal
1970-an, kromatografi ion dikembangkan oleh Hamish Kecil dan rekan kerja di Dow
Chemical Company sebagai metode baru yang dapat digunakan dalam analisis IEC otomatis.
Ini kemudian mengarah pada pembentukan Dionex Corp (Dow-Ion Exchange) yang
memimpin pasar di IC peralatan dan perkembangan. IC menggunakan resin ion lemah untuk
fase stasioner dan suatu stripper menetralkan tambahan, atau penekan, kolom untuk
menghilangkan ion latar belakang eluen. Ini adalah teknik yang kuat untuk menentukan
konsentrasi rendah ion dan sangat berguna dalam studi kualitas lingkungan dan air, antara
aplikasi lain
Prinsip dasar
ion Kromatogram
Pertukaran ion kromatografi mempertahankan molekul analit pada kolom berdasarkan
coulombic (ion) interaksi. Permukaan fase diam menampilkan kelompok fungsional ion (RX)
yang berinteraksi dengan ion analit muatan yang berlawanan. Jenis kromatografi dibagi lagi
menjadi kromatografi penukar kation dan anion kromatografi pertukaran. Senyawa ionik
yang terdiri dari spesies kationik M + dan spesies anionik B-dapat dipertahankan oleh fase
diam.
Kation kromatografi pertukaran mempertahankan kation bermuatan positif karena fase diam
menampilkan kelompok fungsional bermuatan negatif:
Anion kromatografi penukar anion mempertahankan menggunakan gugus fungsional
bermuatan positif:
Perhatikan bahwa kekuatan ion baik C + atau A-dalam fase gerak dapat disesuaikan untuk
menggeser posisi kesetimbangan dan dengan demikian waktu retensi.
Kromatogram ion menunjukkan kromatogram yang diperoleh dengan kolom penukar anion.
Elution by changing the ionic strength of the mobile phase is a more subtle effect - it works
as ions from the mobile phase will interact with the immobilized ions in preference over
those on the stationary phase. This "shields" the stationary phase from the protein, (and vice
versa) and allows the protein to elute.
[edit] References
TLC
Classification
Chromatography
Other Techniques
Related
Kromatografi lapis tipis (TLC) adalah teknik kromatografi yang digunakan untuk
memisahkan campuran [1] kromatografi lapis tipis dilakukan pada selembar kaca, plastik,
atau aluminium foil, yang dilapisi dengan lapisan tipis bahan adsorben, biasanya silika gel,.
aluminium oksida, atau selulosa. Ini lapisan adsorben dikenal sebagai fase diam.
Setelah sampel telah diterapkan di piring, campuran pelarut atau pelarut (dikenal sebagai fase
gerak) ditarik piring melalui kapiler. Karena analit yang berbeda naik pelat TLC pada tingkat
yang berbeda, pemisahan dicapai [2]..
Kromatografi lapis tipis menemukan banyak aplikasi, termasuk:
penentuan komponen tanaman mengandung
pemantauan reaksi organik.
menganalisis ceramides dan asam lemak
deteksi pestisida atau insektisida dalam makanan dan air
menganalisis komposisi zat warna dari serat dalam forensik, atau
mengidentifikasi senyawa hadir dalam substansi tertentu
pengujian kemurnian radiokimia radiofarmasi
Sejumlah perangkat tambahan dapat dibuat dengan metode asli untuk mengotomatisasi
langkah-langkah yang berbeda, untuk meningkatkan resolusi dicapai dengan TLC dan
memungkinkan kuantisasi lebih akurat. Metode ini disebut sebagai HPTLC, atau "high
performance TLC".
[edit] Technique
Development of a TLC plate, a purple spot separates into a red and blue spot.
menjadi jauh lebih efisien dari segi waktu dan biaya daripada melakukan kromatografi
kolom. Jelas, seluruh piring tidak dapat dikembangkan atau produk kimia akan dihancurkan
kimia. Jadi teknik ini paling baik digunakan dengan senyawa yang berwarna, atau terlihat di
bawah sinar UV. Atau, bagian kecil dari piring dapat dikembangkan misalnya kimia
memotong bagian keluar dan kimia berkembang, atau masking sebagian besar dari piring dan
mengekspos bagian kecil untuk pengembang kimia seperti yodium.
[Sunting] Analisis
Sebagai bahan kimia yang terpisah mungkin tidak berwarna, beberapa metode yang ada
untuk memvisualisasikan tempat:
Seringkali sejumlah kecil senyawa neon, biasanya mangan-diaktifkan seng silikat,
ditambahkan ke adsorben yang memungkinkan visualisasi dari tempat bawah blacklight
(UV254). Lapisan adsorben sehingga akan berpendar hijau muda dengan sendirinya, tapi
tempat analit memuaskan fluoresensi ini.
uap Yodium adalah reagen warna umum tidak spesifik
reagen warna khusus yang ada di mana lempeng TLC adalah dicelupkan atau yang
disemprotkan ke piring [5]
Dalam kasus lipid, kromatogram dapat ditransfer ke membran PVDF dan kemudian
mengalami analisis lebih lanjut, misalnya spektrometri massa, teknik yang dikenal sebagai
Far-Timur blotting.
Setelah terlihat, nilai Rf, atau faktor retensi, dari tempat masing-masing dapat ditentukan
dengan membagi jarak yang ditempuh oleh produk dengan total jarak yang ditempuh oleh
pelarut (solvent depan). Nilai-nilai ini tergantung pada pelarut yang digunakan, dan jenis
pelat KLT, dan tidak konstanta fisik. Eluen pada lapisan tipis diletakkan di atas piring
[Sunting] Aplikasi
Dalam kimia organik, reaksi yang kualitatif dipantau dengan TLC. Tempat sampel dengan
tabung kapiler ditempatkan di piring: tempat dari bahan awal, tempat dari campuran reaksi,
dan "co-spot" dengan baik. Sebuah piring (3 oleh 7 cm) kecil TLC berlangsung beberapa
menit untuk menjalankan. Analisis kualitatif, dan akan menunjukkan apakah bahan awal telah
menghilang, yaitu reaksi selesai, jika produk apapun telah muncul, dan berapa banyak produk
yang dihasilkan (meskipun ini mungkin berada di bawah-diperkirakan karena co-elusi).
Sayangnya, TLC dari suhu rendah reaksi dapat memberikan hasil yang menyesatkan, karena
sampel dipanaskan sampai suhu kamar dalam kapiler, yang dapat mengubah reaksi-sampel
hangat dianalisis dengan TLC yang tidak sama dengan apa yang ada dalam labu suhu rendah .
Salah satu reaksi tersebut adalah pengurangan DIBALH dari ester untuk aldehida.
Sebagai contoh kromatografi dari ekstrak daun hijau (bayam misalnya untuk) dalam 7 tahap
pembangunan. Karoten elutes cepat dan hanya terlihat sampai langkah 2. Klorofil A dan B
berada setengah jalan di langkah terakhir dan lutein pewarnaan senyawa pertama kuning.
Step 1
Step 2
Step 3
Step 4
Step 7
Step 6
Step 5
Dalam satu studi TLC telah diterapkan dalam pemutaran reaksi organik [6] misalnya dalam
fine tuning-sintesis BINAP dari 2-naftol. Dalam metode ini solusi alkohol dan katalis
(misalnya (III) klorida besi) adalah tempat yang terpisah pada garis dasar, kemudian bereaksi
dan kemudian langsung dianalisis.
[edit] References
1. ^ Laurence M. Harwood, Christopher J. Moody. Experimental organic chemistry: Principles
and Practice (Illustrated edition ed.). pp. 159-173.
2. ^ Vogel's Textbook of Practical Organic Chemistry (5th Edition) (Hardcover) by A.I. Vogel
(Author), A.R. Tatchell (Author), B.S. Furnis (Author), A.J. Hannaford (Author), P.W.G.
Smith ISBN 0582462363
3. ^ Tables showing the thickness value of commercial regular and preparative Thin Layer
Chromatography plates
4. ^ Fair, J. D.; Kormos, C. M. J. Chromatogr. A 2008, 1211(1-2), 49-54.
(doi:10.1016/j.chroma.2008.09.085)
5. ^ Stains for Developing TLC Plates
http://www.ux1.eiu.edu/~cfthb/research/handbook/TLCstains.htm
6. ^ TLC plates as a convenient platform for solvent-free reactions Jonathan M. Stoddard, Lien
Nguyen, Hector Mata-Chavez and Kelly Nguyen Chem. Commun., 2007, 1240 - 1241,
doi:10.1039/b616311d
Column chromatography
Seorang ahli kimia pada tahun 1950 dengan menggunakan kromatografi kolom. Wadah
Erlenmeyer berada di lantai.
Kromatografi kolom dalam kimia adalah metode yang digunakan untuk memurnikan
senyawa kimia individu dari campuran senyawa. Hal ini sering digunakan untuk aplikasi
pada skala preparatif dari mikrogram sampai kilogram.
Kolom preparatif kromatografi klasik, adalah tabung gelas dengan diameter dari 50 mm dan
tinggi 50 cm sampai 1 m dengan keran di bagian bawah. Dua metode yang umumnya
digunakan untuk menyiapkan kolom, metode kering, dan metode basah. Untuk metode
kering, kolom pertama diisi dengan bubuk kering fase stasioner, diikuti dengan penambahan
fase gerak, yang memerah melalui kolom sampai benar-benar basah, dan dari titik ini tidak
pernah diperbolehkan untuk kering. Untuk metode basah, bubur dibuat dari eluen dengan
bubuk fase diam dan kemudian dengan hati-hati dituangkan ke dalam kolom. Perawatan
harus diambil untuk menghindari gelembung udara. Sebuah solusi dari bahan organik dipipet
di atas fase diam. Lapisan ini biasanya atasnya dengan lapisan pasir kecil atau dengan kapas
atau wol kaca untuk melindungi bentuk lapisan organik dari kecepatan eluen baru
ditambahkan. Eluen secara perlahan melewati kolom untuk memajukan bahan organik.
Seringkali reservoir eluen bola atau corong pisah eluen-penuh dan tutup diletakkan di atas
kolom.
Komponen individu dipertahankan oleh fase diam berbeda dan terpisah dari satu sama lain
ketika mereka sedang berjalan pada kecepatan yang berbeda melalui kolom dengan eluen.
Pada akhir kolom mereka mengelusi satu per satu. Selama proses kromatografi seluruh eluen
dikumpulkan dalam serangkaian fraksi. Komposisi aliran eluen dapat dipantau dan setiap
fraksi dianalisis untuk senyawa terlarut, misalnya dengan kromatografi analitis, serapan UV,
atau fluoresensi. Senyawa berwarna (atau senyawa neon dengan bantuan lampu UV) dapat
dilihat melalui dinding kaca sebagai band bergerak.
adsorption (EBA). The stationary phases are usually finely ground powders or gels and/or
are microporous for an increased surface, though in EBA a fluidized bed is used.
Automated Systems
dengan cepat dapat menjadi hambatan untuk setiap laboratorium proses. Oleh karena
itu, beberapa produsen telah mengembangkan sistem otomatis flash kromatografi
(biasanya disebut sebagai LPLC, kromatografi cairan tekanan rendah, sekitar 50-75
psi) yang meminimalkan keterlibatan manusia dalam proses pemurnian. Sistem
otomatis akan mencakup komponen biasanya ditemukan pada lebih sistem HPLC
mahal seperti pompa gradien, port sampel injeksi, detektor UV dan kolektor untuk
mengumpulkan fraksi eluen. Biasanya sistem ini otomatis dapat memisahkan sampel
dari beberapa miligram hingga skala kg industri dan menawarkan solusi yang jauh
lebih murah dan lebih cepat untuk melakukan beberapa suntikan pada persiapanHPLC sistem.
Resolusi (atau kemampuan untuk memisahkan campuran) pada sistem LPLC akan
selalu lebih rendah dibandingkan dengan HPLC, sebagai bahan kemasan dalam kolom
HPLC bisa jauh lebih kecil, biasanya hanya 5 micrometre sehingga luas permukaan
meningkat fase stasioner, meningkatkan interaksi permukaan dan memberikan
pemisahan yang lebih baik. Namun, penggunaan media ini kemasan kecil
menyebabkan tekanan balik tinggi dan mengapa itu disebut kromatografi cair tekanan
tinggi. Kolom LPLC biasanya dikemas dengan silika sekitar 50 mikrometer, sehingga
mengurangi tekanan balik dan resolusi, tetapi juga menghilangkan kebutuhan untuk
mahal pompa tekanan tinggi. Produsen kini mulai pindah ke yang lebih tinggi tekanan
sistem flash kromatografi dan telah disebut ini kromatografi cair tekanan sebagai
media (MPLC) sistem yang beroperasi di atas 150 psi.
Perangkat lunak mengendalikan sistem otomatis akan mengkoordinasikan komponen,
memungkinkan pengguna untuk hanya mengumpulkan faksi-faksi yang mengandung
senyawa target mereka (dengan asumsi mereka terdeteksi pada detektor sistem) dan
membantu pengguna untuk menemukan bahan murni yang dihasilkan dalam kolektor
fraksi. Perangkat lunak ini juga akan menyelamatkan kromatografi yang dihasilkan
dari proses untuk keperluan penarikan kembali arsip dan / atau lambat.
Sebuah contoh wakil dari kromatografi kolom sebagai bagian dari latihan
laboratorium sarjana adalah pemisahan tiga komponen (dari 28) dalam minyak
spearmint: carvone, limonene dan dehydrocarveol [5]. Sebuah setup mikro yang
terdiri dari pipet Pasteur sebagai kolom dengan fase diam silika gel dapat cukup. The
eluen awalnya adalah heksana dan polaritas pelarut meningkat selama proses dengan
menambahkan etil asetat.
[Sunting] Kolom Kromatogram Perhitungan Resolusi
Biasanya, kromatografi kolom diatur dengan pompa peristaltik mengalir buffer dan
sampel solusi melalui bagian atas kolom. Solusi dan buffer melewati kolom di mana
seorang kolektor fraksi pada akhir setup kolom mengumpulkan sampel dielusi.
Sebelum koleksi fraksi, sampel yang dielusi dari kolom lulus melalui detektor seperti
spektrofotometer atau spektrometer massa sehingga konsentrasi sampel dipisahkan
dalam campuran larutan sampel dapat ditentukan.
Misalnya, jika Anda adalah untuk memisahkan dua protein yang berbeda dengan
kapasitas mengikat yang berbeda untuk kolom dari sampel solusi, jenis yang baik
detektor akan menjadi spektrofotometer menggunakan panjang gelombang 280 nm.
Semakin tinggi konsentrasi protein yang melewati solusi dielusi melalui kolom,
semakin tinggi absorbansi panjang gelombang itu.
Karena kromatografi kolom memiliki aliran konstan solusi dielusi melewati detektor
pada konsentrasi yang berbeda-beda, detektor harus plot konsentrasi sampel dielusi
selama perjalanan waktu. Ini plot konsentrasi sampel terhadap waktu disebut
kromatogram.
Tujuan utama dari kromatografi adalah untuk memisahkan komponen yang berbeda
dari campuran solusi. Resolusi itu menyatakan tingkat pemisahan antara komponenkomponen dari campuran. Semakin tinggi resolusi dari kromatogram, semakin baik
tingkat pemisahan sampel kolom memberikan. Data ini adalah cara yang baik untuk
menentukan pemisahan kolom sifat bahwa sampel tertentu. Resolusi dapat dihitung
dari kromatogram.
Kurva terpisah dalam diagram mewakili profil yang berbeda konsentrasi sampel elusi
dari waktu ke waktu berdasarkan afinitas mereka ke kolom resin. Untuk menghitung
resolusi, waktu retensi dan lebar kurva diperlukan.
Waktu Retensi: Waktu dari awal deteksi sinyal oleh detektor dengan tinggi puncak
profil konsentrasi elusi dari masing-masing sampel yang berbeda.
Lebar Curve: Lebar kurva profil konsentrasi sampel yang berbeda dalam
kromatogram dalam satuan waktu.
Sebuah metode sederhana dari menghitung resolusi kromatogram adalah dengan
menggunakan model plat [6]. Model piring mengasumsikan bahwa kolom dapat
dibagi menjadi sejumlah bagian, atau piring dan keseimbangan massa dapat dihitung
untuk setiap piring individu. Pendekatan ini mendekati kurva kromatogram yang khas
sebagai kurva distribusi Gaussian. Dengan melakukan ini, lebar kurva diperkirakan
sebagai 4 kali standar deviasi dari kurva, 4. Waktu retensi adalah waktu dari awal
deteksi sinyal dengan waktu ketinggian puncak kurva Gaussian.
Dari variabel pada gambar di atas, resolusi, nomor plat, dan tinggi piring model plat
kolom dapat dihitung dengan menggunakan persamaan:
Resolusi (Rs):
Rs = 2 (TRB - tra) / (WB + WA)
Dimana:
TRB = waktu retensi dari B terlarut
TRA = waktu retensi zat terlarut A
wb = Gaussian kurva lebar B terlarut
Wa = Gaussian kurva lebar zat terlarut A
Plat Nomor (N):
N = (TR2) / (w / 4) 2
Plat Tinggi (H):
H=L/N
Dimana L adalah panjang kolom [6].
[Sunting] Column Adsorpsi Equilibrium
Untuk kolom adsorpsi, resin kolom (fase diam) terdiri dari microbeads. Bahkan
partikel yang lebih kecil seperti protein, karbohidrat, ion logam, atau senyawa kimia
lainnya yang terkonjugasi ke microbeads. Setiap partikel mengikat yang melekat pada
microbead dapat diasumsikan untuk mengikat dalam rasio 1:1 dengan sampel zat
terlarut dikirim melalui kolom yang perlu dimurnikan atau dipisahkan.
Mengikat antara molekul target untuk dipisahkan dan molekul mengikat manik-manik
kolom dapat dimodelkan menggunakan reaksi kesetimbangan yang sederhana Keq =
[CS] / ([C] [S]) di mana Keq adalah konstanta kesetimbangan, [C] dan [ S] adalah
konsentrasi molekul target dan molekul mengikat resin kolom, masing-masing. [CS]
adalah konsentrasi kompleks dari molekul target terikat pada resin kolom. [6]
Menggunakan ini sebagai dasar, tiga isoterm yang berbeda dapat digunakan untuk
menggambarkan dinamika mengikat kromatografi kolom: linear, Langmuir, dan
Freundlich.
Isoterm linear terjadi ketika konsentrasi zat terlarut perlu dimurnikan adalah relatif
sangat kecil untuk molekul pengikatan. Dengan demikian, ekuilibrium dapat
didefinisikan sebagai:
[CS] = Keq [C].
Untuk menggunakan skala industri, molekul yang mengikat total pada manik-manik
kolom resin harus diperhitungkan karena situs kosong harus diperhitungkan.
Langmuir isoterm Freundlich dan isoterm berguna dalam menggambarkan
keseimbangan ini. Langmuir isoterm:
[CS] = (KeqStot [C]) / (1 + Keq [C]), di mana Stot adalah molekul mengikat total
pada manik-manik.
Freundlich isoterm:
[CS] = Keq [C] 1 / n
Isoterm Freundlich digunakan ketika kolom dapat mengikat sampel yang berbeda
dalam larutan yang perlu dimurnikan. Karena sampel yang berbeda memiliki
konstanta mengikat yang berbeda dengan manik-manik, ada banyak yang berbeda
Keq ini. Oleh karena itu, Langmuir isoterm bukan model yang baik untuk mengikat
dalam hal ini. [6]
[Sunting] Lihat pula
Kromatografi, sebuah artikel gambaran yang mencakup semua teknik kromatografi.
kromatografi cair kinerja tinggi (HPLC) untuk kromatografi kolom menggunakan
tekanan tinggi.
protein Cepat kromatografi cair (FPLC) untuk pemisahan protein menggunakan
kromatografi kolom.
[edit] References
1. ^ Still, W. C.; Kahn, M.; Mitra, A. J. Org. Chem. 1978, 43(14), 2923-2925.
(doi:10.1021/jo00408a041)
2. ^ Laurence M. Harwood, Christopher J. Moody. Experimental organic chemistry: Principles
and Practice (Illustrated edition ed.). pp. 180-185. ISBN 978-0632020171.
3. ^ Normal phase column chromatography, Material Harvest
4. ^ Fair, J. D.; Kormos, C. M. J. Chromatogr. A 2008, 1211(1-2), 49-54.
(doi:10.1016/j.chroma.2008.09.085)
5. ^ Isolation of Three Components from Spearmint Oil: An Exercise in Column and Thin-Layer
Chromatography Davies, Don R.; Johnson, Todd M. J. Chem. Educ. 2007 84Abstract
6. ^ a b c d Harrison et al. Bioseparations Science and Engineering. Oxford University Press.
New York, New York. 2003
HPLC apparatus.
Kromatografi cair kinerja tinggi (atau kromatografi cair tekanan tinggi, HPLC) merupakan
bentuk kromatografi kolom sering digunakan dalam kimia biokimia dan analitis untuk
memisahkan, mengidentifikasi, dan menghitung senyawa berdasarkan polaritas istimewa
mereka dan interaksi dengan fase diam kolom ini. HPLC menggunakan berbagai jenis fase
diam (biasanya, hidrofobik rantai karbon jenuh), sebuah pompa yang menggerakkan fase
gerak (s) dan analit melalui kolom, dan detektor yang memberikan waktu retensi charateristic
untuk analit. Detektor juga dapat memberikan informasi characterisitc lainnya (yaitu UV / Vis
data spektroskopi untuk analit jika demikian dilengkapi). Analit waktu retensi bervariasi
tergantung pada kekuatan interaksi dengan fase diam, rasio / komposisi pelarut (s) yang
digunakan, dan laju aliran fase gerak.
Dengan HPLC, pompa (bukan gravitasi) memberikan tekanan yang lebih tinggi diperlukan
untuk mendorong fase mobile dan analit melalui kolom padat. Kepadatan meningkat muncul
dari ukuran partikel yang lebih kecil. Hal ini memungkinkan untuk pemisahan yang lebih
baik pada kolom panjang pendek bila dibandingkan dengan kromatografi kolom biasa.
[Sunting] Operasi
Sampel yang akan dianalisis diperkenalkan dalam volume kecil dengan aliran fase gerak.
Gerak analit melalui kolom diperlambat oleh bahan kimia tertentu atau interaksi fisik dengan
fase diam seperti melintasi panjang kolom. Berapa banyak analit diperlambat tergantung pada
sifat analit dan komposisi fase stasioner dan mobile. Waktu di mana mengelusi analit tertentu
(keluar dari ujung kolom) disebut waktu retensi, waktu retensi dalam kondisi tertentu
dianggap sebagai karakteristik mengidentifikasi cukup unik dari analit tertentu. Penggunaan
ukuran partikel yang lebih kecil kemasan kolom (yang menciptakan backpressure lebih
tinggi) meningkatkan kecepatan linear memberikan komponen lebih sedikit waktu untuk
menyebar dalam kolom, yang mengarah ke resolusi ditingkatkan dalam kromatogram yang
dihasilkan. Pelarut umum digunakan termasuk kombinasi bercampur air atau cairan organik
berbagai (yang paling umum adalah metanol dan asetonitril). Air mungkin berisi buffer atau
garam untuk membantu dalam pemisahan komponen analit, atau senyawa seperti asam
trifluoroasetat yang bertindak sebagai agen pasangan ion.
Sebuah perbaikan lebih lanjut untuk HPLC telah bervariasi komposisi fase gerak selama
analisis, hal ini dikenal sebagai elusi gradien. Sebuah gradien normal untuk kromatografi fase
terbalik mungkin mulai metanol 5% dan kemajuan linear untuk metanol 50% lebih dari 25
menit, gradien yang dipilih tergantung pada seberapa hidrofobik analit tersebut. Gradien
memisahkan campuran analit sebagai fungsi dari afinitas analit untuk komposisi fase saat
bergerak relatif terhadap fase diam. Proses partisi ini mirip dengan apa yang terjadi selama
ekstraksi cair-cair tetapi terus menerus, tidak bertahap. Dalam contoh ini, menggunakan
gradien air / metanol, komponen lebih hidrofobik akan mengelusi (datang dari kolom) ketika
fase gerak sebagian besar terdiri dari metanol (memberikan fase gerak relatif hidrofobik).
Senyawa-senyawa yang lebih hidrofilik akan terelusi dalam kondisi metanol relatif rendah /
air yang tinggi.
Pemilihan pelarut, aditif dan gradien tergantung pada sifat fase diam dan analit. Seringkali
serangkaian tes yang dilakukan pada analit dan sejumlah berjalan sidang dapat diproses
dalam rangka untuk menemukan metode HPLC yang memberikan pemisahan terbaik dari
puncak.
[edit] Types
[edit] Partition chromatography
HPLC moderen
Seorang diri modern yang terkandung HPLC. Dalam gambar ini, sebuah Agilent 1.200
terhubung ke PC
Partisi kromatografi adalah jenis pertama dari kromatografi yang dikembangkan kimiawan.
Prinsip Koefisien partisi telah diterapkan dalam kromatografi kertas, kromatografi lapis tipis,
fase gas dan cairan-cairan aplikasi. 1952 Nobel Prize di bidang kimia itu diperoleh oleh
Archer John Porter Martin dan Richard Laurence Millington Synge bagi perkembangan
mereka dari teknik, yang digunakan untuk pemisahan mereka dari asam amino. Partisi
kromatografi menggunakan pelarut dipertahankan, di permukaan atau di dalam biji-bijian
atau serat dari matriks "lembam" pendukung yang solid seperti kromatografi kertas, atau
mengambil keuntungan dari beberapa coulombic tambahan dan / atau hidrogen donor
interaksi dengan dukungan yang solid. Molekul menyeimbangkan (partisi) antara fase diam
cair dan eluen. Dikenal sebagai Kromatografi Interaksi Hidrofilik (HILIC) di HPLC, metode
ini memisahkan analit didasarkan pada perbedaan kutub. HILIC paling sering menggunakan
fase terikat diam polar dan non-polar, air larut, fase gerak. Partisi HPLC telah digunakan
historis pada silika tak terikat atau mendukung alumina. Masing-masing bekerja secara
efektif untuk memisahkan analit oleh perbedaan kutub relatif, bagaimanapun, HILIC
memiliki keuntungan memisahkan asam, larutan basa dan netral dalam kromatogram tunggal.
Analit polar berdifusi ke dalam lapisan air stasioner terkait dengan fase diam polar dan
dengan demikian dipertahankan. Kekuatan retensi meningkat dengan polaritas analit
meningkat, dan interaksi antara analit polar dan fase diam polar (relatif terhadap fase gerak)
meningkatkan waktu elusi. Kekuatan interaksi tergantung pada kelompok fungsional dalam
molekul analit yang mempromosikan partisi tetapi juga dapat mencakup coulombic
(elektrostatik) interaksi dan kemampuan hidrogen donor.
Penggunaan pelarut polar lebih dalam fase gerak akan mengurangi waktu retensi analit,
sedangkan pelarut hidrofobik lebih cenderung meningkatkan waktu retensi.
Partisi dan NP-HPLC telah jatuh dari kasih karunia di tahun 1970-an dengan perkembangan
fase terbalik HPLC karena kurangnya reproduksibilitas waktu retensi sebagai air atau pelarut
organik protik mengubah keadaan hidrasi dari silika atau media kromatografi alumina. Barubaru ini telah menjadi berguna lagi dengan perkembangan fase terikat HILIC yang
meningkatkan reproduktifitas.
[Sunting] kromatografi fase normal
Untuk detail lebih lanjut tentang topik ini, lihat kromatografi fasa air normal.
Juga dikenal sebagai HPLC fase normal (NP-HPLC), atau adsorpsi kromatografi, metode ini
memisahkan analit didasarkan pada adsorpsi dengan kimia permukaan stasioner dan dengan
polaritas. Itu adalah salah satu jenis pertama HPLC yang dikembangkan kimiawan. NPHPLC menggunakan fase diam polar dan non-polar, non-berair fase gerak, dan bekerja
efektif untuk memisahkan analit mudah larut dalam pelarut non-polar. Rekan analit dengan
dan dipertahankan oleh fase diam polar. Kekuatan adsorpsi meningkat dengan polaritas analit
meningkat, dan interaksi antara analit polar dan fase diam polar (relatif terhadap fase gerak)
meningkatkan waktu elusi. Kekuatan interaksi tidak hanya tergantung pada kelompok
fungsional dalam molekul analit, tetapi juga pada faktor sterik. Pengaruh sterics pada
kekuatan interaksi memungkinkan metode ini untuk menyelesaikan (terpisah) isomer
struktural.
Penggunaan pelarut polar lebih dalam fase gerak akan mengurangi waktu retensi analit,
sedangkan pelarut hidrofobik lebih cenderung meningkatkan waktu retensi. Pelarut polar
yang sangat dalam campuran cenderung menonaktifkan fase diam dengan menciptakan
lapisan air stasioner terikat pada permukaan fase diam. Perilaku ini agak aneh bagi fase
normal karena hal ini sangat murni mekanisme adsorptif (interaksi adalah dengan permukaan
yang keras daripada lapisan lembut pada permukaan).
NP-HPLC jatuh dari kasih karunia di tahun 1970-an dengan perkembangan fase terbalik
HPLC karena kurangnya reproduksibilitas waktu retensi sebagai air atau pelarut organik
protik mengubah keadaan hidrasi dari silika atau media kromatografi alumina. Baru-baru ini
telah menjadi berguna lagi dengan perkembangan fase terikat HILIC yang meningkatkan
reproduktifitas.
[Sunting] Pemindahan kromatografi
Prinsip dasar kromatografi perpindahan adalah: Sebuah molekul dengan afinitas tinggi untuk
matriks kromatografi (displacer) akan bersaing secara efektif untuk situs mengikat, dan
dengan demikian menggantikan seluruh molekul dengan afinitas yang lebih rendah [1] Ada
perbedaan jelas antara perpindahan dan kromatografi elusi. . Dalam modus elusi, zat biasanya
muncul dari sebuah kolom di sempit, puncak Gaussian. Pemisahan yang luas dari puncak,
Sebuah kromatogram campuran kompleks (air parfum) diperoleh terbalik fase HPLC
Untuk detail lebih lanjut tentang topik ini, lihat Terbalik-fase kromatografi.
Fase balik HPLC (RP-HPLC atau RPC) memiliki fase non-polar stasioner dan Aqueous, fase
gerak cukup polar. Satu fase diam umum adalah silika yang telah diobati dengan RMe2SiCl,
di mana R adalah gugus alkil rantai lurus seperti C18H37 atau C8H17. Dengan fase stasioner,
waktu retensi lebih lama untuk molekul yang lebih non-polar, sedangkan molekul polar
mengelusi lebih mudah. Penyidik dapat meningkatkan waktu retensi dengan menambahkan
lebih banyak air ke fase gerak, sehingga membuat afinitas analit hidrofobik untuk fase relatif
hidrofobik stasioner kuat ke fase gerak sekarang lebih hidrofilik. Demikian pula, penyidik
dapat mengurangi waktu retensi dengan menambahkan lebih pelarut organik untuk eluen.
RPC begitu umum digunakan yang sering salah disebut sebagai "HPLC" tanpa spesifikasi
lebih lanjut. Industri farmasi secara rutin menggunakan RPC untuk memenuhi syarat obat
sebelum pembebasan mereka.
RPC beroperasi pada prinsip kekuatan hidrofobik, yang berasal dari simetri tinggi dalam
struktur air dipole dan memainkan peran paling penting dalam semua proses dalam ilmu
kehidupan. RPC memungkinkan pengukuran kekuatan interaktif. Pengikatan analit ke fase
diam sebanding dengan luas permukaan kontak sekitar segmen non-polar dari molekul analit
pada hubungan dengan ligan dalam eluen air. Efek solvophobic didominasi oleh kekuatan air
untuk "pengurangan rongga-" sekitar analit dan rantai-C18 versus kompleks keduanya.
Energi yang dilepaskan dalam proses ini sebanding dengan tegangan permukaan eluen (air:
7.3 10-6 J / cm , metanol: 2,2 10-6 J / cm ) dan permukaan hidrofobik analit dan ligan
masing . Retensi dapat dikurangi dengan menambahkan pelarut kurang polar (metanol,
asetonitril) ke dalam fase gerak untuk mengurangi tegangan permukaan air. Elusi gradien
menggunakan efek ini dengan secara otomatis mengurangi polaritas dan tegangan permukaan
dari fase gerak berair selama analisis.
Sifat struktur molekul analit memainkan peran penting dalam karakteristik retensi. Secara
umum, suatu analit dengan luas hidrofobik lebih besar permukaan (CH, CC, dan umumnya
non-polar ikatan atom, seperti SS dan lain-lain) hasil dalam waktu retensi lebih lama karena
meningkatkan non-polar permukaan molekul daerah, yang non -berinteraksi dengan struktur
air. Di sisi lain, gugus polar, seperti-OH,-NH2, COO-atau-NH3 + mengurangi retensi karena
mereka terintegrasi dengan baik ke dalam air. Molekul yang sangat besar, namun, dapat
mengakibatkan interaksi yang tidak lengkap antara permukaan analit besar dan rantai alkil
ligan dan dapat memiliki masalah memasuki pori-pori fase diam.
Waktu retensi meningkat dengan luas permukaan hidrofobik (non-polar). Senyawa rantai
bercabang mengelusi lebih cepat dari isomer berhubungan linear karena luas permukaan
keseluruhan menurun. Senyawa organik Similarly with ikatan CC single mengelusi lambat
dibandingkan dengan C = C or CC-triple Bond sebagaimana ikatan ganda atau triple lebih
pendek daripada single CC-bond.
Selain fase tegangan permukaan ponsel (kekuatan organisasi dalam struktur eluen), lainnya
pengubah fase gerak dapat mempengaruhi retensi analit. Misalnya, penambahan garam
anorganik menyebabkan peningkatan linear moderat dalam tegangan permukaan larutan
berair (1,5 10-7 ca. J / cm Mol per untuk NaCl, 2,5 10-7 J / cm Mol per untuk (NH4)
2SO4), dan karena entropi dari interface analit-pelarut dikendalikan oleh tegangan
permukaan, penambahan garam cenderung meningkatkan waktu retensi. Teknik ini
digunakan untuk pemisahan ringan dan pemulihan protein dan perlindungan dari aktivitas
biologis mereka dalam analisis protein (kromatografi interaksi hidrofobik, HIC).
Komponen penting lainnya adalah pengaruh pH karena ini dapat mengubah hidrofobisitas
analit. Untuk alasan ini metode yang paling menggunakan agen buffering, seperti natrium
fosfat, untuk mengontrol pH. Buffer melayani beberapa tujuan: mereka mengontrol pH,
menetralisir muatan pada setiap silika terkena residu pada fase diam dan bertindak sebagai
agen pasangan ion untuk menetralkan muatan pada analit. Formate Amonium biasanya
ditambahkan dalam spektrometri massa untuk meningkatkan deteksi analit tertentu dengan
pembentukan adduct amonium. Suatu asam organik yang mudah menguap seperti asam
asetat, atau asam formiat paling sering, sering ditambahkan ke fase gerak jika spektrometri
massa digunakan untuk menganalisis kolom eluen. Asam trifluoroasetat jarang digunakan
dalam aplikasi spektrometri massa karena kegigihan dalam detektor dan sistem pengiriman
pelarut, tetapi bisa efektif dalam meningkatkan retensi analit seperti asam karboksilat dalam
aplikasi menggunakan detektor lainnya, karena merupakan salah satu asam organik terkuat.
Efek dari asam dan buffer bervariasi oleh aplikasi tetapi umumnya meningkatkan
kromatografi.
Kolom fase terbalik cukup sulit untuk merusak dibandingkan dengan kolom silika normal,
namun, banyak kolom fase terbalik terdiri dari alkil partikel silika diderivatisasi dan tidak
boleh digunakan dengan dasar air karena ini akan menghancurkan partikel silika yang
mendasarinya. Mereka dapat digunakan dengan asam encer, tetapi kolom tidak boleh terkena
asam terlalu lama, karena bisa menimbulkan korosi bagian logam dari peralatan HPLC. RPHPLC kolom harus memerah dengan pelarut bersih setelah digunakan untuk menghapus sisa
asam atau buffer, dan disimpan dalam sebuah komposisi yang tepat dari pelarut. Kandungan
logam dari kolom HPLC harus tetap rendah jika kemampuan terbaik untuk zat terpisah
dipertahankan. Sebuah tes yang baik untuk kandungan logam dari kolom adalah untuk
menyuntikkan sampel yang merupakan campuran dari 2,2 '- dan 4,4' - bipiridin. Karena 2,2 '-
bipy dapat khelat logam, bentuk puncak untuk 2,2'-bipy akan terdistorsi (ekor) ketika ion
logam yang hadir pada permukaan silika. [Rujukan?] ..
[Sunting] Ukuran kromatografi eksklusi
Untuk detail lebih lanjut tentang topik ini, lihat kromatografi eksklusi ukuran.
Ukuran kromatografi eksklusi (SEC), juga dikenal sebagai kromatografi permeasi gel atau
kromatografi gel filtrasi, memisahkan partikel berdasarkan ukuran. Ini umumnya merupakan
kromatografi resolusi rendah sehingga sering dicadangkan untuk langkah final, "polishing"
pemurnian a. Hal ini juga berguna untuk menentukan struktur tersier dan struktur kuaterner
protein dimurnikan. SEC digunakan terutama untuk analisis molekul besar seperti protein
atau polimer. SEC bekerja dengan menjebak molekul-molekul yang lebih kecil dalam poripori partikel. Molekul-molekul yang lebih besar hanya melewati pori-pori karena mereka
terlalu besar untuk masuk ke pori-pori. Oleh karena itu molekul yang lebih besar mengalir
melalui kolom lebih cepat daripada molekul yang lebih kecil, yaitu lebih kecil molekul,
semakin lama waktu retensi.
Teknik ini banyak digunakan untuk penentuan berat molekul polisakarida. SEC adalah teknik
resmi (suggested by European Pharmacopeia) untuk perbandingan berat molekul yang
berbeda tersedia secara komersial molekul rendah heparins berat.
[Sunting] Ion kromatografi penukar
Untuk detail lebih lanjut tentang topik ini, lihat pertukaran ion kromatografi.
Dalam pertukaran ion kromatografi, retensi didasarkan pada daya tarik antara ion terlarut dan
situs dibebankan terikat pada fase diam. Ion muatan yang sama dikecualikan. Jenis penukar
ion meliputi:
Polistirena resin - Ini memungkinkan hubungan lintas yang meningkatkan stabilitas rantai.
Tinggi linkage lintas Mengurangi meliuk, yang meningkatkan waktu ekuilibrasi dan akhirnya
meningkatkan selektivitas.
Selulosa dan ion dekstran penukar (gel) - Ini memiliki ukuran pori yang lebih besar dan
kepadatan muatan yang rendah membuat mereka cocok untuk pemisahan protein.
Controlled-pori kaca atau silika berpori
Secara umum, penukar ion mendukung pengikatan ion biaya tinggi dan jari-jari yang lebih
kecil.
Peningkatan ion tanding (berkenaan dengan kelompok-kelompok fungsional dalam resin)
konsentrasi mengurangi waktu retensi. Peningkatan pH mengurangi waktu retensi dalam
pertukaran kation sementara penurunan pH mengurangi waktu retensi dalam pertukaran
anion.
Bentuk kromatografi secara luas digunakan dalam aplikasi berikut: pemurnian air,
prekonsentrasi komponen jejak, ligan-kromatografi penukar, pertukaran ion kromatografi
protein, tinggi-pH anion-kromatografi penukar karbohidrat dan oligosakarida, dan lain-lain.
[Sunting] Bioaffinity kromatografi
Proses kromatografi bergantung pada properti dari zat biologis aktif untuk membentuk stabil,
kompleks yang spesifik, dan reversibel. Pembentukan kompleks ini melibatkan partisipasi
pasukan molekul umum seperti Van der Waals interaksi, interaksi elektrostatik, dipol-dipol
interaksi, interaksi hidrofobik, dan ikatan hidrogen. Ikatan, efisien biospecific dibentuk oleh
aksi simultan dan terpadu dari beberapa kekuatan di situs mengikat pelengkap.
[Sunting] kromatografi fase berair yang normal
Aqueous fase kromatografi normal (ANP) adalah teknik kromatografi yang meliputi wilayah
fase gerak antara fase terbalik kromatografi (RP) dan organik kromatografi fase normal
(ONP). Teknik ini digunakan untuk mencapai selektivitas unik untuk senyawa hidrofilik,
menunjukkan elusi fase normal yang menggunakan reverse-fase pelarut. [Rujukan?]
[Sunting] isokratik aliran dan elusi gradien
Sebuah pemisahan di mana komposisi fase gerak tetap konstan di seluruh prosedur disebut
isokratik (berarti komposisi konstan). Kata ini diciptakan oleh Csaba Horvath dari
Universitas Yale [rujukan?], Yang merupakan salah satu pelopor dari HPLC.
Komposisi fase gerak tidak harus tetap konstan. Sebuah pemisahan di mana komposisi fase
gerak berubah selama proses pemisahan digambarkan sebagai elusi gradien. [2] Salah satu
contoh adalah gradien mulai metanol 10% dan berakhir pada metanol 90% setelah 20 menit.
Kedua komponen dari fase gerak biasanya disebut "A" dan "B", A adalah "lemah" pelarut
yang memungkinkan zat terlarut untuk mengelusi hanya perlahan-lahan, sedangkan B adalah
"kuat" pelarut yang cepat elutes zat terlarut dari kolom . Sebuah pelarut sering air, sedangkan
B adalah pelarut organik bercampur dengan air, seperti asetonitril, metanol, THF, atau
isopropanol.
Dalam elusi isokratik, lebar puncak meningkat dengan waktu retensi linear menurut
persamaan untuk N, jumlah pelat teoritis. Hal ini menyebabkan kerugian yang terlambateluting puncak menjadi sangat datar dan luas. Bentuk dan lebar dapat menjaga mereka dari
yang diakui sebagai puncak.
Elusi gradien mengurangi retensi nanti-eluting komponen sehingga mereka mengelusi lebih
cepat, memberikan sempit (dan lebih tinggi) untuk komponen yang paling puncak. Ini juga
meningkatkan bentuk puncak untuk puncak ekor, sebagai meningkatnya konsentrasi eluen
organik mendorong bagian tailing dari puncak ke depan. Ini juga meningkatkan tinggi puncak
(peak terlihat "tajam"), yang penting dalam analisis jejak. Program gradien mungkin
termasuk mendadak "langkah" peningkatan persentase komponen organik, atau lereng yang
berbeda pada waktu yang berbeda - semua sesuai dengan keinginan untuk pemisahan
optimum dalam waktu yang minimal.
Dalam elusi isokratik, selektivitas tidak berubah jika dimensi kolom (panjang dan diameter
dalam) perubahan - yaitu, elusi puncak dalam urutan yang sama. Dalam elusi gradien, urutan
elusi dapat berubah sebagai dimensi atau perubahan laju alir. [Rujukan?]
Kekuatan pendorong yang berasal dari kromatografi fase terbalik dalam urutan tinggi struktur
air. Peran fase gerak organik adalah untuk mengurangi urutan tinggi dengan mengurangi
kekuatan penghambat dari komponen berair.
[Sunting] Parameter
[Sunting] diameter internal
Diameter internal (ID) dari kolom HPLC merupakan parameter penting yang mempengaruhi
sensitivitas deteksi dan selektivitas pemisahan elusi gradien. Hal ini juga menentukan
kuantitas analit yang dapat dimuat ke kolom. Kolom besar biasanya terlihat dalam aplikasi
industri, seperti pemurnian produk obat untuk digunakan nanti. Rendah-ID kolom telah
meningkatkan sensitivitas dan konsumsi pelarut lebih rendah dengan mengorbankan
kapasitas loading.
kolom ID yang lebih besar (lebih dari 10 mm) yang digunakan untuk memurnikan jumlah
bahan yang dapat digunakan karena kapasitas beban yang besar.
kolom skala Analytical (4.6 mm) telah menjadi jenis yang paling umum dari kolom, kolom
meskipun kecil dengan cepat mendapatkan popularitas. Mereka digunakan dalam analisis
kuantitatif tradisional sampel dan sering menggunakan detektor absorbansi UV-Vis.
Narrow-bore kolom (1-2 mm) yang digunakan untuk aplikasi saat sensitivitas lebih
diinginkan baik dengan khusus UV-vis detektor, deteksi fluoresensi atau dengan metode
deteksi lainnya seperti kromatografi cair-spektrometri massa
Kolom kapiler (di bawah 0,3 mm) yang digunakan hampir secara eksklusif dengan deteksi
alternatif berarti seperti spektrometri massa. Mereka biasanya terbuat dari kapiler leburan
silika, daripada tabung stainless steel yang lebih besar mempekerjakan kolom.
[Sunting] Ukuran partikel
HPLC paling tradisional dilakukan dengan fase diam melekat pada bagian luar kecil partikel
silika bulat (manik-manik yang sangat kecil). Partikel ini datang dalam berbagai ukuran
dengan 5 pM manik yang paling umum. Partikel yang lebih kecil umumnya memberikan luas
permukaan lebih banyak dan pemisahan yang lebih baik, tetapi tekanan yang dibutuhkan
untuk meningkatkan kecepatan optimal linear dengan kebalikan dari kuadrat diameter
partikel [3] [4] [5].
Ini berarti bahwa perubahan partikel yang setengah besar, menjaga ukuran kolom yang sama,
akan menggandakan kinerja, tetapi meningkatkan tekanan yang dibutuhkan dengan faktor
empat. Partikel yang lebih besar yang digunakan dalam HPLC preparatif (diameter kolom 5
cm sampai dengan> 30 cm) dan untuk non-HPLC aplikasi seperti solid-fase ekstraksi.
[Sunting] ukuran pori
Fasa diam banyak berpori untuk memberikan luas permukaan yang lebih besar. Pori-pori
kecil memberikan luas permukaan yang lebih besar sedangkan ukuran pori yang lebih besar
memiliki kinetika yang lebih baik, terutama untuk analit yang lebih besar. Sebagai contoh,
suatu protein yang hanya sedikit lebih kecil dari pori bisa memasuki pori-pori tetapi tidak
mudah meninggalkan sekali di dalam.
[Sunting] Tekanan Pompa
Pompa bervariasi dalam kapasitas tekanan, namun kinerja mereka diukur pada kemampuan
mereka untuk menghasilkan laju aliran yang konsisten dan direproduksi. Tekanan dapat
mencapai setinggi 40 MPa (6000 lbf/in2), atau sekitar 400 atmosfer. Modern HPLC sistem
telah ditingkatkan untuk bekerja pada tekanan yang lebih tinggi, dan karena itu dapat
menggunakan ukuran partikel jauh lebih kecil dalam kolom (<2 m). Ini "Ultra Cair Kinerja
Tinggi Kromatografi" sistem atau RSLC / UHPLCs dapat bekerja sampai dengan 100 MPa
(15.000 lbf / in ), atau sekitar 1000 atmosfer. Istilah "UPLC" adalah merek dagang dari
Corporation Waters, namun kadang-kadang digunakan untuk merujuk ke teknik yang lebih
umum.
[edit] References
1. ^ Displacement Chromatography 101. [1] Sachem, Inc. Austin, TX 78737
2. ^ A recent book provides a comprehensive treatment of the theory of high-performance
gradient chromatography: Lloyd R. Snyder and John W. Dolan (2006). High-Performance
Gradient Elution: The Practical Application of the Linear-Solvent-Strength Model. Wiley
Interscience. ISBN 0471706469..
3. ^ Fast and Ultrafast HPLC on sub-2 m Porous Particles Where Do We Go From
Here? - LC-GC Europe
4. ^ Xiang, Y.; Liu Y. and Lee M.L. (2006). "Ultrahigh pressure liquid chromatography using
elevated temperature". Journal of Chromatography A 1104 (1-2): 198202.
doi:10.1016/j.chroma.2005.11.118.
5. ^ Horvth, Cs.; Preiss B.A. and Lipsky S.R. (1967). "Fast liquid chromatography.
Investigation of operating parameters and the separation of nucleotides on pellicular ion
exchangers". Analytical Chemistry 39: 14221428. doi:10.1021/ac60256a003.
Brief Guide to HPLC Instruments A video that describes the different parts of a
HPLC instrument and the role that each performs
HPLC Primer Beginners Guide to Liquid Chromatography, J.C. Arsenault and P.D.
McDonald [2009] - A detailed primer with history, glossary, and technology sections
A History of Chromatography - P.D. McDonald, The Quest for Ultra Performance
in Liquid Chromatography - Origins of UPLC Technology, P.D. McDonald [2009] - a
history of the 100 years of chromatography, with glossary and detailed notes
Beginners Guide to UPLC Technology - Beginners Guide to UPLC (UltraPerformance Liquid Chromatography), E.S. Grumbach, J.C. Arsenault, and D.R.
McCabe [2009] - a good introduction to UPLC Technology
Scientific Calculator for HPLC
Example of a GC-MS
Kromatografi gas-spektrometri massa (GC-MS) adalah sebuah metode yang menggabungkan
fitur dari gas-cair kromatografi dan spektrometri massa untuk mengidentifikasi zat yang
berbeda dalam sampel uji. Aplikasi GC-MS termasuk deteksi narkoba, kebakaran investigasi,
analisis lingkungan, investigasi bahan peledak, dan identifikasi sampel tidak diketahui. GC /
MS juga dapat digunakan dalam keamanan bandara untuk mendeteksi zat dalam bagasi atau
pada manusia. Selain itu, dapat mengidentifikasi elemen dalam bahan yang sebelumnya
dianggap telah hancur di luar identifikasi.
GC-MS telah banyak digembar-gemborkan sebagai "standar emas" untuk identifikasi zat
forensik karena digunakan untuk melakukan tes tertentu. Sebuah tes yang spesifik positif
mengidentifikasi kehadiran sebenarnya zat tertentu dalam sampel yang diberikan. Sebuah tes
non-spesifik hanya menunjukkan bahwa zat yang jatuh ke dalam kategori zat. Meskipun tes
non-spesifik statistik bisa menyarankan identitas substansi, ini bisa menyebabkan identifikasi
positif palsu.
[sunting] Sejarah
Penggunaan spektrometer massa sebagai detektor dalam kromatografi gas dikembangkan
selama tahun 1950-an oleh Roland Gohlke dan Fred McLafferty. [1] [2] Perangkat ini sensitif
yang besar, rapuh, dan awalnya terbatas pada pengaturan laboratorium. Perkembangan
komputer terjangkau dan miniatur telah membantu dalam penyederhanaan penggunaan
instrumen ini, serta perbaikan besar diperbolehkan dalam jumlah waktu yang diperlukan
untuk menganalisis sampel. Pada tahun 1996 yang top-of-the-line kecepatan tinggi GC-MS
unit menyelesaikan analisis dari accelerants api dalam waktu kurang dari 90 detik, sedangkan
generasi pertama GC / MS akan diperlukan setidaknya 16 menit [rujukan?]. Hal ini telah
menyebabkan untuk diadopsi secara luas dalam sejumlah bidang.
[edit] Instrumentation
Main articles: gas chromatograph and mass spectrometer
The insides of the GC-MS, with the column of the gas chromatograph in the oven on the
right.
Bagian dalam GC-MS, dengan kolom kromatografi gas di oven di sebelah kanan.
GC-MS terdiri dari dua blok bangunan utama: kromatografi gas dan spektrometer massa. The
kromatografi gas menggunakan kolom kapiler yang tergantung pada dimensi kolom ini
(panjang, diameter, ketebalan film) serta sifat fase (misalnya 5% fenil polisiloksan).
Perbedaan sifat kimia antara molekul yang berbeda dalam campuran akan memisahkan
molekul sebagai sampel perjalanan panjang dari kolom. Molekul-molekul mengambil jumlah
waktu yang berbeda (disebut waktu retensi) untuk keluar dari (elusi dari) kromatografi gas,
dan ini memungkinkan hilir spektrometer massa untuk menangkap, mengionisasi,
mempercepat, menangkis, dan mendeteksi molekul terionisasi secara terpisah. Spektrometer
massa melakukan hal ini dengan memecah molekul masing-masing menjadi fragmen
terionisasi dan mendeteksi fragmen menggunakan massa mereka dengan perbandingan massa
dan muatan.
GC-MS schematic
Kedua komponen, digunakan bersama-sama, memungkinkan tingkat yang jauh lebih halus
identifikasi substansi dari salah satu unit yang digunakan secara terpisah. Hal ini tidak
mungkin untuk membuat identifikasi yang akurat dari suatu molekul tertentu dengan
kromatografi gas atau spektrometri massa saja. Proses spektrometri massa biasanya
membutuhkan sampel yang sangat murni sedangkan kromatografi gas menggunakan detektor
tradisional (misalnya Flame Detector Ionisasi) mendeteksi beberapa molekul yang terjadi
untuk mengambil jumlah waktu yang sama untuk melakukan perjalanan melalui kolom (yaitu
memiliki waktu retensi yang sama) yang mengakibatkan dalam dua atau lebih molekul koelusi. Kadang-kadang dua molekul yang berbeda juga dapat memiliki pola yang sama dari
fragmen terionisasi dalam spektrometer massa (spektrum massa). Menggabungkan dua proses
membuatnya sangat tidak mungkin bahwa dua molekul yang berbeda akan berperilaku
dengan cara yang sama di kedua kromatografi gas dan spektrometer massa. Oleh karena itu
ketika sebuah spektrum massa mengidentifikasi muncul pada waktu retensi karakteristik
dalam analisis GC-MS, biasanya meminjamkan untuk kepastian meningkat bahwa analit dari
bunga dalam sampel.
[Sunting] Split / splitless GC-MS inlet
Sampel diperkenalkan ke kolom melalui inlet. Inlet ini biasanya injeksi melalui septum.
Setelah di inlet, ruang dipanaskan bertindak untuk menguapkan sampel. Dalam sistem split,
aliran konstan gas pembawa bergerak melalui inlet. Sebagian dari aliran gas pembawa
bertindak untuk mengangkut sampel ke dalam kolom. Bagian lain dari aliran gas pembawa
akan diarahkan untuk membersihkan inlet dari setiap injeksi berikut sampel (pembersihan
septum). Namun bagian lain dari aliran diarahkan melalui ventilasi perpecahan dalam rasio
set yang dikenal sebagai rasio split. Dalam sistem splitless, keuntungan adalah bahwa jumlah
yang lebih besar dari sampel diperkenalkan ke kolom. Namun, sistem split lebih disukai bila
detektor sensitif untuk melacak jumlah analit dan ada kekhawatiran tentang overloading
kolom.
[Sunting] Purge dan perangkap GC-MS
Untuk analisis senyawa volatil sistem konsentrator Purge dan Perangkap (P & T) dapat
digunakan untuk memperkenalkan sampel. Analit target diekstrak dan dicampur dengan air
dan dimasukkan ke dalam ruang kedap udara. Gas inert seperti Nitrogen (N2) ditiupkan
melalui air, hal ini dikenal sebagai pembersihan. Senyawa-senyawa volatil pindah ke ruang
atas di atas air dan ditarik sepanjang gradien tekanan (yang disebabkan oleh pengenalan gas
pembersihan) keluar dari ruangan. Senyawa-senyawa yang mudah menguap diambil
sepanjang garis dipanaskan ke 'perangkap'. perangkap adalah kolom bahan adsorben pada
suhu ambien yang memegang senyawa dengan mengembalikan mereka ke fase cair.
Perangkap tersebut kemudian dipanaskan dan senyawa sampel diperkenalkan ke kolom GCMS melalui antarmuka volatil, yang merupakan sistem inlet perpecahan. P & T GC-MS
sangat cocok untuk senyawa organik volatil (VOC) dan senyawa BTEX (senyawa aromatik
terkait dengan minyak bumi) [3].
[Sunting] Jenis Detektor Spektrometer Massa
Jenis yang paling umum dari spektrometer massa (MS) terkait dengan kromatografi gas (GC)
merupakan spektrometer massa quadrupole, kadang-kadang disebut dengan nama HewlettPackard (sekarang Agilent) perdagangan "Mass Detector Selektif" (MSD). Lain detektor
relatif umum adalah spektrometer massa perangkap ion. Selain itu orang dapat menemukan
spektrometer massa sektor magnetik, namun instrumen tertentu yang mahal dan besar dan
tidak biasanya ditemukan di high-throughput laboratorium layanan. Detektor lainnya dapat
ditemui seperti waktu penerbangan (TOF), tandem quadrupoles (MS-MS) (lihat di bawah),
atau dalam kasus sebuah perangkap MSN ion dimana n menunjukkan tahap nomor massa
spektrometri.
[Sunting] Analisis
Sebuah spektrometer massa biasanya digunakan dalam salah satu dari dua cara: Full Scan
atau Pemantauan Ion Selektif (SIM). Instrumen GC / MS khas mampu melakukan kedua
fungsi baik secara individu atau bersamaan, tergantung pada konfigurasi instrumen tertentu.
[Sunting] Full Scan MS
Ketika mengumpulkan data dalam modus scan penuh, berbagai target fragmen massa
ditentukan dan dimasukkan ke dalam metode instrumen. Sebuah contoh dari berbagai khas
fragmen massa untuk memantau akan m / z 50 sampai m / z 400. Penentuan apa yang
berkisar untuk menggunakan sebagian besar ditentukan oleh apa yang salah mengantisipasi
berada di sampel sementara yang sadar akan kemungkinan gangguan pelarut dan lainnya.
Sebuah MS tidak harus ditetapkan untuk mencari fragmen massa terlalu rendah atau pun
seseorang bisa mendeteksi udara (ditemukan sebagai m / z 28 karena nitrogen), karbon
dioksida (m / z 44) atau gangguan lain yang mungkin. Selain itu jika satu adalah dengan
menggunakan berbagai besar scan maka sensitivitas instrumen yang menurun karena
melakukan scan lebih sedikit per detik karena setiap scan harus mendeteksi berbagai fragmen
massa.
Full scan berguna dalam menentukan senyawa yang tidak diketahui dalam sampel. Ini
menyediakan informasi lebih dari SIM ketika datang untuk konfirmasi atau menyelesaikan
senyawa dalam sampel. Selama pengembangan instrumen metode mungkin umum untuk
pertama menganalisa larutan uji dalam modus scan penuh untuk menentukan waktu retensi
dan sidik jari fragmen massa sebelum pindah ke metode instrumen SIM.
[Sunting] pemantauan ion terpilih
Dalam pemantauan ion terpilih (SIM) fragmen ion tertentu dimasukkan ke dalam metode
instrumen dan hanya fragmen massa yang terdeteksi oleh spektrometer massa. Keuntungan
dari SIM adalah bahwa batas deteksi yang lebih rendah karena instrumen yang hanya melihat
sejumlah kecil fragmen (misalnya tiga fragmen) selama setiap scan. Lebih scan dapat terjadi
setiap detik. Karena hanya fragmen massa beberapa bunga sedang dipantau, gangguan
matriks biasanya lebih rendah. Untuk tambahan mengkonfirmasi kemungkinan hasil positif
potensial, relatif penting untuk memastikan bahwa rasio ion fragmen massa berbagai
sebanding dengan standar referensi yang dikenal.
[Sunting] Jenis Ionisasi
Setelah molekul perjalanan panjang kolom, melewati jalur transfer dan masuk ke dalam
spektrometer massa mereka terionisasi dengan berbagai metode dengan metode yang
biasanya hanya satu yang digunakan pada waktu tertentu. Setelah sampel terfragmentasi
maka akan terdeteksi, biasanya oleh dioda multiplier elektron, yang pada dasarnya mengubah
massa fragmen terionisasi menjadi sinyal listrik yang kemudian terdeteksi.
Teknik ionisasi yang dipilih adalah independen menggunakan Full Scan atau SIM.
[Sunting] Elektron Ionisasi
Sejauh ini merupakan bentuk paling umum dan mungkin standar ionisasi adalah ionisasi
elektron (EI). Molekul-molekul masuk ke dalam MS (sumber adalah quadrupole atau
perangkap ion sendiri dalam perangkap ion MS) di mana mereka dibombardir dengan
elektron bebas yang dipancarkan dari filamen, tidak banyak berbeda dengan filamen yang
akan menemukan di bola lampu standar. The membombardir elektron molekul, menyebabkan
molekul untuk fragmen dengan cara yang khas dan direproduksi. Ini "keras ionisasi" hasil
teknik dalam penciptaan fragmen lebih banyak massa rendah untuk mengisi rasio (m / z) dan
sedikit, jika ada, molekul mendekati unit massa molekul. Ionisasi keras dianggap oleh
spectroscopists massa sebagai mempekerjakan pemboman elektron molekul, sedangkan
"ionisasi lunak" adalah biaya oleh tabrakan molekul dengan gas diperkenalkan. Pola
fragmentasi molekul tergantung pada energi elektron diterapkan pada sistem, biasanya 70eV
(elektron Volt). Penggunaan 70eV memfasilitasi perbandingan spektrum yang dihasilkan
dengan National Institute of Standar (NIST-USA) perpustakaan spektrum menerapkan
program pencocokan algoritma dan penggunaan metode analisis yang ditulis oleh lembaga
standardisasi metode banyak.
[Sunting] Ionisasi Kimia
Artikel utama: ionisasi kimia
Dalam ionisasi kimia gas pereaksi, biasanya metana atau amonia dimasukkan ke dalam
spektrometer massa. Tergantung pada teknik (CI positif atau negatif CI) yang dipilih, ini gas
reagen akan berinteraksi dengan elektron dan analit dan menyebabkan 'soft' ionisasi molekul
bunga. Sebuah ionisasi lembut fragmen molekul ke tingkat yang lebih rendah daripada
ionisasi keras EI. Salah satu manfaat utama menggunakan ionisasi kimia adalah bahwa
sebuah fragmen massa erat sesuai dengan berat molekul analit kepentingan diproduksi.
Positif Kimia Ionisasi
Dalam Ionisasi Kimia Positif (PCI) gas reagen berinteraksi dengan molekul target, paling
sering dengan pertukaran proton. Ini menghasilkan spesies dalam jumlah yang relatif tinggi.
Negatif Kimia Ionisasi
Dalam Ionisasi Kimia Negatif (NCI) gas pereaksi mengurangi dampak elektron bebas pada
analit target. Ini energi menurun biasanya meninggalkan fragmen pasokan yang besar.
Bagian ini membutuhkan ekspansi dengan:
Memperbarui. Informasi berikut ini dalam proses sedang diperbarui:.
Tujuan utama dari analisis instrumen untuk mengukur jumlah zat. Hal ini dilakukan dengan
membandingkan konsentrasi relatif antara massa atom dalam spektrum yang dihasilkan. Dua
jenis analisis yang mungkin, komparatif dan asli. Analisis Perbandingan dasarnya
membandingkan spektrum yang diberikan ke perpustakaan untuk melihat apakah spektrum
karakteristiknya hadir untuk beberapa sampel di perpustakaan. Hal ini paling baik dilakukan
oleh komputer karena ada segudang distorsi visual yang dapat terjadi karena variasi dalam
skala. Komputer juga dapat secara bersamaan berkorelasi lebih banyak data (seperti waktu
retensi diidentifikasi oleh GC), untuk lebih akurat berhubungan data tertentu.
Metode lain dari analisis mengukur puncak dalam hubungannya dengan satu sama lain.
Dalam metode ini, puncak tertinggi diberikan 100% dari nilai, dan puncak lainnya yang
ditugaskan nilai proporsional. Semua nilai di atas 3% ditugaskan. Massa total senyawa yang
tidak diketahui biasanya ditandai dengan puncak orangtua. Nilai ini puncak orangtua dapat
digunakan agar sesuai dengan rumus kimia yang mengandung berbagai unsur yang diyakini
berada di kompleks. Pola isotop dalam spektrum, yang unik untuk elemen yang memiliki
isotop banyak, juga dapat digunakan untuk mengidentifikasi berbagai elemen hadir. Setelah
rumus kimia telah disesuaikan dengan spektrum, struktur molekul dan ikatan dapat
diidentifikasi, dan harus konsisten dengan karakteristik direkam oleh GC / MS. Biasanya,
identifikasi dilakukan secara otomatis oleh program yang datang dengan instrumen, diberi
daftar unsur-unsur yang bisa hadir dalam sampel.
Sebuah "spektrum penuh" analisis menganggap semua "puncak" dalam spektrum.
Sebaliknya, ion pemantauan selektif (SIM) hanya memonitor puncak yang dipilih terkait
dengan zat tertentu. Hal ini dilakukan dengan asumsi bahwa pada waktu retensi yang
diberikan, satu set ion adalah karakteristik dari senyawa tertentu. Ini adalah analisis cepat dan
efisien, terutama jika analis memiliki informasi sebelumnya tentang sampel atau hanya
mencari beberapa zat-zat tertentu. Ketika jumlah informasi yang dikumpulkan tentang ion
dalam kromatografi menurun diberikan puncak gas, sensitivitas meningkat analisis. Jadi,
analisis SIM memungkinkan untuk jumlah yang lebih kecil dari suatu senyawa untuk
dideteksi dan diukur, tetapi tingkat kepastian tentang identitas senyawa yang berkurang.
[Sunting] GC-MS/MS
Ketika fase kedua fragmentasi massa ditambahkan, misalnya menggunakan quadrupole kedua
dalam instrumen quadrupole, hal itu disebut MS / MS atau Tandem MS. Tandem spektrometri
massa (MS / MS) adalah teknik yang lebih kuat untuk quantitate tingkat rendah senyawa
target di hadapan latar belakang matriks sampel tinggi.
The kuadrupol pertama (Q1) terhubung dengan sel tabrakan (q2) dan quadrupole lain (Q3).
Kedua quadrupoles dapat digunakan dalam pemindaian atau mode statis, tergantung pada
jenis MS / MS analisis yang dilakukan. Jenis analisis meliputi produk ion scan, prekursor ion
scan, Pemantauan Reaksi Tunggal (SRM) dan Pemantauan Reaksi Beberapa (MRM) dan
Scan Rugi Netral. Sebagai contoh: Ketika Q1 berada dalam mode statis (melihat satu massa
hanya seperti di SIM), dan Q3 berada dalam mode pemindaian, satu memperoleh apa yang
disebut produk spektrum ion (juga disebut "putri spektrum"). Dari spektrum ini, seseorang
dapat memilih ion produk terkemuka yang dapat menjadi ion produk untuk ion prekursor
yang dipilih. Pasangan ini disebut "transisi" dan membentuk dasar untuk SRM (MRM
kadang-kadang digunakan sebagai istilah). SRM sangat spesifik dan hampir menghilangkan
latar belakang matriks.
[Sunting] Aplikasi
[Sunting] Pemantauan Lingkungan dan Pembersihan
GC-MS menjadi alat pilihan untuk melacak polutan organik di lingkungan. Biaya GC-MS
peralatan telah menurun secara signifikan, dan kehandalan telah meningkat pada saat yang
sama, yang telah memberikan kontribusi terhadap peningkatan adopsi dalam studi
lingkungan. Ada beberapa senyawa yang GC-MS tidak cukup sensitif, termasuk pestisida dan
herbisida tertentu, tetapi untuk analisis yang paling organik dari sampel lingkungan, termasuk
kelas utama banyak pestisida, sangat sensitif dan efektif.
[Sunting] Forensik Pidana
GC-MS dapat menganalisis partikel dari tubuh manusia dalam rangka untuk membantu
menghubungkan seorang kriminal untuk kejahatan. Analisis puing-puing kebakaran
menggunakan GC-MS mapan, dan bahkan ada American Society didirikan untuk Bahan
Pengujian (ASTM) standar untuk analisis kebakaran puing-puing. GCMS / MS sangat
berguna di sini sebagai sampel sering mengandung matriks yang sangat kompleks dan hasil,
yang digunakan di pengadilan, harus sangat akurat.
[Sunting] Penegakan Hukum
GC-MS semakin digunakan untuk mendeteksi narkotika ilegal, dan akhirnya bisa
menggantikan obat-mengendus anjing [1]. Hal ini juga sering digunakan dalam toksikologi
forensik untuk menemukan obat dan / atau racun dalam spesimen biologi dari tersangka,
korban, atau almarhum .
[Sunting] Keamanan
A pasca-11 September pengembangan, sistem deteksi bahan peledak telah menjadi bagian
dari semua bandara AS. Sistem ini berjalan pada sejumlah teknologi, banyak dari mereka
didasarkan pada GC-MS. Hanya ada tiga produsen disertifikasi oleh FAA untuk menyediakan
sistem ini, [rujukan?] Salah satunya adalah Thermo Detection (sebelumnya Thermedics),
yang menghasilkan Egis, garis GC-MS berbasis detektor bahan peledak. Dua lainnya
produsen Teknologi Barringer, kini dimiliki oleh Sistem Deteksi Smith dan Instrumen Jalur
Ion, bagian dari Infrastruktur Umum Sistem Keamanan Listrik.
[Sunting] Makanan, Minuman dan Parfum Analisis
Makanan dan minuman mengandung senyawa aromatik banyak, sebagian alami terdapat
dalam bahan baku dan beberapa membentuk selama pemrosesan. GC-MS secara luas
digunakan untuk analisis senyawa yang meliputi ester, asam lemak, alkohol, aldehida, terpene
dll Hal ini juga digunakan untuk mendeteksi dan mengukur kontaminan dari pembusukan
atau pemalsuan yang mungkin berbahaya dan yang sering dikendalikan oleh pemerintah
lembaga, untuk pestisida misalnya.
[Sunting] Astrochemistry
Beberapa GC-MS telah meninggalkan bumi. Dua dibawa ke Mars oleh program Viking. [4]
Venera 11 dan 12 dan Pioneer Venus menganalisis atmosfer Venus dengan GC-MS. [5] Probe
Huygens dari misi Cassini-Huygens mendarat satu GC-MS pada Saturnus terbesar bulan,
Titan [6]. Materi di 67P/Churyumov-Gerasimenko komet akan dianalisa oleh misi Rosetta
dengan kiral GC-MS pada tahun 2014. [7]
[Sunting] Kedokteran
Dalam kombinasi dengan pelabelan isotop senyawa metabolik, GC-MS digunakan untuk
menentukan aktivitas metabolik. Sebagian besar aplikasi didasarkan pada penggunaan 13C
sebagai label dan pengukuran rasio 13C/12C dengan spektrometer massa rasio isotop
(IRMS), sebuah MS dengan detektor yang dirancang untuk mengukur ion pilih beberapa dan
kembali nilai-nilai sebagai rasio.
[edit] References
1. ^ Gohlke, R. S. (1959). "Time-of-Flight Mass Spectrometry and Gas-Liquid Partition
2.
3.
4.
5.
6.
7.
[edit] Bibliography
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
No
C (ppm)
A
1,02
0,1
2,21
0,2
3,23
0,3
4,51
0,4
5,12
0,5
5,79
0,6
7,11
0,7
8,35
0,8
9,27
0,9
A-Ar
C-Cr
(A-Ar)2
(C-Cr)2
1,02
0,1
-0,4
4,16
0,16
17,30
2,21
0,2
-0,3
2,97
0,09
8,81
3,23
0,3
-0,2
1,95
0,04
3,80
4
5
4,51
5,12
0,4
0,5
-0,1
0
0,67
0,06
0,01
0
0,45
0,00
5,79
0,6
0,1
0,61
0,01
0,37
7,11
0,7
0,2
1,93
0,04
3,73
8,35
0,8
0,3
3,17
0,09
10,06
9,27
0,9
0,4
4,09
0,16
Rata
2
46,61
4,5
16,74
61,255
49
5,18
0,0111
6
0,0987
01
0,9972
87
0,5
k
m
r
0,6
(A-Ar)(CCr)
1,6635555
56
0,8906666
67
0,3897777
78
0,0668888
89
0
0,0611111
11
0,3862222
22
0,9513333
33
1,6364444
44
6,046
Infrared spectroscopy
From Wikipedia, the free encyclopedia
(Redirected from Infrared Spectrometer)
Jump to: navigation, search
For a table of IR spectroscopy data, see infrared spectroscopy correlation table.
Infrared spectroscopy (IR spectroscopy) is the subset of spectroscopy that deals with the
infrared region of the electromagnetic spectrum. It covers a range of techniques, the most
common being a form of absorption spectroscopy. As with all spectroscopic
techniques, it can be used to identify compounds or investigate sample composition.
Infrared spectroscopy correlation tables are tabulated in the literature. A common
laboratory instrument that uses this technique is an infrared spectrophotometer.
Symmetrical
stretching
Antisymmet
rical
stretching
Scissoring
Rocking
Wagging
Twisting
The infrared spectrum of a sample is collected by passing a beam of infrared light through the
sample. Examination of the transmitted light reveals how much energy was absorbed at each
wavelength. This can be done with a monochromatic beam, which changes in wavelength
over time, or by using a Fourier transform instrument to measure all wavelengths at once.
From this, a transmittance or absorbance spectrum can be produced, showing at which IR
wavelengths the sample absorbs. Analysis of these absorption characteristics reveals details
about the molecular structure of the sample. When the frequency of the IR is the same as the
vibrational frequency of a bond, absorption occurs.
This technique works almost exclusively on samples with covalent bonds. Simple spectra
are obtained from samples with few IR active bonds and high levels of purity. More complex
molecular structures lead to more absorption bands and more complex spectra. The technique
has been used for the characterization of very complex mixtures.
The second method is to grind a quantity of the sample with a specially purified salt (usually
potassium bromide) finely (to remove scattering effects from large crystals). This powder
mixture is then crushed in a mechanical die press to form a translucent pellet through which
the beam of the spectrometer can pass.[3]
The third technique is the "cast film" technique, which is used mainly for polymeric
materials. The sample is first dissolved in a suitable, non hygroscopic solvent. A drop of this
solution is deposited on surface of KBr or NaCl cell. The solution is then evaporated to
dryness and the film formed on the cell is analysed directly. Care is important to ensure that
the film is not too thick otherwise light cannot pass through. This technique is suitable for
qualitative analysis.
The final method is to use microtomy to cut a thin (20100 micrometre) film from a solid
sample. This is one of the most important ways of analysing failed plastic products for
example because the integrity of the solid is preserved.
It is important to note that spectra obtained from different sample preparation methods will
look slightly different from each other due to differences in the samples' physical states.
Typical apparatus
A beam of infrared light is produced and split into two separate beams. One is passed through
the sample, the other passed through a reference which is often the substance the sample is
dissolved in. The beams are both reflected back towards a detector, however first they pass
through a splitter which quickly alternates which of the two beams enters the detector. The
two signals are then compared and a printout is obtained.
A reference is used for two reasons:
This prevents fluctuations in the output of the source affecting the data
This allows the effects of the solvent to be cancelled out (the reference is usually a
pure form of the solvent the sample is in)
[edit] FTIR
Main article: Fourier transform spectroscopy
Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy is a measurement technique for
collecting infrared spectra. Instead of recording the amount of energy absorbed when the
frequency of the infra-red light is varied (monochromator), the IR light is guided through an
interferometer. After passing through the sample, the measured signal is the interferogram.
Performing a Fourier transform on this signal data results in a spectrum identical to that
from conventional (dispersive) infrared spectroscopy.
FTIR spectrometers are cheaper than conventional spectrometers because building an
interferometer is easier than the fabrication of a monochromator. In addition, measurement of
a single spectrum is faster for the FTIR technique because the information at all frequencies
is collected simultaneously. This allows multiple samples to be collected and averaged
together resulting in an improvement in sensitivity. Virtually all modern infrared
spectrometers are FTIR instruments.
where k is the spring constant for the bond, c is the speed of light, and is the reduced
mass of the A-B system:
[edit] Two-dimensional IR
Two-dimensional infrared correlation spectroscopy analysis is the application of 2D
correlation analysis on infrared spectra. By extending the spectral information of a
perturbed sample, spectral analysis is simplified and resolution is enhanced. The 2D
synchronous and 2D asynchronous spectra represent a graphical overview of the spectral
changes due to a perturbation (such as a changing concentration or changing temperature) as
well as the relationship between the spectral changes at two different wavenumbers.
Main article: Two-dimensional infrared spectroscopy
Pulse Sequence used to obtain a two-dimensional Fourier transform infrared spectrum. The
time period 1 is usually referred to as the coherence time and the second time period 2 is
known as the waiting time. The excitation frequency is obtained by Fourier transforming
along the 1 axis.
Nonlinear two-dimensional infrared spectroscopy[7][8] is the infrared version of correlation
spectroscopy. Nonlinear two-dimensional infrared spectroscopy is a technique that has
become available with the development of femtosecond infrared laser pulses. In this
experiment first a set of pump pulses are applied to the sample. This is followed by a waiting
time, where the system is allowed to relax. The waiting time typically lasts from zero to
several picoseconds and the duration can be controlled with a resolution of tens of
femtoseconds. A probe pulse is then applied resulting in the emission of a signal from the
[edit] References
1. ^ Laurence M. Harwood, Christopher J. Moody. Experimental organic chemistry:
Principles and Practice (Illustrated edition ed.). pp. 289-292.
2. ^ Laurence M. Harwood, Christopher J. Moody. Experimental organic chemistry:
Principles and Practice (Illustrated edition ed.). pp. 292.
3. ^ Laurence M. Harwood, Christopher J. Moody. Experimental organic chemistry:
Principles and Practice (Illustrated edition ed.). pp. 295-296.
4. ^ Luypaert, J.; Zhang, M.H.; Massart, D.L. (2003), "Feasibility study for the use of
near infrared spectroscopy in the qualitative and quantitative analysis of green tea,
Camellia sinensis (L.)", Analytica Chimica Acta, 478(2), Elsevier, pp. 303312
5. ^ Lau, W.S. (1999). Infrared characterization for microelectronics. World Scientific.
6. ^ Isotope Dependence of the Lifetime of the 1136-cm[sup -1] Vibration of Oxygen in
Silicon K. K. Kohli, Gordon Davies, N. Q. Vinh, D. West, S. K. Estreicher, T.
Gregorkiewicz, I. Izeddin, and K. M. Itoh, Phys. Rev. Lett. 96, 225503 (2006),
DOI:10.1103/PhysRevLett.96.225503
7. ^ P. Hamm, M. H. Lim, R. M. Hochstrasser (1998). "Structure of the amide I band of
peptides measured by femtosecond nonlinear-infrared spectroscopy". J. Phys. Chem.
B 102: 6123. doi:10.1021/jp9813286.
8. ^ S. Mukamel (2000). "Multidimensional Fentosecond Correlation Spectroscopies of
Electronic and Vibrational Excitations". Annual Review of Physics and Chemistry 51:
691. doi:10.1146/annurev.physchem.51.1.691.
9. ^ N. Demirdven, C. M. Cheatum, H. S. Chung, M. Khalil, J. Knoester, A. Tokmakoff
(2004). "Two-dimensional infrared spectroscopy of antiparallel beta-sheet secondary
structure". Journal of the American Chemical Society 126: 7981.
doi:10.1021/ja049811j.
Frequency
cm-1
13.300 4000
4000 400
400 10
Spketrum inframerah dekat adalah merupakan pita spektrum akibat adanya overtone
dari vibrasi stretching hidrogen, yang dapat digunakan untuk analisa qualitatif bermacammacamgugus fungsi. Alat analisa spektrum inframerah dekat serupa dengan spektrofotometer
sinar tampak berperan memberikan interpretasi semua senyawa kecuali monoatomik dan
homopolar seperti Ne, He, O2, N2, dan H2.
Daerah spektrum inframerah sedang akan memberikan informasi kualitatif dan
kuantitatif dari gugus fungsi dan struktur molekul suatu senyawa. Alat analisa spektrum
inframerah sedang ini berbeda dengan spektrofotometer sinar tampak. Daerah spektrum
inframereh sedang ini terbegi menjadi daerah fundamental frequensi 900 4000 m dan
daerah finger print 400 900 m yang berperan menunjang interpretasi dari spektrum
fundamental frekuenai.
Daerah spektrum inframerah jauh memberikan informasi terutamasekali mengenai
daerah spektrum translasi rotasi, vibrasi kisi kristal, dan vibrasi rangka dari molekul besar.
Ada 2 proses absorpsi radiasi elektromagnetik oleh senyawa
a. Energi radiasi yang diekspos harus cocok benaar dengan energi yang diperlukan molekul.
b. Akan terjadi coupling antara radiasi dan senyawa.
Macammacam vibrasi spektrum inframerah :
a. vibrasi stretching ( vibrasi ulur-tarik) adalah vibrasi yang terjadi menjauh dan mendekat ke
pusat vibrasi. Vibrasi stretching ini terbagi menjadi vibrasi stretching
- simetri ( serentak ), gugus serentak bergerak mendekati dan menjauhi pusat vibrasi.
- asimetri (selang-seling), gugus yangterikat ke pusat vibrasi bergerak berselang seling
mendekati dan menjauhi pusat vibrasi.
b. Vibrasi bending ( vibrasi ayun) adalah vibrasi yang terjadi berayun dalam suatu gugus
dengan jarak tetap dari pusat vibrasi. Vibrasi bending ini terbagi menjadi :
- scissoring (gunting) gerakan pada vibrasi ini seperti gerakan gunting pada sumbu axis.
- rocking (sapu) gerakan pada vibrasi ini seperti gerakan menyapu pada sumbu axis dimana
masing-masing gugus terikat ke pusat vibrasi akan bergerak pada arah yang sama.
7.4.
The perturbation of this alignment of the nuclear spins by employing an electromagnetic, usually radio frequency (RF) pulse. The required perturbing frequency is
dependent upon the static magnetic field (H0) and the nuclei of observation.
The two fields are usually chosen to be perpendicular to each other as this maximizes the
NMR signal strength. The resulting response by the total magnetization (M) of the nuclear
spins is the phenomenon that is exploited in NMR spectroscopy and magnetic resonance
imaging. Both use intense applied magnetic fields (H0) in order to achieve dispersion and
very high stability to deliver spectral resolution, the details of which are described by
chemical shifts, the Zeeman effect, and Knight shifts (in metals).
NMR phenomena are also utilized in low-field NMR, NMR spectroscopy and MRI in the
Earth's magnetic field (referred to as Earth's field NMR), and in several types of
magnetometers.
Contents
[hide]
1 History
2 Theory of nuclear magnetic resonance
o 2.1 Nuclear spin and magnets
o 2.2 Values of spin angular momentum
2.2.1 Spin behavior in a magnetic field
2.2.2 Magnetic resonance by nuclei
2.2.3 Nuclear shielding
o 2.3 Relaxation
3 NMR spectroscopy
o 3.1 Continuous wave (CW) spectroscopy
o 3.2 Fourier transform spectroscopy
o 3.3 Multi-dimensional NMR Spectroscopy
o 3.4 Solid-state NMR spectroscopy
o 3.5 Sensitivity
o 3.6 Isotopes
4 Applications
o 4.1 Medicine
o 4.2 Chemistry
o 4.3 Non-destructive testing
o 4.4 Acquisition of dynamic information
o 4.5 Data acquisition in the petroleum industry
o 4.6 Flow probes for NMR spectroscopy
o 4.7 Process control
o 4.8 Earth's field NMR
o 4.9 Quantum computing
o 4.10 Magnetometers
5 Makers of NMR equipment
6 See also
7 Notes
8 References
9 External links
o 9.1 Tutorial
o 9.2 Animations and Simulations
o
9.3 Video
[edit] History
Nuclear magnetic resonance was first described and measured in molecular beams by Isidor
Rabi in 1938,[1] and in 1944, Rabi was awarded the Nobel Prize in physics for this work.[2]
In 1946, Felix Bloch and Edward Mills Purcell expanded the technique for use on liquids
and solids, for which they shared the Nobel Prize in Physics in 1952.[3][4]
Purcell had worked on the development of radar during World War II at the Massachusetts
Institute of Technology's Radiation Laboratory. His work during that project on the
production and detection of radio frequency power and on the absorption of such RF power
by matter laid the background for Rabi's discovery of NMR.
Rabi, Bloch, and Purcell noticed that magnetic nuclei, like 1H and 31P, could absorb RF
energy when placed in a magnetic field and when the RF was of a frequency specific to the
identity of the nuclei. When this absorption occurs, the nucleus is described as being in
resonance. Different atomic nuclei within a molecule resonate at different (radio) frequencies
for the same magnetic field strength. The observation of such magnetic resonance frequencies
of the nuclei present in a molecule allows any trained user to discover essential, chemical and
structural information about the molecule.
The development of NMR as a technique in analytical chemistry and biochemistry
parallels the development of electromagnetic technology and advanced electronics and their
introduction into civilian use.
magnetic dipole and quadrupole moments. Hence, such nuclides do not exhibit any NMR
absorption spectra. Thus, 18O is an example of a nuclide that has no NMR absorption,
whereas 13C, 31P, 35Cl and 37Cl are nuclides that do exhibit NMR absorption spectra. The
last two nuclei are quadrupolar nuclei whereas the preceding two nuclei (13C and 31P) are
dipolar ones.
Electron spin resonance (ESR) is a related technique in which transitions between
electronic spin levels are detected rather than nuclear ones. The basic principles are similar
but the instrumentation, data analysis, and detailed theory are significantly different.
Moreover, there is a much smaller number of molecules and materials with unpaired electron
spins that exhibit ESR (or electron paramagnetic resonance (EPR)) absorption than those
that have NMR absorption spectra. ESR has much higher sensitivity than NMR does.
An intuitive model. Nuclei behave like they had own magnetic moments (spin magnetic
moments). By itself, there is no energetic difference for any particular orientation (only one
energy state, on the left), but in external magnetic field there is a high-energy state and a lowenergy state depending on the relative orientations of the magnet to the external field, and the
orientation of the magnetic moment can precess relative to it. The external field can be
supplied by a large magnet and also by other nuclei in the vicinity.
Consider nuclei which have a spin of one-half, like 1H, 13C or 19F. The nucleus has two
possible spin states: m = 12 or m = 12 (also referred to as spin-up and spin-down, or
sometimes and spin states, respectively). These states are degenerate, that is they have the
same energy. Hence the number of atoms in these two states will be approximately equal at
thermal equilibrium.
If a nucleus is placed in a magnetic field, however, the interaction between the nuclear
magnetic moment and the external magnetic field mean the two states no longer have the
same energy. The energy of a magnetic moment when in a magnetic field B0 is given by:
Usually the z axis is chosen to be along B0, and the above expression reduces to:
or alternatively:
As a result the different nuclear spin states have different energies in a non-zero magnetic
field. In less formal language, we can talk about the two spin states of a spin 12 as being
aligned either with or against the magnetic field. If is positive (true for most isotopes) then
m = 12 is the lower energy state.
The energy difference between the two states is:
and this difference results in a small population bias toward the lower energy state.
[edit] Relaxation
For more details on this topic, see Relaxation (NMR).
The process called population relaxation refers to nuclei that return to the thermodynamic
state in the magnet. This process is also called T1, "spin-lattice" or "longitudinal magnetic"
relaxation, where T1 refers to the mean time for an individual nucleus to return to its thermal
equilibrium state of the spins. Once the nuclear spin population is relaxed, it can be probed
again, since it is in the initial, equilibrium (mixed) state.
The precessing nuclei can also fall out of alignment with each other (returning the net
magnetization vector to a non-precessing field) and stop producing a signal. This is called T2
or transverse relaxation. Because of the difference in the actual relaxation mechanisms
involved (for example, inter-molecular vs. intra-molecular magnetic dipole-dipole
interactions ), T1 is usually (except in rare cases) longer than T2 (that is, slower spin-lattice
relaxation, for example because of smaller dipole-dipole interaction effects). In practice, the
value of
which is the actually observed decay time of the observed NMR signal, or free
induction decay, (to 1/e of the initial amplitude immediately after the resonant RF pulse)-also depends on the static magnetic field inhomogeneity, which is quite significant. (There is
also a smaller but significant contribution to the observed FID shortening from the RF
inhomogeneity of the resonant pulse). In the corresponding FT-NMR spectrummeaning the
Fourier transform of the free induction decay--the
of the NMR signal in frequency units. Thus, a nucleus with a long T2 relaxation time gives
rise to a very sharp NMR peak in the FT-NMR spectrum for a very homogeneous ("wellshimmed") static magnetic field, whereas nuclei with shorter T2 values give rise to broad FTNMR peaks even when the magnet is shimmed well. Both T1 and T2 depend on the rate of
molecular motions as well as the gyromagnetic ratios of both the resonating and their strongly
interacting, next-neighbor nuclei that are not at resonance.
A Hahn echo decay experiment can be used to measure the dephasing time, as shown in the
animation below. The size of the echo is recorded for different spacings of the two pulses.
This reveals the decoherence which is not refocused by the pulse. In simple cases, an
exponential decay is measured which is described by the time.
measurements. While the NMR signal is constant between scans and so adds linearly, the
random noise adds more slowly - proportional to the square-root of the number of spectra
(see random walk). Hence the overall signal-to-noise ratio increases as the square-root of the
number of spectra measured.
detected are usually classified into two kinds. There are through-bond interactions and
through-space interactions, the latter usually being a consequence of the nuclear
Overhauser effect. Experiments of the nuclear Overhauser variety may be employed to
establish distances between atoms, as for example by 2D-FT NMR of molecules in solution.
Although the fundamental concept of 2D-FT NMR was proposed by Jean Jeener from the
Free University of Brussels at an International Conference, this idea was largely developed
by Richard Ernst who won the 1991 Nobel prize in Chemistry for his work in FT NMR,
including multi-dimensional FT NMR, and especially 2D-FT NMR of small molecules. [8]
Multi-dimensional FT NMR experiments were then further developed into powerful
methodologies for studying biomolecules in solution, in particular for the determination of
the structure of biopolymers such as proteins or even small nucleic acids.[9]
In 2002 Kurt Wthrich shared the Nobel Prize in Chemistry (with John Bennett Fenn
and Koichi Tanaka) for his work with protein FT NMR in solution.
There are different angles for the sample spinning relative to the applied field for the
averaging of quadrupole interactions and paramagnetic interactions, correspondingly ~30.6
and ~70.1
A concept developed by Sven Hartmann and Erwin Hahn was utilized in transferring
magnetization from protons to less sensitive nuclei (popularly known as cross-polarization)
by M.G. Gibby, Alex Pines and John S. Waugh. Then, Jake Schaefer and Ed Stejskal
demonstrated also the powerful use of cross-polarization under MASS conditions which is
now routinely employed to detect low-abundance and low-sensitivity nuclei.
[edit] Sensitivity
Because the intensity of nuclear magnetic resonance signals and, hence, the sensitivity of the
technique depends on the strength of the magnetic field the technique has also advanced over
the decades with the development of more powerful magnets. Advances made in audio-visual
technology have also improved the signal-generation and processing capabilities of newer
instruments.
As noted above, the sensitivity of nuclear magnetic resonance signals is also dependent on
the presence of a magnetically susceptible nuclide and, therefore, either on the natural
abundance of such nuclides or on the ability of the experimentalist to artificially enrich the
molecules, under study, with such nuclides. The most abundant naturally occurring isotopes
of hydrogen and phosphorus (for example) are both magnetically susceptible and readily
useful for nuclear magnetic resonance spectroscopy. In contrast, carbon and nitrogen have
useful isotopes but which occur only in very low natural abundance.
Other limitations on sensitivity arise from the quantum-mechanical nature of the
phenomenon. For quantum states separated by energy equivalent to radio frequencies,
thermal energy from the environment causes the populations of the states to be close to equal.
Since incoming radiation is equally likely to cause stimulated emission (a transition from the
upper to the lower state) as absorption, the NMR effect depends on an excess of nuclei in the
lower states. Several factors can reduce sensitivity, including
Increasing temperature, which evens out the population of states. Conversely, low
temperature NMR can sometimes yield better results than room-temperature NMR,
providing the sample remains liquid.
Saturation of the sample with energy applied at the resonant radiofrequency. This
manifests in both CW and pulsed NMR; in the first case (CW) this happens by using
too much continuous power that keeps the upper spin levels completely populated; in
the second case (pulsed), each pulse (that is at least a 90 pulse) leaves the sample
saturated, and four to five times the (longitudinal) relaxation time (5 T1) must pass
before the next pulse or pulse sequence can be applied. For single pulse experiments,
shorter RF pulses that tip the magnetization by less than 90 can be used, which loses
some intensity of the signal, but allows for shorter recycle delays. The optimum there
is called an Ernst angle, after the Nobel laureate. Especially in solid state NMR, or
in samples with very few nuclei with spins > 0, (diamond with the natural 1% of
Carbon-13 is especially troublesome here) the longitudinal relaxation times can be on
the range of hours, while for proton-NMR they are more on the range of one second.
Non-magnetic effects, such as electric-quadrupole coupling of spin-1 and spin-32
nuclei with their local environment, which broaden and weaken absorption peaks.
14N,
an abundant spin-1 nucleus, is difficult to study for this reason. High resolution
NMR instead probes molecules using the rarer 15N isotope, which has spin-12.
[edit] Isotopes
Many chemical elements can be used for NMR analysis.[10]
Commonly used nuclei:
1H,
the most commonly used spin nucleus in NMR investigation, has been studied
using many forms of NMR. Hydrogen is highly abundant, especially in biological
systems. It is the nucleus most sensitive to NMR signal (apart from 3H which is not
commonly used due to its instability and radioactivity). Proton NMR produces narrow
chemical shift with sharp signals. Fast acquisition of quantitative results (peak
integrals in stoichiometric ratio) is possible due to short relaxation time. The 1H
signal has been the sole diagnostic nucleus used for clinical magnetic resonance
imaging.
2H, a spin 1 nucleus commonly utilized as signal-free medium in the form of
deuterated solvents during proton NMR, to avoid signal interference from
hydrogen-containing solvents in measurement of 1H solutes. Also used in determining
the behavior of lipids in lipid membranes and other solids or liquid crystals as it is a
relatively non-perturbing label which can selectively replace 1H. Alternatively, 2H
can be detected in media specially labeled with 2H. Deuterium resonance is
commonly used in high-resolution NMR spectroscopy to monitor drifts in the
magnetic field strength (lock) and to improve the homogeneity of the external
magnetic field.
3He, is very sensitive to NMR. There is a very low percentage in natural helium, and
subsequently has to be purified from 4He. It is used mainly in studies of endohedral
fullerenes, where its chemical inertness is beneficial to ascertaining the structure of
the entrapping fullerene.
11B, more sensitive than 10B, yields sharper signals. Quartz tubes must be used as
borosilicate glass interferes with measurement.
13C spin-1/2, is widely used, despite its relative paucity in naturally occurring carbon
(approximately 1%). It is stable to nuclear decay. Since there is a low percentage in
natural carbon, spectrum acquisition on samples which have not been experimentally
enriched in 13C takes a long time. Frequently used for labeling of compounds in
synthetic and metabolic studies. Has low sensitivity and wide chemical shift, yields
sharp signals. Low percentage makes it useful by preventing spin-spin couplings and
makes the spectrum appear less crowded. Slow relaxation means that spectra are not
integrable unless long acquisition times are used.
14N, spin-1, medium sensitivity nucleus with wide chemical shift. Its large
quadrupole moment interferes in acquisition of high resolution spectra, limiting
usefulness to smaller molecules and functional groups with a high degree of
symmetry such as the headgroups of lipids.
15N, spin-1/2, relatively commonly used. Can be used for labeling compounds.
Nucleus very insensitive but yields sharp signals. Low percentage in natural nitrogen
together with low sensitivity requires high concentrations or expensive isotope
enrichment.
17O, spin-5/2, low sensitivity and very low natural abundance (0.037%), wide
chemical shifts range (up to 2000 ppm). Quadrupole moment causing a line
Other nuclei (usually used in the studies of their complexes and chemical binding, or to
detect presence of the element):
6Li, 7Li
9Be
19F
21Ne
23Na
25Mg
27Al
29Si
31P
33S
39K, 40K, 41K
45Sc
47Ti, 49Ti
50V, 51V
53Cr
55Mn
57Fe
59Co
61Ni
63Cu, 65Cu
67Zn
69Ga, 71Ga
73Ge
75As
77Se
81Br
87Rb
87Sr
95Mo
109Ag
113Cd
119Sn
125Te
127I
133Cs
135Ba, 137Ba
139La
183W
199Hg
[edit] Applications
[edit] Medicine
Medical MRI
See also: Magnetic resonance imaging
The application of nuclear magnetic resonance best known to the general public is magnetic
resonance imaging for medical diagnosis and magnetic resonance microscopy in
research settings, however, it is also widely used in chemical studies, notably in NMR
spectroscopy such as proton NMR, carbon-13 NMR, deuterium NMR and phosphorus-31
NMR. Biochemical information can also be obtained from living tissue (e.g. human brain
tumors) with the technique known as in vivo magnetic resonance spectroscopy or
chemical shift NMR Microscopy.
These studies are possible because nuclei are surrounded by orbiting electrons, which are
charged particles that generate small, local magnetic fields that add to or subtract from the
external magnetic field, and so will partially shield the nuclei. The amount of shielding
depends on the exact local environment. For example, a hydrogen bonded to an oxygen will
be shielded differently than a hydrogen bonded to a carbon atom. In addition, two hydrogen
nuclei can interact via a process known as spin-spin coupling, if they are on the same
molecule, which will split the lines of the spectra in a recognizable way.
As one of the two major spectroscopic techniques used in metabolomics, NMR is used to
generate metabolic fingerprints from biological fluids to obtain information about disease
states or toxic insults.
[edit] Chemistry
By studying the peaks of nuclear magnetic resonance spectra, chemists can determine the
structure of many compounds. It can be a very selective technique, distinguishing among
many atoms within a molecule or collection of molecules of the same type but which differ
only in terms of their local chemical environment. NMR spectroscopy is used to
unambiguously identify known and novel compounds, and as such, is usually required by
scientific journals for identity confirmation of synthesized new compounds. See the articles
on carbon-13 NMR and proton NMR for detailed discussions.
By studying T2 information, a chemist can determine the identity of a compound by
comparing the observed nuclear precession frequencies to known frequencies. Further
structural data can be elucidated by observing spin-spin coupling, a process by which the
precession frequency of a nucleus can be influenced by the magnetization transfer from
nearby chemically bound nuclei. Spin-spin coupling is observed in NMR of hydrogen-1 (1H
NMR), since its natural abundance is nearly 100%; isotope enrichment is required for most
other elements.
Because the nuclear magnetic resonance timescale is rather slow, compared to other
spectroscopic methods, changing the temperature of a T2*experiment can also give
information about fast reactions, such as the Cope rearrangement or about structural
dynamics, such as ring-flipping in cyclohexane. At low enough temperatures, a distinction
can be made between the axial and equatorial hydrogens in cyclohexane.
An example of nuclear magnetic resonance being used in the determination of a structure is
that of buckminsterfullerene (often called "buckyballs", composition C60). This now famous
form of carbon has 60 carbon atoms forming a sphere. The carbon atoms are all in identical
environments and so should see the same internal H field. Unfortunately,
buckminsterfullerene contains no hydrogen and so 13C nuclear magnetic resonance has to be
used. 13C spectra require longer acquisition times since carbon-13 is not the common isotope
of carbon (unlike hydrogen, where 1H is the common isotope). However, in 1990 the
spectrum was obtained by R. Taylor and co-workers at the University of Sussex and was
found to contain a single peak, confirming the unusual structure of buckminsterfullerene.[11]
frequency internal motion in biomacromolecules and its biological functions have been
discussed by Chou.[13]
An important feature of EFNMR spectrometry compared with high-field NMR is that some
aspects of molecular structure can be observed more clearly at low fields and low
frequencies, whereas other aspects observable at high fields are not observable at low fields.
This is because:
[edit] Magnetometers
Main article: Magnetometer
Various magnetometers use NMR effects to measure magnetic fields, including proton
precession magnetometers (PPM) (also known as proton magnetometers), and
Overhauser magnetometers. See also Earth's field NMR.
Carbon-13 NMR
Chemical shift
Dynamic nuclear polarisation (DNP)
Earth's field NMR (EFNMR)
Free induction decay (FID)
In vivo magnetic resonance spectroscopy (MRS)
J-coupling
Larmor equation (Not to be confused with Larmor formula).
Larmor precession
Low field NMR
Magic angle spinning
Magnetometer
Magnetic resonance imaging (MRI)
NMR crystallography
NMR spectra database
NMR spectroscopy
NMR Microscopy
Nuclear magnetic resonance in porous media
Nuclear quadrupole resonance (NQR)
Protein dynamics
Protein NMR
Proton NMR
Rabi cycle
Relaxometry
Relaxation (NMR)
Sow-Hsin Chen, MIT
Spin echo
Solid-state NMR
Zero field NMR
[edit] Notes
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
^ I.I. Rabi, J.R. Zacharias, S. Millman, P. Kusch (1938). "A New Method of Measuring
Nuclear Magnetic Moment". Physical Review 53 (4): 318327. Bibcode 1938PhRv...53..318R.
doi:10.1103/PhysRev.53.318. PMID 9981980.
^ Biography of I. Rabi at Nobelprize.org
^ Filler, Aaron (2009). "The History, Development and Impact of Computed Imaging in
Neurological Diagnosis and Neurosurgery: CT, MRI, and DTI". Nature Precedings.
doi:10.1038/npre.2009.3267.5.
^ 1952 Nobel Prize for Physics at Nobelprize.org
^ Principle of Shielding and Deshielding | NMRCentral.com
^ Quantum automaton and quantum computation (see also references therein)
^ Lieven M. K. Vandersypen; Steffen, Matthias; Breyta, Gregory; Yannoni, Costantino S.;
Sherwood, Mark H.; Chuang, Isaac L. (2001). "Experimental realization of Shor's quantum factoring
algorithm using nuclear magnetic resonance". Nature 414 (6866): 883887. arXiv:quant-ph/0112176.
Bibcode 2001Natur.414..883V. doi:10.1038/414883a. PMID 11780055.
^ "Nuclear Magnetic Resonance Fourier Transform Spectroscopy" Ernst's Nobel
lecture. (Includes mention of Jeener's suggestion.)
^ I.C. Baianu. "Two-dimensional Fourier transforms". 2D-FT NMR and MRI. PlanetMath.
http://planetmath.org/encyclopedia/TwoDimensionalFourierTransforms.html. Retrieved 200902-22.
^ Multinuclear NMR
^ R. Taylor, J.P. Hare, A.K. Abdul-Sada, H.W. Kroto (1990). "Isolation, separation and
characterization of the fullerenes C60 and C70: the third form of carbon". Journal of the Chemical
Society, Chemical Communications 20 (20): 14231425. doi:10.1039/c39900001423.
^ Chou, J. J.; Li, S.; Klee, C. B.; Bax, A. (2001). "Solution structure of Ca2+-calmodulin
reveals flexible hand-like properties of its domains". Nature Structural Biology 8 (11): 990997.
doi:10.1038/nsb1101-990. PMID 11685248.
^ Kuo-Chen Chou (1988). "Low-frequency collective motion in biomacromolecules and its
biological functions". Biophys Chem 30 (1): 348. doi:10.1016/0301-4622(88)85002-6.
PMID 3046672.
^ R.L Haner and P.A, Keifer (2009). "Flow Probes for NMR Spectroscopy". Encyclopedia of
Magnetic Resonance. doi:10.1002/9780470034590.emrstm1085. ISBN 0470034599.
^ Robinson J. N. et al. (2006). "Two-dimensional NMR spectroscopy in Earth's magnetic
field". Journal of Magnetic Resonance 182 (2): 343347. Bibcode 2006JMagR.182..343R.
[edit] References
An ion source, which can convert gas phase sample molecules into ions (or, in the
case of electrospray ionization, move ions that exist in solution into the gas phase)
A mass analyzer, which sorts the ions by their masses by applying electromagnetic
fields
A detector, which measures the value of an indicator quantity and thus provides data
for calculating the abundances of each ion present
The technique has both qualitative and quantitative uses. These include identifying
unknown compounds, determining the isotopic composition of elements in a molecule, and
determining the structure of a compound by observing its fragmentation. Other uses include
quantifying the amount of a compound in a sample or studying the fundamentals of gas
phase ion chemistry (the chemistry of ions and neutrals in a vacuum). MS is now in very
common use in analytical laboratories that study physical, chemical, or biological properties
of a great variety of compounds.
Contents
[hide]
1 Etymology
2 History
3 Simplified example
4 Creating ions
o
4.1 Inductively coupled plasma
o
4.2 Other ionization techniques
5 Mass selection
o
5.1 Sector instruments
o
5.2 Time-of-flight
o
5.3 Quadrupole mass filter
o
5.4 Ion traps
5.4.3 Orbitrap
o
5.5 Fourier transform ion cyclotron resonance
6 Detectors
7 Tandem mass spectrometry
8 Common mass spectrometer configurations and techniques
9 Chromatographic techniques combined with mass
spectrometry
o
9.1 Gas chromatography
o
9.2 Liquid chromatography
o
9.3 Ion mobility
10 Data and analysis
o
10.1 Data representations
o
10.2 Data analysis
11 Applications
o
11.1 Isotope ratio MS: isotope dating and tracking
o
11.2 Trace gas analysis
o
11.3 Atom probe
o
11.4 Pharmacokinetics
o
11.5 Protein characterization
o
11.6 Glycan analysis
o
11.7 Space exploration
o
11.8 Respired gas monitor
12 See also
13 References
14 Bibliography
15 External links
[edit] Etymology
The word spectrograph had become part of the international scientific vocabulary by 1884.
[2][3]
The linguistic roots are a combination and removal of bound morphemes and free
morphemes which relate to the terms spectr-um and phot-ograph-ic plate.[4] Early
spectrometry devices that measured the mass-to-charge ratio of ions were called mass
spectrographs which consisted of instruments that recorded a spectrum of mass values on
a photographic plate.[5][6] A mass spectroscope is similar to a mass spectrograph except that
the beam of ions is directed onto a phosphor screen.[7] A mass spectroscope configuration
was used in early instruments when it was desired that the effects of adjustments be quickly
observed. Once the instrument was properly adjusted, a photographic plate was inserted and
exposed. The term mass spectroscope continued to be used even though the direct
illumination of a phosphor screen was replaced by indirect measurements with an
oscilloscope.[8] The use of the term mass spectroscopy is now discouraged due to the
possibility of confusion with light spectroscopy.[1][9] Mass spectrometry is often abbreviated
as mass-spec or simply as MS.[1]
[edit] History
For more details on this topic, see History of mass spectrometry.
The following example describes the operation of a spectrometer mass analyzer, which is of
the sector type. (Other analyzer types are treated below.) Consider a sample of sodium
chloride (table salt). In the ion source, the sample is vaporized (turned into gas) and ionized
(transformed into electrically charged particles) into sodium (Na+) and chloride (Cl-) ions.
Sodium atoms and ions are monoisotopic, with a mass of about 23 amu. Chloride atoms and
ions come in two isotopes with masses of approximately 35 amu (at a natural abundance of
about 75 percent) and approximately 37 amu (at a natural abundance of about 25 percent).
The analyzer part of the spectrometer contains electric and magnetic fields, which exert
forces on ions traveling through these fields. The speed of a charged particle may be
increased or decreased while passing through the electric field, and its direction may be
altered by the magnetic field. The magnitude of the deflection of the moving ion's trajectory
depends on its mass-to-charge ratio. Lighter ions get deflected by the magnetic force more
than heavier ions (based on Newton's second law of motion, F = ma). The streams of
sorted ions pass from the analyzer to the detector, which records the relative abundance of
each ion type. This information is used to determine the chemical element composition of the
original sample (i.e. that both sodium and chlorine are present in the sample) and the isotopic
composition of its constituents (the ratio of 35Cl to 37Cl).
[edit] Time-of-flight
For more details on this topic, see time-of-flight mass spectrometry.
The time-of-flight (TOF) analyzer uses an electric field to accelerate the ions
through the same potential, and then measures the time they take to reach the
detector. If the particles all have the same charge, the kinetic energies will be
identical, and their velocities will depend only on their masses. Lighter ions
will reach the detector first.[18]
[edit] Orbitrap
For more details on this topic, see Orbitrap.
These are similar to Fourier transform ion cyclotron resonance mass
spectrometers (see text below). Ions are electrostatically trapped in an orbit
around a central, spindle shaped electrode. The electrode confines the ions so that
they both orbit around the central electrode and oscillate back and forth along the
central electrode's long axis. This oscillation generates an image current in the
detector plates which is recorded by the instrument. The frequencies of these
image currents depend on the mass to charge ratios of the ions. Mass spectra are
obtained by Fourier transformation of the recorded image currents.
Orbitraps have a high mass accuracy, high sensitivity and a good dynamic range.
[23]
[edit] Detectors
the compound acronym may be better known among nonspectrometrists than the
component acronyms. The epitome of this is MALDI-TOF, which simply refers
to combining a matrix-assisted laser desorption/ionization source with a
time-of-flight mass analyzer. The MALDI-TOF moniker is more widely
recognized by the non-mass spectrometrists than MALDI or TOF individually.
Other examples include inductively coupled plasma-mass spectrometry
(ICP-MS), accelerator mass spectrometry (AMS), Thermal ionizationmass spectrometry (TIMS) and spark source mass spectrometry (SSMS).
Sometimes the use of the generic "MS" actually connotes a very specific mass
analyzer and detection system, as is the case with AMS, which is always sector
based.
Certain applications of mass spectrometry have developed monikers that although
strictly speaking would seem to refer to a broad application, in practice have
come instead to connote a specific or a limited number of instrument
configurations. An example of this is isotope ratio mass spectrometry
(IRMS), which refers in practice to the use of a limited number of sector based
mass analyzers; this name is used to refer to both the application and the
instrument used for the application.
[edit] Applications
[edit] Isotope ratio MS: isotope dating and tracking
[edit] Pharmacokinetics
Main article: Pharmacokinetics
(ESI-MS) also gives good signals for the smaller glycans.[40] Various free and
commercial software are now available which interpret MS data and aid in
Glycan structure characterization.
[edit] References
1. ^ a b c d Sparkman, O. David (2000). Mass spectrometry desk reference. Pittsburgh:
Global View Pub. ISBN 0-9660813-2-3.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
19. ^ Paul W., Steinwedel H.; Steinwedel (1953). "Ein neues Massenspektrometer ohne
20.
21.
22.
23.
24.
25.
26.
27.
28.
29.
30.
31.
32.
33.
34.
35.
36.
37.
38.
39.
40.
41.
42.
43.
44.
45.
Expert System. in Ashcroft, A.E., Brenton, G., Monaghan,J.J. (Eds.), Advances in Mass
Spectrometry, Elsevier, Amsterdam, vol. 16, pp. 821.
^ Hsieh, Yunsheng; Korfmacher, WA (2006). "Systems for Drug Metabolism and
Pharmacokinetic Screening, Y. Hsieh and W.A. Korfmacher, Current Drug Metabolism".
Current Drug Metabolism 7 (5): 479489. doi:10.2174/138920006777697963.
PMID 16787157.
^ Covey, T.R.; Lee, E.D.; Henion, J.D. (1986). "Mass Spectrometry for the
Determination of Drugs in Biological Samples". Anal. Chem. 58 (12): 24532460.
doi:10.1021/ac00125a022. PMID 3789400.
^ Covey, Tom R.; Crowther, Jonathan B.; Dewey, Elizabeth A.; Henion, Jack D. (1985).
"Mass Spectrometry Determination of Drugs and Their Metabolites in Biological
Fluids". Anal. Chem. 57 (2): 47481. doi:10.1021/ac50001a036. PMID 3977076.
^ Apte, A.; Meitei, N.S. (2009). "Bioinformatics in Glycomics: Glycan Characterization
with Mass Spectrometric Data Using SimGlycan". Methods in molecular biology
(Clifton, N.J.). Methods in Molecular Biology 600: 269281. doi:10.1007/978-160761-454-8_19. ISBN 978-1-60761-453-1. PMID 19882135.
^ Harvey, D.; Dwek, R.A.; Rudd, P.M. (2000). "Determining the Structure of Glycan
Moieties by Mass Spectrometry". Current Protocols in Protein Science Chapter 12:
12.712.7.15. doi:10.1002/0471140864.ps1207s43. ISBN 0471140864.
PMID 18429296.
^ Blow, N. (2009). "Glycobiology: A spoonful of sugar". Nature 457 (7229): 617620.
Bibcode 2009Natur.457..617B. doi:10.1038/457617a. PMID 19177129.
^ S. Petrie and D. K. Bohme (2007). "Ions in space". Mass Spectrometry Reviews 26
(2): 258280. doi:10.1002/mas.20114. PMID 17111346.
^ Hoffman, J; Chaney, R; Hammack, H (2008). "Phoenix Mars MissionThe Thermal
Evolved Gas Analyzer". Journal of the American Society for Mass Spectrometry 19 (10):
137783. doi:10.1016/j.jasms.2008.07.015. PMID 18715800
^ "Cassini Plasma Spectrometer". Southwest Research Institute.
http://caps.space.swri.edu/. Retrieved 2008-01-04.
^ Riker JB, Haberman B (1976). "Expired gas monitoring by mass spectrometry in a
respiratory intensive care unit". Crit. Care Med. 4 (5): 2239. doi:10.1097/00003246197609000-00002. PMID 975846.
^ J. W. W. Gothard, C. M. Busst, M. A. Branthwaite, N. J. H. Davies and D. M. Denison
(1980). "Applications of respiratory mass spectrometry to intensive care". Anaesthesia
35 (9): 890895. doi:10.1111/j.1365-2044.1980.tb03950.x. PMID 6778243.
[edit] Bibliography
[edit] Principles
The technique makes use of absorption spectrometry to assess the concentration of an
analyte in a sample. It relies therefore heavily on Beer-Lambert law.
In short, the electrons of the atoms in the atomizer can be promoted to higher orbitals for a
short amount of time by absorbing a set quantity of energy (i.e. light of a given wavelength).
This amount of energy (or wavelength) is specific to a particular electron transition in a
particular element, and in general, each wavelength corresponds to only one element. This
gives the technique its elemental selectivity.
As the quantity of energy (the power) put into the flame is known, and the quantity remaining
at the other side (at the detector) can be measured, it is possible, from Beer-Lambert law, to
calculate how many of these transitions took place, and thus get a signal that is proportional
to the concentration of the element being measured.
[edit] Instrumentation
Zeeman correction - A magnetic field is used to split the atomic line into two
sidebands (see Zeeman effect). These sidebands are close enough to the original
wavelength to still overlap with molecular bands, but are far enough not to overlap
with the atomic bands. The absorption in the presence and absence of a magnetic field
can be compared, the difference being the atomic absorption of interest.
Deuterium lamp correction - In this case, a separate source (a deuterium lamp) with
broad emission is used to measure the background emission. The use of a separate
lamp makes this method the least accurate, but its relative simplicity (and the fact that
it is the oldest of the three) makes it the most commonly used method.
[edit] References
1. ^ Sperling, Michael B.; Welz, Bernhard (1999). Atomic Absorption Spectrometry. Weinheim:
Wiley-VCH. ISBN 3-527-28571-7.
2. ^ Lvov, B. V. (2005), "Fifty years of atomic absorption spectrometry", Journal of Analytical
Chemistry 60: 382, doi:10.1007/s10809-005-0103-0
9. X-ray fluorescence
From Wikipedia, the free encyclopedia
Jump to: navigation, search
A Philips PW1606 X-ray fluorescence spectrometer with automated sample feed in a cement
plant quality control laboratory
X-ray fluorescence (XRF) is the emission of characteristic "secondary" (or fluorescent) Xrays from a material that has been excited by bombarding with high-energy X-rays or
gamma rays. The phenomenon is widely used for elemental analysis and chemical
analysis, particularly in the investigation of metals, glass, ceramics and building
materials, and for research in geochemistry, forensic science and archaeology.
Figure 1: Electronic transitions in a calcium atom. Remember, when electrons are jumping
down, one of the electrons in the lower orbital is missing.
Figure 3: Spectrum of a rhodium target tube operated at 60 kV, showing continuous spectrum
and K lines
The fluorescent radiation can be analysed either by sorting the energies of the photons
(energy-dispersive analysis) or by separating the wavelengths of the radiation (wavelengthdispersive analysis). Once sorted, the intensity of each characteristic radiation is directly
related to the amount of each element in the material. This is the basis of a powerful
technique in analytical chemistry. Figure 2 shows the typical form of the sharp fluorescent
spectral lines obtained in the wavelength-dispersive method (see Moseley's law).
[edit] Dispersion
In energy dispersive analysis, the fluorescent X-rays emitted by the material sample are
directed into a solid-state detector which produces a "continuous" distribution of pulses, the
voltages of which are proportional to the incoming photon energies. This signal is processed
by a multichannel analyser (MCA) which produces an accumulating digital spectrum that can
be processed to obtain analytical data. In wavelength dispersive analysis, the fluorescent Xrays emitted by the material sample are directed into a diffraction grating monochromator.
The diffraction grating used is usually a single crystal. By varying the angle of incidence and
take-off on the crystal, a single X-ray wavelength can be selected. The wavelength obtained
is given by the Bragg Equation:
[edit] Detection
In energy dispersive analysis, dispersion and detection are a single operation, as already
mentioned above. Proportional counters or various types of solid state detectors (PIN
diode, Si(Li), Ge(Li), Silicon Drift Detector SDD) are used. They all share the same
detection principle: An incoming X-ray photon ionises a large number of detector atoms with
the amount of charge produced being proportional to the energy of the incoming photon. The
charge is then collected and the process repeats itself for the next photon. Detector speed is
obviously critical, as all charge carriers measured have to come from the same photon to
measure the photon energy correctly (peak length discrimination is used to eliminate events
that seem to have been produced by two X-ray photons arriving almost simultaneously). The
spectrum is then built up by dividing the energy spectrum into discrete bins and counting the
number of pulses registered within each energy bin. EDXRF detector types vary in
resolution, speed and the means of cooling (a low number of free charge carriers is critical in
the solid state detectors): proportional counters with resolutions of several hundred eV cover
the low end of the performance spectrum, followed by PIN diode detectors, while the Si(Li),
Ge(Li) and Silicon Drift Detectors (SDD) occupy the high end of the performance scale.
In wavelength dispersive analysis, the single-wavelength radiation produced by the
monochromator is passed into a photomultiplier, a detector similar to a Geiger counter,
which counts individual photons as they pass through. The counter is a chamber containing a
gas that is ionised by X-ray photons. A central electrode is charged at (typically) +1700 V
with respect to the conducting chamber walls, and each photon triggers a pulse-like cascade
of current across this field. The signal is amplified and transformed into an accumulating
digital count. These counts are then processed to obtain analytical data.
located in a large vacuum chamber. The problems of maintaining moving parts in vacuo, and
of rapidly introducing and withdrawing the sample without losing vacuum, pose major
challenges for the design of the instrument. For less demanding applications, or when the
sample is damaged by a vacuum (e.g. a volatile sample), a helium-swept X-ray chamber can
be substituted, with some loss of low-Z (Z = atomic number) intensities.
[edit] Amplifiers
The pulses generated by the detector are processed by pulse-shaping amplifiers. It takes
time for the amplifier to shape the pulse for optimum resolution, and there is therefore a
trade-off between resolution and count-rate: long processing time for good resolution results
in "pulse pile-up" in which the pulses from successive photons overlap. Multi-photon events
are, however, typically more drawn out in time (photons did not arrive exactly at the same
time) than single photon events and pulse-length discrimination can thus be used to filter
most of these out. Even so, a small number of pile-up peaks will remain and pile-up
correction should be built into the software in applications that require trace analysis. To
make the most efficient use of the detector, the tube current should be reduced to keep multiphoton events (before discrimination) at a reasonable level, e.g. 520%.
[edit] Processing
Considerable computer power is dedicated to correcting for pulse-pile up and for extraction
of data from poorly resolved spectra. These elaborate correction processes tend to be based
on empirical relationships that may change with time, so that continuous vigilance is required
in order to obtain chemical data of adequate precision.
[edit] Usage
EDX spectrometers are superior to WDX spectrometers in that they are smaller, simpler in
design and have fewer engineered parts. They can also use miniature X-ray tubes or gamma
sources. This makes them cheaper and allows miniaturization and portability. This type of
instrument is commonly used for portable quality control screening applications, such as
testing toys for Lead (Pb) content, sorting scrap metals, and measuring the lead content of
residential paint. On the other hand, the low resolution and problems with low count rate and
long dead-time makes them inferior for high-precision analysis. They are, however, very
effective for high-speed, multi-elemental analysis. Field Portable XRF analysers currently on
the market weigh less than 2 kg, and have limits of detection on the order of 2 parts per
million of Lead (Pb) in pure sand.
Chemist operates a goniometer used for X-ray fluorescence analysis of individual grains of
mineral specimens, U.S. Geological Survey, 1958.
monochromators means that a rather open arrangement around the sample is required,
leading to relatively long tube-sample-crystal distances, which leads to lower detected
intensities and more scattering. The instrument is inflexible, because if a new element
is to be measured, a new measurement channel has to be bought and installed.
[edit] Monochromators
The common feature of monochromators is the maintenance of a symmetrical geometry
between the sample, the crystal and the detector. In this geometry the Bragg diffraction
condition is obtained.
The X-ray emission lines are very narrow (see figure 2), so the angles must be defined with
considerable precision. This is achieved in two ways:
The Soller collimator is a stack of parallel metal plates, spaced a few tenths of a millimetre
apart. To improve angle resolution, one must lengthen the collimator, and/or reduce the plate
spacing. This arrangement has the advantage of simplicity and relatively low cost, but the
collimators reduce intensity and increase scattering, and reduce the area of sample and crystal
that can be "seen". The simplicity of the geometry is especially useful for variable-geometry
monochromators.
The Rowland circle geometry ensures that the slits are both in focus, but in order for the
Bragg condition to be met at all points, the crystal must first be bent to a radius of 2R (where
R is the radius of the Rowland circle), then ground to a radius of R. This arrangement allows
higher intensities (typically 8-fold) with higher resolution (typically 4-fold) and lower
background. However, the mechanics of keeping Rowland circle geometry in a variable-angle
monochromator is extremely difficult. In the case of fixed-angle monochromators (for use in
simultaneous spectrometers), crystals bent to a logarithmic spiral shape give the best focusing
elemen
line
t
Li
K
Be
K
B
K
C
K
N
K
O
K
K1,
F
waveleng
th (nm)
22.8
11.4
6.76
4.47
3.16
2.362
eleme
nt
Ni
Cu
Zn
Ga
Ge
As
waveleng
th (nm)
K1 0.1658
K1 0.1541
K1 0.1435
K1 0.1340
K1 0.1254
K1 0.1176
eleme
nt
I
Xe
Cs
Ba
La
Ce
lin waveleng
e th (nm)
L1 0.3149
L1 0.3016
L1 0.2892
L1 0.2776
L1 0.2666
L1 0.2562
eleme
nt
Pt
Au
Hg
Tl
Pb
Bi
lin wavelengt
e h (nm)
L1 0.1313
L1 0.1276
L1 0.1241
L1 0.1207
L1 0.1175
L1 0.1144
1.832
Se
K1 0.1105
Pr
L1 0.2463
Po
L1 0.1114
1.461
Br
K1 0.1040
Nd
L1 0.2370
At
L1 0.1085
1.191
Kr
K1 0.09801
Pm
L1 0.2282
Rn
L1 0.1057
0.989
Rb
K1 0.09256
Sm
L1 0.2200
Fr
L1 0.1031
0.834
Sr
K1 0.08753
Eu
L1 0.2121
Ra
L1 0.1005
0.7126
K1 0.08288
Gd
L1 0.2047
Ac
L1 0.0980
0.6158
Zr
K1 0.07859
Tb
L1 0.1977
Th
L1 0.0956
0.5373
Nb
K1 0.07462
Dy
L1 0.1909
Pa
L1 0.0933
0.4729
Mo
K1 0.07094
Ho
L1 0.1845
L1 0.0911
0.4193
Tc
K1 0.06751
Er
L1 0.1784
Np
L1 0.0888
0.3742
Ru
K1 0.06433
Tm
L1 0.1727
Pu
L1 0.0868
0.3359
Rh
K1 0.06136
Yb
L1 0.1672
Am
L1 0.0847
0.3032
Pd
K1 0.05859
Lu
L1 0.1620
Cm
L1 0.0828
K1, 0.2749
Ag
K1 0.05599
Hf
L1 0.1570
Bk
L1 0.0809
Ne
Na
Mg
Al
Si
P
S
Cl
Ar
K
Ca
Sc
Ti
K1,
2
K1,
2
K1,
2
K1,
2
K1,
2
K1,
2
K1,
2
K1,
2
K1,
2
K1,
2
K1,
2
K1,
2
line
V
Cr
Mn
Fe
Co
K1
K1
K1
K1
K1
0.2504
0.2290
0.2102
0.1936
0.1789
Cd
In
Sn
Sb
Te
K1 0.05357
L1 0.3772
L1 0.3600
L1 0.3439
L1 0.3289
Ta
W
Re
Os
Ir
L1 0.1522
L1 0.1476
L1 0.1433
L1 0.1391
L1 0.1351
Cf
Es
Fm
Md
No
L1 0.0791
L1 0.0773
L1 0.0756
L1 0.0740
L1 0.0724
Other lines are often used, depending on the type of sample and equipment available.
[edit] Crystals
The desirable characteristics of a diffraction crystal are:
Crystals with simple structure tend to give the best diffraction performance. Crystals
containing heavy atoms can diffract well, but also fluoresce themselves, causing interference.
Crystals that are water-soluble, volatile or organic tend to give poor stability.
Commonly used crystal materials include LiF (lithium fluoride), ADP (ammonium
dihydrogen phosphate), Ge (germanium), graphite, InSb (indium antimonide), PE (tetrakis(hydroxymethyl)-methane: penta-erythritol), KAP (potassium hydrogen phthalate), RbAP
(rubidium hydrogen phthalate) and TlAP (thallium(I) hydrogen phthalate). In addition, there
is an increasing use of "layered synthetic microstructures", which are "sandwich" structured
materials comprising successive thick layers of low atomic number matrix, and monoatomic
layers of a heavy element. These can in principle be custom-manufactured to diffract any
desired long wavelength, and are used extensively for elements in the range Li to Mg.
Properties of commonly used crystals
material
plane
d (nm)
min
(nm)
max
(nm)
intensity
thermal
durability
expansion
LiF
200
0.2014
0.053
0.379
+++++
+++
+++
LiF
220
0.1424
0.037
0.268
+++
++
+++
LiF
420
0.0901
0.024
0.169
++
++
+++
ADP
101
0.5320
0.139
1.000
++
++
Ge
111
0.3266
0.085
0.614
+++
+++
graphite
001
0.3354
0.088
0.630
++++
+++
InSb
111
0.3740
0.098
0.703
++++
+++
PE
002
0.4371
0.114
0.821
+++
+++++
KAP
1010
1.325
0.346
2.490
++
++
++
RbAP
1010
1.305
0.341
2.453
++
++
++
Si
111
0.3135
0.082
0.589
++
+++
TlAP
1010
1.295
0.338
2.434
+++
++
++
YB66
400
0.586
6 nm LSM
6.00
1.566
11.276
+++
++
[edit] Detectors
Detectors used for wavelength dispersive spectrometry need to have high pulse processing
speeds in order to cope with the very high photon count rates that can be obtained. In
addition, they need sufficient energy resolution to allow filtering-out of background noise and
spurious photons from the primary beam or from crystal fluorescence. There are four
common types of detector:
Gas flow proportional counters are used mainly for detection of longer wavelengths. Gas
flows through it continuously. Where there are multiple detectors, the gas is passed through
them in series, then led to waste. The gas is usually 90% argon, 10% methane ("P10"),
although the argon may be replaced with neon or helium where very long wavelengths (over
5 nm) are to be detected. The argon is ionised by incoming X-ray photons, and the electric
field multiplies this charge into a measurable pulse. The methane suppresses the formation of
fluorescent photons caused by recombination of the argon ions with stray electrons. The
anode wire is typically tungsten or nichrome of 2060 m diameter. Since the pulse strength
obtained is essentially proportional to the ratio of the detector chamber diameter to the wire
diameter, a fine wire is needed, but it must also be strong enough to be maintained under
tension so that it remains precisely straight and concentric with the detector. The window
needs to be conductive, thin enough to transmit the X-rays effectively, but thick and strong
enough to minimize diffusion of the detector gas into the high vacuum of the monochromator
chamber. Materials often used are beryllium metal, aluminised PET film and aluminised
polypropylene. Ultra-thin windows (down to 1 m) for use with low-penetration long
wavelengths are very expensive. The pulses are sorted electronically by "pulse height
selection" in order to isolate those pulses deriving from the secondary X-ray photons being
counted.
Sealed gas detectors are similar to the gas flow proportional counter, except that the gas
does not flow though it. The gas is usually krypton or xenon at a few atmospheres pressure.
They are applied usually to wavelengths in the 0.150.6 nm range. They are applicable in
principle to longer wavelengths, but are limited by the problem of manufacturing a thin
window capable of withstanding the high pressure difference.
Scintillation counters consist of a scintillating crystal (typically of sodium iodide doped with
thallium) attached to a photomultiplier. The crystal produces a group of scintillations for each
photon absorbed, the number being proportional to the photon energy. This translates into a
pulse from the photomultiplier of voltage proportional to the photon energy. The crystal must
be protected with a relatively thick aluminium/beryllium foil window, which limits the use of
the detector to wavelengths below 0.25 nm. Scintillation counters are often connected in
series with a gas flow proportional counter: the latter is provided with an outlet window
opposite the inlet, to which the scintillation counter is attached. This arrangement is
particularly used in sequential spectrometers.
Semiconductor detectors can be used in theory, and their applications are increasing as their
technology improves, but historically their use for WDX has been restricted by their slow
response (see EDX).
A glass "bead" specimen for XRF analysis being cast at around 1100 C in a Herzog
automated fusion machine in a cement plant quality control laboratory. 1 (top): fusing, 2:
preheating the mould, 3: pouring the melt, 4: cooling the "bead"
X-ray absorption
X-ray enhancement
sample macroscopic effects
All elements absorb X-rays to some extent. Each element has a characteristic absorption
spectrum which consists of a "saw-tooth" succession of fringes, each step-change of which
has wavelength close to an emission line of the element. Absorption attenuates the secondary
X-rays leaving the sample. For example, the mass absorption coefficient of silicon at the
wavelength of the aluminium K line is 50 m/kg, whereas that of iron is 377 m/kg. This
means that a given concentration of aluminium in a matrix of iron gives only one seventh of
the count rate compared with the same concentration of aluminium in a silicon matrix.
Fortunately, mass absorption coefficients are well known and can be calculated. However, to
calculate the absorption for a multi-element sample, the composition must be known. For
analysis of an unknown sample, an iterative procedure is therefore used. It will be noted that,
to derive the mass absorption accurately, data for the concentration of elements not measured
by XRF may be needed, and various strategies are employed to estimate these. As an
example, in cement analysis, the concentration of oxygen (which is not measured) is
calculated by assuming that all other elements are present as standard oxides.
Enhancement occurs where the secondary X-rays emitted by a heavier element are
sufficiently energetic to stimulate additional secondary emission from a lighter element. This
phenomenon can also be modelled, and corrections can be made provided that the full matrix
composition can be deduced.
Sample macroscopic effects consist of effects of inhomogeneities of the sample, and
unrepresentative conditions at its surface. Samples are ideally homogeneous and isotropic,
but they often deviate from this ideal. Mixtures of multiple crystalline components in mineral
powders can result in absorption effects that deviate from those calculable from theory. When
a powder is pressed into a tablet, the finer minerals concentrate at the surface. Spherical
grains tend to migrate to the surface more than do angular grains. In machined metals, the
softer components of an alloy tend to smear across the surface. Considerable care and
ingenuity are required to minimize these effects. Because they are artifacts of the method of
sample preparation, these effects can not be compensated by theoretical corrections, and must
be "calibrated in". This means that the calibration materials and the unknowns must be
compositionally and mechanically similar, and a given calibration is applicable only to a
limited range of materials. Glasses most closely approach the ideal of homogeneity and
isotropy, and for accurate work, minerals are usually prepared by dissolving them in a borate
glass, and casting them into a flat disc or "bead". Prepared in this form, a virtually universal
calibration is applicable.
Further corrections that are often employed include background correction and line overlap
correction. The background signal in an XRF spectrum derives primarily from scattering of
primary beam photons by the sample surface. Scattering varies with the sample mass
absorption, being greatest when mean atomic number is low. When measuring trace amounts
of an element, or when measuring on a variable light matrix, background correction becomes
necessary. This is really only feasible on a sequential spectrometer. Line overlap is a common
problem, bearing in mind that the spectrum of a complex mineral can contain several hundred
measurable lines. Sometimes it can be overcome by measuring a less-intense, but overlapfree line, but in certain instances a correction is inevitable. For instance, the K is the only
usable line for measuring sodium, and it overlaps the zinc L (L2-M4) line. Thus zinc, if
present, must be analysed in order to properly correct the sodium value.
When radiated by an X-ray beam, the sample also emits other radiations that can be used for
analysis:
The de-excitation also ejects Auger electrons, but Auger electron spectroscopy (AES)
normally uses an electron beam as the probe.
Confocal microscopy X-ray fluorescence imaging is a newer technique that allow control
over depth, in addition to horizontal and vertical aiming, for example, when analyzing buried
layers in a painting.[3]
Emission spectroscopy
List of materials analysis methods
Micro-X-ray fluorescence
X-ray fluorescence holography
[edit] Notes
1. ^ Glocker, R., and Schreiber, H., Ann. Physik., 85 (1928), p. 1089
2. ^ David Bernard Williams, C. Barry Carter (1996). Transmission electron
microscopy: a textbook for materials science, Volume 2. Springer. p. 559.
ISBN 030645324X. http://books.google.com/?id=667SJf95AFAC&pg=PA559.
3. ^ L. Vincze (2005). "Confocal X-ray Fluorescence Imaging and XRF
Tomography for Three-Dimensional Trace Element Microanalysis". Microscopy
and Microanalysis 11: 682. doi:10.1017/S1431927605503167.
http://journals.cambridge.org/action/displayFulltext?
type=1&fid=326128&jid=MAM&volumeId=11&issueId=S02&aid=326127.
4. ^ Kalnickya, Dennis J.; Raj Singhvi (2001). "Field portable XRF analysis of
environmental samples". Journal of Hazardous Materials 83: 93.
doi:10.1016/S0304-3894(00)00330-7.
[edit] References
Beckhoff, B., Kanngieer, B., Langhoff, N., Wedell, R., Wolff, H., Handbook of
Practical X-Ray Fluorescence Analysis, Springer, 2006, ISBN 3-540-28603-9
Bertin, E. P., Principles and Practice of X-ray Spectrometric Analysis, Kluwer
Academic / Plenum Publishers, ISBN 0-3063-0809-6
Buhrke, V. E., Jenkins, R., Smith, D. K., A Practical Guide for the Preparation of
Specimens for XRF and XRD Analysis, Wiley, 1998, ISBN 0-471-19458-1
Jenkins, R., X-ray Fluorescence Spectrometry, Wiley, ISBN 0-4712-9942-1
Jenkins, R., De Vries, J. L., Practical X-ray Spectrometry, Springer-Verlag, 1973,
ISBN 0387910298
Jenkins, R., R.W. Gould, R. W., Gedcke, D., Quantitative X-ray Spectrometry,
Marcel Dekker, ISBN 0-8247-9554-7
Van Grieken, R. E., Markowicz, A. A., Handbook of X-Ray Spectrometry 2nd ed.;
Marcel Dekker Inc: New York, 2002; Vol. 29; ISBN 0-8247-0600-5
10.
X-ray crystallography
From Wikipedia, the free encyclopedia
(Redirected from X ray diffraction)
Jump to: navigation, search
X-ray crystallography can locate every atom in a zeolite, an aluminosilicate with many
important applications, such as water purification.
X-ray crystallography is a method of determining the arrangement of atoms within a
crystal, in which a beam of X-rays strikes a crystal and diffracts into many specific
directions. From the angles and intensities of these diffracted beams, a crystallographer can
produce a three-dimensional picture of the density of electrons within the crystal. From this
electron density, the mean positions of the atoms in the crystal can be determined, as well as
their chemical bonds, their disorder and various other information.
Since many materials can form crystals such as salts, metals, minerals,
semiconductors, as well as various inorganic, organic and biological molecules X-ray
crystallography has been fundamental in the development of many scientific fields. In its first
decades of use, this method determined the size of atoms, the lengths and types of chemical
bonds, and the atomic-scale differences among various materials, especially minerals and
alloys. The method also revealed the structure and functioning of many biological molecules,
including vitamins, drugs, proteins and nucleic acids such as DNA. X-ray crystallography is
still the chief method for characterizing the atomic structure of new materials and in
discerning materials that appear similar by other experiments. X-ray crystal structures can
also account for unusual electronic or elastic properties of a material, shed light on chemical
interactions and processes, or serve as the basis for designing pharmaceuticals against
diseases.
In an X-ray diffraction measurement, a crystal is mounted on a goniometer and gradually
rotated while being bombarded with X-rays, producing a diffraction pattern of regularly
spaced spots known as reflections. The two-dimensional images taken at different rotations
are converted into a three-dimensional model of the density of electrons within the crystal
using the mathematical method of Fourier transforms, combined with chemical data known
for the sample. Poor resolution (fuzziness) or even errors may result if the crystals are too
small, or not uniform enough in their internal makeup.
X-ray crystallography is related to several other methods for determining atomic structures.
Similar diffraction patterns can be produced by scattering electrons or neutrons, which are
likewise interpreted as a Fourier transform. If single crystals of sufficient size cannot be
obtained, various other X-ray methods can be applied to obtain less detailed information;
such methods include fiber diffraction, powder diffraction and small-angle X-ray
scattering (SAXS). If the material under investigation is only available in the form of
nanocrystalline powders or suffers from poor crystallinity, the methods of electron
crystallography can be applied for determining the atomic structure.
For all above mentioned X-ray diffraction methods, the scattering is elastic; the scattered Xrays have the same wavelength as the incoming X-ray. By contrast, inelastic X-ray
scattering methods are useful in studying excitations of the sample, rather than the
distribution of its atoms.
o
[edit] History
[edit] Early scientific history of crystals and X-rays
Drawing of square (Figure A, above) and hexagonal (Figure B, below) packing from
Kepler's work, Strena seu de Nive Sexangula.
Crystals have long been admired for their regularity and symmetry, but they were not
investigated scientifically until the 17th century. Johannes Kepler hypothesized in his work
Strena seu de Nive Sexangula (1611) that the hexagonal symmetry of snowflake crystals
was due to a regular packing of spherical water particles.[1]
As shown by X-ray crystallography, the hexagonal symmetry of snowflakes results from the
tetrahedral arrangement of hydrogen bonds about each water molecule. The water
molecules are arranged similarly to the silicon atoms in the tridymite polymorph of SiO2.
The resulting crystal structure has hexagonal symmetry when viewed along a principal axis.
Crystal symmetry was first investigated experimentally by Nicolas Steno (1669), who
showed that the angles between the faces are the same in every exemplar of a particular type
of crystal,[2] and by Ren Just Hay (1784), who discovered that every face of a crystal can
be described by simple stacking patterns of blocks of the same shape and size. Hence,
William Hallowes Miller in 1839 was able to give each face a unique label of three small
integers, the Miller indices which are still used today for identifying crystal faces. Hay's
study led to the correct idea that crystals are a regular three-dimensional array (a Bravais
lattice) of atoms and molecules; a single unit cell is repeated indefinitely along three
principal directions that are not necessarily perpendicular. In the 19th century, a complete
catalog of the possible symmetries of a crystal was worked out by Johann Hessel,[3]
Auguste Bravais,[4] Yevgraf Fyodorov,[5] Arthur Schnflies[6] and (belatedly) William
Barlow. From the available data and physical reasoning, Barlow proposed several crystal
structures in the 1880s that were validated later by X-ray crystallography; [7] however, the
available data were too scarce in the 1880s to accept his models as conclusive.
X-ray crystallography shows the arrangement of water molecules in ice, revealing the
hydrogen bonds that hold the solid together. Few other methods can determine the structure
of matter with such sub-atomic precision (resolution).
X-rays were discovered by Wilhelm Conrad Rntgen in 1895, just as the studies of crystal
symmetry were being concluded. Physicists were initially uncertain of the nature of X-rays,
although it was soon suspected (correctly) that they were waves of electromagnetic
radiation, in other words, another form of light. At that time, the wave model of light
specifically, the Maxwell theory of electromagnetic radiation was well accepted among
scientists, and experiments by Charles Glover Barkla showed that X-rays exhibited
phenomena associated with electromagnetic waves, including transverse polarization and
spectral lines akin to those observed in the visible wavelengths. Single-slit experiments in
the laboratory of Arnold Sommerfeld suggested the wavelength of X-rays was about 1
Angstrm. However, X-rays are composed of photons, and thus are not only waves of
electromagnetic radiation but also exhibit particle-like properties. The photon concept was
introduced by Albert Einstein in 1905,[8] but it was not broadly accepted until 1922,[9][10]
when Arthur Compton confirmed it by the scattering of X-rays from electrons.[11] Therefore,
these particle-like properties of X-rays, such as their ionization of gases, caused William
Henry Bragg to argue in 1907 that X-rays were not electromagnetic radiation.[12][13][14][15]
Nevertheless, Bragg's view was not broadly accepted and the observation of X-ray
diffraction in 1912[16] confirmed for most scientists that X-rays were a form of
electromagnetic radiation.
The incoming beam (coming from upper left) causes each scatterer to re-radiate a small
portion of its intensity as a spherical wave. If scatterers are arranged symmetrically with a
separation d, these spherical waves will be in sync (add constructively) only in directions
where their path-length difference 2d sin equals an integer multiple of the wavelength . In
that case, part of the incoming beam is deflected by an angle 2, producing a reflection spot
in the diffraction pattern.
Crystals are regular arrays of atoms, and X-rays can be considered waves of electromagnetic
radiation. Atoms scatter X-ray waves, primarily through the atoms' electrons. Just as an ocean
wave striking a lighthouse produces secondary circular waves emanating from the lighthouse,
so an X-ray striking an electron produces secondary spherical waves emanating from the
electron. This phenomenon is known as elastic scattering, and the electron (or lighthouse) is
known as the scatterer. A regular array of scatterers produces a regular array of spherical
waves. Although these waves cancel one another out in most directions through destructive
interference, they add constructively in a few specific directions, determined by Bragg's
law:
Here d is the spacing between diffracting planes, is the incident angle, n is any integer, and
is the wavelength of the beam. These specific directions appear as spots on the diffraction
pattern called reflections. Thus, X-ray diffraction results from an electromagnetic wave (the
X-ray) impinging on a regular array of scatterers (the repeating arrangement of atoms within
the crystal).
X-rays are used to produce the diffraction pattern because their wavelength is typically the
same order of magnitude (1-100 ngstrms) as the spacing d between planes in the crystal.
In principle, any wave impinging on a regular array of scatterers produces diffraction, as
predicted first by Francesco Maria Grimaldi in 1665. To produce significant diffraction, the
spacing between the scatterers and the wavelength of the impinging wave should be similar in
size. For illustration, the diffraction of sunlight through a bird's feather was first reported by
James Gregory in the later 17th century. The first artificial diffraction gratings for visible
light were constructed by David Rittenhouse in 1787, and Joseph von Fraunhofer in
1821. However, visible light has too long a wavelength (typically, 5500 ngstrms) to
observe diffraction from crystals. Prior to the first X-ray diffraction experiments, the spacings
between lattice planes in a crystal were not known with certainty.
The idea that crystals could be used as a diffraction grating for X-rays arose in 1912 in a
conversation between Paul Peter Ewald and Max von Laue in the English Garden in
Munich. Ewald had proposed a resonator model of crystals for his thesis, but this model
could not be validated using visible light, since the wavelength was much larger than the
spacing between the resonators. Von Laue realized that electromagnetic radiation of a shorter
wavelength was needed to observe such small spacings, and suggested that X-rays might
have a wavelength comparable to the unit-cell spacing in crystals. Von Laue worked with two
technicians, Walter Friedrich and his assistant Paul Knipping, to shine a beam of X-rays
through a copper sulfate crystal and record its diffraction on a photographic plate. After
being developed, the plate showed a large number of well-defined spots arranged in a pattern
of intersecting circles around the spot produced by the central beam.[16][17] Von Laue
developed a law that connects the scattering angles and the size and orientation of the unitcell spacings in the crystal, for which he was awarded the Nobel Prize in Physics in 1914.
[18]
that of a valence electron, the scattering may be modeled as Thomson scattering, the
interaction of an electromagnetic ray with a free electron. This model is generally adopted to
describe the polarization of the scattered radiation. The intensity of Thomson scattering
declines as 1/m with the mass m of the charged particle that is scattering the radiation;
hence, the atomic nuclei, which are thousands of times heavier than an electron, contribute
negligibly to the scattered X-rays.
Although diamonds (top left) and graphite (top right) are identical in chemical composition
being both pure carbon X-ray crystallography revealed the arrangement of their atoms
(bottom) accounts for their different properties. In diamond, the carbon atoms are arranged
tetrahedrally and held together by single covalent bonds, making it strong in all directions.
By contrast, graphite is composed of stacked sheets. Within the sheet, the bonding is covalent
and has hexagonal symmetry, but there are no covalent bonds between the sheets, making
graphite easy to cleave into flakes.
After Von Laue's pioneering research, the field developed rapidly, most notably by physicists
William Lawrence Bragg and his father William Henry Bragg. In 1912-1913, the younger
Bragg developed Bragg's law, which connects the observed scattering with reflections from
evenly spaced planes within the crystal.[19][20][21] The Braggs, father and son, shared the 1915
Nobel Prize in Physics for their work in crystallography. The earliest structures were
generally simple and marked by one-dimensional symmetry. However, as computational and
experimental methods improved over the next decades, it became feasible to deduce reliable
atomic positions for more complicated two- and three-dimensional arrangements of atoms in
the unit-cell.
The potential of X-ray crystallography for determining the structure of molecules and
minerals then only known vaguely from chemical and hydrodynamic experiments was
realized immediately. The earliest structures were simple inorganic crystals and minerals, but
even these revealed fundamental laws of physics and chemistry. The first atomic-resolution
structure to be "solved" (i.e. determined) in 1914 was that of table salt.[22][23][24] The
distribution of electrons in the table-salt structure showed that crystals are not necessarily
composed of covalently bonded molecules, and proved the existence of ionic compounds.
[25]
The structure of diamond was solved in the same year,[26][27] proving the tetrahedral
arrangement of its chemical bonds and showing that the length of CC single bond was 1.52
ngstrms. Other early structures included copper,[28] calcium fluoride (CaF2, also known
as fluorite), calcite (CaCO3) and pyrite (FeS2)[29] in 1914; spinel (MgAl2O4) in 1915;[30][31] the
rutile and anatase forms of titanium dioxide (TiO2) in 1916;[32] pyrochroite Mn(OH)2 and,
by extension, brucite Mg(OH)2 in 1919;[33][34]. Also in 1919 sodium nitrate (NaNO3) and
cesium dichloroiodide (CsICl2) were determined by Ralph Walter Graystone Wyckoff, and
the wurtzite (hexagonal ZnS) structure became known in 1920.[35]
The structure of graphite was solved in 1916[36] by the related method of powder diffraction,
[37]
which was developed by Peter Debye and Paul Scherrer and, independently, by Albert
Hull in 1917.[38] The structure of graphite was determined from single-crystal diffraction in
1924 by two groups independently.[39][40] Hull also used the powder method to determine the
structures of various metals, such as iron[41] and magnesium.[42]
The three-dimensional structure of penicillin, for which Dorothy Crowfoot Hodgkin was
awarded the Nobel Prize in Chemistry in 1964. The green, white, red, yellow and blue
spheres represent atoms of carbon, hydrogen, oxygen, sulfur and nitrogen, respectively.
The first structure of an organic compound, hexamethylenetetramine, was solved in 1923.
[70]
This was followed by several studies of long-chain fatty acids, which are an important
component of biological membranes.[71][72][73][74][75][76][77][78][79] In the 1930s, the structures of
much larger molecules with two-dimensional complexity began to be solved. A significant
advance was the structure of phthalocyanine,[80] a large planar molecule that is closely
related to porphyrin molecules important in biology, such as heme, corrin and chlorophyll.
X-ray crystallography of biological molecules took off with Dorothy Crowfoot Hodgkin,
who solved the structures of cholesterol (1937), vitamin B12 (1945) and penicillin (1954),
for which she was awarded the Nobel Prize in Chemistry in 1964. In 1969, she succeeded
in solving the structure of insulin, on which she worked for over thirty years.[81]
Ribbon diagram of the structure of myoglobin, showing colored alpha helices. Such
proteins are long, linear molecules with thousands of atoms; yet the relative position of
each atom has been determined with sub-atomic resolution by X-ray crystallography. Since it
is difficult to visualize all the atoms at once, the ribbon shows the rough path of the protein
polymer from its N-terminus (blue) to its C-terminus (red).
scattering is useful for probing such excitations of matter, but not in determining the
distribution of scatterers within the matter, which is the goal of X-ray crystallography.
X-rays range in wavelength from 10 to 0.01 nanometers; a typical wavelength used for
crystallography is 1 (0.1 nm), which is on the scale of covalent chemical bonds and the
radius of a single atom. Longer-wavelength photons (such as ultraviolet radiation) would not
have sufficient resolution to determine the atomic positions. At the other extreme, shorterwavelength photons such as gamma rays are difficult to produce in large numbers, difficult
to focus, and interact too strongly with matter, producing particle-antiparticle pairs.
Therefore, X-rays are the "sweetspot" for wavelength when determining atomic-resolution
structures from the scattering of electromagnetic radiation.
[edit] Methods
[edit] Overview of single-crystal X-ray diffraction
Workflow for solving the structure of a molecule by X-ray crystallography.
The oldest and most precise method of X-ray crystallography is single-crystal X-ray
diffraction, in which a beam of X-rays strikes a single crystal, producing scattered beams.
When they land on a piece of film or other detector, these beams make a diffraction pattern of
spots; the strengths and angles of these beams are recorded as the crystal is gradually rotated.
[89]
Each spot is called a reflection, since it corresponds to the reflection of the X-rays from
one set of evenly spaced planes within the crystal. For single crystals of sufficient purity and
regularity, X-ray diffraction data can determine the mean chemical bond lengths and angles to
within a few thousandths of an ngstrm and to within a few tenths of a degree,
respectively. The atoms in a crystal are not static, but oscillate about their mean positions,
usually by less than a few tenths of an ngstrm. X-ray crystallography allows measuring the
size of these oscillations.
[edit] Procedure
The technique of single-crystal X-ray crystallography has three basic steps. The first and
often most difficult step is to obtain an adequate crystal of the material under study. The
crystal should be sufficiently large (typically larger than 0.1 mm in all dimensions), pure in
composition and regular in structure, with no significant internal imperfections such as
cracks or twinning.
In the second step, the crystal is placed in an intense beam of X-rays, usually of a single
wavelength (monochromatic X-rays), producing the regular pattern of reflections. As the
crystal is gradually rotated, previous reflections disappear and new ones appear; the intensity
of every spot is recorded at every orientation of the crystal. Multiple data sets may have to be
collected, with each set covering slightly more than half a full rotation of the crystal and
typically containing tens of thousands of reflections.
In the third step, these data are combined computationally with complementary chemical
information to produce and refine a model of the arrangement of atoms within the crystal.
The final, refined model of the atomic arrangement now called a crystal structure is
usually stored in a public database.
[edit] Limitations
See also: Resolution (electron density)
As the crystal's repeating unit, its unit cell, becomes larger and more complex, the atomiclevel picture provided by X-ray crystallography becomes less well-resolved (more "fuzzy")
for a given number of observed reflections. Two limiting cases of X-ray crystallography
"small-molecule" and "macromolecular" crystallographyare often discerned. Smallmolecule crystallography typically involves crystals with fewer than 100 atoms in their
asymmetric unit; such crystal structures are usually so well resolved that the atoms can be
discerned as isolated "blobs" of electron density. By contrast, macromolecular
crystallography often involves tens of thousands of atoms in the unit cell. Such crystal
structures are generally less well-resolved (more "smeared out"); the atoms and chemical
bonds appear as tubes of electron density, rather than as isolated atoms. In general, small
molecules are also easier to crystallize than macromolecules; however, X-ray crystallography
has proven possible even for viruses with hundreds of thousands of atoms.
[edit] Crystallization
Further information: crystallization, recrystallization, and Protein Crystallization
A protein crystal seen under a microscope. Crystals used in X-ray crystallography may be
smaller than a millimeter across.
first step (nucleation) are not always the same conditions that favor the second step
(subsequent growth). The crystallographer's goal is to identify solution conditions that favor
the development of a single, large crystal, since larger crystals offer improved resolution of
the molecule. Consequently, the solution conditions should disfavor the first step (nucleation)
but favor the second (growth), so that only one large crystal forms per droplet. If nucleation is
favored too much, a shower of small crystallites will form in the droplet, rather than one large
crystal; if favored too little, no crystal will form whatsoever.
It is extremely difficult to predict good conditions for nucleation or growth of well-ordered
crystals.[95] In practice, favorable conditions are identified by screening; a very large batch of
the molecules is prepared, and a wide variety of crystallization solutions are tested.[96]
Hundreds, even thousands, of solution conditions are generally tried before finding the
successful one. The various conditions can use one or more physical mechanisms to lower the
solubility of the molecule; for example, some may change the pH, some contain salts of the
Hofmeister series or chemicals that lower the dielectric constant of the solution, and still
others contain large polymers such as polyethylene glycol that drive the molecule out of
solution by entropic effects. It is also common to try several temperatures for encouraging
crystallization, or to gradually lower the temperature so that the solution becomes
supersaturated. These methods require large amounts of the target molecule, as they use high
concentration of the molecule(s) to be crystallized. Due to the difficulty in obtaining such
large quantities (milligrams) of crystallization grade protein, robots have been developed that
are capable of accurately dispensing crystallization trial drops that are in the order of 100
nanoliters in volume. This means that 10-fold less protein is used per-experiment when
compared to crystallization trials setup by hand (in the order of 1 microliter).[97]
Several factors are known to inhibit or mar crystallization. The growing crystals are generally
held at a constant temperature and protected from shocks or vibrations that might disturb their
crystallization. Impurities in the molecules or in the crystallization solutions are often
inimical to crystallization. Conformational flexibility in the molecule also tends to make
crystallization less likely, due to entropy. Ironically, molecules that tend to self-assemble into
regular helices are often unwilling to assemble into crystals. Crystals can be marred by
twinning, which can occur when a unit cell can pack equally favorably in multiple
orientations; although recent advances in computational methods may allow solving the
structure of some twinned crystals. Having failed to crystallize a target molecule, a
crystallographer may try again with a slightly modified version of the molecule; even small
changes in molecular properties can lead to large differences in crystallization behavior.
Animation showing the five motions possible with a four-circle kappa goniometer. The
rotations about each of the four angles , , and 2 leave the crystal within the X-ray beam,
but change the crystal orientation. The detector (red box) can be slid closer or further away
from the crystal, allowing higher resolution data to be taken (if closer) or better discernment
of the Bragg peaks (if further away).
The crystal is mounted for measurements so that it may be held in the X-ray beam and
rotated. There are several methods of mounting. Although crystals were once loaded into
glass capillaries with the crystallization solution (the mother liquor), a modern approach is to
scoop the crystal up in a tiny loop, made of nylon or plastic and attached to a solid rod, that is
then flash-frozen with liquid nitrogen.[98] This freezing reduces the radiation damage of the
X-rays, as well as the noise in the Bragg peaks due to thermal motion (the Debye-Waller
effect). However, untreated crystals often crack if flash-frozen; therefore, they are generally
pre-soaked in a cryoprotectant solution before freezing.[99] Unfortunately, this pre-soak may
itself cause the crystal to crack, ruining it for crystallography. Generally, successful cryoconditions are identified by trial and error.
The capillary or loop is mounted on a goniometer, which allows it to be positioned
accurately within the X-ray beam and rotated. Since both the crystal and the beam are often
very small, the crystal must be centered within the beam to within ~25 micrometers accuracy,
which is aided by a camera focused on the crystal. The most common type of goniometer is
the "kappa goniometer", which offers three angles of rotation: the angle, which rotates
about an axis perpendicular to the beam; the angle, about an axis at ~50 to the axis; and,
finally, the angle about the loop/capillary axis. When the angle is zero, the and axes
are aligned. The rotation allows for convenient mounting of the crystal, since the arm in
which the crystal is mounted may be swung out towards the crystallographer. The oscillations
carried out during data collection (mentioned below) involve the axis only. An older type of
goniometer is the four-circle goniometer, and its relatives such as the six-circle goniometer.
A diffractometer
Smaller, X-ray generators are often used in laboratories to check the quality of crystals
before bringing them to a synchrotron and sometimes to solve a crystal structure. In such
systems, electrons are boiled off of a cathode and accelerated through a strong electric
potential of ~50 kV; having reached a high speed, the electrons collide with a metal plate,
emitting bremsstrahlung and some strong spectral lines corresponding to the excitation of
inner-shell electrons of the metal. The most common metal used is copper, which can be
kept cool easily, due to its high thermal conductivity, and which produces strong K and K
lines. The K line is sometimes suppressed with a thin (~10 m) nickel foil. The simplest and
cheapest variety of sealed X-ray tube has a stationary anode (the Crookes tube) and
produces ~2 kW of X-ray radiation. The more expensive variety has a rotating-anode type
source that produces ~14 kW of X-ray radiation.
X-rays are generally filtered (by use of X-Ray Filters) to a single wavelength (made
monochromatic) and collimated to a single direction before they are allowed to strike the
crystal. The filtering not only simplifies the data analysis, but also removes radiation that
degrades the crystal without contributing useful information. Collimation is done either with
a collimator (basically, a long tube) or with a clever arrangement of gently curved mirrors.
Mirror systems are preferred for small crystals (under 0.3 mm) or with large unit cells (over
150 )
An X-ray diffraction pattern of a crystallized enzyme. The pattern of spots (called reflections)
can be used to determine the structure of the enzyme.
When a crystal is mounted and exposed to an intense beam of X-rays, it scatters the X-rays
into a pattern of spots or reflections that can be observed on a screen behind the crystal. A
similar pattern may be seen by shining a laser pointer at a compact disc. The relative
intensities of these spots provide the information to determine the arrangement of molecules
within the crystal in atomic detail. The intensities of these reflections may be recorded with
photographic film, an area detector or with a charge-coupled device (CCD) image sensor.
The peaks at small angles correspond to low-resolution data, whereas those at high angles
represent high-resolution data; thus, an upper limit on the eventual resolution of the structure
can be determined from the first few images. Some measures of diffraction quality can be
determined at this point, such as the mosaicity of the crystal and its overall disorder, as
observed in the peak widths. Some pathologies of the crystal that would render it unfit for
solving the structure can also be diagnosed quickly at this point.
One image of spots is insufficient to reconstruct the whole crystal; it represents only a small
slice of the full Fourier transform. To collect all the necessary information, the crystal must
be rotated step-by-step through 180, with an image recorded at every step; actually, slightly
more than 180 is required to cover reciprocal space, due to the curvature of the Ewald
sphere. However, if the crystal has a higher symmetry, a smaller angular range such as 90
or 45 may be recorded. The rotation axis should be changed at least once, to avoid
developing a "blind spot" in reciprocal space close to the rotation axis. It is customary to rock
the crystal slightly (by 0.5-2) to catch a broader region of reciprocal space.
Multiple data sets may be necessary for certain phasing methods. For example, MAD phasing
requires that the scattering be recorded at least three (and usually four, for redundancy)
wavelengths of the incoming X-ray radiation. A single crystal may degrade too much during
the collection of one data set, owing to radiation damage; in such cases, data sets on multiple
crystals must be taken.[100]
each reflection, and an intensity for each reflection (at this state the file often also includes
error estimates and measures of partiality (what part of a given reflection was recorded on
that image)).
A full data set may consist of hundreds of separate images taken at different orientations of
the crystal. The first step is to merge and scale these various images, that is, to identify which
peaks appear in two or more images (merging) and to scale the relative images so that they
have a consistent intensity scale. Optimizing the intensity scale is critical because the relative
intensity of the peaks is the key information from which the structure is determined. The
repetitive technique of crystallographic data collection and the often high symmetry of
crystalline materials cause the diffractometer to record many symmetry-equivalent reflections
multiple times. This allows calculating the symmetry related R-factor based upon how
similar are the measured intensities of symmetry equivalent reflections, thus assessing the
quality of the data.
Ab initio phasing or direct methods - This is usually the method of choice for
small molecules (<1000 non-hydrogen atoms), and has been used successfully to
solve the phase problems for small proteins. If the resolution of the data is better than
1.4 (140 pm), direct methods can be used to obtain phase information, by
exploiting known phase relationships between certain groups of reflections.[102][103]
Anomalous X-ray scattering (MAD or SAD phasing) - the X-ray wavelength may
be scanned past an absorption edge of an atom, which changes the scattering in a
known way. By recording full sets of reflections at three different wavelengths (far
below, far above and in the middle of the absorption edge) one can solve for the
substructure of the anomalously diffracting atoms and thence the structure of the
whole molecule. The most popular method of incorporating anomalous scattering
atoms into proteins is to express the protein in a methionine auxotroph (a host
incapable of synthesizing methionine) in a media rich in seleno-methionine, which
contains selenium atoms. A MAD experiment can then be conducted around the
absorption edge, which should then yield the position of any methionine residues
within the protein, providing initial phases.[105]
A protein crystal structure at 2.7 resolution. The mesh encloses the region in which the
electron density exceeds a given threshold. The straight segments represent chemical bonds
between the non-hydrogen atoms of an arginine (upper left), a tyrosine (lower left), a
disulfide bond (upper right, in yellow), and some peptide groups (running left-right in the
middle). The two curved green tubes represent spline fits to the polypeptide backbone.
Further information: Molecular modeling
Having obtained initial phases, an initial model can be built. This model can be used to refine
the phases, leading to an improved model, and so on. Given a model of some atomic
positions, these positions and their respective Debye-Waller factors (or B-factors,
accounting for the thermal motion of the atom) can be refined to fit the observed diffraction
data, ideally yielding a better set of phases. A new model can then be fit to the new electron
density map and a further round of refinement is carried out. This continues until the
correlation between the diffraction data and the model is maximized. The agreement is
measured by an R-factor defined as
A similar quality criterion is Rfree, which is calculated from a subset (~10%) of reflections that
were not included in the structure refinement. Both R factors depend on the resolution of the
data. As a rule of thumb, Rfree should be approximately the resolution in ngstrms divided
by 10; thus, a data-set with 2 resolution should yield a final Rfree ~ 0.2. Chemical bonding
features such as stereochemistry, hydrogen bonding and distribution of bond lengths and
angles are complementary measures of the model quality. Phase bias is a serious problem in
such iterative model building. Omit maps are a common technique used to check for this.
[clarification needed]
It may not be possible to observe every atom of the crystallized molecule - it must be
remembered that the resulting electron density is an average of all the molecules within the
crystal. In some cases, there is too much residual disorder in those atoms, and the resulting
electron density for atoms existing in many conformations is smeared to such an extent that it
is no longer detectable in the electron density map. Weakly scattering atoms such as hydrogen
are routinely invisible. It is also possible for a single atom to appear multiple times in an
electron density map, e.g., if a protein sidechain has multiple (<4) allowed conformations. In
still other cases, the crystallographer may detect that the covalent structure deduced for the
molecule was incorrect, or changed. For example, proteins may be cleaved or undergo posttranslational modifications that were not detected prior to the crystallization.
where the integral is taken over all values of q. The three-dimensional real vector q
represents a point in reciprocal space, that is, to a particular oscillation in the electron
density as one moves in the direction in which q points. The length of q corresponds to 2
divided by the wavelength of the oscillation. The corresponding formula for a Fourier
transform will be used below
where the integral is summed over all possible values of the position vector r within the
crystal.
The Fourier transform F(q) is generally a complex number, and therefore has a magnitude
|F(q)| and a phase (q) related by the equation
The intensities of the reflections observed in X-ray diffraction give us the magnitudes |F(q)|
but not the phases (q). To obtain the phases, full sets of reflections are collected with known
alterations to the scattering, either by modulating the wavelength past a certain absorption
edge or by adding strongly scattering (i.e., electron-dense) metal atoms such as mercury.
Combining the magnitudes and phases yields the full Fourier transform F(q), which may be
inverted to obtain the electron density f(r).
Crystals are often idealized as being perfectly periodic. In that ideal case, the atoms are
positioned on a perfect lattice, the electron density is perfectly periodic, and the Fourier
transform F(q) is zero except when q belongs to the reciprocal lattice (the so-called Bragg
peaks). In reality, however, crystals are not perfectly periodic; atoms vibrate about their mean
position, and there may be disorder of various types, such as mosaicity, dislocations, various
point defects, and heterogeneity in the conformation of crystallized molecules. Therefore, the
Bragg peaks have a finite width and there may be significant diffuse scattering, a continuum
of scattered X-rays that fall between the Bragg peaks.
A reflection is said to be indexed when its Miller indices (or, more correctly, its reciprocal
lattice vector components) have been identified from the known wavelength and the
scattering angle 2. Such indexing gives the unit-cell parameters, the lengths and angles of
the unit-cell, as well as its space group. Since Bragg's law does not interpret the relative
intensities of the reflections, however, it is generally inadequate to solve for the arrangement
of atoms within the unit-cell; for that, a Fourier transform method must be carried out.
complication of the time dependence of the wave and just focus on the wave's spatial
dependence. Plane waves can be represented by a wave vector kin, and so the strength of the
incoming wave at time t=0 is given by
At position r within the sample, let there be a density of scatterers f(r); these scatterers should
produce a scattered spherical wave of amplitude proportional to the local amplitude of the
incoming wave times the number of scatterers in a small volume dV about r
The net radiation arriving at rscreen is the sum of all the scattered waves throughout the crystal
where q = kout - kin. The measured intensity of the reflection will be square of this amplitude
The equality of their magnitudes ensures that the Friedel mates have the same intensity |F|2.
This symmetry allows one to measure the full Fourier transform from only half the reciprocal
space, e.g., by rotating the crystal slightly more than a 180, instead of a full turn. In crystals
with significant symmetry, even more reflections may have the same intensity (Bijvoet
mates); in such cases, even less of the reciprocal space may need to be measured, e.g.,
slightly more than 90.
The Friedel-mate constraint can be derived from the definition of the inverse Fourier
transform
Since Euler's formula states that eix = cos(x) + i sin(x), the inverse Fourier transform can be
separated into a sum of a purely real part and a purely imaginary part
The function f(r) is real if and only if the second integral Isin is zero for all values of r. In turn,
this is true if and only if the above constraint is satisfied
Therefore, the autocorrelation function c(r) of the electron density (also known as the
Patterson function[106]) can be computed directly from the reflection intensities, without
computing the phases. In principle, this could be used to determine the crystal structure
directly; however, it is difficult to realize in practice. The autocorrelation function
corresponds to the distribution of vectors between atoms in the crystal; thus, a crystal of N
atoms in its unit cell may have N(N-1) peaks in its Patterson function. Given the inevitable
errors in measuring the intensities, and the mathematical difficulties of reconstructing atomic
positions from the interatomic vectors, this technique is rarely used to solve structures, except
for the simplest crystals.
[edit] References
1. ^ Kepler J (1611). Strena seu de Nive Sexangula. Frankfurt: G. Tampach.
ISBN 3321000210. http://www.thelatinlibrary.com/kepler/strena.html.
2. ^ Steno N (1669). De solido intra solidum naturaliter contento dissertationis
prodromus. Florentiae.
3. ^ Hessel JFC (1831). Kristallometrie oder Kristallonomie und Kristallographie.
Leipzig.
4. ^ Bravais A (1850). "Mmoire sur les systmes forms par des points distribus
regulirement sur un plan ou dans l'espace". J. L'Ecole Polytech. 19: 1.
5. ^ Shafranovskii I I and Belov N V (1962). "E. S. Fedorov". 50 Years of X-Ray
Diffraction, ed. Paul Ewald (Springer): 351. ISBN 9027790299.
http://www.iucr.org/iucr-top/publ/50YearsOfXrayDiffraction/fedorov.pdf.
6. ^ Schnflies A (1891). Kristallsysteme und Kristallstruktur. Leipzig.
23. ^ Bragg WL, James RW, Bosanquet CH (1921). "The Intensity of Reflexion of X-rays
by Rock-Salt". Phil. Mag. 41: 309. doi:10.1080/14786442108636225.
24. ^ Bragg WL, James RW, Bosanquet CH (1921). "The Intensity of Reflexion of X-rays
by Rock-Salt. Part II". Phil. Mag. 42: 1. doi:10.1080/14786442108633730.
25. ^ Bragg WL, James RW, Bosanquet CH (1922). "The Distribution of Electrons
around the Nucleus in the Sodium and Chlorine Atoms". Phil. Mag. 44: 433.
doi:10.1080/14786440908565188.
26. ^ a b Bragg WH, Bragg WL (1913). "The structure of the diamond". Nature 91: 557.
doi:10.1038/091557a0.
27. ^ Bragg WH, Bragg WL (1913). "The structure of the diamond". Proc. R. Soc. Lond.
A89: 277. doi:10.1098/rspa.1913.0084.
28. ^ Bragg WL (1914). "The Crystalline Structure of Copper". Phil. Mag. 28: 355.
doi:10.1080/14786440908635219.
29. ^ a b Bragg WL (1914). "The analysis of crystals by the X-ray spectrometer". Proc. R.
Soc. Lond. A89: 468. doi:10.1098/rspa.1914.0015.
30. ^ Bragg WH (1915). "The structure of the spinel group of crystals". Phil. Mag. 30:
305. doi:10.1080/14786440808635400.
31. ^ Nishikawa S (1915). "Structure of some crystals of spinel group". Proc. Tokyo
Math. Phys. Soc. 8: 199.
32. ^ Vegard L (1916). "Results of Crystal Analysis". Phil. Mag. 32: 65.
doi:10.1080/14786441608635544.
33. ^ Aminoff G (1919). "Crystal Structure of Pyrochroite". Stockholm Geol. Fren.
Frh. 41: 407.
34. ^ Aminoff G (1921). "ber die Struktur des Magnesiumhydroxids". Z. Kristallogr.
56: 505.
35. ^ Bragg WL (1920). "The crystalline structure of zinc oxide". Phil. Mag. 39: 647.
doi:10.1080/14786440608636079.
36. ^ Debije P, Scherrer P (1916). "Interferenz an regellos orientierten Teilchen im
Rntgenlicht I". Physikalische Zeitschrift 17: 277.
37. ^ Friedrich W (1913). "Eine neue Interferenzerscheinung bei Rntgenstrahlen".
Physikalische Zeitschrift 14: 317.
38. ^ Hull AW (1917). "A New Method of X-ray Crystal Analysis". Phys. Rev. 10: 661.
doi:10.1103/PhysRev.10.661.
39. ^ Bernal JD (1924). "The Structure of Graphite". Proc. R. Soc. Lond. A106 (740):
749. http://www.jstor.org/pss/94336.
40. ^ Hassel O, Mack H (1924). "ber die Kristallstruktur des Graphits". Zeitschrift fr
Physik 25: 317. doi:10.1007/BF01327534.
41. ^ Hull AW (1917). "The Crystal Structure of Iron". Phys. Rev. 9: 84.
42. ^ Hull AW (1917). "The Crystal Structure of Magnesium". PNAS 3: 470.
doi:10.1073/pnas.3.7.470.
43. ^ Wyckoff RWG, Posnjak E (1921). "The Crystal Structure of Ammonium
Chloroplatinate". J. Amer. Chem. Soc. 43: 2292. doi:10.1021/ja01444a002.
44. ^ a b Bragg WH (1921). "The structure of organic crystals". Proc. R. Soc. Lond. 34:
33. doi:10.1088/1478-7814/34/1/306.
45. ^ Lonsdale K (1928). "The structure of the benzene ring". Nature 122: 810.
doi:10.1038/122810c0.
46. ^ Pauling L. The Nature of the Chemical Bond (3rd ed.). Ithaca, NY: Cornell
University Press. ISBN 0801403332.
47. ^ Bragg WH (1922). "The crystalline structure of anthracene". Proc. R. Soc. Lond.
35: 167. doi:10.1088/1478-7814/35/1/320.
48. ^ Powell HM, Ewens RVG (1939). "The crystal structure of iron enneacarbonyl". J.
Chem. Soc.: 286. doi:10.1039/jr9390000286.
49. ^ Bertrand JA, Cotton FA, Dollase WA (1963). "The Metal-Metal Bonded,
Polynuclear Complex Anion in CsReCl4". J. Amer. Chem. Soc. 85: 1349.
doi:10.1021/ja00892a029.
50. ^ Robinson WT, Fergusson JE, Penfold BR (1963). "Configuration of Anion in
CsReCl4". Proceedings of the Chemical Society of London: 116.
51. ^ Cotton FA, Curtis NF, Harris CB, Johnson BFG, Lippard SJ, Mague JT, Robinson
WR, Wood JS (1964). "Mononuclear and Polynuclear Chemistry of Rhenium (III): Its
Pronounced Homophilicity". Science 145 (3638): 1305.
doi:10.1126/science.145.3638.1305. PMID 17802015.
52. ^ Cotton FA, Harris CB (1965). "The Crystal and Molecular Structure of
Dipotassium Octachlorodirhenate(III) Dihydrate". Inorganic Chemistry 4: 330.
doi:10.1021/ic50025a015.
53. ^ Cotton FA (1965). "Metal-Metal Bonding in [Re2X8]2- Ions and Other Metal Atom
Clusters". Inorganic Chemistry 4: 334. doi:10.1021/ic50025a016.
54. ^ Eberhardt WH, Crawford W, Jr., Lipscomb WN (1954). "The valence structure of
the boron hydrides". J. Chem. Phys. 22: 989. doi:10.1063/1.1740320.
55. ^ Martin TW, Derewenda ZS (1999). "The name is Bond H bond". Nature
Structural Biology 6 (5): 403. doi:10.1038/8195. PMID 10331860.
56. ^ Dunitz JD, Orgel LE, Rich A (1956). "The crystal structure of ferrocene". Acta
Crystallographica 9: 373. doi:10.1107/S0365110X56001091.
57. ^ Seiler P, Dunitz JD (1979). "A new interpretation of the disordered crystal structure
of ferrocene". Acta Crystallographica B35: 1068.
doi:10.1107/S0567740879005598.
58. ^ Wunderlich JA, Mellor DP (1954). "A note on the crystal structure of Zeise's salt".
Acta Crystallographica 7: 130. doi:10.1107/S0365110X5400028X.
59. ^ Jarvis JAJ, Kilbourn BT, Owston PG (1970). "A re-determination of the crystal and
molecular structure of Zeise's salt, KPtCl3.C2H4.H2O. A correction". Acta
Crystallographica B26: 876. doi:10.1107/S056774087000328X.
60. ^ Jarvis JAJ, Kilbourn BT, Owston PG (1971). "A re-determination of the crystal and
molecular structure of Zeise's salt, KPtCl3.C2H4.H2O". Acta Crystallographica B27:
366. doi:10.1107/S0567740871002231.
61. ^ Love RA, Koetzle TF, Williams GJB, Andrews LC, Bau R (1975). "Neutron
diffraction study of the structure of Zeise's salt, KPtCl3(C2H4).H2O". Inorganic
Chemistry 14: 2653. doi:10.1021/ic50153a012.
62. ^ Westgren A, Phragmn G (1925). "X-ray Analysis of the Cu-Zn, Ag-Zn and Au-Zn
Alloys". Phil. Mag. 50: 311.
63. ^ Bradley AJ, Thewlis J (1926). "The structure of -Brass". Proc. R. Soc. Lond. 112:
678. doi:10.1098/rspa.1926.0134.
64. ^ Hume-Rothery W (1926). "Researches on the Nature, Properties and Conditions of
Formation of Intermetallic Compounds (with special Reference to certain Compounds
of Tin)". Journal of the Institute of Metals 35: 295.
65. ^ Bradley AJ, Gregory CH (1927). "The Structure of certain Ternary Alloys". Nature
120: 678. doi:10.1038/120678a0.
66. ^ Westgren A (1932). "Zur Chemie der Legierungen". Angewandte Chemie 45: 33.
doi:10.1002/ange.19320450202.
67. ^ Bernal JD (1935). "The Electron Theory of Metals". Annual Reports on the
Progress of Chemistry 32: 181.
68. ^ Pauling L (1923). "The Crystal Structure of Magnesium Stannide". J. Amer. Chem.
Soc. 45: 2777. doi:10.1021/ja01665a001.
69. ^ Pauling L (1929). "The Principles Determining the Structure of Complex Ionic
Crystals". J. Amer. Chem. Soc. 51: 1010. doi:10.1021/ja01379a006.
70. ^ Dickinson RG, Raymond AL (1923). "The Crystal Structure of HexamethyleneTetramine". J. Amer. Chem. Soc. 45: 22. doi:10.1021/ja01654a003.
71. ^ Mller A (1923). "The X-ray Investigation of Fatty Acids". Journal of the Chemical
Society (London) 123: 2043.
72. ^ Saville WB, Shearer G (1925). "An X-ray Investigation of Saturated Aliphatic
Ketones". Journal of the Chemical Society (London) 127: 591.
73. ^ Bragg WH (1925). "The Investigation of thin Films by Means of X-rays". Nature
115: 266. doi:10.1038/115266a0.
74. ^ de Broglie M, Trillat JJ (1925). "Sur l'interprtation physique des spectres X
d'acides gras". Comptes rendus hebdomadaires des sances de l'Acadmie des
sciences 180: 1485.
75. ^ Trillat JJ (1926). "Rayons X et Composes organiques longe chaine. Recherches
spectrographiques sue leurs structures et leurs orientations". Annales de physique 6:
5.
76. ^ Caspari WA (1928). "Crystallography of the Aliphatic Dicarboxylic Acids". Journal
of the Chemical Society (London) ?: 3235.
77. ^ Mller A (1928). "X-ray Investigation of Long Chain Compounds (n.
Hydrocarbons)". Proc. R. Soc. Lond. 120: 437. doi:10.1098/rspa.1928.0158.
78. ^ Piper SH (1929). "Some Examples of Information Obtainable from the long
Spacings of Fatty Acids". Transactions of the Faraday Society 25: 348.
doi:10.1039/tf9292500348.
79. ^ Mller A (1929). "The Connection between the Zig-Zag Structure of the
Hydrocarbon Chain and the Alternation in the Properties of Odd and Even Numbered
Chain Compounds". Proc. R. Soc. Lond. 124: 317. doi:10.1098/rspa.1929.0117.
80. ^ Robertson JM (1936). "An X-ray Study of the Phthalocyanines, Part II". Journal of
the Chemical Society: 1195.
81. ^ Crowfoot Hodgkin D (1935). "X-ray Single Crystal Photographs of Insulin".
Nature 135: 591. doi:10.1038/135591a0.
82. ^ Kendrew J. C. et al. (1958-03-08). "A Three-Dimensional Model of the
Myoglobin Molecule Obtained by X-Ray Analysis". Nature 181: 662.
doi:10.1038/181662a0.
83. ^ "Table of entries in the PDB, arranged by experimental method".
http://www.rcsb.org/pdb/statistics/holdings.do.
84. ^ "PDB Statistics". RCSB Protein Data Bank.
http://pdbbeta.rcsb.org/pdb/static.do?
p=general_information/pdb_statistics/index.html. Retrieved 2007-05-03.
85. ^ Scapin G (2006). "Structural biology and drug discovery". Curr. Pharm. Des. 12
(17): 2087. doi:10.2174/138161206777585201. PMID 16796557.
86. ^ Lundstrom K (2006). "Structural genomics for membrane proteins". Cell. Mol. Life
Sci. 63 (22): 2597. doi:10.1007/s00018-006-6252-y. PMID 17013556.
87. ^ Lundstrom K (2004). "Structural genomics on membrane proteins: mini review".
Comb. Chem. High Throughput Screen. 7 (5): 431. PMID 15320710.
88. ^ Greninger AB (1935). Zeitschrift fur Kristallographie 91: 424.
89. ^ An analogous diffraction pattern may be observed by shining a laser pointer on a
compact disc or DVD; the periodic spacing of the CD tracks corresponds to the
periodic arrangement of atoms in a crystal.
90. ^ Harp, JM; Timm, DE; Bunick, GJ (1998). "Macromolecular crystal annealing:
overcoming increased mosaicity associated with cryocrystallography.". Acta
crystallographica. Section D, Biological crystallography 54 (Pt 4): 6228.
doi:10.1107/S0907444997019008. PMID 9761858.
91. ^ Harp, JM; Hanson, BL; Timm, DE; Bunick, GJ (1999). "Macromolecular crystal
annealing: evaluation of techniques and variables.". Acta crystallographica. Section
D, Biological crystallography 55 (Pt 7): 132934.
doi:10.1107/S0907444999005442. PMID 10393299.
92. ^ Hanson, BL; Harp, JM; Bunick, GJ (2003). "The well-tempered protein crystal:
annealing macromolecular crystals.". Methods in enzymology 368: 21735.
doi:10.1016/S0076-6879(03)68012-2. PMID 14674276.
93. ^ Geerlof A et al. (2006). "The impact of protein characterization in structural
proteomics". Acta Crystallogr. D 62 (Pt 10): 1125.
doi:10.1107/S0907444906030307. PMID 17001090.
94. ^ Chernov AA (2003). "Protein crystals and their growth". J. Struct. Biol. 142 (1): 3.
doi:10.1016/S1047-8477(03)00034-0. PMID 12718915.
95. ^ Rupp B, Wang J (2004). "Predictive models for protein crystallization". Methods 34
(3): 390. doi:10.1016/j.ymeth.2004.03.031. PMID 15325656.
96. ^ Chayen NE (2005). "Methods for separating nucleation and growth in protein
crystallization". Prog. Biophys. Mol. Biol. 88 (3): 329.
doi:10.1016/j.pbiomolbio.2004.07.007. PMID 15652248.
97. ^ Stock D, Perisic O, Lowe J (2005). "Robotic nanolitre protein crystallisation at the
MRC Laboratory of Molecular Biology.". Prog Biophys Mol Biol 88 (3): 311.
doi:10.1016/j.pbiomolbio.2004.07.009. PMID 15652247.
98. ^ Jeruzalmi D (2006). "First analysis of macromolecular crystals: biochemistry and xray diffraction". Methods Mol. Biol. 364: 43. doi:10.1385/1-59745-266-1:43.
PMID 17172760.
99. ^ Helliwell JR (2005). "Protein crystal perfection and its application". Acta
Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 61 (Pt 6): 793. doi:10.1107/S0907444905001368.
PMID 15930642.
100.
^ Ravelli RB, Garman EF (2006). "Radiation damage in macromolecular
cryocrystallography". Curr. Opin. Struct. Biol. 16 (5): 624.
doi:10.1016/j.sbi.2006.08.001. PMID 16938450.
101.
^ Powell HR (1999). "The Rossmann Fourier autoindexing algorithm in
MOSFLM.". Acta Crystallogr. D 55 (Pt 10): 1690.
doi:10.1107/S0907444999009506. PMID 10531518.
102.
^ Hauptman H (1997). "Phasing methods for protein crystallography". Curr.
Opin. Struct. Biol. 7 (5): 672. doi:10.1016/S0959-440X(97)80077-2.
PMID 9345626.
103.
^ Usn I, Sheldrick GM (1999). "Advances in direct methods for protein
crystallography". Curr. Opin. Struct. Biol. 9 (5): 643. doi:10.1016/S0959440X(99)00020-2. PMID 10508770.
104.
^ a b Taylor G (2003). "The phase problem". Acta Crystallogr. D 59: 1881.
doi:10.1107/S0907444903017815.
105.
^ Ealick SE (2000). "Advances in multiple wavelength anomalous diffraction
crystallography". Current opinion in chemical biology 4 (5): 495.
doi:10.1016/S1367-5931(00)00122-8. PMID 11006535.
106.
^ Patterson AL (1935). "A Direct Method for the Determination of the
Components of Interatomic Distances in Crystals". Zeitschrift fr Kristallographie 90:
517.
Theo Hahn, ed (2002). International Tables for Crystallography. Volume A, Spacegroup Symmetry (5 ed.). Dordrecht: Kluwer Academic Publishers, for the
International Union of Crystallography. ISBN 0792365909.
Michael G. Rossmann and Eddy Arnold, ed (2001). International Tables for
Crystallography. Volume F, Crystallography of biological molecules. Dordrecht:
Kluwer Academic Publishers, for the International Union of Crystallography.
ISBN 0792368576.
Theo Hahn, ed (1996). International Tables for Crystallography. Brief Teaching
Edition of Volume A, Space-group Symmetry (4 ed.). Dordrecht: Kluwer Academic
Publishers, for the International Union of Crystallography. ISBN 0792342526.
[edit] Textbooks
11.
Reference :
1. J. Basset et al Vogels textbook of quantitative inorganic analysis 4th ed. 1979.
Longman group Ltd.
2. Gallen W. Ewing Instrumental methods of chemical analysis 4th ed 1975. Mc.
Graw Hill Book Kogakusha Ltd.
3. Vogel A-1 Textbook of macro & semimicro qualitative inorganic analysis 5th ed
( 1953).
4. Eugene D. Olsen Modern optical methods of analysis Mc. Graw Hill Book
company 1975.
5. http://en.wikipedia.org/wiki/Acid-base_titration"
Categories: Titration