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http://bit.ly/disenodefarmacos
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7/27/2016
La Diversidad de la Audiencia
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7/27/2016
¡C&EN en Español!
C&EN pone a su disposición traducciones al español de sus artículos más populares.
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http://bit.ly/CENespanol
http://bit.ly/benefitsACS
Entérate de los beneficios de ser miembro(a) de ACS !
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http://bit.ly/benefitsACS 7
www.sqm.org.mx 8
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http://bit.ly/ACS-SQMwebinars
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Semblanza
Dr. Gabriel Navarrete-Vázquez
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Química Farmacéutica
Buckle, et al. (2013) Glossary of terms used in medicinal chemistry part II (IUPAC Recommendations). Ann. Rep. Med Chem.,
48, 387-418
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Química Farmacéutica
ACIERTOS
ACIERTOS
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Análogos
• analogia: describe similitud estructural y funcional
• Análogo: compuesto que comparte similitud química y/o
terapéutica con relación a un fármaco existente.
1) Análogos que presentan similitudes químicas y farmacológicas
(Full or true analogs/me too drugs)
2) Análogos que solo presentan similitud química (Análogos
estructurales/activity cliffs/ abismos o acantilados de
actividad)
3) Análogos que muestran propiedades farmacológicas similares,
pero estructuras químicas distintas (Análogos
funcionales/scaffold hopping/armazón biosiononímico)
Wermuth, C. G. et al. (2015) The practice of Medicinal Chemistry. 4th Edition, Academic Press/ Elsevier page 76
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ERROR
Manipulación del farmacóforo
• No debe de tocarse la parte responsable de la
actividad farmacológica, las modificaciones
deben hacerse en la parte auxofórica/
haptofórica.
• Identificar la parte metabofórica de la
molécula.
• Identificar los posibles toxicóforos.
Korolkovas A. (1988). Essentials of Medicinal Chemistry, 2nd Ed. Wiley Interscience.
Korolkovas A. (1970). Essentials of Molecular Pharmacology. Background of Drug Design. Wiley Interscience
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Fragmentos estructurales
de una molécula bioactiva
Farmacóforo:
Ensamble de factores estereoelectrónicos necesario para
asegurar una optima interacción supramolecular entre la
molécula y un sitio blanco especifico, generando una
respuesta biológica. Parte de la molécula que es
responsable de la acción farmacológica.
Auxóforo:
Parte de la molécula que refuerza las interacciones del
farmacóforo.
Nogrady, T.; Weaver, D. Medicinal Chemistry: A Molecular and Biochemical Approach, 3rd Edition. Oxford University Press, USA (2005)
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Fragmentos estructurales
de una molécula bioactiva
Nogrady, T.; Weaver, D. Medicinal Chemistry: A Molecular and Biochemical Approach, 3rd Edition. Oxford University Press, USA (2005)
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• Aziridina
• Ciclopropano
• Epóxido
• Tiirano
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Alquenos y alquinos
terminales
Aldehídos
Epoxido
Halogenuros de ácidos
Mostaza
Nitrogenada Halogenuros
de alquilo
isocianato Nitroso
sulfonatos
-Benigni & Bossa (2006) Structural Alerts of Mutagens and Carcinogens. Curr. Comp. Aided Drug Des, 2, 169-176.
-Ashby & Tennant (1988) Chemical structure, Salmonella mutagenicity and extent of carcinogenicity as indicators23
of genotoxic carcinogenesis among 222 chemicals tested in rodents by the U.S. NCI/NTP. Mutat. Res. 204, 17.
ERROR:
Uso de PAINS en la molécula diseñada
Compuestos que aparentan ser activos (Falsos positivos): Pan
Assay Interference Compounds (PAINS)
Baell J, Walters MA (2014) Chemistry: Chemical con artists foil drug discovery. Nature 513: 481-483
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ACIERTO
TODOS: In combo!
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• Medicamento
• Droga
• Compuesto Bioactivo
• Principio activo
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ERROR :
CONFUSIÓN EN DEFINICIONES
ERROR :
CONFUSIÓN EN DEFINICIONES
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Compuesto
Química bioactivo*
Farmacéutica
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Metodología de la modificación
molecular
• Procesos generales:
a) Disgregación (simplificación molecular)
• Procesos especiales:
a) Alteraciones que aumenten o disminuyan las dimensiones y la
flexibilidad de la molécula (Vinilogía/benzología, homología).
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Procesos generales:
a) Disgregación (simplificación molecular)
Disección de la molécula
Fisostigmina (eserina)
original, para eliminar todo
grupo funcional que no
contribuya a la actividad
Neostigmina
Korolkovas A. (1988). Essentials of Medicinal Chemistry, 2nd Ed. Wiley Interscience.
Korolkovas A. (1970). Essentials of Molecular Pharmacology. Background of Drug Design. Wiley Interscience 31
Benorilato
Prizidol
Estramustina
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IC50(mM)
T. vaginalis 0.164
E. histolytica 0.109
G. lamblia 0.435
L. mexicana 0.712
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X
X
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Benzologo
Benzologo
• orto
• meta
• para
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Secreto
CYP450 FASE II
CYP450 FASE II
Reemplazamiento
bioisostérico
UNI -H, -F, -Cl, -OH, -NH2, -CF3, -CN -CH3, -NO2, etc
-COOH y Tetrazol
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CYP450
Bioisosteros no clásicos de OH
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• Yodo
• Bromo
• Cloro
• Fluor
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Error
Usos de Halógenos
Yodo Bromo
1% 4%
Secreto:
Fluor Cloro
X
-Br -i-C3H7
Zaldini-Hernandez, et al. (2010) Halogen atoms in the modern Medicinal Chemistry: Hints for the Drug Design. Curr. Drug Targ.,
11, 303-314
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Bloqueo o retardo
de metabolismo Fase I
Secreto y Acierto:
XCYP450
CYP450
CYP450
X
CYP450
X= F, Cl, CF3, CN X
Li Di & Edward Kerns (2008) Drug-Like Properties: Concepts, Structure Design and Methods from ADME to Toxicity
Optimization. Ed. Academic Press 45
CH3
4 CH3
NH2 4
HO 3 NH2
Cl O
3
Cl
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Props FQ vs Toxicidad
Bioisosterismo
1 2: X= Cl
3: X= F
4: X= CF3
5: X= CN
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Propiedades FQ de ácidos
carboxílicos bioactivos
SECRETO
A pH 7.4
(fisiológico)
pKa: 4-6
-
O O
CH3
H3C
O
Silverman, R. B.; Holladay, W. The Organic Chemistry of Drug Design and Drug Action. 2014, 3rd Edition. Academic Press
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Ventajas y Desventajas
VENTAJAS
• Ácidez
• Interacciones Fármaco-sitio activo:
Formación de interacciones electrostáticas
Formación de enlaces de hidrógeno
DESVENTAJAS
• Inestabilidad y toxicidad metabólica
• Difusión pasiva limitada a través de membranas biológicas.
• Absorción y biodisponibilidad erráticas (ADME)
• Imposibilidad de cruzar BHE
Wermuth , C. G. The practice of medicinal chemistry, 4th Ed, Academic Press, 2015 51
O O
H3C
OH
CH3
HO N
HO
Log P= 2.26
SNC - 52
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Bioisósteros
O
O N
N
S
NH
N N
HO R
H
O
pKa~4.5 pKa~5.0-6.5 pKa~4.5
tPSA=37.3 tPSA=46.16 tPSA=49.11/54
logπ=-0.51 logπ=-0.55 logπ=-0.60
Vol= 39.6 Vol= 87 Vol= 56.5
Wermuth, C. G. The practice of medicinal chemistry, 4th Ed, Academic Press, 2015
Ballatore C, Huryn DM, Smith AB 3rd. Carboxylic acid (bio)isosteres in drug design. ChemMedChem. 2013, 8(3):385-95. 53
H3C H3C
H3C H3C
O O
O CH3
Esterasa OH
O O
NH NH
H3C H3C
H2N H2N
O O
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70
60 Solucion Salina (5 mL/Kg)
50 HGT-2
40
% Variacion de Glucemia
Glibenclamida
30
In vivo 20
10 180-220 mg/dL
0
-10
-20
-30
-40
-50
-60
-70
108-132 mg/dL
-80
-1 0 1 2 3 4 5 6 7 8
Horas
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ERROR:
NO CONSIDERAR AL MOMENTO DEL DISEÑO
LOS CRITERIOS DE LIPINSKI (Regla de los 5´s)
Habrá problemas de permeabilidad o absorción por difusión pasiva
cuando un prototipo presente:
• Más de 5 donadores de puentes de hidrógeno
(expresado como la suma de OH y NH).
• Un peso molecular mayor de 500.
• Un C log P mayor de 5.
• Más de 10 (5 x 2) aceptores de puentes hidrógeno (expresado
como la suma de N y O)
* ERROR: APLICAR R-5 A PRODUCTOS NATURALES O COMPUESTOS QUE SE
ABSORBAN VIA TRANSPORTE ACTIVO
Lipinski CA, Lombardo F, Dominy BW, Feeney PJ (2001). "Experimental and computational approaches to estimate solubility and
permeability in drug discovery and development settings". Adv. Drug Deliv. Rev. 46 (1-3): 3–26 57
SECRETO:
otros criterios...
Peso Molecular entre 160 y 480, promedio 357
C log P entre –0.4 y 5.6, promedio 2.52
Refractividad molar entre 40 y 130, promedio 97
Numero total de átomos entre 20 y 70, promedio 48
PSA entre 100-150 Å2 para absorción oral; 60-90 Å 2 BHE
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SECRETO:
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ACIERTO
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CH3
CH3
NH
N
O
CH3 CH3
O=C(Nc1c(C)cccc1C)CN(CC)CCC
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http://lmmd.ecust.edu.cn:8000/predict/
Feixiong Cheng, Weihua Li, Yadi Zhou, Jie Shen, Zengrui Wu, Guixia Liu, Philip W. Lee, Yun Tang. admetSAR: a comprehensive source and free tool
for evaluating chemical ADMET properties. J. Chem. Inf. Model., 2012, 52(11): 3099-3105
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MetaPrint2D-React
COC1=CC=C2C(N(C)C(COC3=CC=C(CC4SC(NC4=O)=O)C=C3)=N2)=C1
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Gutiérrez Hernández Abraham Alberto; “Diseño, síntesis y evaluación in vitro e in silico de análogos de Rivoglitazona como
agonistas duales PPAR-a/g”; Tesis de licenciatura de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos, 2015 75
SERIE A SERIE B
O O
NH OH
S
Ar O
O Ar O ACB-7-10
ACB-1-6
ACB-7: Ar=3-Bifenil
ACB-1: Ar=3-Bifenil ACB-8:Ar=1-Naftil
ACB-2: Ar=1-Naftil ACB-:9 Ar=4-Bifenil-2-carbonitrilo
ACB-3: Ar=2-Quinolinil ACB-10: Ar=2-Quinolinil
ACB-4-6: Ar=2-Piridin
Criterios
Químico-
Farmacéuticos
O
O O O
O OH
O
N S S OH
NH NH O
O
O
O
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Comentarios Finales
• Las modificaciones moleculares racionales usando
criterios químico-farmacéuticos pueden optimizar la
potencia de compuestos (Bioisosterismo y predicciones
computacionales a priori y a posteriori).
• La “química compleja y elegante” no garantiza la
obtención de compuesto bioactivos; lo mas importante
es el diseño molecular.
• Los secretos son fruto de la poca difusión del
conocimiento químico-farmacéutico.
• Los errores pueden ser minimizados si existe
actualización de conceptos en el área.
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Contacto:
Dr Gabriel Navarrete-Vázquez
Laboratorio de Química Farmacéutica (L-5)
Facultad de Farmacia,
Universidad Autónoma del Estado de Morelos
email: gabriel_navarrete@uaem.mx
Tel (+52)777 3297089 ext. 7127
Sitios web:
http://scholar.google.com.mx/citations?user=eT6Urf0AAAAJ&hl=es
https://www.researchgate.net/profile/Gabriel_Navarrete-Vazquez/contributions
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Recursos Online:
• PASS (Predicción del Espectro de actividad biológica de
sustancias)
http://www.way2drug.com/Passonline/
• Swiss Target Prediction (Búsqueda de blancos terapéuticos)
http://www.swisstargetprediction.ch/
• Molinspiration (Regla de Lipinski, Oprea, código SMILES)
http://www.molinspiration.com/cgi-bin/properties
• admetSAR (Predicción de propiedades farmacocinéticas y
toxicológicas)
http://lmmd.ecust.edu.cn:8000/
• METAPRINT 2D (Predicción de metabolismo de fase I y II)
http://www-metaprint2d.ch.cam.ac.uk/ 81
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C&EN pone a su disposición traducciones al español de sus artículos más populares.
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La Diversidad de la Audiencia
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www.sqm.org.mx 87
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www.acs.org/ic
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