Professional Documents
Culture Documents
Ditemukan DNA
polymerase yang tahan panas dengan kemampuan membaca yang akurat, juga alat sekuens DNA
pipa kapiler yang memungkinkan membaca sekuens DNA dengan banyak sampel, menyebabkan
penelitian pembacaan genom menghasilkan prestasi yang luar biasa. Selesainya proyek
pembacaan genom manusia mungkin tak terbayangkan akan secepat ini pada satu dekade lalu.
Akan tetapi, ambisi negara-negara maju tak hanya berhenti pada pembacaan genom manusia.
Amerika, Eropa, disusul Jepang, sekarang tengah giat melakukan pembacaan genom mikroba.
Tentu banyak alasan yang membuat negara-negara maju ini bersaing dalam pembacaan genom
mikroba.
Mikroba (meliputi virus, archaea, bakteri, jamur, dan protozoa), dapat dikatakan sebagai
makhluk tertua dengan diversitas terbanyak di planet bumi. Mereka menempati 60 persen lebih
biomassa dan telah hidup berevolusi paling tidak 3,8 miliar tahun. Mikroba memang dapat
bertahan pada kondisi nyaman, ekstrem panas, dingin, berkonsentrasi garam tinggi, asam, basa,
tekanan tinggi, bahkan di daerah-daerah yang mendekati kemustahilan untuk hidup makhluk
hidup lain seperti lingkungan dengan radioaktivitas tinggi.
Tahan radioaktif
Deinococcus radioduran adalah mikroba yang dapat bertahan di lingkungan radio aktif berdosis
tinggi yang membunuh hampir semua makhluk hidup lain. Bakteri ini dapat bertahan hidup pada
tingkat radiasi 1,7 juta rad yang membuat bakteri E coli, kecoak (dan manusia) tak mungkin
bertahan hidup (Nature, 2000). Informasi genom bakteri ini sangat potensial untuk proses
bioremediasi seperti pembersihan lingkungan dari limbah radioaktif, logam berat, atau senyawa
kimia organik. Saat ini para peneliti di Amerika Serikat sedang mengeksplorasi kapabilitas
bakteri D radioduran dengan menambah gen dari organisme lain. Tambahan gen ini
mengkodekan protein yang bisa mengubah logam berat menjadi biomassa yang lebih netral dan
menguraikan zat organik berbahaya seperti toluene.
Diharapkan pula dengan mempelajari genom mikroba, manusia dapat lebih memahami proses
terjadinya sel kanker yang diakibatkan oleh kerusakan DNA, sekaligus menemukan obat atau
cara pengobatan kanker baru. Soalnya mikroba ini sanggup memperbaiki DNA-nya sendiri yang
rusak karena pengaruh radiasi.
Klasifikasi makhluk hidup menjadi tiga domain adalah suatu revolusi penting dalam ilmu
biologi. Selesainya pembacaan genom mikroba itu diharapkan mampu menjawab metode baru
untuk menghasilkan bahan bakar. Dengan itu sekaligus diharapkan menjawab teka-teki
kehidupan di awal terjadinya planet bumi, karena mikroba ini hidup di lingkungan yang persis
dengan awal terbentuknya planet bumi.
Oleh karena sebagian besar makromolekul hayati terdapat di dalam sel, maka kita perlu melihat
kembali sekilas mengenai sel, terutama dalam kaitannya sebagai dasar klasifikasi organisme.
Berdasarkan atas struktur selnya, secara garis besar organisme dapat dibagi menjadi dua
kelompok, yaitu prokariot dan eukariot. Di antara kedua kelompok ini terdapat kelompok
peralihan yang dinamakan Archaebacteria atau Archaea.
Sebagian besar prokariot bersifat uniseluler meskipun ada juga beberapa yang mempunyai
bentuk multiseluler dengan sel-sel yang melakukan fungsi-fungsi khusus. Prokariot dapat dibagi
menjadi dua subdivisi, yaitu Eubacteria dan Archaebacteria atau Archaea. Namun, di atas telah
disinggung bahwa Archaea merupakan kelompok peralihan antara prokariot dan eukariot. Dilihat
dari struktur selnya, Archaea termasuk dalam kelompok prokariot, tetapi evolusi molekul rRNA-
nya memperlihatkan bahwa Archaea lebih mendekati eukariot.
Perbedaan antara Eubacteria dan Archaea terutama terletak pada sifat biokimianya. Misalnya,
Eubacteria mempunyai ikatan ester pada lapisan lemak membran plasma, sedangkan pada
Archaea ikatan tersebut berupa ikatan eter.
Kelompok Archaea biasanya menempati habitat ekstrim seperti suhu dan salinitas tinggi. Salah
satu contoh Archaea, Methanocococcus jannaschii, mempunyai genom sebesar 1.740 kb yang
menyandi 1.738 protein. Bagian genom yang terlibat dalam produksi energi dan metabolisme
cenderung menyerupai prokariot, sedangkan bagian genom yang terlibat dalam replikasi,
transkripsi, dan translasi cenderung menyerupai eukariot.
archaebacteria berbeda dengan eubacteria. Eubacteria itu biasana ato lazimna disebut bakteri .
Sedangkan archaebacteria adalah bakteri yang hidupnya berada di lingkungan extreme .
Archaebacteria merupakan kingdom tersendiri , yang terlepas dari kingdom monera karena
archaebacteria mempunyai struktur RNA yang mirip dengan eukariotik ( monera prokariotik ) ,
yaitu RNAna punya intron ( bag. yang tdk berfungsi sebagai pengkodean genatik .Selain itu
beberapa ciri struktur lain yang berbeda dengan eubacteria adalah :
Jenis archae :
a. Halofilik : archae yang mampu hidup di daerah / lingkungan dgn kadar garam atau
salinitas tinggi
b. Thermoasidofil : archae yang mampu hidup di lingkungan dgn suhu dan asam yang
tinggi
c. Metanogenik : archae yang mampu menghasilkan gas metana
Manfaat .. sebagai pengurai kotoran hewan dan sampah shg menghasilkan bio gas (
metana )
Merugikan .. penyebab kerusakan makanan yang diawetkan sbg garam
PR0KARIOT AWAL
Merupakan organism terbesar di muka bumi, termasuk bakteri. Fosil pertama
ditemukan sekitar 2,5 juta tahun yang lalu.
PENGELOMPOKKAN
1. Archae : Prokariot yang hidup di daerah yang ekstrim
2. Bacteria : termasuk cyanobakteria (alga biru) dan bakteri
3. Eukariot: protozoa, jamur tumbuhan dan hewan
Archaebacteria
Hidup di daerah yang eksktrim seperti dikawah gunung berapi, daerah yang sangat
asam, atau air asin
Archaebacteria
- Dinding sel tersusun atas sedikit senyawa peptidoglikan, memiliki tipe lemak yang
berbeda didalam membran plasma, memiliki variasi pada ribosom, dan dengan
struktur gen yang berbeda.
- Hidup di bebatuan yang keras, tidak membutuhkan oksigen, dan hidup di daerah yang
ekstrim asin, ekstrim panas, ekstrim asam dan basa, dan di tempat yang tinggi kadar
metananya.
Bakteri ini mampu menguraikan selulosa (serat kayu) di dalam lambung sapi
dan merubahnya menjadi metana, dan menghasilkan gas rawa (metana).
b. Bakteri Thermoacidofil
Bakteri ini hidup di air yang sangat asin, menggunakan garam menghasilkan
energy (ATP), laut mati dan danau asin merupakan habitat yang ideal untuk
pertumbuhan bakteri ini.
Arkea atau archaea (bahasa Yunani: αρχαία, "yang tua"), juga dikenali sebagai arkeabakteria,
merupakan satu divisi organisma hidup yang utama. Walaupun filogeni yang tepat masih tidak
dapat dipastikan untuk kumpulan-kumpulan ini, Arkea, Eukariot, dan Bakteria merupakan kelas
asas dalam apa yang digelarkan sistem tiga domain. Serupa dengan bakteria, Arkea merupakan
organisma unisel yang tidak mempunyai nukleus dan oleh itu, dikelaskan sebagai Prokariot —
dikenali sebagai Monera dalam taksonomi lima alam. Pada asalnya, Arkea hanya didapati di
persekitaran keterlaluan, tetapi kini terdapat di semua jenis habitat.
Arkea telah dikenal pasti pada tahun 1977 oleh Carl Woese dan George Fox berdasarkan
pemisahannya daripada prokariot yang lain dalam pohon filogentik rRNA 16S. Mula-mulanya,
kedua-dua kumpulan masing-masing dinamakan Arkeabakteria dan Eubakteria, dan diolahkan
sebagai alam atau subalam yang diistilahkan oleh Woses dan Fox sebagai "Uralam"
(Urkingdom). Woese memperdebatkan bahawa Arkea pada dasarnya merupakan satu cabang
hidupan yang berlainan. Ia kemudian menamakan semula kumpulan Arkea dan kumpulan
Bakteria untuk menegaskan perkara ini, dan memperdebatkan bahawa bersama-sama dengan
Eukariot, Arkea merupakan salah satu daripada tiga domain hidupan.
Istilah biologi, Arkea, harus tidak dikelirukan dengan frasa geologi, eon Arkean, yang juga
dikenali sebagai Era Arkeozoik. Istilah kedua ini merujuk kepada zaman primordium dalam
sejarah bumi ketika Arkea dan Bakteria kedua-dua merupakan organisma bersel yang tunggal di
planet ini. Fosil-fosil yang mungkin berasal daripada mikrob ini telah ditarikhkan sebagai hampir
3.8 bilion tahun dahulu (3,800 mya).
Archaea adalah mahluk hidup kecil, panjangnya kurang dari satu mikron(seperseribu
milimeter). Bahkan dengan mikroskop cahaya, archaea terbesar tampak seperti bintik kecil.
Untungnya, mikroskop elektron dapat memperbesar mikroba kecil ini sehingga dapat
membedakan tampilan fisiknya.
Pohon evolusi Archaea bercabang tiga
Korarchaeota
Crenarchaeota
Euryarchaeota
ARCHAEBACTERIA
1. Subkingdom Archaebacteria (bakteri purba)
Ciri-cirinya:
a. Prokariotik artinya tidak mempunyai membran inti
b. Dinding selnya sama sekali tidak terbuat dari peptidoglikan
c. Bersifat anaerob, mampu menghasilkan ATP
d. Habitat di tempat yang ekstrim (asin sekali, panas sekali, dingin sekali, dll)
e. Sukar dibiakkan di laboratorium
Karakteristik Metanogen
Bentuk sel Batang, kokus, spirilla, filament, sarcina
Sifat Gram + / Gram -
Klasifikasi Archaebacteria
Struktur dinding sel Pseudomurein, protein,
heteropolysaccharida
Metabolisme Anaerob
Sumber energi dan sumber karbon H2 + CO2, H2+ metanol, format,
metilamin, metanol(30 % diubah menjadi
CH4), asetat (80 % diubah menjadi CH4)
Produk katabolisme CH4 atau CH4 + CO2
(sumber :Dubey,2005)
Makhluk hidup di Kingdom Archaebacteria tidak jauh berbeda dengan yang ada di Kingdom
Eubacteria karena mereka dulunya satu Kingdom. Namun Archaebacteria umumnya tahan di
lingkungan yang lebih ekstrim. , Dinding sel tidak mengandung peptidoglikan
Dalam sistem klasifikasi pada sistem enam kingdom, Archaeobacteria termasuk dalam satu
kingdom tersendiri. Yang termasuk Archaeobacteria, yaitu bakteri yang hidup di sumber air
panas, di tempat berkadar garam tinggi, di tempat yang panas dan asam.
Ciri-ciri Archaeobacteria
Archaeobacteria memiliki ciri-ciri sebagai berikut.
a. Sel bersifat prokaryotik.
b. Lipida pada membran sel bercabang.
c. Tidak memiliki mitokondria, retikulum endoplasma, badan golgi, dan
lisosom.
d. Habitat di lingkungan bersuhu tinggi, bersalinitas tinggi, dan asam.
e. Berukuran 0,1 m sampai 15 m, dan beberapa ada yang berbentuk filamen dengan panjang
200 m.
f. Dapat diwarnai dengan pewarnaan Gram.
Terdapat juga pada saluran pencernaan makanan pada manusia. Walaupun demikian,
Archaeobacteria biasanya tidak berbahaya bagi organisme lainnya dan tidak satu pun dikenal
sebagai penyebab penyakit.
Klasifikasi Archaeobacteria
Menurut Woese, Kandler dan Wheelis, 1990, Archaeobacteria dibagi menjadi beberapa phylum,
yaitu:
a. Phylum Grenarchaeota
b. Phylum Euryarchaeota
c. Halobacteria
d. Methanococci
e. Methanophyri
f. Archaeoglobi
g. Thermococci
h. Thermoplasmata
i. Phylum Korarchaeota
j. Phylum Nanoarchaeota
Kingdom Protista
Kingdom Eubacteria
Kingdom Archaebacteria
Sistem ini dikembangkan oleh ahli Biologi Amerika Carl Woese 1977. Kelebihannya adalah
mampu menjelaskan kingdom monera secara spesifik, sehingga memberikan informasi yang
cukup signifikan bagi kingdom monera. Perbedaan yang cukup signifikan didalam kingdom
monera ini melahirkan kingdom baru yaitu kingdom eubacteria dan kingdom archaebacteria.
Pembagian ini berawal dari ditemukannya golongan monera archaebacteria di samudera dalam
yang berbeda dengan monera lainnya (eubacteria). Analisis archaebacteria menunjukkan bahwa
mereka lebih yang serupa ke eukariota dibanding para saudaranya yang prokariotik. Hal ini
adalah salah satu alasan menagapa kingdom monera membela menjadi kingdom archaebacteria
dan eubacteria.
Kelemahan sistem ini pada dasarnya tidak ada, namun bagi beberapa pakar ilmuwan sering
menjadi pro dan kontra, karena kingdom monera merupakan kingdom yang sudah mencakup
bakteri archae dan eubacteria sehingga tidak perlu di bagi lagi.