Professional Documents
Culture Documents
reakcije polimeraze
Objavljeno 25.06.2009.
.
PCR metodu je 1985. godine formulisao Karl Mullis, veoma osetljiva i često se koristi u
biologiji i medicini.
DNK matrica – dvostruki DNK lanac koji sadrži informaciju koja se želi umnožiti,
dužine 100-35000 baznih parova
jednolančani prajmeri – sekvence oligonukleotida dužine 20-30 nukleotida čije su
sekvence komplementarne krajevima one DNK sekvence koja se želi umnožiti
smeša slobodnih dezoksinukleotida u zasićenim koncentracijama: 200 mM za svaki
dNTP
enzim DNK polimeraza koja vrši sintezu novih DNK lanaca
Mg2+ joni koji su neophodni za aktivnost enzima i oni se dodaju u vidu MgCl2
Pufer – standardni pufer koji se sastoji od 50 mM KCl, 10 mM TRIS Cl, 1.5 mM
MgCl2, pH 8.3, 21 Co
U PCR metodi se koristi DNK polimeraza izolovana iz bakterije Thermus aquaticus (nazvana
Taq polimeraza) koja živi u termalnim izvorima na temperaturi oko 70 oC. Usled toga je
sposobna da na toj temperaturi vrši replikaciju DNK molekula.
Napravljena reakciona smeša se stavlja u aparat nazvan Termocycler koji omogućuje tok
reakcije. PCR se izvodi ponavljanjem u 20 – 30 ciklusa od kojih se svaki sastoji iz tri osnovne
faze (Sl. 1):
Tržište hrane zahteva sve strožiju kontrolu. Namirnice su često pogrešno deklarisane u cilju
sticanja ekonomske dobiti. Na taj način se kupci dovode u zabludu, što može imati negativan
uticaj i na njihovo zdravlje, naročito kod osoba koje su osetljive na neke alergene. Tačna
deklaracija je takođe važna pri izboru kupca za koju namirnicu će se odlučiti. Izbor može
zavisiti i od načina života kupca, kao što je vegeterijanstvo, religija, itd.
Analitičke metode koje se koriste pri identifikaciji vrsta i provere ispravnosti hrane baziraju se
uglavnom na mikrobiološkom ispitivanju, analizi proteina i DNK. Analiza proteina se vrši
imunološkim, elektroforetskim i hromatografskim tehnikama. U poslednje vreme sve se više
koriste DNK molekuli zbog veće stabilnosti od proteina, kao i zbog prisustva u najvećem
broju tkiva. To ih čini veoma pogodnim za analizu hrane.
PCR je veoma osetljiva i jednostavna metoda koja može dati odgovore na mnoga genetička
pitanja. Međutim, PCR može dati i lažne pozitivne ili negativne reakcije ukoliko se ne vodi
računa o pravilnom postavljanju, standardizaciji i izvođenju metode. Zbog toga je neophodno
napraviti standardizovane protokole za izvođenje PCR-a. Potrebno je voditi računa o
opremanju i postavljanu laboratorije, proveriti ispravnost opreme i reagenasa, pravilno čuvati
i odabirati reagense, ispravno birati sistem detekcije za PCR produkte i imati dobro obučeno
osoblje.
.
Pri izboru mesta u laboratoriji za izvođenje PCR-a veoma je bitno voditi računa o izvorima
kontaminacije. Idealno bi bilo koristiti četiri do pet različitih prostorija za različite faze PCR-
a. Prva faza je priprema uzorka koja obuhvata pripremu reagenasa i izolaciju DNK. Zatim
slede postavka PCR reakcije, tok reakcije (thermocycler) i detekcija PCR produkata. S
obzirom da je veoma teško obezbediti ovoliko prostorija, fizička odvojenost se može postići
postavljanjem opreme tako da se pri izvođenju metode osoblje i oprema kreću samo u jednom
smeru. Ukoliko je moguće, proces bi trebao da se kreće u smeru iz čistijih i sterilnijih delova
laboratorije, ka onima gde je veća mogućnost pojave zagadjenja u vidu aerosola. Osoblje reba
uvek da nosi mantil i rukavice, čime se smanjuje mogućnost kontaminacije. Za svaku fazu
PCR-a treba promeniti rukavice.
1. pripremu uzoraka
2. pripremu reagenasa za DNK ekstrakciju
3. ekstrakciju DNK iz uzorka
PCR može detektovati i svega nekoliko ćelija koje su kontaminirale negativan uzorak i dati
lažno pozitivan rezultat. Da bi se to izbeglo neophodno je brisati spoljašnjost kivete
dezinfekcionim sredstvom radi uklanjanja bakterija i DNK-aza (Borst, 2004). Mogućnost
kontaminacije se smanjuje i ukoliko se supernatant usisava, umesto da se odliva. Upotreba
UV lampe za dekontaminaciju mesta za izvođenje PCR-a može smanjiti opasnost od
kontaminacije uzoraka. Samo mesto za detekciju produkata PCR-a, gde se kivete pipremaju
za detekciju i premeštaju na agarozni gel, takođe može biti izvor kontaminacije uzorka. Da bi
se sve to izbeglo mora se pažljivo rukovati sa uzorcima i voditi računa da se na svaki mogući
način smanji mogućnost kontaminacije.
.
Oprema za PCR
Na prvom mestu se nalazi PCR aparat (termocycler) koji reguliše uslove za odvijanje same
reakcije. Iako je to najskuplji deo opreme mora se imati u vidu i ostali potrebni pribor.
Potrebno je nekoliko setova pipeta (najmanje četiri), oprema za elektroforezu, mikrotalasna
rerna za topljenje agaroze, zamrzivač za čuvanje reagenasa (-20oC), UV svetlo za čitanje i
fotoaparat za snimanje rezultata očitanih sa gela (Wellinghausen i sar 2004).
Pri odabiru PCR aparata portebno je uzeti u obzir nekoliko faktora. Cena aparata, nažalost,
može biti jedan od presudnih faktora. Cena aparata zavisi od mogućnosti kojima raspolaže:
kapacitet – 48 ili 96 uzoraka, da li se uzorci stavljaju u kivete ili mikroploču sa više jamica, ili
koja je potrebna zapremina PCR reakcije. Vreme potrebno da se izvrši 30 ciklusa reakcije (10
ili 90 min), takođe utiče na izbor PCR aparata.
Reagensi za PCR se dele na one koji su potrebni za izvođenje same reakcije i one koji su
potrebni za detektovanje proizvoda reakcije. Preporučuju se reagensi (prajmeri, probe i Taq
polimeraza) samo od pouzdanih proizvođača. Treba koristiti najbolje proizvode i pri
rukovanju njima uvek koristiti rukavice. Voda je veoma bitan sastojak PCR-a. Treba koristiti
vodu oslobođenu od DNK i DNK-aza. Ona se dobija autoklaviranjem i filtriranjem (0,22µm).
Ukoliko ima dovoljno novca može se kupiti fabrički proizvedena.
.
Kontrola kvaliteta
Pre nego što se nova metoda PCR-a prihvati za upotrebu, mora se izvršiti provera ispravnosti,
specifičnosti, osetljivosti i ponovljivosti date metode. Da bi rešila ovaj problem Evropska
komisija je pokrenula projekat pod nazivom FOOD-PCR sa ciljem da se izvrši provera i
standardizacija PCR metoda za detekciju bakterijskih patogena u hrani. Projekat je krenuo u
martu 2000. godine i trajao do juna 2003. godine. Napravljen je konzorcijum od 35 instituta,
kompanija i univerziteta iz 21 zemlje da radi na ovom projektu. Projekat je bio usmeren ka
razvoju metoda za detekciju pet najvažnijih patogena: Salmonella enterica, termofilna
Campylobacter spp., Eschericia coli, Listeria monocztogenes i Yersinia enterocolitica.
Razvoj standardizovanih metoda se odvijao u tri faze. U prvoj fazi su birani definisani DNK
uzorci i metode PCR-a koje bi mogle biti pogodne za upotrebu. Projekat je takođe obuhvatao i
pripremu uzoraka. U drugoj i trećoj fazi je vršena provera efikasnosti i upotrebljivosti
odabranih PCR metoda. Vršene su kompletne provere procedure pripreme uzoraka i PCR
metode da bi se dobili verifikovani PCR protokoli za otkrivanje patogena u hrani. Pored toga
cilj projekta je bio i da se obezbede biohemijski setovi za testiranje različitih tipova PCR
aparata i izolaciju DNK iz bakterijskih kultura, proizvodnja odgovarajućih DNK prajmera,
internet bazu podataka sa PCR protokolima, organizovanje obuke i pravljenje
standardizovanih uputstava u saradnji sa Evropskim komitetom za standardizaciju (Anon,
1999A, Anon, 2000).
Priprema internacionalnih standarda može biti dugačak i glomazan posao i može trajati do
nekoliko godina. Posebno su dugačke standardizacije metoda za otkrivanje genetički
modifikovanih organizama.
Pri opisivanju i proveravanju metode mora se voditi računa o izrazima koji se upotrebljavaju.
Poseban problem predstavlja izraz osetljivost koji se u PCR laboratorijama, pored praga
detekcije, može odnositi i na uticaj inhibitora prisutnih u uzorku na polimerazu. Na osnovu
međunarodno priznatih protokola i uputstava predložene su definicije koje bi trebalo da budu
opšte prihvaćene (Tab. 1 i Tab. 2) (Anon1999).
Druga faza obuhvata veliki broj interlaboratorijskih testova koji treba da potvrde specifičnost
PCR-a. Na tom poslu bi trebalo da bude uključeno 10 – 12 partnerskih laboratorija (Anon,
1999). Svaka laboratorija dobija standardnu proceduru, uzorke DNK iz ćelijskih linija, i
reagense. DNK uzorci treba da budu obeleženi kodovima tako da njihov identitet zna samo
vodeća laboratorija. Potrebno je izračunati odnos pravih i lažnih pozitiva i pravih i lažnih
negativa (Tab 2). Kod preciznih i tačnih PCR-ova, u oba slučaja odnos je 100 %.
PCR
Referentni metod pozitivan (R+) Referentni metod negativan (R-)
odgovor
PCR + +/+ pozitivno poklapanje (PP) –/+ pozitivna greška (PG)
PCR – +/– negativna greška (NG) –/– negativno poklapanje (NP)
Faza 1:
-Procena nekoliko PCR prajmera za svaki patogen
-Odabir jednog seta
-Prilagođavanje za PCR Definisanje detekcionog limita
Faza 2:
Provera preciznosti i robustnosti PCR-ova
a – partneri koriste standardne reagense
b – partneri koriste reagense po izboru
-Pripremaju se ćelijske linije svakog patogena
-Izolovanje DNK iz svake linije
-Procena specifičnosti PCR od strane 10 – 12 laboratorija
Faza 3:
Provera kompletne metode zasnovane na PCR-u
-Korišćenje uzoraka sa velikim, srednjim i malim brojem, kao i bez ćelija
-10 – 12 učesnika
-Laboratorije vrše inkubaciju, ekstrakciju i PCR detekciju u skladu sa standardnom
procedurom izvođenja
-Uzorci se testiraju postojećim standardnim metodama
-Poređenje rezultata dobijenih PCR i standardnom metodom
Prezentovane činjenice vezane za dobru laboratorijsku praksu u opremanju PCR laboratorije i
standardizaciju testova su vezane za mikrobiološku laboratoriju (Sanchez, 2006), ali se mogu
primeniti u svim laboratorijama koje ispituju kvalitet prehrambenih proizvoda.
.
Literatura
1. Anon. (1999): Microbiology of food and feeding stuffs— Protocol for the validation of
alternative methods. Document established by the Joint Group of MicroVal (WG 6) and CEN
(WG 6/TAG 2). ISO/DIS 16140, Geneva, Switzerland.
2. Anon. (1999A): Microbiology of food and animal feeding stuff—carcass sampling for
microbiological analysis. ISO/CD 17604. International Organization for Standardization,
Geneva, Switzerland.
3. Anon. (2000): Microbiology of food and animal feeding stuff—Preparation of test samples,
initial suspension and decimal dilution for microbiological examination. Doc CEN/TC 275/
WG 6 N 114. Published by AFNORE, Paris, France.
4. Anon. (2001): Protocol for the validation of alternative microbiological methods. NV-
DOC.D-2001-04-25. Published by NordVal. Copenhagen, Denmark.
5. Arlorio, M., Coïsson, J. D., Cereti, E., Travaglia, F., Capasso, M., Martelli, A. (2003): Eur
Food Res Technol 216: 253–258.
6. Asensio, L., González, I., Fernández, A., Céspedes, A., Hernández, P. E., García, T., Martín,
R. (2000): J Food Prot 63: 1248–1252.
7. Asensio, L., González, I., Fernández, A., Rodríguez, M. A., Hernández, P. E., García, T.,
Martín, R. (2001): J Agric Food Chem 49: 1720–1723.
8. Asensio, L., González, I., Fernández, A., Rodríguez, M. A., Lobo, E., Hernández, P. E.,
García, T., Martín, R. (2001): Arch Lebensmittelhyg 52: 131–134.
9. Asensio, L., González, I., Fernández, A., Rodríguez, M. A., Lobo, E., Hernández, P. E.,
García, T., Martín, R. (2002): J Food Prot 65: 432–435.
10. Bania J, Ugorski M, Polanowski A, Adamczyk E (2001) J Dairy Res 68:333–336
11. Borst, A., Box, A. T., Fluit A. C. (2004): False-positive results and contamination in
nucleic-acid amplification assays: Suggestions for a “prevent and destroy“ strategy. Eur. J.
Clin. Microbiol. Infect. Dis. 23: 289-299.
12. Brezná, B., Hudecová, L., Kuchta, T. (2006): Eur Food Res Technol 223: 373–377.
13. Busconi, M., Foroni, C., Corradi, M., Bongiorni, C., Cattapan, F., Fogher, C. (2003): Food
Chem 83: 127–134.
14. Céspedes, A., García, T., Carrera, E., González, I., Hernández, P. E., Martín, R. (1999): J
Agric Food Chem 47: 1046–1050.
15. Doveri, S., O’Sullivan, D. M., Lee, D. (2006): J Agric Food Chem 54: 9221–9226.
16. Hernández, M., Rodríguez-Lazaro, D., Zhang, D., Esteve, T., Pla, M., Prat, S. (2005): J
Agric Food Chem 53: 3333–3337.
17. Holst-Jensen, A., Rønning, S. B., Løvseth, A., Berdal, K. G. (2003): Anal Bioanal Chem
375: 985–993.
18. Holzhauser, T., Wangorsch, A., Vieths, S. (2000): Eur Food Res Technol 211: 360–365.
19. Köppel, E., Stadler, M., Lüthy, J., Hübner, P. (1998): Z Lebensm Unters Forsch A 206:
399–403.
20. Leimanis, S., Hernández, M., Fernández, S., Boyer, F., Burns, M., Bruderer, S., Glouden,
T., Harris, N., Kaeppeli, O., Philipp, P., Pla, M., Puigdomènech, P., Vaitilingom, M., Bertheau,
Y., Remacle, J. (2006): Plant Mol Biol 61: 123–139.
21. López-Calleja, I., Alonso, I. G., Fajardo, V., Rodríguez, M. A., Hernández, P. E., García,
T., Martín, R. (2005): Int Dairy J 15: 1122–1129.
22. López-Calleja, I., González, I., Fajardo, V., Martín, I., Hernández, P. E., García, T.,
Martín, R. (2005): J Dairy Sci 88: 3115–3120.
23. López-Calleja, I., González, I., Fajardo, V., Martín, I., Hernández, P. E., García, T.,
Martín, R. (2007): Int Dairy J 17: 729–736.
24. Lopparelli, R. M., Cardazzo, B., Balzan, S., Giaccone, V., Novelli, E. (2007): J Agric
Food Chem 55: 3429–3434.
25. Macrina, F.L. (1995): Scientific Integrity: An Introductory Text with Ceses. ASM Press,
Washington, DC.
26. Mafra, I., Ferreira, I. M. P. L. V. O., Beatriz, M., Oliveira, P.P. (2007): Food authentication
by PCR-based methods. Universidado de Porto, Porto.
27. Mafra, I., Ferreira, I. M. P. L. V. O., Faria, M. A., Oliveira, B. P. P. (2004): J Agric Food
Chem 52: 4943–4947.
28. Matsunaga, T., Chikuni, K., Tanabe, R., Muroya, S., Shibata, K., Yamada, J., Shinmura, Y.
(1999): Meat Sci 51: 143–148.
29. Maudet, C., Taberlet, P. (2001): J Dairy Res 68: 229–235.
30. Meyer, R., Höfelein, C., Lüthy, J., Candrian, U. (1995): J AOAC Int 78:1542–1551.
31. Montiel-Sosa, J. F., Ruiz-Pesini, E., Montoya, J., Roncalés, P., López-Pérez, M. J., Pérez-
Martos, A. (2000): J Agric Food Chem 48:2829–2832.
32. Pasqualone, A., Montemurro, C., Grinn-Gofron, A., Sonnante, G., Blanco, A. (2007): J
Agric Food Chem 55: 3312–3318.
33. Regulation (EC) No 1829/2003 of the European Parliament and of the Council of 22
September 2003 on genetically modiWed food and feed. OV J Eur Union L 268:1–23
34. Regulation (EC) No 1830/2003 of the European Parliament and of the Council of 22
September 2003 concerning the traceability of food and feed products produced from
genetically modiWed organisms and amending Directive 2001/18/EC. OV J Eur Union L
268:24–28
35. Russel, V. J., Pryde, S. E., Santos, A. T., Rosa, C., Quinteiro, J., Rey-Méndez, M. (2002):
Eur Food Res Technol 214: 171–177.
36. Rønning, S. B., Rudi, K., Berdal, K. G., Holst-Jensen, A. (2005): J Agric Food Chem 53:
8874–8880.
37. Sanchez, S. (2006): Making PCR a normal routine of the food microbiology lab. The
University of Georgia, Athens.
38. Stephan, O., Vieths, S. (2004): J Agric Food Chem 52: 3754–3760.
39. Wellinghausen. N., Wirths, B., Essig, A., Wassill, L. (2004): Evaluation of the Hyplex
Bloodscreen multiplex PCR-enzyme-linked immunosorbent assay system for direct
identification of gram-positive cocci and gram-negative bacilli from positive blood cultures. J.
Clin.Microbiol. 43: 3147-3152.
40. Wolf, C., Lüthy, J. (2001): Meat Sci 57: 161–168.
41. Wolf, C., Rentsch, J. (1999): J Agric Food Chem 47: 1350–1355.
42.http://www.greenfacts.org/
43.http://www.celiac.org/
44.http://www.bio.davidson.edu/