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Janvier 2014
Le prsident de lAERES signe [...], les rapports d'valuation, [...] contresigns pour chaque section par le directeur concern (Article 9,
alinea 3 du dcret n2006-1334 du 3 novembre 2006, modifi).
Biologie du Dveloppement et Reproduction, BDR, INRA, ENV Maisons-Alfort, Mme Corinne COTINOT
Rapport dvaluation
Ce rapport est le rsultat de lvaluation du comit dexperts dont la composition est prcise ci-dessous.
Les apprciations quil contient sont lexpression de la dlibration indpendante et collgiale de ce comit.
Nom de l'unit :
Acronyme de l'unit :
BDR
Label demand :
UMR
N actuel :
UMR 1198
Nom du directeur
(2013-2014) :
Experts:
Biologie du Dveloppement et Reproduction, BDR, INRA, ENV Maisons-Alfort, Mme Corinne COTINOT
1 z Introduction
Historique et localisation gographique de lunit
Lunit de Biologie du Dveloppement et Reproduction (UMR 1198) est une unit mixte de recherche
INRA-ENVA localise sur deux sites : le campus INRA du centre de Jouy-en-Josas et le campus de lcole Vtrinaire de
Maisons-Alfort (ENVA). Cre en 2004, lunit BDR est issue du regroupement des laboratoires INRA de Biologie du
Dveloppement et Biotechnologies et de Physiologie Animale, et de deux quipes de lENVA. Au cours de la priode
value (2008-2013), lunit sest profondment rorganise au plan :
Organisationnel : changement de directeur dunit, renouvellement des chefs dquipe, intgration dun
nouveau groupe venant de lINSERM.
Thmatique : les dveloppements biotechnologiques de la reproduction chez les mammifres dlevage sont
en retrait par rapport au pass, et lorientation actuelle plus marque vers lanalyse et la comprhension de limpact
de lenvironnement (et de ses variations et perturbations) sur le dveloppement et sur le phnotype des individus.
quipe de direction
Directrice : Mme Corinne COTINOT (DR)
2 directrices adjointes : Mme Vronique DURANTHON (DR) et Mme Genevive JOLIVET (CR)
Nomenclature AERES :
SVE1-LS3
Effectifs de lunit
Nombre au
30/06/2013
Nombre au
01/01/2015
26
21
46
46
80
71
Effectifs de lunit
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Effectifs de lunit
Nombre au
30/06/2013
Doctorants
17
Thses soutenues
20
11
17
Nombre au
01/01/2015
15
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Recommandations :
ncessit de renforcer les comptences en analyses bioinformatique afin de pouvoir exploiter correctement
la masse des donnes accumules ;
veiller maintenir lapproche multi-organisme ;
renforcer la qualit des publications scientifiques ;
hirarchiser et recentrer les thmatiques scientifiques de lquipe de recherche 4 pour approfondir les
questions abordes ;
accueillir plus dtudiants doctorants et post-doctorants dans lunit ;
regroupement trs souhaitable des quipes de lunit dans un seul btiment du Campus de Jouy-en-Josas.
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3 z Apprciations dtailles
Apprciation sur la production et la qualit scientifiques
Les recherches de lunit sont originales et abordes sous un angle particulirement intressant et cohrent
par rapport aux questions principales qui sont de comprendre les interactions entre le conceptus et son
environnement, leurs rpercussions sur le phnotype adulte, les mcanismes mis en jeu et leurs possibles
drglements. La complmentarit thmatique des quipes est bien valorise.
Lunit vient de se rorganiser en 4 quipes de recherche. On peut constater que cet effort, bien que rcent,
se manifeste dj par un accroissement du nombre et de la qualit des publications.
La thmatique scientifique de lunit concerne ltude des mcanismes dveloppementaux qui contribuent au
phnotype adulte, leur rgulation par lenvironnement (in vitro et in vivo) et ltude des effets long terme de cette
programmation prcoce sur la croissance, la sant et la capacit reproductive des individus. Pour apporter des
rponses ce questionnement, quatre axes de recherche ont t formaliss au sein de lunit qui comprennent :
1. dynamique structurale et fonctionnelle du gnome embryonnaire au cours des premiers stades et
tablissement de la pluripotence ;
2. etablissement de la gestation et caractrisation/rgulation des interactions materno-ftales ;
3. gonadogense et gamtogense foetale, mcanismes molculaires et cellulaires et impact des facteurs
environnementaux sur ces processus ;
4. adaptation de lembryon et du foetus son environnement, notamment via les rgulations de son
pignome, et rle du placenta dans cette adaptation), chacun de ces axes tant port par une quipe.
Leffort de regroupement et de simplification souligne la cohrence de la logique scientifique, et fournit un
contexte favorable aux interactions et collaborations inter-quipes.
La mutualisation des ressources, notamment technologiques, est lun des points forts de lunit. Elle a des
implications positives dans la conduite des projets de recherche des quipes. Les plateformes technologiques
dimagerie et de transgense sont particulirement fonctionnelles et efficaces et sont gres sur une base
collaborative.
Ainsi, lunit dmontre une activit scientifique dynamique qui vise impliquer lensemble des personnels. Cet
effort visiblement porte ses fruits et il est poursuivre.
Les nouvelles approches technologiques dveloppes au sein de lunit sont originales et fort potentiel. Elles
devraient aider susciter de nouveaux projets collaboratifs nationaux mais aussi internationaux.
Au plan quantitatif, le nombre de publications a globalement augment avec notamment, entre 2008 et 2012,
un nombre darticles primaires par chercheur et par an qui a presque doubl. Le nombre de confrences a aussi
pratiquement doubl. Toutes les quipes ont des publications communes avec des chercheurs dune autre quipe
(nombre de publications inter-quipes de 10-12 %/an). Environ 1/3 des articles rsultent de collaborations avec des
laboratoires trangers. Il faut aussi noter que 7 articles (dont 3 revues) sont cits plus de 50 fois, 26 plus de 20 fois et
57 plus de 10 fois.
Ainsi, le nombre et le niveau des publications sont clairement en croissance, et leffort doit tre poursuivi afin
que leur qualit puisse atteindre le niveau que lon pourrait attendre dune unit capable de performances
technologiques et abordant de thmatiques et de modles originaux.
Un brevet a t dpos en France et linternational en 2009. Ceci parat peu, surtout si on tient compte du
potentiel important des technologies dveloppes par les chercheurs et les ingnieurs de cette unit.
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Dans le domaine des biotechnologies de la reproduction (transgense, clonage), des collaborations ont t
tablies avec diffrentes entreprises ou laboratoires acadmiques pour la cration de lapins transgniques tels que
Obetherapy, (Evry France), Stanford Research Institute (USA), Centre de Cardiologie (Freiburg University), Vaincre la
Mucovoiscidose (France) ou lunit INSERM UMR 866 (Dijon).
Dans le cadre du partenariat SF-DOHaD avec Bledina, lunit contribue la mise en place de groupes de travail
en vue de recommandations nutritionnelles, et participe au Symposium Bledina lors du Congrs de Mdecine
Prinatale, au Grand Forum de la nutrition infantile et au Symposium Mditerranen avec les pays du Maghreb.
Au niveau national, les membres de lunit ont t sollicits pour participer des missions tlvises et ont
rpondu plusieurs interviews de la presse crite et de la radio sur les biotechnologies animales. Ils participent
rgulirement aux journes de la Fte de la Science, des forums des mtiers dans des collges, et quelques
confrences grand public. Au niveau rgional, de nombreux personnels de lunit ont particip aux Portes Ouvertes
INRA Jouy 2010, et deux confrences de la Socit de Biologie.
Dans le cadre de la promotion de ltude de la DoHaD, lunit a particip plusieurs confrences. Les
membres de lunit sont aussi impliqus dans des confrences de vulgarisation auprs des professionnels de la sant
(Socit Franaise pour l'Etude de la Fertilit, Groupe d'Etude pour le Don d'Ovocytes, etc...) ou des professionnels
agronomes (Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants). En outre, lunit reoit rgulirement des lves de
collge en stage dcouverte , des lycens pour des TPE ainsi que des personnes en reconversion professionnelle.
Lunit a publi plus dune trentaine de publications dans des revues de vulgarisation, en lien avec la fertilit
des bovins dans les revues spcialises (BTIA, Le Point Vtrinaire, Le Nouveau Praticien Vtrinaire) destination
des leveurs et des vtrinaires, et dans des revues gnralistes ou mdicales telles que Mdecine Sciences, Biologie
Aujourdhui, Le Pdiatre.
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financements de lANR. Par ailleurs, la rpartition du budget est dbattue de manire collective et clairement
explique.
Des trois entretiens avec les personnels, il ressort de manire trs frappante une trs grande cohsion entre les
membres de chacune de ces trois catgories professionnelles et une adhsion collective forte aux orientations
scientifiques et aux dcisions organisationnelles.
Les ITA (44 personnes) forment une communaut trs soude et bien organise, investie dans les activits
collectives, non seulement technologiques (plateformes et projets transversaux) mais aussi administratives. Les ITA
approuvent la gouvernance de lunit quils estiment collgiale et se sentent soutenus dans leurs projets personnels
(formation, volution de carrire). Les ITA ont aussi exprim leur enthousiasme concernant la mise en place depuis
un an de cours donns par les chercheurs et enseignants-chercheurs de lunit leur intention, quils suivent avec
assiduit.
Les doctorants et post-doctorants ont dit leur satisfaction de leur encadrement scientifique et technique.
La pluralit des coles doctorales dont ils proviennent (6 ED), ne semble pas poser de problme. Les tudiants
estiment aussi que lencadrement quils reoivent pour la rdaction des mmoires et rapports de stage est trs bon.
Ils prsentent chaque semaine, en anglais devant plusieurs autres membres de lunit (entre libre pour tous les
membres de lunit), un article, ou leurs travaux, en langue anglaise. Chaque tudiant est amen prsenter 2 ou 3
fois dans lanne.
Les chercheurs expriment galement leur satisfaction notamment quant leur place dans les quipes et dans
lunit, dans la gestion des projets scientifiques, pour lesquels ils ont une bonne autonomie tout en restant dans le
cadre des orientations scientifiques des quipes. Ils soulignent aussi que, du fait des modles animaux utiliss, il est
plus difficile dobtenir des rsultats scientifiques dans les temps gnralement impartis dans le cadre des programmes
financs, ce qui ajoute une difficult pour trouver des financements et publier des niveaux levs.
Lunit forme donc une communaut cohrente et soude o les diffrentes catgories professionnelles sont
bien intgres et interagissent de manire positive et constructive.
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quipe 1 :
Nom du responsable :
Effectifs
Effectifs de lquipe
Nombre au
30/06/2013
Nombre au
01/01/2015
17
16
24
21
Nombre au
30/06/2013
Nombre au
01/01/2015
Effectifs de lquipe
Doctorants
Thses soutenues
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Apprciations dtailles
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Lquipe a galement dvelopp des partenariats avec des professionnels dans diffrents domaines
(pigntique, AMP, biotechnologie de lembryon quin et bovin).
Conclusion
Recommandations :
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quipe 2 :
Nom du responsable :
Effectifs
Nombre au
30/06/2013
Nombre au
01/01/2015
11
11
Nombre au
30/06/2013
Nombre au
01/01/2015
Effectifs de lquipe
Effectifs de lquipe
Doctorants
Thses soutenues
Apprciations dtailles
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mettant en lumire la capacit de lendomtre agir comme un biosenseur prcoce de la capacit de dveloppement
de lembryon. Cette mme approche transcriptomique a permis de rvler un dcouplage entre le dveloppement des
tissus extra-embryonnaires et embryonnaires dans le cas de concepti produits par transfert de noyau somatique.
Lquipe a galement mis en vidence une adaptation de la rponse anti-oxydante linterface endomtre-tissus
extra-embryonnaires. Enfin, elle a identifi un nouvel acteur dans le dialogue embryo-maternel, lacide
lysophosphatidique, un mdiateur lipidique impliqu la fois dans ladaptation maternelle et embryonnaire.
Lquipe a tabli de nombreuses collaborations au sein de lunit de mme quen France et linternational.
Ce rseau de collaborations renforce lquipe et lui permet dobtenir des financements consquents sur appel
doffres, franais ou europens.
Les rsultats sont publis dans de bonnes trs bonnes revues de spcialit (Endocrinology, Placenta, Biology
of Reproduction) ainsi que dans des revues plus gnralistes (PLoS ONE, Int J Biochem Cell Biol) dont certaines
haut facteur dimpact (2 publications dans PNAS). Dun point de vue quantitatif, le nombre darticles dans des revues
comits de lecture est de 58, dont 32 depuis la cration de lquipe en 2011, ainsi que 15 revues/synthses. Cest
une trs bonne production pour une quipe constitue de 2 enseignants-chercheurs et 3 chercheurs. Les rsultats ont
aussi t prsents dans 11 confrences invites et dans 36 communications orales dans des colloques internationaux.
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Une tudiante en thse encadre par un des responsables de lquipe a reu la mdaille dargent de
lAcadmie de lAgriculture pour la porte de ses travaux de thse.
Conclusion
- beaucoup des perspectives reposent sur des approches gnratrices de masses de donnes (approches haut
dbit : pigntique, ChIP, ARN non codants) ou difficiles technologiquement (analyse in vivo de gnes).
Recommandations :
- maintenir un lien collaboratif fort avec les mathmaticiens et les bioinformaticiens pour limiter la dispersion
dans le traitement des donnes haut dbit ou la modlisation ;
- veiller valoriser les rsultats de ce type dapproches ;
- tirer parti de limplication de lquipe dans des rseaux internationaux pour attirer des post doctorants de
haut niveau ;
- encourager les chercheurs de lquipe obtenir leur HDR pour maintenir une activit consquente de
formation par la recherche.
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quipe 3 :
Nom du responsable :
M. Eric PAILHOUX
Effectifs
Nombre au
30/06/2013
Nombre au
01/01/2015
10
10
Effectifs de lquipe
Effectifs de lquipe
Nombre au
30/06/2013
Doctorants
Thses soutenues
Nombre au
01/01/2015
z
Apprciations dtailles
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Conclusion
- manipuler des gnes in vivo chez les ruminants reste technologiquement compliqu et chronophage mais ces
modles sont essentiels pour la comprhension de la diffrenciation gonadique en situation physiologique et en
conditions environnementales pollues.
Recommandations :
- les projets se structurent autour de thmes forts bien identifis. Compte tenu de la taille de lquipe, il est
important de se concentrer sur ces thmes.
- maintenir la diversit des modles tudis et notamment le modle caprin.
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quipe 4 :
Nom du responsable :
Effectifs
Nombre au
30/06/2013
Nombre au
01/01/2015
19
20
Nombre au
30/06/2013
Nombre au
01/01/2015
Effectifs de lquipe
Effectifs de lquipe
Doctorants
Thses soutenues
3+2
z
Apprciations dtailles
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intra utrin, sur la vie post-natale et ventuellement sur les gnrations futures. Lquipe aborde ces questions
ambitieuses et pertinentes par une grande diversit de modles et dapproches, tant du point de vue des espces
tudies (lapin, souris, bovins, ovins, caprins et homme) que des approches mthodologiques (imagerie in vivo,
physiologie, endocrinologie, histologie, biochimie, transcriptomique et pigntique) et des questions poses (impact
de lalimentation maternelle, rle de placenta comme rgulateur et correcteur linterface fto-maternelle,
dimorphisme sexuel, programmation pigntique, transfert nuclaire). Cette multiplicit thmatique et
mthodologique reprsente une force mais surtout un risque important de dispersion, qui conduit lobtention de
rsultats multiples et varis mais dans lensemble peu approfondis.
Lquipe 4 est galement associe plusieurs projets dautres quipes de lunit visant identifier les
consquences moyen et long terme des manipulations in vitro et du clonage.
Grce ses comptences, lquipe renforce clairement le panel des comptences mthodologiques de
lunit, en particulier avec lapport de limagerie 2D/3D de la gestation.
La production scientifique du groupe est quantitativement importante (104 publications originales sur la
priode rapporte dont 19 revues) avec une tendance laugmentation (8-10 publications en 2008 et 2009, une
vingtaine par an de 2010 2012, 28 en 2013). Cette production reflte lactivit de collaboration importante de
lquipe avec non seulement les autres quipes de lunit mais galement avec des groupes hors de lunit. Dun
point de vue qualitatif, la trs grande majorit de ces publications sont dans des journaux de spcialit ou plus
gnralistes de facteur dimpact infrieur 5. Seuls six articles sont publis dans des revues facteur dimpact
suprieur 5 (Development, Hum Mol Genet, Am J Clin Nutr, Leukemia, PNAS, Current Biol) et un suprieur 10 et
qui concerne un article de revue signe par un seul membre de lquipe (Endocr Rev).
Ainsi, une attention particulire devra tre donne la qualit des publications, en particulier via
lapprofondissement de questions biologiques abordes de manire plus slective.
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Conclusion
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Recommandations :
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Droulement de la visite
Dates de la visite
Dbut :
Fin :
Lieu de la visite
Institution :
Campus de Jouyen-Josas
Adresse :
10H3011H00
11H0011H15
11H1512H00
12H00-12H30
12H30-13H30
Djeuner
13H30-14H30
14H30-15H30
15H3015H45
Pause
15H45-16H45
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16H45-17H45
17H45-18H00
18H00-18H45
Visite du laboratoire
Mardi 21 Janvier 2014
08H4509H00
09H00-09H30
09H30-10H00
10H00-10H30
10H30-10H45
Pause
10H45-11H00
11H0012H00
12H0013H00
Djeuner
14H00-16H00
16H15
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