El Libertador restituy el Tributo indgena37 estableciendo su "reduccin al monto que
se pagaba en 1820", contribucin que deban pagar los indgenas peruanos por el slo hecho de ser indgenas. Jos de San Martn haba abrogado esa contribucin el 27 de agosto de 1821 por lo que la norma no hizo sino reinstaurar un pago ya proscrito. Por otro lado, prohibi la mita38 y se garantiz como en las otras naciones recientemente independizadas la libertad de vientres, con la cual se garantizaba que los hijos de esclavos que sirvieran y se circunscribiesen y tuvieran en embarazo a sus esposas los hijos de estas uniones naceran libres, y aquellos soldados que en anterioridad fuesen esclavos, se les concedera su libertad, como recompensa por sus leales servicios a la causa libertadora. En el mbito de la organizacin del Estado, Bolvar reemplaz el 6 de marzo de 1824 la Alta Cmara de Justicia que haba reemplazado, por orden de San Martn, a la Audiencia de Lima. Esta Cmara dio origen a la Corte Superior de Lima y, luego de la batalla de Ayacucho, dio lugar a la Corte Suprema de Justicia.39 Bolvar nombr como presidente de sta a Manuel Lorenzo de Vidaurre, quien dej varios escritos altamante halageos hacia el Libertador. Sin embargo, tal como pas en el juicio que se llev adelante por el asesinato de Bernardo de Monteagudo donde Bolvar interrog directamente a los sospechosos y estableci sus condenas, el Libertador ejerca directa injerencia en la Corte Suprema. Tambin cre la Corte Superior de Justicia de Trujillo,40 la Corte Superior de Justicia de Arequipa41 y la Corte Superior de Justicia del Cusco.42 Bolvar cre varios importantes colegios nacionales como el Colegio Nacional de Ciencias43 y el colegio Educandas44 en el Cusco, instituciones que fueron conocidas como los colegios bolivarianos. Igualmente fund el Diario Oficial El Peruano, gaceta oficial del Estado Peruano. Expidi la primera Ley de Imprenta que logr reprimir toda fuente escrita que lo desfavoreciera. El reglamento de esa ley condenaba a seis aos de prisin a los autores de los escritos que el gobierno considerase como subversivos y prohiba las stiras contra disposiciones gubernamentales.45 Dentro de las finanzas peruanas, el gobierno de Bolvar realiz dos actos principales. En primer lugar, se establecieron las recompensas para el ejrcito unificado, cuyo pago estuvo a cargo del Estado Peruano hasta mediados del siglo XIX y se negoci un emprstito con Inglaterra del que slo se recibi el 25 % del capital y se tuvo que pagar el ntegro ms intereses. Bolvar recibi un pas quebrado y su administracin no mejor ese punto. Durante su gobierno se ejerci represin contra sus principales opositores. As, se dispuso el destierro de Francisco Xavier de Luna Pizarro y de Mariano Necochea, el encarcelamiento del Almirante Martn George Guisse, los hermanos Ignacio y Francisco-Javier Maritegui y varios militares chilenos y argentinos as como la ejecucin de personajes como el ministro de Torre Tagle, Juan de Berindoaga, vizconde de San Dons. Adicionalmente se tendi un manto de suspicacia respecto del asesinato de Bernardo Monteagudo.
Si bien Bolvar habra dispuesto la anexin de la provincia de Guayaquil a la Gran
Colombia en 1822, despus de la entrevista con el protector del Per, Jos de San Martn, ya exista la Provincia Libre de Guayaquil, esfuerzo de Joaqun Olmedo, en 1820, antes de que el Per y Ecuador fuese liberados (lo que inici la disputa territorial entre Per y Ecuador). En 1825 los criollos de Alto Per o Charcas, deciden un pas autnomo, y rechazan pertenecer a Lima tampoco a Buenos Aires. As nace del Alto Per, la creacin de la Repblica Bolvar.46 Palabras de Jorge Basadre, Bolivia tiene sus races en la Audiencia de Charcas, colocada primero bajo la gida del virreinato del Per luego la del virreinato del Ro de la Plata.47 Una breve semblanza de Bolvar la presenta Jorge Basadre, historiador y poltico de Per, diciendo que la autenticidad del genio de Bolvar est en su polifona. El guerrero, el hombre de sociedad, el orador, el escritor estaban ligados en l al poltico, al legislador, al forjador de amoros. Y siendo bastante lo hecho y lo conseguido, no se contentaba con ello; era siempre una semilla apasionada de sueos y de grandezas.48