Escuela de Biologa

Universidad de Costa Rica

PROGRAMA DE CURSO

Sigla: B-0360
Nombre del Curso: Biosistemtica y Taxonoma
Ciclo en que se imparte: II Semestre del 2014
Crditos: 3
Horas lectivas: 2.50 horas teora laboratorio, 5 horas extraclase
Requisitos: B-0239 Botnica II y B-0218 Zoologa II
Profesora: PhD. Yolanda E. Camacho Garca
(ycamacho_99@yahoo.com), oficina #231
Aulas: Teora Aula 211, Laboratorio: Laboratorio de Cmputo

DESCRIPCIN:

Este curso introducir a los y las estudiantes en los principios tericos y prcticos de la
sistemtica, que incluye definicin de conceptos bsicos, aspectos histricos y
filosficos, reconstruccin filogentica mediante ejercicios de aplicacin, mtodos y sus
aplicaciones en las siguientes reas: Ictiologa, Malacologa, Entomologa, Carcinologa,
Equinologa, Herpetologa, Ornitologa, Mastozoologa, Ficologa, Micologa,
Bacteriologa, Virologa entre otras. En un pas con tan alta biodiversidad como el
nuestro se hace urgente la necesidad de capacitar a nuestros estudiantes en este tema y
brindar una visin coherente de la prctica sistemtica en un momento en que la
biodiversidad se encuentra amenazada y donde la sistemtica proporciona el marco
cientfico para analizarla.

OBJETIVOS

Objetivo general: Fomentar el conocimiento sobre la prctica de la sistemtica, y

taxonoma de manera que los y las estudiantes aprendan a valorar la biodiversidad de
nuestro pas y planeta y lleguen a involucrarse de manera efectiva en su conservacin y
uso sostenible.

Objetivos especficos:

1. Familiarizarse con los principios bsicos y los mtodos de la clasificacin

biolgica y la reconstruccin filogentica y sus aplicaciones en diversas reas de
la biologa.
2. Familiarizarce con diferentes programas de cmputo usados en la reconstruccin
filogentica usando caracteres morfolgicos e interpretar los resultados obtenidos.
3. Capacitarse en la lectura de artculos cientficos en sistemtica llegando a alcanzar
un nivel bsico de entendimiento.
4. Demostrar la capacidad de llevar a cabo individualmente un estudio sistemtico,
redactar un artculo cientfico, y realizar una presentacin oral en power point.

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CONTENIDOS Y CRONOGRAMA

Semana Temas
Semana 1 (12 Entrega y discusin del programa del curso. Introduccin a la
Agosto) Sistemtica: terminologa bsica, relaciones sistemticas,
dendrogramas
Semana 2 Historia de la Sistemtica: sistemtica prelinneana, sistemtica
(19 Agosto) clsica, sistemtica darwiniana, la sistemtica en el siglo XX, la
sistemtica actual
Semana 3 Caracteres usados en sistemtica: homologa, tipos de caracteres,
(26 Agosto) Cales son los mejores caracteres?
Semana 4 Anlisis filogentico: conceptos bsicos, seleccin de taxones,
(2 Setiembre) anlisis de caracteres, codificacin de caracteres, matrices de
datos, mtodos basados en el principio de parsimonia, criterios de
optimalidad
Semana 5 Anlisis filogentico: ACCTRAN y DELTRAN, pesado de
(9 Setiembre) caracteres, mtodos probabilsticos, otros enfoques filogenticos,
soporte de los cladogramas, evaluacin del soporte de grupos,
cladogramas mltiples, evidencia total y anlisis particionado
Semana 6 *Programas de cmputo: superrboles, software, formatos de
(16 Setiembre) archivos, ejercicios. (*) clase en el Laboratorio de Cmputo
Semana 7 *Programas de cmputo: ejercicios. (*) clase en el Laboratorio de
(23 Setiembre) Cmputo
Semana 8 I Examen Parcial
(30 Setiembre)
Semana 9 Especies: conceptos, reconocimiento y descripcin: conceptos de
(7 Octubre) especies, modelos de especiacin, mecanismos de aislamiento
reproductivo,variacin intraespecfica y anlisis
Semana 10 Descripcin de especies: clasificacin, identificacin
(14 Octubre)
Semana 11 Descripcin de especies: revisiones sistemticas, programas de
(21 Octubre) cmputo
Semana 12 Nomenclatura: historia, principios generales, nombres cientficos,
(28 Octubre) estatus de los nombres, autora y fecha de publicacin
Semana 13 Nomenclatura: formacin y tratamiento de los nombres,
(4 Noviembre) tipificacin, nomenclatura filogentica
Semana 14 Ms all de la sistemtica: coevolucin, biogeografa evolutiva,
(11 Noviembre) filogeografa, datacin de linajes, conservacin de la biodiversidad
Semana 15 Presentaciones de estudiantes
(18 Noviembre)
Semana 16 Presentaciones de estudiantes
(25 Noviembre)
Semana 17 II Examen Parcial
(2 Diciembre)

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METODOLOGA Y ACTIVIDADES PARA CUMPLIR CON LOS OBJETIVOS

Clases Magistrales:
El curso consistir de charlas magistrales utilizando recursos audiovisuales como el
Video Bin, ilustradas con videos, fotografas, especmenes, documentales etc. Las clases
de teora sern complementadas por lecturas que se analizarn en clase o bien que el
estudiante debe de leer en su tiempo libre. Estas lecturas sern evaluadas en los
exmenes. La mayora de las clases sern complementadas tambin con ejercicios que se
realizarn en clase o bien se dejarn de tarea para que el estudiante los realice en su
tiempo libre. Realizar los ejercicios es de gran importancia ya que por medio de ellos se
pondrn en prctica los conocimientos adquiridos. Es responsabilidad del estudiante
resolver los ejercicios semanalmente. La asistencia a estas clases es obligatoria, ya que lo
visto en una clase sirve de base para la siguiente.

Laboratorios:
Las clases de teora se complementarn con dos sesiones prcticas donde se utilizarn
diferentes paquetes de software libre (ej. Winclada, TNT). Estas sesiones se llevarn a
cabo en el Laboratorio de Cmputo de la Escuela de Biologa. La asistencia a estas clases
es obligatoria. Es responsabilidad del estudiante realizar sesiones de laboratorio
adicionales en su tiempo libre para trabajar en su investigacin o terminando los
ejercicios de clase ya sea utiizando los recursos del laboratorio de cmputo o bien su
computadora propia.

Visita al Museo de Zoologa y al Herbario de la Escuela de Biologa:

Se realizar una visita guiada al Museo de Zoologa y al Herbario para que los
estudiantes puedan apreciar las diversas colecciones con las que se cuentan en la Escuela
de Biologa.

Investigacin individual (proyecto)

Cada estudiante invidualmente llevar a cabo una investigacin durante el semestre
basada en caracteres morfolgicos en el grupo de plantas o animales de su inters. El
objetivo final de este trabajo es presentar una filogenia morfolgica de un grupo en
particular obteniendo los caracteres del estudio de la literatura cientfica y/o bien del
estudio de los especimenes (ste ltimo opcional para los estudiantes de pregrado). Esta
investigacin debe ser presentada en forma escrita siguiendo el formato de un artculo
cientfico en la revista Systematic Biology. El documento final debe ser de 15-25 pginas
(incluyendo figuras). El manuscrito debe estar basado en datos que no se hayan publicado
o bien estan en proceso de publicacin. De ser posible, el artculo cientfico ser sometido
a una revisin de pares externos (otros profesores o especialistas en su grupo), adems de
su profesora.

Presentacin en power point:

El proyecto individual de cada estudiante ser expuesto oralmente al final del semestre.
Para tal efecto el estudiante elaborar una presentacin en power point con una duracin
de 15 minutos, ms 5 minutos adicionales de preguntas.

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 Plagio: "El plagio es el uso de las ideas o escrituras de otra persona sin dar crdito al autor
original. Esto incluye usar datos o ideas de un compaero de clase, profesor, tutor o
colega sin su permiso y reconocimiento, incluye tomar y usar oraciones de artculos
cientficos en su manuscrito (parcial o completamente o con cambios menores) sin citar al
autor, o bien copiar parte del contenido de una pgina en internet. Usted no puede usar las
ideas de otra persona sin citar la fuente, o usar sus palabras sin citar al autor. Cualquier
uso de esto ser considerado como plagio.
Cuando usted comete plagio usted esta robando el conocimiento cientfico. El plagio y/o
el hacer trampa es una seria ofensa que viola el cdigo de conducta del estudiante y el cual
ser castigado con la reprobacin del curso y/o refiriendo el caso a las autoridadades
universitarias pertinentes.
Cuando tenga duda de si debe citar o no a alguien, mejor ctelo!

EVALUACIN

La evaluacin de este curso consistir de dos exmenes parciales con un valor de 60%.
La investigacin individual escrita del estudiante tendr un valor de 30%, y la
presentacin en power point de su investigacin tendr un valor de 10%.

Teora (60%):
I Examen Parcial (30 de setiembre) 30%
II Examen Parcial (2 de diciembre) 30%
Investigacin individual escrita (30%)
Presentacin individual en power point (10%)

BIBLIOGRAFA

Hall, B.G. 2004. Phylogenetic trees made easy: a how-to manual. 2nd Edition. Sinaeu
Associated, Inc. Sunderland, Massachusetts, USA. 221 pp.

Kitching, I.J.; P.L. Forey; C.J. Humphries & D.M. Williams. 1998. Cladistics: The
Theory and Practice of Parsimony Analysis. 2nd Edition. Oxford University Press. 228 pp.

Morrone, J. J. 2013. Sistemtica: fundamentos, mtodos y aplicaciones. 1era Edicin,

Mxico, UNAM, 508 pp.

Page, R.D.M. & E. C. Holmes. 1998. Molecular Evolution: a phylogenetic approach.

Blackwell Science Ltd. 346 pp.

Schuh, R.T. & A. V.Z. Brower. 2009. Biological Systematics: principles and
applications. 2nd Edition. Cornell University Press. 311 pp.

Skelton, P. & A. Smith. 2002. Cladistics: a practical primer on CD-ROM. Cambridge

University Press. 80 pp.

Winston, J.E. 1999. Describing species: Practical taxonomic procedure for biologists.
Columbia University Press. 518 pp.

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Wolfgang-Wgele, J. 2005. Foundations of Phylogenetic Systematics. 2nd Edition. Verlag
Dr. Firedrich Pfeil Mnchen, Germany. 365 pp.