+

GENÉTICA MICROBIANA
Presentación con fines didácticos únicamente
+ Genética

n Esel estudio de la
variabilidad y la
herencia de las
características de un
organismo, ya sea,
e u c a r i o n t e o
procarionte.
+ Tamaño de los genomas bacterianos
q  # pb/molécula

q  1000 pb= 1Kb DNA

q  DNA de doble cadena

= Kpb= KILO PARES DE
BASES

q  1 vuelta de DNA = 10
pb

q  La simplicidad de los taxa

inferiores es reflejada por el
tamaño de su genoma
PERO
q  En eucariontes el tamño de
su genomano se relaciona
con la complejidad del
organismos
+ Tamaño de los genomas bacterianos
+ Características en procarionte
n  Xmosoma circular

n  105-106 pb

n  Haploide

n  90% codifica para

proteínas y el 10%
restante es para
regulación

n  Operones poligénicos o
policistrónicos (un
promotor/varios genes)
y monocistrónicos (un
promotor/ un gen)

Genoma de E. coli 4.64 millones

de pares de bases (4640 kb).
+ Organización del genoma
procarionte
+ Organización del genoma procariote

El ADN de E. coli tiene una longitud de 1 mm, unas 400 veces su tamaño.
Se encuentra organizado en dominios (100) supererrollados, estabilizados
cada uno por proteínas específicas.
+ ADN superenrollado
+ ADN superenrollado

• Superenrollamiento positivo: la doble hélice está sobrenrollada.

• Superenrollamiento negativo: la doble hélice esta infraenrollada. Torsión

de la doble hélice sobre su eje en sentido opuesto a la doble hélice. Esta
es la forma más común en la naturaleza.

• Topoisomerasas clase I.

• Topoisomerasas clase II.

+ Superenrollamiento negativo

• ADN-girasa (topoisomerasas clase II), presente en bacterias y muchas

arqueas.
• En bacterias la ADN girasa es inhibida por quinolona (ácido nalidíxico),
fluoroquinolonas (ciprofloxacino) y novobiocina que también parece
inhibir a la ADN girasa en algunas especies de arqueas.

• La Topoisomerasa I elimina el superenrollamiento y regresa la cadena al

estado relajado.
+ Características del genoma
eucariote

• Cromosoma lineal

• 107-109 pb

• Haploide y diploide

•  La codificación a proteínas varia

entre el 3% en humanos y 70% en
levaduras .

•  Presencia de intrones (regiones

no codificantes) y exones
(regiones codificantes).
+Organización del genoma eucariote
+ Clases de elementos genéticos

Organismo Elemento Tipo de ácido Descripción

nucleíco
Procariotas Cromosoma ADN de doble Muy largo, normalmente
cadena circular

Eucariotas Cromosoma ADN de doble Muy largo, lineal

cadena

Todos Plásmido* ADN de doble Molécula extracromosómica

cadena circular o lineal relativamente
corta
Todos Elemento ADN de doble Siempre se encuentra inserto
transponible cadena en otra molécula de ADN

Mitocondrias y Genoma ADN de doble De longitud media,

cloroplastos cadena normalmente circular

Virus Genoma ADN o ARN de Circular (relativamente) o

cadena doble o lineal
sencilla
+
Dogma central
+
Dogma central: TAREA 29 AGO
+ Replicación de ADN
•  Replicación
semiconservativa

Hebra original

Hebra nueva
Enzimas:

•  ADN polimerasa(E. coli). Sitetizan en dirección 5’ à 3’.

I. Replicación en menor grado. Exonucleasa 5’ à 3’.
Elimina al primer.
II. Participa en la reparación del ADN.
III. La enzima principal de la replicación.
IV. Participa en la reparación del ADN.
V. Participa en la reparación del ADN.
+ Replicación de ADN
• Origen de la replicación (solo uno en procariotas).
• Helicasa de ADN.
• ADN-girasa (topoisomerasa II).
• Proteínas de unión a ADN.
• Holoenzima. Dos DNA-pol III en el replisoma.
• ADN pol I.
• ADN-Ligasa.
+
Replicación en procariotes
•  Replicación bidireccional.

Estructura Theta θ
+Replicación en
procariotes
•  Circulo rodante.

~ Plasmidos en Gram
positivas.
~ Algunos virus.
~ Conjugación.

Cadena
continua

Cadena
discontinua
+ Replisoma Esta compuesto por:

Dos copias de ADN-

pol III,
•  Una helicasa y una
primasa (primosoma),
•  Proteínas de unión a
ADNss.

Proteína que
mantiene juntas a las
ADN-pol III y a la
helicasa.

La ADN-girasa elimina
el superenrrollamiento.
Nature Reviews Molecular Cell Biology 3, 859-870 (November 2002)
+ Transcripción
+ Promotores y Factor Sigma
• Promotores: sitios en el
ADN que reconoce la
ARN polimerasa para
iniciar las transcripción.
• Factor sigma: cadena
sencilla (SS) un factor de
inicio de la transcripción
en procariontes que
permite la unión
específica de la ARN
polimerasa al promotor
de un gen.
• Hay diferentes factores
sigma que son activados
en respuesta a diversas
condiciones ambientales.
+
Transcripción en eucariotes
+
Síntesis de
proteínas
Elementos genéticos no cromosómicos
• Plásmidos: DNA de doble
cadena circular, capaces de la
replicación autónoma. Existen
plásmidos lineales en Borrelia
burgdorferi y Actinomicetos.

• Elementos transponibles:
Fragmentos de ADN que
cambian de lugar en el genoma
de un organismo. Presentes en
eucariontes y procariontes.

En procariontes hay 3 tipos:

~ Secuencias de inserción
~ Transposones
~ Virus especiales
+ Plásmidos
• Tamaño: de 1Kpb a 1Mpb.

• Están presentes en
determinado número de copias
por célula (1-3 ó más de 100)

• En Gram negativas se replican

de modo similar al cromosoma.
Replicación bidireccional
alrededor del círculo, aunque
algunas lo hacen
unidireccional.

• En Gram positivas se replican

por el mecanismo de círculo
rodante, también algunas Gram
negativas y arqueas.
+ Plásmidos
• Episomas: pueden integrase al
cromosoma y se replican bajo el
control de este.

• Plásmidos conjugativos: los que

dirigen su propia transferencia
mediante el contacto entre
células. La región tra contiene
genes que codifican para
transferencia y replicación.

• Plásmidos no conjugativos: que

no pueden transferirse por sí
mismos a otra célula. Plásmido F (de fertilidad) de
E. coli
• Plásmidos crípticos: que solo se Verde obscuro: genes de replicación.
sabe que se replican, no se sabe Verde claro: genes de transferencia conjugativa.
qué otra función tienen. Amarillo: elementos transponibles.
+
Fenotipos conferidos por plásmidos
Fenotipo Organismos procariotas
Producción de antibióticos Streptomyces
Conjugación Amplio rango de bacterias
Funciones metabólicas
Degradación de octano, alcanfor y naftaleno Pseudomonas
Degradación de herbicidas Alcaligenes
Formación de acetona y butanol Clostridium
Utilización de lactosa, sacarosa, citrato o urea Enterobacterias
Producción de pigmentos Erwinia, Staphylococcus
Producción de vesículas de gas Halobacterias*
Resistencia
Resistencia a antibióticos Amplio rango de bacterias
Resistencia a metales pesados Amplio rango de bacterias
Virulencia
Formación de tumores en plantas Agrobacterium
Nodulación y fijación simbiótica de nitrógeno Rhizobium
Producción de bacteriocina y resistencia Amplio rango de bacterias
Invasión de células animales Salmonella, Shigella, Yersinia
Coagulasa, hemolisina, enterotoxina Staphylococcus
Toxinas y cápsula Bacillus anthracis
Enterotoxina, antígeno K Escherichia
*Arqueobacteria.
Brock. Biología de los Microorganismos, 12ª edición, 2009
+Plásmido conjugativo con multirresistencia
Molecular structure of a
circular, conjugative
multiresistance plasmid from
an Enterococcus faecalis
isolated from a raw
fermented sausage.

The molecule is made up of a

part originating from
Streptococcus (blue symbols)
and Enterococcus (black
symbols). Antibiotic resistance
genes are in white; the
segment responsible for
conjugative resistance
transfer is indicated. Insertion
elements are shown as boxes:
they are potent tools to
excise and to insert genes into
DNA.

A total of 58 potential genes

are present. (© M. Teuber)
http://www.accessscience.com/popup.aspx?figID=YB030595FG0020&id=YB030595&name=figure
+ Elementos transponibles en bacterias
• Secuencias de inserción
(IS). Segmentos cortos de
ADN, aproximadamente
1000 nucleótidos, solo
contienen la información
genética que la necesaria
para moverse de un lugar
a otro.

• Transposones (Tn). Son

más grandes y tienen
genes adicionales. Se
replican como parte del
ADN.

• Bacteriófago Mu. Que es

a la vez un virus y un
transposón.
+ Elementos de Inserción
• Secuencia de Inserción o Elemento de Inserción (IS): los
transposones simples contienen una secuencia central
con información para la transposasa y en los extremos una
secuencia repetida en orden inverso de entre 10 y 50 pb.
• Esta secuencia repetida en orden inverso no es
necesariamente idéntica, aunque muy parecida.
• Cuando un transposón simple se integra en un
determinado punto del ADN aparece una repetición
directa de la secuencia diana (5-12 pb).

Video: http://classes.midlandstech.edu/carterp/Courses/bio225/chap08/lecture6.htm
+ Transposones compuestos
Contienen un
elemento de inserción
(IS) en cada extremo
en orden directo o
inverso y una región
central que además
suele contener
información de otro
tipo. Por ejemplo, los
factores de
transferencia de
resistencia (RTF),
poseen información
en la zona central
para resistencia a
antibióticos.
http://www.mun.ca/biochem/courses/3107/Topics/Mobile_elements.html
+ Transposones conservativos
Elementos Tn5
+Transposones replicativos
Elementos Tn3

• La transposición es hecha por un

proceso que involucra la
replicación del elementos
transponible.

• La transposasa codificada en el

elemento participa en la
interacción del elemento y el
potencial sitio de inserción.

• Durante la interacción el
elemento es replicado y una
copia es insertada en un nuevo
sitio y la otra permanece en el
sitio original con la participación
de la enzima resolvasa.
+ Bacteriofago Mu

• Su genoma es lineal, con un tamaño variable de 38-39 Kb.

• Los productos de los genes a y b codifican para la proteína

A (transposasa) y para la proteína B (resolvasa).

• La expresión de los genes es reprimida por el producto del

gen c. La transposición requiere de dos secuencias
terminales de Mu, attL y attR (algunas veces llamado MuL y
MuR).
+ Bacteriofago Mu
• El DNA viral incluye, además del genoma del virus, DNA bacteriano en los
extremos. El fragmento del genoma bacteriano es variable, en el extremo
izquierdo puede tener una longitud de 50-150 bases y en el derecho de
1000 a 2000 bases.
• Se produce la escisión del fago del cromosoma bacteriano. Primero se
produce un corte a la izquierda que incluye parte del DNA bacteriano
adyacente, comienza a encapsidarse y una vez llenada la cabeza del
virus se produce el segundo corte a la derecha y también tiene DNA
bacteriano (1000-2000 bases).

• En el fragmento extra

derecho del cromosoma
bacteriano puede
incluirse un gen completo
de la bacteria con lo que
al infectar a otra célula
puede introducir un gen
de una bacteria a otra.
+ Elementos genéticos móviles

Los factores de
virulencia
pueden estar
codificados en
elementos
genéticos
móviles.

Nature Reviews Microbiology 2, 123-140 (February 2004)

+ MECANISMOS DE: Transferencia
horizontal de genes en bacterias

Nature Reviews Microbiology 4: 36–45, 2006

+ Conjugación
Transferencia de material genético por contacto célula-
célula.

Plásmido conjugativo F o factor de fertilidad.

• 100kb.
• Replicación autónoma.
• Formación del pili sexual.
• Funciones de conjugación.
• Contiene secuencias de inserción.
• Episoma.
• Una a tres copias.
+ Región tra (E. coli)

Aproximadamente 25 genes.

14 corresponden a la formación del pili sexual

• TraA corresponde a la pilina.

• En la punta TraN y TraG interactúan con OmpA.
• TraD forma el poro.
• TraY (proteína de unión a ADN) se une a oriT y permite la unión
de TraI.
• TraI endonucleasa/helicasa desenrolla y guía la transferencia.
+ Transferencia por conjugación

F-
F+

F-
F+

F+

F+ F+
Modelo del círculo
rodante.
+
Células Hfr
(High frequency of recombination)

• Integración del
plásmido F para
formar la cepa
Hfr

• Ruptura del
cromosoma Hfr en
el origen de la
transferencia.
+ Conjugación en otras células

• Plásmidos
autotransmisibles.

• No hay presencia de pili

sexual.

• Se ha demostrado en
Streptococcus,
Enterococcus, Bacillus,
Clostridium y
Streptomyces.
+ Conjugación en otras células
• Agrobacterium tumefaciens
transfiere parte del plásmido Ti a
(T-DNA) a la planta donde se
producen auxinas y citocinas
(producen un tumor), y opinas
(derivados de aminoácidos), que
sirven como fuente de energía a
A. tumefaciens.
+
Agrobacterium tumefaciens
+
Sistema de Secreción tipo IV

Nature Reviews Microbiology 1, 137-149 (November 2003)

+
+
+ Sistema de Secreción tipo IV
+
+
+
+
 + Transformación

Involucra la adquisición
de AND libre del medio
extracelular, y la
competencia genética es
la habilidad de llevar a
cabo la transformación.

Experimento de Griffith
con Streptococcus
pneumoniae.

http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/
Natural
+
• Streptococcus pneumoniae. Competencia
Durante el crecimiento se produce
la proteína CSP (competence-
estimulating peptide), se forma el
translocasoma que incluye la
endonucleasa EndA que degrada
una cadena y facilita la entrada de
una hebra.
• Bacillus subtillis. Las células
producen un péptido, bajo ciertas
condiciones de estrés (alta densidad
celular) la acumulación induce la
competencia en las células.
• Bacterias Gram negativas
Haemophilus influenzae y Neisseria Inducida
sp. El transporte ocurre cuando • Electroporación
secuencias específicas DUS (DNA • CaCl2 y bajas
uptake sequences ) son detectadas temperaturas.
por receptores.
+ SSTII y competencia

Nature Reviews Microbiology 2, 241-249 (March 2004)

+Transformación
natural
Figure 2 | The natural transformation of
recipient bacteria and selection of
transformants. The steps involved in this
process include the release of extracellular
DNA into the environment and the uptake
of DNA into the cytoplasm of the recipient
bacterial cell that has developed a
regulated physiological state of
competence. Following uptake, for the
transferred DNA to persist it must integrate
into the bacterial genome through
homologous recombination or by
sequence-independent, illegitimate
recombination. Plasmids that succeed in
reconstituting a replication-proficient form
do not need to integrate into the host
genome. Modified with permission from REF.
159 © (1998) Blackwell Publishing, and REF.
160 © (1998) Elsevier

Nature Reviews Microbiology 3, 711-721 (September 2005)

+ Transducción
Experimento de Hershey-Chase.

Transferencia de marcadores
genéticos bacterianos de una
célula a otra por medio de
bacteriófagos.

Transducción generalizada
(cualquier fragmento) y
especializada (secuencias
específicas).

http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/
+ Ciclo lítico y lisogénico de un bacteriófago
Figure 3 | Genes and components of tailed phages. The main components of the lambdoid
phage family and the conserved order of the genes for these components is shown. Heads
(or capsids), tails and fibres are composed of several proteins, some of which interact tightly
with a defined chronology during morphogenesis. This is probably why the order of some
genes is conserved although their sequences display no detectable similarity. Global analysis
of phage genome sequences should allow the identification of the building blocks and the
rules that govern their combination into functional phages. Component genes and their
protein products include: Nu1, terminase small subunit; A, terminase large subunit; W, head
stabilization; B, portal protein; C, capsid component; Nu3, scaffold protein; D, head-DNA
stabilization; E, major head protein; FI, DNA maturation; FII, head stabilization; Z–H, tail
components; M, L, K and I, tail assembly proteins; J, tail tip, host specificity; lom, outer
membrane protein; stf and tfa, tail fibre proteins. Modified with permission from REF. 88 © 1992
Academic Press.
Nature Reviews Microbiology 3, 722-732 (September 2005)
+
Transducción generalizada

Bacteriófago p22
+ Transducción especializada

Bacteriofago λ
 Recombinación
La recombinación es
el proceso por el que
la información
genética se ve
redistribuida, tras la
transferencia de
material genético
externo al interno.

La recombinación
permite intercambiar
grandes conjuntos de
genes, suministrando
una fuente de
variación y selección
para la evolución,
más rápida que la
mutación.
+ Recombinación homóloga
Implica la ruptura física y posterior unión de hebras de
ADN de forma tal que se intercambia el contenido de
ADN resultando en dos hebras distintas.

• Ocurre en zonas con alta homología en sitios

distintos del genoma.
• Permite reparar cromosomas dañados durante la
replicación (mantenimiento de información).
• Depende de la intervención de un equipo
enzimático característico, en el que la proteína RecA
(o equivalente) es central en el proceso.
+ Mecanismo de recombinación homóloga
• Ruptura de la hebra
(endonucleasa).
• Proteínas de unión a ADNss.
•  Invasión del extremo 3’OH en
zonas de homología (helicasa).
• RecBCD en E. coli
(endonucleasa y helicasa).
• Unión de RecA (invasión).
•  Movimientos de la horquilla
de recombinación.
•  Intermediario de Holliday.
•  Resolución de la cruz de
Holliday por resolvasas (cortan
y pegan).
• Productos: parches o
empalmes.
+ Mecanismo de recombinación homóloga

• RecA se une a una simple hebra y una doble hebra.

• La formación de una triple hélice permite identificar la región de

homología
+ Recombinación específica (no-homóloga)
• Recombinación específica legítima
(conservativa)
~ Requiere cortas secuencias de
homología (sitio-específica), que son
reconocidas por proteínas específicas.
~ Es independiente de RecA.
~ Típica la integración de fagos en
sitios concretos del genoma de
bacterias hospederas.

• Recombinación específica ilegítima: fenómenos de transposición

~ No depende de homologías.
~ Es independiente de RecA.
~ El elemento transponible codifica para la transposasa.
~ Muchos elementos transponibles (pero no todos) poseen un
mecanismo replicativo.
+ Aplicaciones de la genética microbiana
+ Modificación de
plantas
+ Producción de insulina
 + X-gal β-Galactosidase is an enzyme that
hydrolyzes lactose to glucose and also
acts broadly on allyl and alkyl β-D-
galactosides. 5-bromo-4-chloro-3-
indolyl-β-D-galactopyranoside (X-Gal),
which is a substrate of β-
galactosidase, is hydrolyzed to
galactose and 5-bromo-4-chloro-3-
hydroxyindole by the action of the
enzyme. 5-bromo-4-chloro-3-
hydroxyindole generated by the
reaction is oxidized and converts to
5,5’-bromo-4,4’-dichloroindigo, which
forms a blue insoluble precipitate. The
chromogenic signal of the precipitate
offers the detection of the enzymatic
activity with high sensitivity. Thus, X-Gal
is widely used for assays, for example,
color selection (Blue-white selection) of
genetically-modified organisms with an
introduced lacZ gene, in molecular
biology, biochemistry, and
http://www.tcichemicals.com/eshop/en/us/
category_index/00317/
histochemistry.