Aminocidos e Protenas

Elisabeth Pizoni UFSCAR PROF ELSON LONGO

Estudos sobre molculas orgnicas

Parte 1 Aminocidos e Peptdeos

Aminocidos Alfa
So substncias em que possuem um grupo amina (NH2, bsico) e um grupo carboxila (CO2H, cido) ligados ao mesmo carbono (carbono alfa)

arranjo tetradrico

tomo de carbono alfa de todos os aminocidos (exceto glicina) so centros de quiralidade e apresentam configurao relativa ao L-gliceraldedo

Classificao Qumica
1) Apenas 20 aminocidos contribuem para a composio qumica das protenas

2) De acordo com a polaridade e presena de grupos ionizveis da cadeia lateral em (R) :

A- Apolares e alifticos: glicina, alanina, prolina, valina, leucina, isoleucina e metionina B- Aromticos: fenilalanina, tirosina e triptofano C- Polares no-carregados: serina, treonina, cistena, asparagina e glutamina D- Carregados positivamente (pH = 7): lisina, arginina e histidina E- Carregados negativamente (pH=7): aspartato e glutamato
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Aminocidos Apolares e Alifticos

glicina (Gly)

alanina (Ala)

prolina (Pro)

valina (Val)

Hidrofobicidade Gly liberdade conformacional Pro restrio conformacional

leucina (Leu)

isoleucina (Iso)

metionina (Met)

Aminocidos Aromticos

fenilalanina (Phe)

tirosina (Tyr)

triptofano (Trp)

Absorvem luz na regio do ultravioleta ESPECTROFOTOMETRIA

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Aminocidos Polares No-Carregados

serina (Ser)

treonina (Thr)

cistena (Cys)

Formao de ligaes de hidrognio Grupos reativos (nucleoflicos)

asparagina (Asn)

glutamina (Gln)

Aminocidos Carregados Positivamente

lisina (Lys)

histidina (His) arginina (Arg)

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Aminocidos Bsicos

Aminocidos Carregados Negativamente

aspartato (Asp)

Aminocidos cidos

glutamato (Glu)

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Propriedades Anfotricas
Todos os aminocidos alfa podem agir com cidos e bases em solues aquosas so anfteros (ou anfteros)

forma no-inica

forma zwitterinica

zwitterion como cido

zwitterion como base

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Ponto Isoeltrico

o pH no qual o aminocido (peptdeo ou protena) apresenta carga lquida nula

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Valores de Ponto Isoeltrico

AMINOCIDO VALINA (Val) (R apolar) FENILALANINA (Phe) (R aromtico) pK1 (CO2H) 2,32 1,83 pK2 (NH3+) 9,62 9,13 pI 5,97 5,48

GLUTAMINA (Gln) (R polar)

HISTIDINA (Hys) (R positivo) ASPARTATO (Asp) (R negativo)

2,17
1,82 1,88

9,13
9,17 9,60

5,65
7,59 2,77

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Peptdeos
So dois ou mais aminocidos unidos covalentemente por uma ligao peptdica (ligao amida)

So consideradas polipeptdeos, as cadeias polipeptdicas que apresentarem massa molecular inferiores 10.000 Da (10 kDa)

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Cadeias Polipeptdicas
+ NH 3 Lys O (CH 2) 4 H +

OH O N CH 3 O H H H CH 2

Ser

H 3N
Gly H

N H
Cys

N O
Ala

O N

HN
Arg (CH2 )3 N

NH 2 H

SH CH 2 N H N
Asp

-O C 2

H N H O

N H Gly

Gly

CH2 CO2 -

(Aminoterminal)-Gly-Lys-Ala-Ser-Arg-Gly-Asp-Cys-Gly-(Carboxiterminal)
So consideradas polipeptdeos, as cadeias polipeptdicas que apresentarem massa molecular inferiores 10.000 Da (10 kDa ou 10 u). Polipeptdeos com massas superiores a 10 kDa so consideradas PROTENAS 15

Parte 2 Protenas

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PROTENAS
Macromolcula composta por uma ou mais cadeias polipetdicas, cada uma com uma sequncia caracterstica de aminocidos unidos por ligaes peptdicas
PROTENA citocromo c (humano) mioglobina (corao de equinos) hemoglobina (humana) MASSA MOLECULAR (kDa) 12,4 16,7 64,5 NMERO DE CADEIAS POLIPEPTDICAS 1 1 4 NMERO DE RESDUOS 104 153 574

glutamina sintetase (E. coli)

titina (humana)

619
2.993

12
1

5.628
26.926
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Classificao quanto Funo Biolgica

FUNO ESTRUTURAL MOTORA TRANSPORTADORA EXEMPLO ELASTINA elasticidade da pele ACTINA contrao muscular HEMOGLOBINA transporte de O2 e CO2

HORMONAL
PROTETORA REGULATRIA ARMAZENAMENTO CATALTICA

HORMNIO DO CRESCIMENTO HUMANO (GH)

IMUNOGLOBULINAS (anticorpos) defesa contra microrganismos PROTENAS DE REGULAO DA EXPRESSO GENTICA FERRITINA armazenamento de ferro ENZIMAS catalase, DNA polimerase, quimotripsina

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NVEIS DE ORGANIZAO ESTRUTURAL

estrutura primria

estrutura secundria

estrutura terciria

estrutura quaternria

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Estrutura Primria
Descreve todas as ligaes covalentes que conectam os resduos de aminocidos em uma cadeia polipeptdica (ligao peptdica) SEQUNCIA LINEAR DE RESDUOS DE AMINOCIDOS
(NH3+)-Gly-Lys-Ala-Ser-Arg-Gly-Asp-Cys-Gly-(CO2-)

apresenta elevado carter de ligao dupla, conferindo planaridade ae rigidez cadeia polipeptdica
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Insulina
Origem
8 Humana Thr

(51 aminocidos)
Cadeia B
10 Ile 30 Thr

Cadeia A
9 Ser

Bovina
Suna Ovina

Ala
Thr Ala

Ser
Ser Gly

Val
Ile Val

Ala
Ala Ala

Hemoglobina
5 Hemoglobina A (normal) Hemoglobina S (falciforme) Pro Pro 6

(574 aminocidos)
7 Glu Glu
21

Glu Val

Classificao quanto Composio Qumica

A- PROTENAS SIMPLES Contm somente resduos de aminocidos. Ex. quimotripsina e ribonuclease A
B- PROTENAS CONJUGADAS Apresentam resduos de aminocidos permanentemente ligados a outros constituintes qumicos no-aminocidos, por meio de uma ligao covalente ou retrodoao (metais)

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Protenas Conjugadas e Grupos Prostticos

CLASSE
lipoprotenas glicoprotenas fosfoprotenas hemeprotenas flavoprotenas metaloprotenas

GRUPO PROSTTICO
lipdeos carboidratos fosfato heme (porfirina frrica) nucleotdeos de flavina Metais (Fe, Zn, Ca, Mo, Cu)

Exemplo
1-lipoprotena sangunea imunoglobulina G casena do leite hemoglobina succinato-desidrogenase ferritina

grupo heme
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Estrutura Secundria
Descreve os arranjos estveis de segmentos de aminocidos Resultado de ligaes de hidrognio entre grupos peptdicos prximos Exemplos: hlice , conformao (folha pregueada), voltas , hlice tripla de colgeno, etc.

Gly

Asp

Ala Ser

volta
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Hlice Alfa

3,6 resduos 0,54 nm

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Ocorrncias de Hlice Alfa

albumina srica

Homo sapiens
PDB ID 1AO6

citocromo b1

glicoamilase

Escherichia coli
PDB ID 1BCF

Aspergillus awamori
PDB ID 1GAI

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Folha Beta Pregueada

ANTIPARALELA PARALELA

0,70 nm

0,65 nm

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Ocorrncias de Conformao Beta

UDP-N-acetilglicosaminaaciltransferase

colagenase-3

CD8

Escherichia coli
PDB ID 1LXA

Homo sapiens
PDB ID 1PEX

Homo sapiens
PDB ID 1CD8

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Proporo aproximada de hlices e conformaes

Nmero total de resduos de aa 247 Hlice (%) Conformao (%) TOTAL

PROTENA

quimotripsina

15

45

60

ribonuclease
carboxipeptidase citocromo c lisozima mioglobina

124
307 104 129 153

26
38 39 40 78

35
17 zero 12 zero

61
55 39 62 78

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Motivos Estruturais
Estruturas Supersecundrias
Trata-se de um padro de dobramento identificvel envolvendo dois ou mais elementos de estrutura secundria (geralmente hlice e folha ) e suas conexes (volta )

ala --

barril
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Domnios
uma parte da cadeia polipeptdica, a qual independentemente estvel
Pode se movimentar como uma identidade isolada em relao ao restante da cadeia polipeptdica

cido graxo sintase PDB ID 2CF2

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Estrutura Terciria
Descreve todos os aspectos do dobramento tridimensional de um polipeptdeo Engloba o arranjo tridimensional de todos os tomos da protena, incluindo as cadeias laterais dos aminocidos e os grupos prostticos (se houver)

grupo heme

Interaes entre aminocidos em diferentes estruturas secundrias

mioglobina 153 resduos de aminocidos + grupo heme

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ligaes de hidrognio Ser

O H O H

interaes eletrostticas Lys

coordenao de ons metlicos Asp

O O-

OO

NH3 +

Zn2+ OO

Phe

Asp Leu Asp

Cys ligaes dissulfeto

s s

Cys

interaes hidrofbicas Phe

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Determinao da Estrutura Terciria

folha (40-43,47-50) hlice D (105-109) N hlice C (86-99)

Difrao de Raios-X (DRX)

hlice B (23-34) -lactalbumina

hlice A (5-11) C

Ressonncia Magntica Nuclear (RMN)

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Estrutura Quaternria
Descreve a organizao espacial de subunidades polipeptdicas em uma protena multissubunidades
grupo heme

hemoglobina Apresenta quatro subunidades polipeptdicas: Duas Subunidades Alfa 141 resduos de aminocidos + grupo heme Duas Subunidades Beta 146 resduos de aminocidos + grupo heme
Subunidades esto unidas por interaes fracas
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Classificao quanto Forma

A- PROTENAS FIBROSAS Cadeias polipeptdicas arranjadas em longos filamentos ou folhas So formadas por elementos de estrutura secundria repetitivos

TRIPLA HLICE DE COLGENO Trs cadeias polipeptdicas contendo XProGly ou XHypGly

HO CO2 N+ H H
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hidroxiprolina (Hyp)

B- PROTENAS GLOBULARES Cadeias polipeptdicas dobradas em uma forma esfrica ou globular Geralmente contm inmeros tipos de estrutura secundria Ex. enzimas em geral

aspartato-transcarbamoilase PDB ID 2AT2

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Classificao segundo o Nmero de Subunidades

A- Monomricas Uma nica subunidade polipeptdica (ex. mioglobina) B- Oligomricas Poucas subunidades polipeptdicas (ex. hemoglobina) C- Multimricas Dezenas de subunidades polipeptdicas (ex. capsdeos virais)

capsdeo esfrico do poliovrus (poliomelite)

capsdeo na forma de basto do vrus do mosaico do tabaco

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Desnaturao
Perda da estrutura secundria, terciria e quaternria de uma protena, sendo ocasionada por um agente qumico ou fsico No ocorrem alteraes na estrutura primria

nativa

desnaturada

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AGENTE DESNATURANTE
calor urea (6,0 mol.L-1) substncias anfiflicas cidos ou bases sais agentes redutores (ex. mercaptoetanol)

LIGAES OU INTERAES AFETADAS

ligaes de hidrognio ligaes de hidrognio interaes hidrofbica Interaes on-on ligaes de hidrognio interaes on-on ligaes dissulfeto

metais pesados Pb2+, Hg2+, Cd2+

etanol

ligaes dissulfeto
camadas de hidratao

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