Archivos De Secuencia

INSTITUTO TECNOLGICO SUPERIOR DE LERDO

Ensayo Tipos de formatos de archivos de secuencia

Datos Del Alumno Alumno: N. Control: Grupo: Carrera: Materia:

Fco. Javier Snchez Batres 10231175 4B Ingeniera en Informtica Administracin y Organicacin De Datos Titular de la materia: Ricardo de Jess Bustamante Gonzlez

Cd. Gomez Palacio, Durango. 9 de Febrero 2012 Ensayo

Pgina 1

Archivos De Secuencia
Introduccin Definiremos lo que son archivos secuenciales y los tipos que existen, pero para ser ms especficos daremos el concepto de cada palabra y como se maneja cada termino. Ya conocemos que existen dos tipos de archivos como lo es el Binario y el ASCII, que dentro de este se localizan los archivos secuenciales (.sec), este archivo secuencial tiene conceptos dentro de los cuales los mencionaremos detalladamente para ver su funcin.

Ensayo

Pgina 2

Archivos De Secuencia
Desarrollo Comenzamos desglosando palabra por palabra, en primera archivo se refiere a que es una secuencia lgica almacenada en la memoria de un ordenador, estos pueden ser agrupados y tienen que llevar un nombre es como darle una identidad. Por otro lado secuencias se refiere a una serie o sucesin de cosas que guardan cierta relacin entre s. Un archivo secuencial es la forma ms simple de almacenar y recuperar registros en un archivo. Se almacenan en los registros uno tras otro, el primero se coloca al principio del texto, despus el segundo inmediatamente despus y asi sucesivamente. Una caracterstica de estos archivos secuenciales es que todos los registros se almacenan por posicin, es decir, primer registro, segundo registro, tercer registro. Formatos archivos de secuencias: PHYLIP: Es un formato de secuencias se utiliza frecuentemente como formato de entrada de diferentes programas como: PHYLIP. LARD, PLATO, SPOT; entre otros. GenBank: Este formato es el utilizado para los reportes de secuencias que se encuentran almacenados en el GenBank. Principalmente se caracteriza por proporcionar al usuario una informacin bastante completa sobre la secuencia. EMBOL: Los archivos en este formato son reportes generados por la base de datos para los archivos en formato GenBank, los archivos en este formato pueden ser utilizados por los programas del GCG. PIR: Este es el formato con el que son generados los archivos provenientes de la base de datos PIR. FASTA: Es uno de los formatos ms empleados en la actualidad. Puede incluir una o ms secuencias lineales o no lineales. CLUSTAL: Es uno de los muchos formatos para archivos de secuencias alineadas ms utilizados por los programas de anlisis de secuencia, sus principales caractersticas son: tanto nucletidos como aminocidos. MSF: Es un formato para dos o ms secuencias alineadas, donde el . Representa un gap, los nucletidos o aminocidos son representados en su cdigo de una letra, y la secuencia es escrita en columnas de diez letras cada una. MSF: Los programas de GCG, para poder utilizar como archivo de introduccin de datos uno con este formato se caracteriza poes ser especificadas. RSF: Este tipo de formato de archivos de secuencias es utilizado por algunos programas del GCG y permite introducir una o ms secuencias para llevar a cabo un anlisis.

Cabe recalcar que una informacin muy buena sobre este tema la puedes encontrar en este sitio: http://archivosecuencial.blogspot.com/ Ensayo
Pgina 3

Archivos De Secuencia
Conclusin: Es la forma de organizar un conjunto de registros, que forman un archivo, usando una organizacin secuencial. En un archivo organizado los registros quedan grabados consecutivamente.

Biografas: Tipos de archivos de secuencia,(9/2/2012), http://www.cecalc.ula.ve/bioinformatica/UNIX/node62.html Archivo secuencial,(9/2/2012), http://www.slideshare.net/luismy_martinez/archivo-secuencial Archivo secuencial,(9/2/2012), http://boards4.melodysoft.com/2005AAV0105/definicion-de-archivossecuencial-58.html Archivos secuenciales,(9/2/2012), http://archivosecuencial.blogspot.com/

Ensayo

Pgina 4