Kemajuan dan penemuan baru di bidang bioteknologi memang luar biasa.

Ditemukan DNA
polymerase yang tahan panas dengan kemampuan membaca yang akurat, juga alat sekuens DNA
pipa kapiler yang memungkinkan membaca sekuens DNA dengan banyak sampel, menyebabkan
penelitian pembacaan genom menghasilkan prestasi yang luar biasa. Selesainya proyek
pembacaan genom manusia mungkin tak terbayangkan akan secepat ini pada satu dekade lalu.
Akan tetapi, ambisi negara-negara maju tak hanya berhenti pada pembacaan genom manusia.
Amerika, Eropa, disusul Jepang, sekarang tengah giat melakukan pembacaan genom mikroba.
Tentu banyak alasan yang membuat negara-negara maju ini bersaing dalam pembacaan genom
mikroba.

Mikroba (meliputi virus, archaea, bakteri, jamur, dan protozoa), dapat dikatakan sebagai
makhluk tertua dengan diversitas terbanyak di planet bumi. Mereka menempati 60 persen lebih
biomassa dan telah hidup berevolusi paling tidak 3,8 miliar tahun. Mikroba memang dapat
bertahan pada kondisi nyaman, ekstrem panas, dingin, berkonsentrasi garam tinggi, asam, basa,
tekanan tinggi, bahkan di daerah-daerah yang mendekati kemustahilan untuk hidup makhluk
hidup lain seperti lingkungan dengan radioaktivitas tinggi.

Tahan radioaktif
Deinococcus radioduran adalah mikroba yang dapat bertahan di lingkungan radio aktif berdosis
tinggi yang membunuh hampir semua makhluk hidup lain. Bakteri ini dapat bertahan hidup pada
tingkat radiasi 1,7 juta rad yang membuat bakteri E coli, kecoak (dan manusia) tak mungkin
bertahan hidup (Nature, 2000). Informasi genom bakteri ini sangat potensial untuk proses
bioremediasi seperti pembersihan lingkungan dari limbah radioaktif, logam berat, atau senyawa
kimia organik. Saat ini para peneliti di Amerika Serikat sedang mengeksplorasi kapabilitas
bakteri D radioduran dengan menambah gen dari organisme lain. Tambahan gen ini
mengkodekan protein yang bisa mengubah logam berat menjadi biomassa yang lebih netral dan
menguraikan zat organik berbahaya seperti toluene.

Diharapkan pula dengan mempelajari genom mikroba, manusia dapat lebih memahami proses
terjadinya sel kanker yang diakibatkan oleh kerusakan DNA, sekaligus menemukan obat atau
cara pengobatan kanker baru. Soalnya mikroba ini sanggup memperbaiki DNA-nya sendiri yang
rusak karena pengaruh radiasi.

Penghasil gas metan

Archaea Methanococcus jannaschii adalah mikroba yang dapat menghasilkan gas metan.
Mikroba ini ditemukan di lingkungan berasap hydrothermal, tanpa cahaya, tanpa oksigen, tanpa
sumber zat karbon. Sifat yang sangat tidak biasa yang dimiliki oleh mikroba ini membawa pada
kesimpulan bahwa domain makhluk hidup tidak hanya prokaryotes dan eukrayotes, tetapi ada
domain baru yang terdiri dari mikroba yang berpenampilan prokaryotes, tetapi tak memiliki sifat
prokaryotes sama sekali. Para ilmuwan mengelompokkan mikroba seperti ini dalam domain baru
yaitu Archaea.

Klasifikasi makhluk hidup menjadi tiga domain adalah suatu revolusi penting dalam ilmu
biologi. Selesainya pembacaan genom mikroba itu diharapkan mampu menjawab metode baru
untuk menghasilkan bahan bakar. Dengan itu sekaligus diharapkan menjawab teka-teki
kehidupan di awal terjadinya planet bumi, karena mikroba ini hidup di lingkungan yang persis
dengan awal terbentuknya planet bumi.

Tinjauan Sekilas tentang Sel

Oleh karena sebagian besar makromolekul hayati terdapat di dalam sel, maka kita perlu melihat
kembali sekilas mengenai sel, terutama dalam kaitannya sebagai dasar klasifikasi organisme.
Berdasarkan atas struktur selnya, secara garis besar organisme dapat dibagi menjadi dua
kelompok, yaitu prokariot dan eukariot. Di antara kedua kelompok ini terdapat kelompok
peralihan yang dinamakan Archaebacteria atau Archaea.

Sebagian besar prokariot bersifat uniseluler meskipun ada juga beberapa yang mempunyai
bentuk multiseluler dengan sel-sel yang melakukan fungsi-fungsi khusus. Prokariot dapat dibagi
menjadi dua subdivisi, yaitu Eubacteria dan Archaebacteria atau Archaea. Namun, di atas telah
disinggung bahwa Archaea merupakan kelompok peralihan antara prokariot dan eukariot. Dilihat
dari struktur selnya, Archaea termasuk dalam kelompok prokariot, tetapi evolusi molekul rRNA-
nya memperlihatkan bahwa Archaea lebih mendekati eukariot.

Perbedaan antara Eubacteria dan Archaea terutama terletak pada sifat biokimianya. Misalnya,
Eubacteria mempunyai ikatan ester pada lapisan lemak membran plasma, sedangkan pada
Archaea ikatan tersebut berupa ikatan eter.

Kelompok Archaea biasanya menempati habitat ekstrim seperti suhu dan salinitas tinggi. Salah
satu contoh Archaea, Methanocococcus jannaschii, mempunyai genom sebesar 1.740 kb yang
menyandi 1.738 protein. Bagian genom yang terlibat dalam produksi energi dan metabolisme
cenderung menyerupai prokariot, sedangkan bagian genom yang terlibat dalam replikasi,
transkripsi, dan translasi cenderung menyerupai eukariot.

archaebacteria berbeda dengan eubacteria. Eubacteria itu biasana ato lazimna disebut bakteri .
Sedangkan archaebacteria adalah bakteri yang hidupnya berada di lingkungan extreme .
Archaebacteria merupakan kingdom tersendiri , yang terlepas dari kingdom monera karena
archaebacteria mempunyai struktur RNA yang mirip dengan eukariotik ( monera prokariotik ) ,
yaitu RNAna punya intron ( bag. yang tdk berfungsi sebagai pengkodean genatik .Selain itu
beberapa ciri struktur lain yang berbeda dengan eubacteria adalah :

a. Intron ( archae ada , eu gg ada )

b. Peptidoglikan pada dinding sel ( archae gg ada , eu ada )
c. Lipid pada membran sel ( archae banyak , eu sedikit )
d. Sensitivitas thd antibiotik ( archae kebal , eu terganggu )

Jenis archae :
a. Halofilik : archae yang mampu hidup di daerah / lingkungan dgn kadar garam atau
salinitas tinggi
b. Thermoasidofil : archae yang mampu hidup di lingkungan dgn suhu dan asam yang
tinggi
 c. Metanogenik : archae yang mampu menghasilkan gas metana

Manfaat .. sebagai pengurai kotoran hewan dan sampah shg menghasilkan bio gas (
metana )
Merugikan .. penyebab kerusakan makanan yang diawetkan sbg garam

PR0KARIOT AWAL
Merupakan organism terbesar di muka bumi, termasuk bakteri. Fosil pertama
ditemukan sekitar 2,5 juta tahun yang lalu.
PENGELOMPOKKAN
1. Archae : Prokariot yang hidup di daerah yang ekstrim
2. Bacteria : termasuk cyanobakteria (alga biru) dan bakteri
3. Eukariot: protozoa, jamur tumbuhan dan hewan

Archaebacteria

Hidup di daerah yang eksktrim seperti dikawah gunung berapi, daerah yang sangat
asam, atau air asin

Archaebacteria

- Dinding sel tersusun atas sedikit senyawa peptidoglikan, memiliki tipe lemak yang
berbeda didalam membran plasma, memiliki variasi pada ribosom, dan dengan
struktur gen yang berbeda.

- Hidup di bebatuan yang keras, tidak membutuhkan oksigen, dan hidup di daerah yang
ekstrim asin, ekstrim panas, ekstrim asam dan basa, dan di tempat yang tinggi kadar
metananya.

- Disebut juga bakteri purba

- Kingdom Archaebacteria terbagi atas 3 kelompok yaitu:

 a. Bakteri metanogen

Bakteri ini hidup di lingkungan yang enaerob, (tidak ada oksigen),

mendapatkan energy dengan cara merubah senyawa H2 dan CO2 menjadi
metana. Bakteri ini banyak ditemukan di rawa-rawa, tempat pengolahan
limbah tanaman, dan di salutan pencernaan hewan.

Bakteri ini mampu menguraikan selulosa (serat kayu) di dalam lambung sapi
dan merubahnya menjadi metana, dan menghasilkan gas rawa (metana).

b. Bakteri Thermoacidofil

Hidup dilingkungan yang sangat panas, ditemukan di kawah gunung berapi,

didasar perairan yang sangat asam.

c. Bakteri ekstrim halofit

Bakteri ini hidup di air yang sangat asin, menggunakan garam menghasilkan
energy (ATP), laut mati dan danau asin merupakan habitat yang ideal untuk
pertumbuhan bakteri ini.

Arkea atau archaea (bahasa Yunani: αρχαία, "yang tua"), juga dikenali sebagai arkeabakteria,
merupakan satu divisi organisma hidup yang utama. Walaupun filogeni yang tepat masih tidak
dapat dipastikan untuk kumpulan-kumpulan ini, Arkea, Eukariot, dan Bakteria merupakan kelas
asas dalam apa yang digelarkan sistem tiga domain. Serupa dengan bakteria, Arkea merupakan
organisma unisel yang tidak mempunyai nukleus dan oleh itu, dikelaskan sebagai Prokariot —
dikenali sebagai Monera dalam taksonomi lima alam. Pada asalnya, Arkea hanya didapati di
persekitaran keterlaluan, tetapi kini terdapat di semua jenis habitat.
Arkea telah dikenal pasti pada tahun 1977 oleh Carl Woese dan George Fox berdasarkan
pemisahannya daripada prokariot yang lain dalam pohon filogentik rRNA 16S. Mula-mulanya,
kedua-dua kumpulan masing-masing dinamakan Arkeabakteria dan Eubakteria, dan diolahkan
sebagai alam atau subalam yang diistilahkan oleh Woses dan Fox sebagai "Uralam"
(Urkingdom). Woese memperdebatkan bahawa Arkea pada dasarnya merupakan satu cabang
hidupan yang berlainan. Ia kemudian menamakan semula kumpulan Arkea dan kumpulan
Bakteria untuk menegaskan perkara ini, dan memperdebatkan bahawa bersama-sama dengan
Eukariot, Arkea merupakan salah satu daripada tiga domain hidupan.

Istilah biologi, Arkea, harus tidak dikelirukan dengan frasa geologi, eon Arkean, yang juga
dikenali sebagai Era Arkeozoik. Istilah kedua ini merujuk kepada zaman primordium dalam
sejarah bumi ketika Arkea dan Bakteria kedua-dua merupakan organisma bersel yang tunggal di
planet ini. Fosil-fosil yang mungkin berasal daripada mikrob ini telah ditarikhkan sebagai hampir
3.8 bilion tahun dahulu (3,800 mya).

Archaea adalah mahluk hidup kecil, panjangnya kurang dari satu mikron(seperseribu
milimeter). Bahkan dengan mikroskop cahaya, archaea terbesar tampak seperti bintik kecil.
Untungnya, mikroskop elektron dapat memperbesar mikroba kecil ini sehingga dapat
membedakan tampilan fisiknya.
Pohon evolusi Archaea bercabang tiga
Korarchaeota
Crenarchaeota
Euryarchaeota

ARCHAEBACTERIA
1. Subkingdom Archaebacteria (bakteri purba)

Ciri-cirinya:
a. Prokariotik artinya tidak mempunyai membran inti
b. Dinding selnya sama sekali tidak terbuat dari peptidoglikan
c. Bersifat anaerob, mampu menghasilkan ATP
d. Habitat di tempat yang ekstrim (asin sekali, panas sekali, dingin sekali, dll)
e. Sukar dibiakkan di laboratorium

Saat ini Archaebacteria diklasifikasikan menjadi empat kelompok yaitu:

a. Methanogenik
Bakteri ini merupakan kemoautotrof yang memperoleh keperluan metabolismenya dengan
menghasilkan metana dari karbon dioksida dan hidrogen. Habitat di tepi rawa paya metana
biasa dinamakan gas rawa, juga hidup di rumen sapi, terdapat pada hidrogen dan karbon
dioksida yang dihasilkan mikroorganisme lain yang hidup di situ. Bakteri ini dapat bertahan
hidup pada suhu yang tinggi karena struktur DNA, protein dan membran selnya telah
beradaptasi. Bakteri methanogenik dapat tumbuh baik pada suhu 980C dan mati di bawah
840C.
b. Halofilik
Bakteri ini hidup pada habitat yang berkadar garam tinggi, seperti di laut mati dan danau air
asin. Beberapa bakteri ini mampu melakukan fotosintesis. Jenis klorofilnya disebut
bakteriorhodopsin yang memberikan warna ungu.
c. Pereduksi sulfur
Bakteri pereduksi sulfuur menggunakan hidrogen dan sulfur anorganik sebagai sumber
energinya, mampu hidup pada suhu 850C reaksinya sebagai berikut:
H2 + S ---- H2S
6 H2S + 3 O2 ----- 6 S + 6 H2O
d. Thermoasidofilik
Bakteri ini hidup dengan mengoksidasi sulfur. Bakteri thermoasidofilik terdapat di lubang
vulkanik dan mata air bersulfur seperti yang terdapat di Yellowstone Amerika.

Karakteristik Bakteri Metanogen

Bakteri metanogen termasuk salah satu golongan Archaebacteria

selain halofilik, dan termofilik, sesuai dengan nama golongannya
Archaebacteria merupakan mikroorganisme yang tahan hidup di
daerah ektrim seperti perairan dengan kadar garam tinggi
(halofil) contoh Halobacterium, serta daerah dengan temperatur
tinggi seperti hydrothermal vent (extreme thermofil) contoh
Sulfolobus, Pyrodictium. Bakteri metanogen bersifat anaerob
obligat, terbagi menjadi tiga group. Group I Methanobacterium
dan Methanobrevibacter , Group II meliputi Methanococcus, dan
Group III termasuk genera Methanospirillum dan Methanosarcina .
Semuanya ada di lingkungan air tawar yang anaerob seperti
sedimen serta pada saluran pencernaan hewan. (Dubey, 2005).

Secara lebih rinci karakteristik bakteri metanogen disajikan

pada tabel II.1 di bawah ini :

Tabel II.2 Karakteristik bakteri metanogen

Karakteristik Metanogen
Bentuk sel Batang, kokus, spirilla, filament, sarcina
Sifat Gram + / Gram -
Klasifikasi Archaebacteria
Struktur dinding sel Pseudomurein, protein,
heteropolysaccharida
Metabolisme Anaerob
Sumber energi dan sumber karbon H2 + CO2, H2+ metanol, format,
metilamin, metanol(30 % diubah menjadi
CH4), asetat (80 % diubah menjadi CH4)
Produk katabolisme CH4 atau CH4 + CO2

(sumber :Dubey,2005)

Jika ditinjau dari struktur selnya, Archaebacteria memiliki

kemiripan dengan struktur sel eubakteria yaitu sel dengan tipe
prokariot, struktur membran sel lipid bilayer namun bedanya pada
Archaea menggunakan gugus eter yang berikatan pada lipid berbeda
dengan membran sel eubakteria yang menggunakan gugus ester untuk
berikatan dengan lipid. Ikatan antara gugus eter dan lipid ini
membentuk membran bilayer dari gliserol-dieter, membrane
monolayer dari digliserol-tetraeter.

Dinding sel berfungsi untuk melindungi sitoplasma dari perubahan

tekanan osmotik dan memberi bentuk sel sehingga ada yang
berbentuk kokus atau batang. Struktur dinding sel Gram positif
dan Gram negatif tidak memiliki peptidoglikan, namun memiliki
lapisan pseudopeptidoglikan yaitu suatu lapisan yang tersusun
dari ulangan N-asetilglukosamin dan N-asam asetiltalosaminuronik
(1-3 rantai, tahan terhadap lisozim ) dengan 7 group L-asam
amino yang saling bertumpang tindih (Methanobacterium), memiliki
lapisan polisakarida merupakan polimer tebal yang terdiri dari
galaktosamin, asam glukoronat, glukosa, dan asetat . Lapisan
ketiga berupa lapisan glikoprotein merupakan protein bermuatan
negatif dengan banyak sisa asam amino terutama asam aspartat
yang berikatan dengan polimer lain seperti glukosa, glukosamin,
mannose, galaktosa, ribose, arabinosa. Lapisan protein merupakan
lapisan terakhir dari struktur dinding sel Archaebacteria yang
terdiri dari subunit polipeptida tunggal yang berbentuk lembaran
(pada golongan Methanospirillum) atau beberapa subunit
polipeptida yang berbeda (pada Methanococcus,
Methanomicrobium).(Stevenson, 2008)

Kebanyakan metanogen bersifat mesofilik dengan kisaran suhu

optimum antara 200C - 400C, namun metanogen juga dapat ditemukan
di lingkungan ektrim seperti hydrothermal vent yang memiliki
temperatur sampai 1000C. (Dubey,2005)
Identifikasi bakteri metanogen dapat dilakukan dengan
mengkultivasi bakteri metanogen dalam medium selektif dengan
kondisi anaerob, Metanogen tergolong archaebacteria dengan
struktur dinding sel yang tidak memiliki peptidoglikan sehingga
resisten terhadap agen yang dapat menghambat pembentukan
peptidoglikan dan antibiotik cukup efektif digunakan untuk
seleksi antara bakteri methanogen dan bakteri non
methanogen.(Nakatsugawa,1992).

Antibiotik yang dapat digunakan adalah vancomycin yang efektif

untuk menghambat pembentukan dinding sel serta kanamycin yang
dapat menghambat sintesis protein.(Nakatsugawa,1992). Analisis
bakteri metanogen dilanjutkan dengan analisis produksi gas metan
dengan menggunakan Gas Kromatografi atau gas analizer.
Identifikasi bakteri metanogen secara mikroskopik telah dikaji
sejak era tahun 70an. Hasil penelitian yang dilakukan oleh
Ronald W. Mink dan Patrick R.Dugan (1978) menunjukkan bahwa
bakteri metanogen dapat diidentifikasi secara mikroskopis dengan
menggunakan mikroskop fluoresens. Secara fisiologi bakteri
metanogen memiliki suatu substansi yang disebut F420, yaitu suatu
koenzim yang dapat terabsorpsi dengan kuat pada panjang
gelombang 420 nm (Ronald,1978), dengan adanya koenzim F420 dalam
keadaan terreduksi menyebabkan bakteri ini dapat memancarkan
sinar fluoresens berwarna hijau kebiruan ketika disinari oleh
sinar ultraviolet pada panjang gelombang tertentu dan dapat
membedakannya dengan bakteri non metanogen. Fungsi dari koenzim
F420 adalah sebagai pembawa elektron pada proses metabolisme yaitu
pada proses metanogenesis. (Michael,1989)
Archaebacteria

Makhluk hidup di Kingdom Archaebacteria tidak jauh berbeda dengan yang ada di Kingdom
Eubacteria karena mereka dulunya satu Kingdom. Namun Archaebacteria umumnya tahan di
lingkungan yang lebih ekstrim. , Dinding sel tidak mengandung peptidoglikan

Dalam sistem klasifikasi pada sistem enam kingdom, Archaeobacteria termasuk dalam satu
kingdom tersendiri. Yang termasuk Archaeobacteria, yaitu bakteri yang hidup di sumber air
panas, di tempat berkadar garam tinggi, di tempat yang panas dan asam.

Ciri-ciri Archaeobacteria
Archaeobacteria memiliki ciri-ciri sebagai berikut.
a. Sel bersifat prokaryotik.
b. Lipida pada membran sel bercabang.
c. Tidak memiliki mitokondria, retikulum endoplasma, badan golgi, dan
lisosom.
d. Habitat di lingkungan bersuhu tinggi, bersalinitas tinggi, dan asam.
e. Berukuran 0,1 m sampai 15 m, dan beberapa ada yang berbentuk filamen dengan panjang
200 m.
f. Dapat diwarnai dengan pewarnaan Gram.

Archaeobacteria dikelompokkan berdasarkan habitatnya, yaitu:

a. Halophiles, yaitu lingkungan yang berkadar garam tinggi.
b. Methanogens, yaitu lingkungan yang memproduksi methan. Ini dapat ditemukan pada usus
binatang.
c. Thermophiles, yaitu lingkungan yang mempunyai suhu tinggi. Dalam contoh konkrit kalian
dapat menemukan Archaeobacteria di gletser, asap hitam, tanah rawa, kotoran, air laut, tanah dan
saluran pencernaan makanan pada binatang seperti ruminansia, dan rayap.

Terdapat juga pada saluran pencernaan makanan pada manusia. Walaupun demikian,
Archaeobacteria biasanya tidak berbahaya bagi organisme lainnya dan tidak satu pun dikenal
sebagai penyebab penyakit.
Klasifikasi Archaeobacteria
Menurut Woese, Kandler dan Wheelis, 1990, Archaeobacteria dibagi menjadi beberapa phylum,
yaitu:
a. Phylum Grenarchaeota
b. Phylum Euryarchaeota
c. Halobacteria
d. Methanococci
e. Methanophyri
f. Archaeoglobi
g. Thermococci
h. Thermoplasmata
i. Phylum Korarchaeota
j. Phylum Nanoarchaeota

Sistem Enam Kingdom

Kingdom Animalia (Dunia Hewan)

Kingdom Plantae (Dunia Tumbuhan)

Kingdom Protista

Kingdom Mycota (Dunia Jamur)

Kingdom Eubacteria

Kingdom Archaebacteria

Sistem ini dikembangkan oleh ahli Biologi Amerika Carl Woese 1977. Kelebihannya adalah
mampu menjelaskan kingdom monera secara spesifik, sehingga memberikan informasi yang
cukup signifikan bagi kingdom monera. Perbedaan yang cukup signifikan didalam kingdom
monera ini melahirkan kingdom baru yaitu kingdom eubacteria dan kingdom archaebacteria.
Pembagian ini berawal dari ditemukannya golongan monera archaebacteria di samudera dalam
yang berbeda dengan monera lainnya (eubacteria). Analisis archaebacteria menunjukkan bahwa
mereka lebih yang serupa ke eukariota dibanding para saudaranya yang prokariotik. Hal ini
adalah salah satu alasan menagapa kingdom monera membela menjadi kingdom archaebacteria
dan eubacteria.

Kelemahan sistem ini pada dasarnya tidak ada, namun bagi beberapa pakar ilmuwan sering
menjadi pro dan kontra, karena kingdom monera merupakan kingdom yang sudah mencakup
bakteri archae dan eubacteria sehingga tidak perlu di bagi lagi.