Área jurisdiccional

 Corte Suprema de Justicia

 Cámara Civil
 Cámara Penal
 Cámara de Amparo y Antejuicio
 Corte de Apelaciones
 Salas Penales
 Salas Civiles
 Salas Regionales Mixtas o Mixtos Departamentales
 Sala de Familia
 Salas de Trabajo y Previsión Social
 Sala de la Niñez y de la Adolescencia
 Tribunal de Segunda Instancia de Cuentas y Conflictos de Jurisdicción
 Salas de lo Contecioso-Administrativo
 Juzgados de Primera Instancia
 Salas de Ejecución Penal
 Tribunales de Sentencia Penal, Narcoactividad y Delitos Contra el Ambiente
 Juzgados de Primera Instancia Penal, Narcoactividad y Delitos Contra el Ambiente y
Juzgado Delito Fiscal
 Juzgados de Primera Instancia Civil
 Tribunales de Sentencia y Juzgados de Instancia Mixtos Departamentales
 Juzgados de Familia
 Juzgados de Trabajo y Previsión Social
 Juzgados de la Niñez y la Adolescencia y de Adolescentes en Conflicto conla Ley Penal y
Juzgados de Control de Ejecución de Medidas
 Juzgados de Primera Instancia de Cuentas
 Juzgados de Primera Instancia de lo Económico Coactivo
 Juzgados de Paz o Menores
 Juzgados de Paz Penal y Juzgados de Paz de Falta de Turno
 Juzgados de Paz Civil y Juzgados de Paz de Móviles
 Juzgados de Paz Mixtos y Juzgados de Paz Comunitarios (Penales)

Área administrativa
 Corte Suprema de Justicia
 Secretaría de la Corte Suprema de Justicia
 Consejo de la Carrera Judicial
 Secretaría Ejecutiva del Consejo de la Carrera Judicial
 Presidencia del Organismo Judicial y de la Corte Suprema de Justicia
 Asesoría Jurídica
 Secretaría de la Presidencia
 Departamento de Comunicación Social
 Auditoría Interna
 Supervisión General de Tribunales
 Archivo General de Protocolos
 Escuela de Capacitación Institucional/Escuela de Estudios Judiciales
 Unidad de Información
 Unidad de la Mujer y Análisis de Género
 Dirección de Servicios de Gestión Tribunalicia
 Centro de Servicios Auxiliares de la Admón. de Justicia
 Centro de Administrativo de Gestión Penal
 Archivo General de Tribunales
 Almacén Judicial
 Unidad de Antecedentes Penales
 Unidad de Resolución Alternativa de Conflictos
 Centro Nacional de Análisis y Documentación Judicial
 Sección de Relaciones Internacionales e Institucionales
 Gerencia General
 Equipo Gerencial
 Centro de Informática y Telecomunicaciones
 Secretaría de Planificación y Desarrollo Institucional
 Gerencia de Recursos Humanos
 Gerencia Financiera
 Gerencia Administrativa
 Coordinaciones Regionales