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Section des Units de recherche

valuation de lAERES sur lunit :


Biologie du Dveloppement et Reproduction
BDR

Sous tutelle des


tablissements et organismes :
Institut National de la Recherche Agronomique - INRA
cole Nationale Vtrinaire dAlfort

Janvier 2014

Section des Units de recherche

Pour lAERES, en vertu du dcret du 3


novembre 20061,

Au nom du comit dexperts,

M. Didier HOUSSIN, prsident


M. Pierre GLAUDES, directeur de la section
des units de recherche

Mme Sophie ROUSSEAUX, prsidente du


comit

Le prsident de lAERES signe [...], les rapports d'valuation, [...] contresigns pour chaque section par le directeur concern (Article 9,
alinea 3 du dcret n2006-1334 du 3 novembre 2006, modifi).

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Rapport dvaluation
Ce rapport est le rsultat de lvaluation du comit dexperts dont la composition est prcise ci-dessous.
Les apprciations quil contient sont lexpression de la dlibration indpendante et collgiale de ce comit.

Nom de l'unit :

Biologie du Dveloppement et Reproduction

Acronyme de l'unit :

BDR

Label demand :

UMR

N actuel :

UMR 1198

Nom du directeur
(2013-2014) :

Mme Corinne COTINOT

Nom du porteur de projet


(2015-2019) :

Mme Corinne COTINOT

Membres du comit d'experts


Prsident :

Mme Sophie ROUSSEAUX, Institut Albert Bonniot, Grenoble

Experts:

M. Jean-Franois BECKERS, Universit de Lige, Belgique


Mme Jolle COHEN-TANNOUDJI, Universit Paris-Diderot
M. Jol DREVET, Universit Blaise Pascal, Clermont-Ferrand
(reprsentant des CSS INRA)
Mme Claire ROUGEULLE, Universit Paris-Diderot
M. Stphane VIVILLE, IGBMC, Illkirch

Dlgu scientifique reprsentant de l'AERES :


M. Pierre COUBLE

Reprsentants des tablissements et organismes tutelles de l'unit :


M. Pierre CAPY (directeur de lcole Doctorale n426)
M. Jean DALLONGEVILLE, INRA
M. Cyril KAO (directeur de lcole Doctorale n435)
M. Benoit MALPAUX, INRA
M. Renaud TISSIER, ENVA

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1 z Introduction
Historique et localisation gographique de lunit
Lunit de Biologie du Dveloppement et Reproduction (UMR 1198) est une unit mixte de recherche
INRA-ENVA localise sur deux sites : le campus INRA du centre de Jouy-en-Josas et le campus de lcole Vtrinaire de
Maisons-Alfort (ENVA). Cre en 2004, lunit BDR est issue du regroupement des laboratoires INRA de Biologie du
Dveloppement et Biotechnologies et de Physiologie Animale, et de deux quipes de lENVA. Au cours de la priode
value (2008-2013), lunit sest profondment rorganise au plan :
Organisationnel : changement de directeur dunit, renouvellement des chefs dquipe, intgration dun
nouveau groupe venant de lINSERM.
Thmatique : les dveloppements biotechnologiques de la reproduction chez les mammifres dlevage sont
en retrait par rapport au pass, et lorientation actuelle plus marque vers lanalyse et la comprhension de limpact
de lenvironnement (et de ses variations et perturbations) sur le dveloppement et sur le phnotype des individus.

quipe de direction
Directrice : Mme Corinne COTINOT (DR)
2 directrices adjointes : Mme Vronique DURANTHON (DR) et Mme Genevive JOLIVET (CR)

Nomenclature AERES :
SVE1-LS3

Effectifs de lunit
Nombre au
30/06/2013

Nombre au
01/01/2015

N1 : Enseignants-chercheurs titulaires et assimils

N2 : Chercheurs des EPST ou EPIC titulaires et assimils

26

21

N3 : Autres personnels titulaires (nayant pas dobligation de recherche)

46

46

80

71

Effectifs de lunit

N4 : Autres enseignants-chercheurs (PREM, ECC, etc.)


N5 : Autres chercheurs des EPST ou EPIC
(DREM, Post-doctorants, visiteurs etc.)
N6 : Autres personnels contractuels
(nayant pas dobligation de recherche)
TOTAL N1 N6

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Effectifs de lunit

Nombre au
30/06/2013

Doctorants

17

Thses soutenues

20

Post-doctorants ayant pass au moins 12 mois dans lunit *

11

Nombre dHDR soutenues

Personnes habilites diriger des recherches ou assimiles

17

Nombre au
01/01/2015

15

2 z Apprciation sur lunit


Avis global sur lunit
Limpression gnrale est que lunit est structure de manire cohrente et fonctionnelle autour dune
thmatique scientifique forte, en adquation avec les objectifs des tutelles, dordre cognitifs et appliqus.
La diversit et la complmentarit des modles animaux, la solidit des comptences technologiques, autant
celles dj acquises dans lunit que celles nouvellement dveloppes, ainsi que lexcellente fonctionnalit
transversale des plateformes constituent un socle solide et donnent lunit sa force et son originalit.
On peut aussi saluer la grande cohsion de lensemble du personnel, toutes catgories confondues, et un
soutien sans rserve la direction scientifique et humaine de lunit.
Lunit a su notamment intgrer la dimension gnome entier dans ses projets et ce dans les diffrents
modles animaux exploits. En consquence, lexpertise bioinformatique, bien que dj prsente au sein des
diffrentes quipes, mriterait dtre largement renforce. Leffort de formation au sein des quipes pourrait tre
complt par la mise en place dune plateforme ddie de bioinformatique/bioanalyse apportant de nouvelles
comptences et, terme, une meilleure valorisation des mta-donnes gnres.
Un gros effort de recentrage des quipes autour de thmatiques scientifiques fortes a t accompli rcemment
et semble porter dj ses fruits (augmentation du nombre et de la qualit de la production scientifique) mais cet
effort mriterait dtre poursuivi plus avant.

Points forts et possibilits lies au contexte :


restructuration rcente, importante et russie, de lunit sur les plans thmatique et organisationnel ;
thmatique densemble originale, cohrente et clairement affiche ;
approches multi-organismes : diversit et originalit des modles et espces tudis, notamment les
ruminants, le lapin, la souris et une ouverture rcente sur lhomme ;
intgration des paramtres pigntiques dans les thmatiques de recherche de toutes les quipes de
lunit ;
synergie des projets scientifiques entre les quipes ;
trs bonne matrise doutils de pointe permettant des approches innovantes dans le domaine de la
reproduction animale ;
excellente fonctionnalit des ateliers et plateformes technologiques ;

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dveloppements technologiques fort potentiel (technologies de la reproduction, imagerie, transgnse,


etc) ;
volont et fort potentiel dapplication des rsultats des travaux de lunit dans les domaines de lagroalimentaire et de la sant publique ;
liens forts avec lindustrie agro-alimentaire, lUNCEIA (Union Nationale des Coopratives dlevage et
dInsmination Artificielle) ;
dynamisme de lanimation scientifique de lunit ;
trs bonne cohsion de lensemble des membres de lunit, toutes catgories confondues ;
soutien fort la direction, tant au plan scientifique quorganisationnel.

Points faibles et risques lis au contexte :


transfert de technologie et valorisation encore faible en regard du fort potentiel des outils et
dveloppements technologiques de lunit ;
lnorme potentiel des donnes gnres par analyses genome-wide dans le cadre des projets des quipes
nest pas encore compltement exploit ;
nombre relativement faible dtudiants en thse et de post-doctorants, notamment trangers ;
difficult mener bien les projets dans des dlais compatibles avec les dures de contrats de financement
ou de thse du fait de la nature des modles animaux utiliss ;
effort de restructuration poursuivre, notamment pour lquipe de recherche 4, pour mieux centrer ses
thmatiques.

Recommandations :
ncessit de renforcer les comptences en analyses bioinformatique afin de pouvoir exploiter correctement
la masse des donnes accumules ;
veiller maintenir lapproche multi-organisme ;
renforcer la qualit des publications scientifiques ;
hirarchiser et recentrer les thmatiques scientifiques de lquipe de recherche 4 pour approfondir les
questions abordes ;
accueillir plus dtudiants doctorants et post-doctorants dans lunit ;
regroupement trs souhaitable des quipes de lunit dans un seul btiment du Campus de Jouy-en-Josas.

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3 z Apprciations dtailles
Apprciation sur la production et la qualit scientifiques
Les recherches de lunit sont originales et abordes sous un angle particulirement intressant et cohrent
par rapport aux questions principales qui sont de comprendre les interactions entre le conceptus et son
environnement, leurs rpercussions sur le phnotype adulte, les mcanismes mis en jeu et leurs possibles
drglements. La complmentarit thmatique des quipes est bien valorise.
Lunit vient de se rorganiser en 4 quipes de recherche. On peut constater que cet effort, bien que rcent,
se manifeste dj par un accroissement du nombre et de la qualit des publications.
La thmatique scientifique de lunit concerne ltude des mcanismes dveloppementaux qui contribuent au
phnotype adulte, leur rgulation par lenvironnement (in vitro et in vivo) et ltude des effets long terme de cette
programmation prcoce sur la croissance, la sant et la capacit reproductive des individus. Pour apporter des
rponses ce questionnement, quatre axes de recherche ont t formaliss au sein de lunit qui comprennent :
1. dynamique structurale et fonctionnelle du gnome embryonnaire au cours des premiers stades et
tablissement de la pluripotence ;
2. etablissement de la gestation et caractrisation/rgulation des interactions materno-ftales ;
3. gonadogense et gamtogense foetale, mcanismes molculaires et cellulaires et impact des facteurs
environnementaux sur ces processus ;
4. adaptation de lembryon et du foetus son environnement, notamment via les rgulations de son
pignome, et rle du placenta dans cette adaptation), chacun de ces axes tant port par une quipe.
Leffort de regroupement et de simplification souligne la cohrence de la logique scientifique, et fournit un
contexte favorable aux interactions et collaborations inter-quipes.
La mutualisation des ressources, notamment technologiques, est lun des points forts de lunit. Elle a des
implications positives dans la conduite des projets de recherche des quipes. Les plateformes technologiques
dimagerie et de transgense sont particulirement fonctionnelles et efficaces et sont gres sur une base
collaborative.
Ainsi, lunit dmontre une activit scientifique dynamique qui vise impliquer lensemble des personnels. Cet
effort visiblement porte ses fruits et il est poursuivre.
Les nouvelles approches technologiques dveloppes au sein de lunit sont originales et fort potentiel. Elles
devraient aider susciter de nouveaux projets collaboratifs nationaux mais aussi internationaux.
Au plan quantitatif, le nombre de publications a globalement augment avec notamment, entre 2008 et 2012,
un nombre darticles primaires par chercheur et par an qui a presque doubl. Le nombre de confrences a aussi
pratiquement doubl. Toutes les quipes ont des publications communes avec des chercheurs dune autre quipe
(nombre de publications inter-quipes de 10-12 %/an). Environ 1/3 des articles rsultent de collaborations avec des
laboratoires trangers. Il faut aussi noter que 7 articles (dont 3 revues) sont cits plus de 50 fois, 26 plus de 20 fois et
57 plus de 10 fois.
Ainsi, le nombre et le niveau des publications sont clairement en croissance, et leffort doit tre poursuivi afin
que leur qualit puisse atteindre le niveau que lon pourrait attendre dune unit capable de performances
technologiques et abordant de thmatiques et de modles originaux.
Un brevet a t dpos en France et linternational en 2009. Ceci parat peu, surtout si on tient compte du
potentiel important des technologies dveloppes par les chercheurs et les ingnieurs de cette unit.

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Apprciation sur le rayonnement et lattractivit acadmiques


Les membres de lunit ont t invits comme orateurs dans 206 runions scientifiques nationales et
internationales, dont ICAR, Embryogenomics, IETS, PPTOX, IFPA, Symposium on the Biology of Vertebrate Sex
Determination, EMBO, etc. Plusieurs membres de lunit ont reu des prix ou distinctions (Mdaille dargent de
lAcadmie de lAgriculture, Professeur mrite de l'Universit Versailles-Saint-Quentin, Acadmie de Mdecine).
Lexpertise des membres de lunit est sollicite rgulirement au niveau national et international pour
participer des comits ou jurys de thse, dHDR ou de diplme EPHE et des comits de slection ou des commissions
de recrutement (ITA, chercheurs, enseignant-chercheurs). Plusieurs membres de lunit exercent des missions
dexperts au sein des conseils scientifiques du centre, du dpartement PHASE, de la commission de formation
permanente, des conseils scientifiques des utilisateurs des plateformes. Un chercheur a t membre du Comit
dthique du Centre puis charg de mission Recherche et Exprimentation Animale auprs de la Prsidente du
Centre INRA de Jouy-en-Josas. Plusieurs chercheurs de lunit ont t membres des Commissions de Spcialistes de
Physiologie Animale de 2008 a 2013. Les chercheurs de lunit sont aussi investis dans diverses expertises. Plusieurs
sont galement impliqus dans des comits ditoriaux comme diteurs associs ou invits (PloS ONE, Sexual
Development, Frontiers in Biology, Indian Journal of Lipids, Journal of Obesity, Reproduction).
Les chercheurs de lunit ont particip lorganisation de plusieurs vnements scientifiques tels que les
symposia intituls Sex determination and gonadal development in vertebrates (Paris, 2008), Embryogenomics (Paris
2008), Epigenetics and Child health, Nobel conference (Goteborg, Sude, 2009), COST Gemini (Soustons, 2010) ou
International Embryo Transfer Society (IETS), qui aura lieu Versailles en 2015. Des personnels de lunit sont
galement membres du Board of Governors de lIETS, des Conseils dAdministration de lAssociation Francaise de
Zootechnie de lAssociation pour lEtude de la Reproduction Animale et de la Socit Franaise pour lEtude de la
Fertilit.
Un investissement important de lunit est noter dans la cration et lanimation de la Socit francophone de
la DOHaD, une association Loi 1901 affilie a la DOHaD internationale (www.sf-dohad.fr) qui regroupe 140 adhrents,
et lassociation a conclu un partenariat industriel avec Bledina.
Enfin les membres de lunit contribuent aux animations scientifiques au sein de lorganisme de
tutelle principalement celles organises par le dpartement PHASE.
Dune manire gnrale les membres de lunit sont trs actifs dans les congrs et les rseaux de leur domaine
de recherche, ainsi que dans les actions impliquant leur organisme de tutelle, lINRA.
Il reste nanmoins que le nombre dtudiants post-doctorants et de jeunes chercheurs contractuels,
notamment trangers, est globalement faible dans lunit.

Apprciation sur linteraction avec lenvironnement social, conomique et culturel


Dune manire gnrale lunit et ses personnels interagissent beaucoup avec les professionnels des
biotechnologies de la reproduction, et de lagro-alimentaire. Leur investissement dans ce domaine est trs diversifi.
Lunit et ses personnels sont particulirement impliqus dans la vulgarisation des acquis de la science auprs des
professionnels (mdecins, agriculteurs, vtrinaires) ou du grand public.
LUNCEIA est un partenaire conomique et professionnel historique de lunit depuis plusieurs dizaines annes.
L'UNCEIA est une organisation professionnelle d'levage reprsentant les filires de l'insmination bovine, caprine,
ovine et porcine. Cette collaboration a contribu au dveloppement des techniques de transfert nuclaire chez les
ruminants.
Plusieurs partenariats ont aussi t dploys avec des professionnels dans des domaines tels que lpigntique
(Diagenode, Belgique), lAssistance Mdicale la Procration (Laboratoires Genevrier, France), ou limagerie in vivo
(Foundation PremUp).
Lunit a galement men deux contrats avec des entreprises prives concernant limpact de rgimes
alimentaires riches en anti-oxydants ou vitamines sur le dveloppement pr- et post-natal (STEIRNON, IPRAD) et la
mise au point dune mthode de gene delivery dans lutrus de mammifre (ARCHIMMED).

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Dans le domaine des biotechnologies de la reproduction (transgense, clonage), des collaborations ont t
tablies avec diffrentes entreprises ou laboratoires acadmiques pour la cration de lapins transgniques tels que
Obetherapy, (Evry France), Stanford Research Institute (USA), Centre de Cardiologie (Freiburg University), Vaincre la
Mucovoiscidose (France) ou lunit INSERM UMR 866 (Dijon).
Dans le cadre du partenariat SF-DOHaD avec Bledina, lunit contribue la mise en place de groupes de travail
en vue de recommandations nutritionnelles, et participe au Symposium Bledina lors du Congrs de Mdecine
Prinatale, au Grand Forum de la nutrition infantile et au Symposium Mditerranen avec les pays du Maghreb.
Au niveau national, les membres de lunit ont t sollicits pour participer des missions tlvises et ont
rpondu plusieurs interviews de la presse crite et de la radio sur les biotechnologies animales. Ils participent
rgulirement aux journes de la Fte de la Science, des forums des mtiers dans des collges, et quelques
confrences grand public. Au niveau rgional, de nombreux personnels de lunit ont particip aux Portes Ouvertes
INRA Jouy 2010, et deux confrences de la Socit de Biologie.
Dans le cadre de la promotion de ltude de la DoHaD, lunit a particip plusieurs confrences. Les
membres de lunit sont aussi impliqus dans des confrences de vulgarisation auprs des professionnels de la sant
(Socit Franaise pour l'Etude de la Fertilit, Groupe d'Etude pour le Don d'Ovocytes, etc...) ou des professionnels
agronomes (Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants). En outre, lunit reoit rgulirement des lves de
collge en stage dcouverte , des lycens pour des TPE ainsi que des personnes en reconversion professionnelle.
Lunit a publi plus dune trentaine de publications dans des revues de vulgarisation, en lien avec la fertilit
des bovins dans les revues spcialises (BTIA, Le Point Vtrinaire, Le Nouveau Praticien Vtrinaire) destination
des leveurs et des vtrinaires, et dans des revues gnralistes ou mdicales telles que Mdecine Sciences, Biologie
Aujourdhui, Le Pdiatre.

Apprciation sur lorganisation et la vie de lunit


Lunit vient de se rorganiser en 4 quipes de recherche avec lobjectif doptimiser lactivit scientifique.
On peut constater que cet effort, bien que rcent, est un succs, ce qui a dj impact favorablementle nombre et la
qualit des publications.
Leffort de regroupement et de simplification de lorganigramme avec lindividualisation de 4 quipes
augmente la cohrence de la logique scientifique, ce qui est trs favorable aux interactions et collaborations interquipes.
Les services mutualiss comprennent lquipe Administration, Finances, Communication ainsi que 3 ateliers
communs : latelier production dembryons de ruminants, latelier transgnse et la plateforme dimagerie. Lunit
dispose aussi dun IR ( mi-temps) spcialiste en statistiques et bioinformatique.
Dautres activits sont gres au sein de la collectivit telles que lassurance qualit et la constitution dune
base de donnes des protocoles, un livret daccueil et la runion annuelle pour les nouveaux arrivants, lhygine et
scurit, le recyclage des dchets
La mutualisation des ressources, notamment technologiques, est lun des points forts de lunit. Les deux
plateformes technologiques dimagerie et de transgense sont particulirement bien dotes au plan des quipements
et sont encadres par des personnels chevronns dont la comptence est souvent trs longue acqurir (micromanipulation/injection des gamtes par exemple). Le fonctionnement mutualis de ces plateformes est garante de
leur efficacit.
Ainsi, lunit dmontre une activit scientifique dynamique qui vise impliquer lensemble du personnel.
Cet effort collectif visiblement porte ses fruits et il est poursuivre.
Le site web de lunit est dans lensemble clair et bien illustr et il est jour. Les programmes de recherche
affichs sont clairs et cohrents et dcrivent bien leurs acteurs et les quipes impliques.
Lunit dispose dun budget, hors salaires des titulaires, de lordre de 1,76 millions deuros par an. Environ un
tiers des ressources vient de la subvention de base de lINRA, et les deux tiers viennent de ressources contractuelles.
On notera quun tiers des ressources contractuelles vient de la Commission Europenne, et environ 44 % des

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financements de lANR. Par ailleurs, la rpartition du budget est dbattue de manire collective et clairement
explique.
Des trois entretiens avec les personnels, il ressort de manire trs frappante une trs grande cohsion entre les
membres de chacune de ces trois catgories professionnelles et une adhsion collective forte aux orientations
scientifiques et aux dcisions organisationnelles.
Les ITA (44 personnes) forment une communaut trs soude et bien organise, investie dans les activits
collectives, non seulement technologiques (plateformes et projets transversaux) mais aussi administratives. Les ITA
approuvent la gouvernance de lunit quils estiment collgiale et se sentent soutenus dans leurs projets personnels
(formation, volution de carrire). Les ITA ont aussi exprim leur enthousiasme concernant la mise en place depuis
un an de cours donns par les chercheurs et enseignants-chercheurs de lunit leur intention, quils suivent avec
assiduit.
Les doctorants et post-doctorants ont dit leur satisfaction de leur encadrement scientifique et technique.
La pluralit des coles doctorales dont ils proviennent (6 ED), ne semble pas poser de problme. Les tudiants
estiment aussi que lencadrement quils reoivent pour la rdaction des mmoires et rapports de stage est trs bon.
Ils prsentent chaque semaine, en anglais devant plusieurs autres membres de lunit (entre libre pour tous les
membres de lunit), un article, ou leurs travaux, en langue anglaise. Chaque tudiant est amen prsenter 2 ou 3
fois dans lanne.
Les chercheurs expriment galement leur satisfaction notamment quant leur place dans les quipes et dans
lunit, dans la gestion des projets scientifiques, pour lesquels ils ont une bonne autonomie tout en restant dans le
cadre des orientations scientifiques des quipes. Ils soulignent aussi que, du fait des modles animaux utiliss, il est
plus difficile dobtenir des rsultats scientifiques dans les temps gnralement impartis dans le cadre des programmes
financs, ce qui ajoute une difficult pour trouver des financements et publier des niveaux levs.
Lunit forme donc une communaut cohrente et soude o les diffrentes catgories professionnelles sont
bien intgres et interagissent de manire positive et constructive.

Apprciation sur limplication dans la formation par la recherche


Les membres des diffrentes quipes sont impliqus dans diverses actions de formation. Certains membres de
lunit donnent des cours lENV de Maison-Alfort, ou des cours/TD/TP aux tudiants de Masters et Licence Pro, ou
des cours de formation continue pour mdecins et sage-femmes. Dautres organisent des enseignements : UE dans le
cadre du Master Reproduction et Dveloppement sur Paris 7, coles chercheurs ou ateliers de formation
professionnelle au niveau national et international (INSERM, INRA, CNRS, COST et RTN), mise en place du cursus M2
Biologie Systmique et Synthtique (Universit dEvry).
Les tudiants en thse proviennent de plusieurs coles Doctorales diffrentes : GGC (ED n426, Paris 11), ABIES
(EC n435, Paris Est), BIO-SigNE (ED n419, Paris 11), GAO (ED n423, Evry), GALILEE (ED n146, Paris 13), Physiologie
et physiopathologie (ED n394, UPMC).
Le nombre dtudiants en thse est relativement faible tant donne la taille de lunit, ce qui, daprs la
direction de lunit, pourrait dcouler, en partie, de labsence de rattachement de lunit une universite.
De lentretien du comit avec les directeurs des coles Doctorales de GGC et ABIES, il apparat que la gestion
commune prochaine des contrats doctoraux de plusieurs tablissements par Paris Saclay pourrait attnuer cet effet.
Lentretien a aussi confirm, pour les deux coles doctorales principales de lunit, le suivi rgulier des doctorants au
cours de leur thse et les complments de formation dont ils bnficient. Le devenir des docteurs fait lobjet
denqutes systmatiques au cours des trois annes aprs la thse. On notera que compte tenu de la dure moyenne
des thses - de 3,4 et 3,5 ans respectivement pour GGC et ABIES - la recherche de complment de financement pour
achever la formation doctorale simpose et semble fructueuse.
Au final, linvestissement de lunit et de ses personnels dans la formation est consquent et reflte, pour un
laboratoire avec une communaut rduite denseignants-chercheurs, une disposition intressante former, faire
savoir et diffuser la science.

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Apprciation sur la stratgie et le projet cinq ans


Le projet de lunit est orient autour de la comprhension des mcanismes par lesquels des stimuli
environnementaux sont traduits en diffrences phnotypiques au travers des changements de lpignome puis de
lexpression gnique. Lun des objectifs majeurs est dlucider comment, au cours du dveloppement, les divers
stimuli environnementaux impactent les processus de diffrenciation cellulaire et de croissance puis se maintiennent
jusqu lge adulte, voire se transmettent aux gnrations suivantes. Les domaines dapplication et dimpact viss
sont la reproduction animale et humaine.
Le projet se focalisera particulirement sur deux fentres temporelles particulirement sensibles aux stimuli
environnementaux, celle du dveloppement primplantatoire et celle de la reprogrammation des cellules germinales
primordiales, et sera organis autour de 4 axes :
I) les mcanismes impliqus dans la reprogrammation des gnomes gamtiques mles et femelles et des
cellules pluripotentes embryonnaires et leffet de lenvironnement et du mtabolisme sur cette programmation ;
II) la programmation priconceptionnelle et ses consquences long terme ;
III) ltablissement de la gestation et les interactions embryo-maternelles ;
IV) la diffrenciation gonadique et la construction des gamtes.
Lunit sappuiera sur (I) une organisation en 4 quipes dont les comptences sont complmentaires et
permettent de couvrir toute la priode de dveloppement (II) les 3 plateformes transversales ayant dvelopp une
expertise technologique unique de pointe (III) la multiplicit des espces tudies permettant des analyses
comparatives (IV) un partenariat dynamique avec les professionnels de llevage (UNCEIA) et les laboratoires
hospitalo-universitaires ou INSERM (V) un programme de gouvernance bien dfini dont lobjectif est doptimiser les
conditions de ralisation du projet.
Ainsi le projet scientifique de lunit sappuie sur les projets des quatre quipes et sur les activits
collaboratives inter-quipes et transversales (plateformes). Dans lensemble, on retiendra :
- une bonne cohrence des diffrents projets dquipes autour dun objectif clair dfinissant lorientation
thmatique de lunit ;
- une thmatique originale avec un potentiel dapplications important ;
- le dveloppement doutils pertinents et trs originaux ;
- une bonne synergie des quipes au niveau thmatique conceptuel et technologique (mutualisation, etc) ;
- une volont de poursuivre les projets en partenariat et daugmenter leffort collaboratif.
Lunit a dmontr sa capacit sadapter et rorienter sa stratgie de manire exemplaire. Cet effort
constructif est poursuivre. En effet, les outils et approches originales dvelopps dans lunit mriteraient dtre
exploits dans leur plein potentiel pour approfondir encore lactivit scientifique cognitive. A cette fin, il est
important que lEquipe 4 soit encourage faire rapidement le choix de concentrer ses efforts sur une thmatique
forte.
Si on considre lexprience des chercheurs dans les modles utiliss et les dveloppements technologiques de
pointe, le potentiel est important et on ne peut pas douter de la faisabilit des projets proposs. Cependant il est
important de bien respecter la synergie propose entre les projets pour ne pas risquer de trop disperser lactivit
scientifique, ce qui pourrait nuire laboutissement de la recherche.
La recommandation principale concernant le projet est donc de maintenir une activit bien cible sur les
thmatiques fortes, de sappuyer sur les forces de lunit, notamment sur les technologies dveloppes et lapproche
multi-espce, et dapprofondir au mieux les questions scientifiques poses pour amliorer encore la production
scientifique.

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4 z Analyse quipe par quipe

quipe 1 :

Dynamique nulcaire et pluripotence au cours du dveloppement


embryonnaire chez les mammifres

Nom du responsable :

Mme Nathalie BEAUJEAN

Effectifs
Effectifs de lquipe

Nombre au
30/06/2013

Nombre au
01/01/2015

N1 : Enseignants-chercheurs titulaires et assimils

N2 : Chercheurs des EPST ou EPIC titulaires et assimils

N3 : Autres personnels titulaires (nayant pas dobligation de recherche)

17

16

24

21

Nombre au
30/06/2013

Nombre au
01/01/2015

N4 : Autres enseignants-chercheurs (PREM, ECC, etc.)


N5 : Autres chercheurs des EPST ou EPIC (DREM, Post-doctorants,
visiteurs etc.)
N6 : Autres personnels contractuels
(nayant pas dobligation de recherche)
TOTAL N1 N6

Effectifs de lquipe
Doctorants

Thses soutenues

Post-doctorants ayant pass au moins 12 mois dans lunit

Nombre dHDR soutenues

Personnes habilites diriger des recherches ou assimiles

12

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Apprciations dtailles

Apprciation sur la production et la qualit scientifiques


Lquipe 1 sintresse ltude du dveloppement prcoce. Son approche sorganise autour de 3 thmes
principaux de recherche, chacun dirig par un chercheur statutaire : la reprogrammation, la pluripotence et
lenvironnement periconceptuel.
Ces axes intgrent notamment des questions lies la reprogrammation et limpact des rgulations
pigntiques dans ces processus. Ces domaines de recherche extrmement comptitifs sont abords ici de manire
originale, notamment par une approche multi-organismes. Les rsultats obtenus ont des retombes non seulement
dans le domaine de lagro-alimentaire, mais galement dans le champ fondamental de la reproduction et du
dveloppement des mammifres, en identifiant les similarits / diffrences qui peuvent exister entre espces.
Lquipe a obtenu plusieurs rsultats descriptifs importants sur lactivation du gnome zygotique, la
dynamique spatiale et chromatinienne de lhtrochromatine pri-centrique, la dynamique de la mthylation, dans
les diffrentes espces, et au cours du dveloppement normal ou lors du transfert nuclaire, les profils
transcriptionnels ou chromatiniens des diffrents tats pluripotents. Dans le cadre dune collaboration, lquipe a
galement montr des diffrences importantes et inattendues au niveau du processus dinactivation du chromosome X
entre diffrentes espces de mammifres. Enfin, lquipe a produit des rsultats originaux sur les contraintes
mcaniques et leurs consquences sur les cassures de lADN lors du clonage, et sur limpact de la nutrition de la mre
sur lexpression du gnome gamtique et embryonnaire.
Outre les avances conceptuelles, lquipe sest beaucoup implique dans le dveloppement doutils essentiels
destins aux analyses spcifiques de lunit concernant notamment la transcriptomique (microarrays de cDNA chez le
lapin et le bovin) et lanalyse dimage.
La production scientifique est trs bonne excellente. Lquipe a publi une centaine darticles originaux,
dont une partie importante dans des bonnes trs bonnes revues de spcialit (Mol Reprod Dev, Reprod, Theriogen).
On peut noter parmi les publications majeures de lquipe un PNAS en 2009, un Stem Cell en 2010, un Nature et un
PNAS en 2011 et un Current Biology en 2013.

Apprciation sur le rayonnement et lattractivit acadmiques


Il sagit de la plus grosse quipe de lunit avec une majorit de statutaires (7 Chercheurs/enseignants
chercheurs, 17 ITA) et une minorit de chercheurs contractuels / stagiaires (1 post-doc et 7 doctorants). Plusieurs
membres de lquipe sont galement responsables de plateformes et dateliers sur lesquels reposent les activits
maitresses de lunit (micromanipulation, transgnse, imagerie), ce qui confre donc lquipe un rayonnement
local important, quattestent de nombreuses publications collaboratives multi-quipes.
Au niveau national et international, lquipe a une bonne visibilit gnrale. Elle est implique dans des
contrats europens et des projets financs sur investissement davenir (Labex, Equipex). LER1 a galement mis en
place dexcellents rseaux de collaborations nationales et internationales valoriss par des publications et de la
cration dun Laboratoire International Associ (LIA) avec la Chine. Les membres de lquipe participent de
nombreux congrs, frquemment (1/3) en tant que confrencier invit, organisation de workshop et datelier de
formation.
On peut relever le recrutement limit de chercheurs contractuels en gnral, et trangers en particulier, au
niveau doctoral et postdoctoral. Le rayonnement national et international de lquipe pourrait tre renforc par une
prsence accrue dans des instances dvaluation (projets et activit ditoriale).

Apprciation sur linteraction avec lenvironnement social, conomique et culturel


Lquipe 1 a plus vocation gnrer des donnes fondamentales. Nanmoins, elle sest implique dans des
actions dinformation et de vulgarisation destination du grand public et des filires professionnelles.

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Biologie du Dveloppement et Reproduction, BDR, INRA, ENV Maisons-Alfort, Mme Corinne COTINOT

Lquipe a galement dvelopp des partenariats avec des professionnels dans diffrents domaines
(pigntique, AMP, biotechnologie de lembryon quin et bovin).

Apprciation sur limplication dans la formation par la recherche


Le seul enseignant-chercheur qui figurait lorganigramme a maintenant quitt lquipe. Limplication
pdagogique au niveau acadmique se poursuit par des participations ponctuelles des chercheurs des enseignements
spcialiss, et par la coordination dune UE Paris 7. Limplication majeure de lER1 dans la formation par la
recherche se fait par lencadrement de stagiaires (collgiens, lycens), dtudiants en M1 et M2 et par la direction de
thses de doctorants.

Apprciation sur la stratgie et le projet cinq ans


Lquipe prsente un programme de recherche ambitieux mais raliste compte-tenu des comptences des
membres de lquipe actuelle et de lintgration dITA dune quipe qui a cess son activit, ainsi que des outils
prcedemment dvelopps et en constante optimisation. Les perspectives combinent la poursuite des tudes en cours
avec des outils technologiques plus puissants et le dmarrage de nouveaux axes de recherche. La nouvelle
organisation de lquipe va notamment permettre daborder des questions innovantes et uniques lquipe sur
le lien entre lenvironnement maternel (paramtres mtaboliques) et la reprogrammmation pigntique et
transcriptionnelle lors du dveloppement prcoce. LER1 propose galement dapprofondir ltude des stades
prcoces du dveloppement dans dautres espces (lapin, bovin), ce qui constitue un atout majeur de ce programme
de recherche. Un point important du programme de recherche quil faut encourager concerne lintgration
dapproches fonctionnelles.
Etant donn la taille de lquipe, une attention particulire devra tre porte sur les risques de dispersion.

Conclusion

Points forts et possibilits lies au contexte :

- approches multi organismes ;


- dveloppement doutils spcifiques ;
- excellentes collaborations ;
- originalit de certaines questions.

Points faibles et risques lis au contexte :

- approches principalement descriptives ;


- problmes lis aux modles animaux (cot, possibilit de financements, contrainte de temps) ;
- faible nombre de stagiaires contractuels, en particulier post-doctorants ;
- programme trop ambitieux, risque de dispersion ?

Recommandations :

- accrotre le recrutement de chercheurs contractuels notamment trangers ;


- favoriser les interactions entre le thme 3 et les thmes 1 et 2 : comment lenvironnement maternel et les
paramtres mtaboliques affectent la reprogrammation de lhtrochromatine centromrique et plus gnralement
lpignome de lembryon prcoce ;
- encourager les approches fonctionnelles.

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Biologie du Dveloppement et Reproduction, BDR, INRA, ENV Maisons-Alfort, Mme Corinne COTINOT

quipe 2 :

Environnement Maternel et Dveloppement Pri-implantatoire

Nom du responsable :

M. Gilles CHARPIGNY et M. Olivier SANDRA

Effectifs
Nombre au
30/06/2013

Nombre au
01/01/2015

N1 : Enseignants-chercheurs titulaires et assimils

N2 : Chercheurs des EPST ou EPIC titulaires et assimils

N3 : Autres personnels titulaires (nayant pas dobligation de recherche)

11

11

Nombre au
30/06/2013

Nombre au
01/01/2015

Effectifs de lquipe

N4 : Autres enseignants-chercheurs (PREM, ECC, etc.)


N5 : Autres chercheurs des EPST ou EPIC (DREM, Post-doctorants,
visiteurs etc.)
N6 : Autres personnels contractuels
(nayant pas dobligation de recherche)
TOTAL N1 N6

Effectifs de lquipe
Doctorants

Thses soutenues

Post-doctorants ayant pass au moins 12 mois dans lunit

Nombre dHDR soutenues


Personnes habilites diriger des recherches ou assimiles

Apprciations dtailles

Apprciation sur la production et la qualit scientifiques


Lactivit de recherche de lquipe est centre sur une tape cl de la gestation, critique pour la fertilit des
mammifres, la phase pri-implantatoire. Lquipe a une expertise reconnue dans ltude des mcanismes
molculaires du dialogue embryo-maternel chez les ruminants. Au cours des dernires annes, elle a contribu de
faon significative lavance des connaissances dans ce domaine.
Elle a ainsi mis en vidence, notamment par des approches transcriptomiques, une plasticit de lexpression
gnique endomtriale selon lorigine de lembryon (fcondation in vivo/in vitro, transfert de noyau somatique),

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Biologie du Dveloppement et Reproduction, BDR, INRA, ENV Maisons-Alfort, Mme Corinne COTINOT

mettant en lumire la capacit de lendomtre agir comme un biosenseur prcoce de la capacit de dveloppement
de lembryon. Cette mme approche transcriptomique a permis de rvler un dcouplage entre le dveloppement des
tissus extra-embryonnaires et embryonnaires dans le cas de concepti produits par transfert de noyau somatique.
Lquipe a galement mis en vidence une adaptation de la rponse anti-oxydante linterface endomtre-tissus
extra-embryonnaires. Enfin, elle a identifi un nouvel acteur dans le dialogue embryo-maternel, lacide
lysophosphatidique, un mdiateur lipidique impliqu la fois dans ladaptation maternelle et embryonnaire.
Lquipe a tabli de nombreuses collaborations au sein de lunit de mme quen France et linternational.
Ce rseau de collaborations renforce lquipe et lui permet dobtenir des financements consquents sur appel
doffres, franais ou europens.
Les rsultats sont publis dans de bonnes trs bonnes revues de spcialit (Endocrinology, Placenta, Biology
of Reproduction) ainsi que dans des revues plus gnralistes (PLoS ONE, Int J Biochem Cell Biol) dont certaines
haut facteur dimpact (2 publications dans PNAS). Dun point de vue quantitatif, le nombre darticles dans des revues
comits de lecture est de 58, dont 32 depuis la cration de lquipe en 2011, ainsi que 15 revues/synthses. Cest
une trs bonne production pour une quipe constitue de 2 enseignants-chercheurs et 3 chercheurs. Les rsultats ont
aussi t prsents dans 11 confrences invites et dans 36 communications orales dans des colloques internationaux.

Apprciation sur le rayonnement et lattractivit acadmiques


Les articles publis tmoignent dune collaboration importante avec dautres groupes de recherche nationaux
et internationaux. Ceci est soulign galement par la forte implication de lquipe dans des rseaux internationaux
puisquelle participe 7 rseaux internationaux dont 6 europens.
Lquipe est invite rgulirement donner des confrences dans des congrs internationaux.
Lquipe est frquemment sollicite pour une activit dexpertise de publications scientifiques. Elle a particip
la rdaction de 6 chapitres douvrages (incluant la coordination de 2 de ces ouvrages).
Lquipe est trs active dans sa capacit obtenir des financements (1.6 M euros), la fois au niveau national
(pilotage de 2 contrats ANR) et international (projets europens).
Un des deux responsables est en charge de la mission Recherche et Exprimentations animales auprs du
prsident du centre INRA du Jouy-en-Josas.

Apprciation sur linteraction avec lenvironnement social, conomique et culturel


Lquipe a un lien historique avec le secteur professionnel via sa collaboration avec lUNCEIA (Union Nationale
des Coopratives agricoles d'Elevage et d'Insmination Animale), avec laquelle elle dveloppe notamment un
diagnostic prcoce de gestation.
Elle a obtenu 2 contrats avec des entreprises prives (tude de limpact de rgimes alimentaires sur la
gestation) et mthode de gene delivery dans lutrus).
Compte tenu de son expertise dans la fertilit des bovins, lquipe a publi plusieurs articles de vulgarisation
destination des leveurs et vtrinaires.
Un des responsables a t membre du comit dthique du centre.

Apprciation sur limplication dans la formation par la recherche


Lquipe est activement implique dans la formation universitaire, par les enseignements dispenss lcole
Vtrinaire de Maisons-Alfort par les enseignants-chercheurs de lquipe et aussi par son implication dans la mise en
place dun cursus de M2 (Universit dvry). De plus, lquipe participe lenseignement des deux M2 de reproduction
nationaux.
Durant la priode 2008-13, lquipe a form 15 tudiants de Master et 9 doctorants (dont 3 en cours) et a
assur lencadrement de 10 thses vtrinaires.

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Une tudiante en thse encadre par un des responsables de lquipe a reu la mdaille dargent de
lAcadmie de lAgriculture pour la porte de ses travaux de thse.

Apprciation sur la stratgie et le projet cinq ans


Lquipe poursuivra ltude du dialogue entre le conceptus et lendomtre dans la priode pr et
pri-implantatoire, la fois dans les conditions physiologiques et en cas de fertilit altre. De nouveaux
questionnements sont envisags : recherche de squences gniques cibles des facteurs de transcription identifies
(ChIP sur tissus) et de rgulations de nature pigntique (ARN non codants, mthylations des promoteurs), analyse in
vivo de la fonction de gnes dintrt. Ces axes sont pertinents et dactualit. Ils sinscrivent dans la poursuite
logique de la recherche de lquipe. Leur faisabilit devrait tre garantie par le rseau de collaborations mises en
place au sein de lunit, du centre de Jouy-en-Josas et linternational. Ltude compare des mcanismes du
dialogue embryo-maternel chez les mammifres euthriens est un projet judicieux compte tenu de la variabilit
interspcifique des aspects anatomo-fonctionnels et de rgulation du dbut de la gestation.
Le deuxime axe du projet est lamlioration de lefficacit reproductive. Une des approches envisages est la
recherche de nouvelles mthodes de diagnostic prcoce de gestation et le dveloppement du phnotypage prdictif.
Lautre approche valuera limpact de la restriction alimentaire et le bnfice dalimentation proprits antioxydantes. Ces aspects dune recherche plus finalise sinscrivent parfaitement dans les objectifs agronomiques
dfinis par lINRA.

Conclusion

Points forts et possibilits lies au contexte :

- quipe internationalement reconnue ;


- approches conceptuelles et mthodologiques dactualit ;
- participation active des rseaux nationaux et internationaux ;
- trs bonne capacit dobtention de financements.

Points faibles et risques lis au contexte :

- beaucoup des perspectives reposent sur des approches gnratrices de masses de donnes (approches haut
dbit : pigntique, ChIP, ARN non codants) ou difficiles technologiquement (analyse in vivo de gnes).

Recommandations :

- maintenir un lien collaboratif fort avec les mathmaticiens et les bioinformaticiens pour limiter la dispersion
dans le traitement des donnes haut dbit ou la modlisation ;
- veiller valoriser les rsultats de ce type dapproches ;
- tirer parti de limplication de lquipe dans des rseaux internationaux pour attirer des post doctorants de
haut niveau ;
- encourager les chercheurs de lquipe obtenir leur HDR pour maintenir une activit consquente de
formation par la recherche.

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quipe 3 :

Diffrenciation Gonadique et ses Perturbations

Nom du responsable :

M. Eric PAILHOUX

Effectifs
Nombre au
30/06/2013

Nombre au
01/01/2015

N2 : Chercheurs des EPST ou EPIC titulaires et assimils

N3 : Autres personnels titulaires (nayant pas dobligation de recherche)

10

10

Effectifs de lquipe

N1 : Enseignants-chercheurs titulaires et assimils

N4 : Autres enseignants-chercheurs (PREM, ECC, etc.)


N5 : Autres chercheurs des EPST ou EPIC (DREM, Post-doctorants,
visiteurs etc.)
N6 : Autres personnels contractuels
(nayant pas dobligation de recherche)
TOTAL N1 N6

Effectifs de lquipe

Nombre au
30/06/2013

Doctorants

Thses soutenues

Post-doctorants ayant pass au moins 12 mois dans lunit

Nombre au
01/01/2015

Nombre dHDR soutenues


Personnes habilites diriger des recherches ou assimiles

z

Apprciations dtailles

Apprciation sur la production et la qualit scientifiques


Lquipe dveloppe deux thmes de recherche concernant la gntique de la diffrenciation gonadique chez
les mammifres et limpact de lenvironnement sur cette mme diffrenciation. La force premire de cette quipe
vient du choix des modles tudis. En effet, lquipe est lune des rares dans le monde aborder le sujet sur
dautres modles que murin, en particulier les ovins et les lapins, sans pour autant, quand de besoin, ignorer le
modle murin. Les thmes sont abords avec une large varit de stratgies scientifiques et technologiques.
Les diffrents modles animaux sont tudis par des stratgies allant de linvalidation de gne in vivo des mthodes

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Biologie du Dveloppement et Reproduction, BDR, INRA, ENV Maisons-Alfort, Mme Corinne COTINOT

dhistologie, dendocrinologie associes des approches de protomique et de transcriptomique. Lquipe est


particulirement oriente vers des tudes fonctionnelles, bases sur linvalidation de gnes non seulement chez la
souris mais aussi chez les ruminants. Elle a ainsi pu dmontrer le rle fondamental de FOXL2 dans le dterminisme
sexuel chez la chvre, modle plus proche de lhomme que la souris. Ltude des effets de lenvironnement et de ses
polluants sur la diffrenciation des gonades a montr que cette influence est dpendante du sexe du ftus et que la
sensibilit aux polluants varie en fonction des priodes de la gestation pendant lesquelles la mre est expose ces
polluants.
Lactivit de publication est bonne, voire trs bonne avec 41 articles dans des revues comit de lecture.
Lquipe publie dans de bonnes et trs bonnes revues de spcialit (Mol Hum Reprod, BMC Dev Biol, Hum Mol Genet,
Development) mais aussi dans des revues gnralistes (NAR, Nature (en collaboration) ; PLoS ONE). Lexpertise
acquise sur les modles tudis offre une bonne ouverture et reconnaissance internationales. Il est noter que trois
membres de lquipe ont t rattachs 100 % latelier transgense au cours de ce contrat.

Apprciation sur le rayonnement et lattractivit acadmiques


Lquipe prsente un trs bon rayonnement international et national qui se traduit par un nombre important
de collaborations fructueuses, sources de publications et dinvitations des congrs. Elle est sollicite rgulirement
pour des expertises de dossiers. Elle est membre de plusieurs rseaux nationaux. De ce fait, elle na pas (trop) de
difficults rpondre des appels doffre nationaux et europens et obtenir des financements pour ses projets.
Les montants obtenus ainsi que les responsabilits de lquipe dans ces projets collaboratifs ont t dcrits lors de la
prsentation. Lquipe est ainsi bien dote financirement, ce qui lui permet de fonctionner en toute srnit.
Considrant sa petite taille, elle forme un grand nombre dtudiants, de niveaux varis (Licence/BTS/Master et
doctorats). Les membres de lquipe participent des enseignements de plusieurs Master 1 et 2. De plus, ils sont
rgulirement sollicits pour participer des jurys de thses ou dHDR.

Apprciation sur linteraction avec lenvironnement social, conomique et culturel


Lquipe, sous diverses formes, participe la diffusion des connaissances auprs du grand public. Ceci se fait
via des interviews auprs de journalistes de la presse grand public et spcialis ; de participations des forums
dinformation grand public ou de collgiens et la rdaction darticles de vulgarisation. Du fait de son expertise, elle a
dvelopp des collaborations avec des entreprises prives pour ltude des mutations sans corne chez les bovins
(UNCEIA ) ou le dveloppement de lapins transgniques (vry-France (Obetherapy)).

Apprciation sur limplication dans la formation par la recherche


Lquipe est bien implique dans la formation par la recherche et ceci sous les diffrentes composantes
possibles, enseignement au niveau Master 1 et 2 de diffrentes universits (U Paris 7, U de Tours, AgroParisTech,
ESITPA de Rouen), accueil de stagiaires de diffrentes formations (M1, M2) et de thsards en nombre important au vu
de la taille de lquipe. Le nombre de post-doctorants accueillis est plus limit et devrait tre renforc. Les membres
sniors de lquipe participent un grand nombre de jurys de thse (26) et dHDR (6) et de comits de thse (12).

Apprciation sur la stratgie et le projet cinq ans


Le projet de lquipe sinscrit dans la continuit de leurs travaux avec cependant des volutions qui
apparaissent intressantes. Pour la partie dveloppement gonadique et cellules germinales, lquipe envisage une
tude comparative approfondie des cellules somatiques et germinales diffrents stades du dveloppement
embryonnaire. Ceci sera ralis chez le lapin, modle plus proche de lhumain que la souris, laide doutils que
lquipe va dvelopper. Le choix stratgique est justifi et les outils envisags adapts, faisant appel aux dernires
technologies disponibles pour la manipulation du gnome chez les mammifres. Ltude des effets de lenvironnement
sur le dveloppement gonadique sera poursuivie, en particulier chez le lapin et les ovins. Cet aspect du projet de
lquipe est encourager, en particulier pour les retombes possibles pour le domaine de llevage et pour la sant
humaine. Cependant, l'tude bnficierait d'un approfondissement en incluant mieux l'aspect dose/effet, en
particulier pour essayer de comprendre pourquoi, contrairement l'attente, un effet est observ aux doses retrouves
dans l'environnement.

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Biologie du Dveloppement et Reproduction, BDR, INRA, ENV Maisons-Alfort, Mme Corinne COTINOT

Conclusion

Points forts et possibilits lies au contexte :

- expertise reconnue sur des modles originaux de dterminisme et de diffrenciation du sexe ;


- capacit de gnrer, en collaboration avec les plates-formes de lunit, des outils et des modles animaux
pertinents permettant une caractrisation fonctionnelle approfondie des gnes identifis.

Points faibles et risques lis au contexte :

- manipuler des gnes in vivo chez les ruminants reste technologiquement compliqu et chronophage mais ces
modles sont essentiels pour la comprhension de la diffrenciation gonadique en situation physiologique et en
conditions environnementales pollues.

Recommandations :

- les projets se structurent autour de thmes forts bien identifis. Compte tenu de la taille de lquipe, il est
important de se concentrer sur ces thmes.
- maintenir la diversit des modles tudis et notamment le modle caprin.

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quipe 4 :

Origines Dveloppementales, Environnementales et Epigntiques du


Phnotype chez lHomme et lAnimal

Nom du responsable :

Mme Pascale CHAVATTE-PALMER

Effectifs
Nombre au
30/06/2013

Nombre au
01/01/2015

N1 : Enseignants-chercheurs titulaires et assimils

N2 : Chercheurs des EPST ou EPIC titulaires et assimils

N3 : Autres personnels titulaires (nayant pas dobligation de recherche)

19

20

Nombre au
30/06/2013

Nombre au
01/01/2015

Effectifs de lquipe

N4 : Autres enseignants-chercheurs (PREM, ECC, etc.)


N5 : Autres chercheurs des EPST ou EPIC (DREM, Post-doctorants,
visiteurs etc.)
N6 : Autres personnels contractuels
(nayant pas dobligation de recherche)
TOTAL N1 N6



Effectifs de lquipe

Doctorants

Thses soutenues

Post-doctorants ayant pass au moins 12 mois dans lunit

Nombre dHDR soutenues

Personnes habilites diriger des recherches ou assimiles

3+2


z

Apprciations dtailles

Apprciation sur la production et la qualit scientifiques


Lquipe occupe une position unique au sein de lunit BDR, linterface des priorits des dpartements AlimH
et PHASE.
Les thmatiques de recherche de lquipe 4 sarticulent autour la priode pr (et pri) conceptionnelle et de
la priode ftale, en tudiant les consquences de perturbations induites par lenvironnement sur le dveloppement

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Biologie du Dveloppement et Reproduction, BDR, INRA, ENV Maisons-Alfort, Mme Corinne COTINOT

intra utrin, sur la vie post-natale et ventuellement sur les gnrations futures. Lquipe aborde ces questions
ambitieuses et pertinentes par une grande diversit de modles et dapproches, tant du point de vue des espces
tudies (lapin, souris, bovins, ovins, caprins et homme) que des approches mthodologiques (imagerie in vivo,
physiologie, endocrinologie, histologie, biochimie, transcriptomique et pigntique) et des questions poses (impact
de lalimentation maternelle, rle de placenta comme rgulateur et correcteur linterface fto-maternelle,
dimorphisme sexuel, programmation pigntique, transfert nuclaire). Cette multiplicit thmatique et
mthodologique reprsente une force mais surtout un risque important de dispersion, qui conduit lobtention de
rsultats multiples et varis mais dans lensemble peu approfondis.
Lquipe 4 est galement associe plusieurs projets dautres quipes de lunit visant identifier les
consquences moyen et long terme des manipulations in vitro et du clonage.
Grce ses comptences, lquipe renforce clairement le panel des comptences mthodologiques de
lunit, en particulier avec lapport de limagerie 2D/3D de la gestation.
La production scientifique du groupe est quantitativement importante (104 publications originales sur la
priode rapporte dont 19 revues) avec une tendance laugmentation (8-10 publications en 2008 et 2009, une
vingtaine par an de 2010 2012, 28 en 2013). Cette production reflte lactivit de collaboration importante de
lquipe avec non seulement les autres quipes de lunit mais galement avec des groupes hors de lunit. Dun
point de vue qualitatif, la trs grande majorit de ces publications sont dans des journaux de spcialit ou plus
gnralistes de facteur dimpact infrieur 5. Seuls six articles sont publis dans des revues facteur dimpact
suprieur 5 (Development, Hum Mol Genet, Am J Clin Nutr, Leukemia, PNAS, Current Biol) et un suprieur 10 et
qui concerne un article de revue signe par un seul membre de lquipe (Endocr Rev).
Ainsi, une attention particulire devra tre donne la qualit des publications, en particulier via
lapprofondissement de questions biologiques abordes de manire plus slective.

Apprciation sur le rayonnement et lattractivit acadmiques


De recomposition rcente au sein de lunit, lquipe 4 a vu son primtre humain tre considrablement
modifi ces dernires annes. Ainsi, la taille de lquipe a fortement augment sur la priode value, attestant de
son attractivit au niveau national : initialement compose de 3 chercheurs, 6 personnels techniques et un doctorant,
lquipe regroupe maintenant 11 chercheurs statutaires, 8 personnels techniques. Elle a galement recrut
9 doctorants et 3 post-doctorants, mais ce chiffre est relativement faible compte tenu de la taille de lquipe et du
nombre de personnels statutaires.
Lquipe 4 est dans lensemble trs largement implique dans plusieurs rseaux et socits. Les membres
sniors de lquipe ont t moteur pour lmergence de la branche francophone de la Socit savante DOHaD
(Developmental Origin of Health and Disease) et sont actuellement trs investis dans son animation. Lquipe
participe galement au comit de pilotage de la fondation PremUp, et au bureau de la Socit Franaise dEtude de
Fertilit. Au niveau europen, des membres de lquipe sont impliqus dans les comits excutifs des COST Gemini et
Epiconcepts et sont galement responsables de workpackages dans ces COST. Au niveau international, des membres
de lquipe ont t lus au bureau de lInternational Embryo Transfer Society et participent aussi au comit HASAC
(Health and Safety Advisory Committee). Lquipe est galement implique dans le comit ditorial de PLoS ONE.
Les membres de lquipe participent rgulirement des congrs nationaux et internationaux
(27 communications orales dont 11 invitations et 29 posters) et ont galement t impliqus dans lorganisation de
3 colloques internationaux. Enfin, ils participent des jurys, notamment de thse (16) et dHDR (5), des instances
dexpertise scientifique (ANR, ITMO Cancer) et des commissions dvaluation.
Au plan acadmique, lquipe est correctement implique. Vu le nombre de statutaires, elle pourrait
cependant accueillir un nombre plus consquent de doctorants et de post-doctorants.
Si les implications et les collaborations sont nombreuses, elles le sont parfois au dtriment dune vritable
cohrence sur une question biologique bien prcise.

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Biologie du Dveloppement et Reproduction, BDR, INRA, ENV Maisons-Alfort, Mme Corinne COTINOT

Apprciation sur linteraction avec lenvironnement social, conomique et culturel


Lquipe 4 est activement implique dans des actions de vulgarisation scientifique destination du grand
public comme des professionnels de sant. Du fait de son implication dans des questions relatives lobsit, la
nutrition, la grossesse ou la gestation, aux effets de lenvironnement au sens large ou au sens restreint (croissance de
lovocyte, dveloppement embryonnaire et placenta), elle se retrouve en prise directe avec bon nombre de
proccupations du monde actuel. Lquipe participe activement de nombreuses manifestations de vulgarisation
scientifique, avec 30 publications dans des revues de vulgarisation et une participation des reportages audio-visuels.
Lquipe est galement largement implique dans des actions et des dbats de socit, par des auditions publiques,
des prsentations ou des portes ouvertes.
Lquipe a galement mis en place des relations avec le monde conomique, en particulier par la cration dun
partenariat avec lindustrie.

Apprciation sur limplication dans la formation par la recherche


Lquipe simplique dans la formation par lencadrement de stagiaires, au niveau M2 (23 stagiaires encadrs)
et doctoral. Quatre doctorants ont soutenu leur thse, et 4 ont t recruts.
Par ailleurs lquipe est implique dans lenseignement, notamment via les enseignants-chercheurs de lcole
Veterinaire dAlfort et par le biais de cours dans la formation continue pour des mdecins et sage-femmes.
Des membres de lquipe ont galement cr une semaine de cours lcole Vtrinaire de Sao Paulo.

Apprciation sur la stratgie et le projet cinq ans


Lquipe prend en compte linfluence de lenvironnement sur la construction du phnotype au cours du
dveloppement. Il sagit dun champ scientifique dlicat car la gnomique peine encore prendre en compte limpact
de lenvironnement sur les performances, et chez les animaux dlevage, il nexiste que peu de travaux. Or, il est
important de dterminer comment cette mmoire environnementale pourrait tre transmise par les cellules
germinales et pourrait modifier la trajectoire dveloppementale de lembryon au cours des stades prcoces, ftaux
et post-natals.
Lquipe possde traditionnellement lexpertise lui permettant daborder ce type dtude. Nanmoins, le
document et la prsentation frappent par la diversit des thmatiques et des approches mthodologiques proposes,
qui, au lieu de se recentrer, prsentent au contraire une diversit encore plus importante que sur la priode value,
en intgrant notamment diffrents types de perturbations (rgime alimentaire, stress, pollution atmosphrique) et
ltude non seulement du placenta, mais galement du foie, du cur et des cellules circulantes. Une clarification et
un recentrage du projet scientifique sont ncessaires en focalisant sur le cur de mtier de lquipe, savoir le
placenta et les variations pigntiques en rponse lenvironnement.
Il serait judicieux que lquipe se concentre sur le placenta et les relations environnement-placenta-ftusjeune, sur un nombre restreint de modles. Ceci constitue dj un challenge respectable. Cest sur ces aspects que le
groupe naissant a acquis sa notorit ces dernires annes. Lapprofondissement des mcanismes et des drgulations
qui ont t soulevs devrait tre une priorit de faon sortir des aspects purement descriptifs.
Les explorations hpatiques, pulmonaires, cardiaques, et cellulaires (cellules de la ligne blanche) qui sont
proposes dans les perspectives et ce, sur diffrents modles, sont des objectifs intressants mais qui ajouts
ltendue de ce qui doit tre entrepris dj ne font que diluer la force de frappe de lquipe. De mme, lors de la
prsentation orale, lquipe a annonc vouloir sintresser aux gamtes mles et femelles, ce qui lloigne une fois de
plus de laxe placenta-environnement-ftus et des modifications pigntiques associes.

Conclusion

Points forts et possibilits lies au contexte :

- matrise de limagerie mdicale ;


- transversalit des approches ;

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- tude de leffet de la nutrition sur la reproduction et le dveloppement du placenta et du foetus.

Points faibles et risques lis au contexte :

- grande dispersion des efforts et dilution de la question biologique principale ;


- manque dapprofondissement des questions biologiques ;
- manque de chercheurs contractuels.

Recommandations :

- se recentrer sur la thmatique centrale du placenta ;


- privilgier la qualit des publications.

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Droulement de la visite

Dates de la visite
Dbut :

Lundi 20 janvier 2014 10h15

Fin :

Mardi 21 janvier 2014 16h15

Lieu de la visite
Institution :

Campus de Jouyen-Josas

Adresse :

INRA Btiment 230


Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas

Locaux spcifiques visits :

Plateforme de microscopie et dimagerie


Plateforme de micromanipulation et microinjection

Droulement ou programme de visite


Lundi 20 Janvier 2014
10H15

Accueil du comit dexperts

10H3011H00

Runion du comit dexperts huis clos


Participants : membres du comit dexperts et dlgu scientifique (DS)
AERES

11H0011H15

Prsentation de lvaluation par lAERES et des membres du comit


dexperts (M. Pierre COUBLE)

11H1512H00

Prsentation de lunit par Mme Corinne COTINOT


Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des
tutelles et tous les membres de lunit

12H00-12H30

Runion avec les reprsentants des tutelles


(la discussion se poursuivre durant le djeuner)
Participants : membres du comit dexperts, DS et reprsentants des
tutelles

12H30-13H30

Djeuner

13H30-14H30

Prsentation scientifique de lquipe de Mme Nathalie BEAUJEAN


Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des
tutelles, directeur de lunit et membres de lquipe

14H30-15H30

Prsentation scientifique de lquipe de M. Gilles CHARPIGNY et de


M. Olivier SANDRA
Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des
tutelles, directeur de lunit et membres de lquipe

15H3015H45

Pause

15H45-16H45

Prsentation scientifique de lquipe de M. Eric PAILHOUX


Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des
tutelles, directeur de lunit et membres de lquipe

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16H45-17H45

Prsentation scientifique de lquipe de Mme Pascale CHAVATTE-PALMER


Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des
tutelles, directeur de lunit et membres de lquipe

17H45-18H00

Prsentation scientifique de lquipe partante de M. Jean-Pierre OZIL


Participants : membres du comit dexperts, DS, reprsentants des
tutelles, directeur de lunit et membres de lquipe

18H00-18H45

Visite du laboratoire
Mardi 21 Janvier 2014

08H4509H00

Runion du comit dexperts huis clos


Participants : membres du comit dexperts et DS

09H00-09H30

Runion du comit avec les personnels techniques et administratifs


Participants : membres du comit dexperts, DS et tous les personnels
techniques et administratifs (titulaires ou non)

09H30-10H00

Runion du comit avec les doctorants et post-doctorants


Participants : membres du comit dexperts, DS et tous les doctorants et
post-doctorants

10H00-10H30

Runion du comit avec les chercheurs


Participants : membres du comit dexperts, DS et tous les chercheurs,
excepts les chefs dquipes et le directeur

10H30-10H45

Pause

10H45-11H00

Runion avec le reprsentant de lcole doctorale principale de lunit


Participants : membres du comit dexperts, DS et reprsentant de
lcole doctorale

11H0012H00

Discussion du comit dexperts avec le directeur de lunit

12H0013H00

Djeuner

14H00-16H00

Dlibration du comit dexperts (huis clos)


Participants : membres du comit dexperts et DS

16H15

Dpart du comit dexperts

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Observations gnrales des tutelles

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