TAKSONOMI MIKROBIA :

ARCHAEA DAN BAKTERI

 α-proteobakteria

Bakteri
β-proteobakteria

PROKARIOTA γ-proteobakteria

δ-proteobakteria

Archaea

ε-proteobakteria

nonproteobacteria
Proteobacteria
 Merupakan kelompok Gram negatif dan
termasuk kedalam kelompok
kemoheterotropik bakteri
 Metabolisme dan kapasitas nutrisi dapat
digunakan untuk menunjukkan karakteristik
 Hubungan filogenik pada grup ini dilihat
berdasarkan pengamatan rRNA
 Nama proteobakteria berasal dari bahasa
Yunani kuno yang berarti “Proteus” yang
diasumsikan “berbagai bentuk”
 Yang termasuk dalam α-proteobakteria
merupakan bakteri yang dapat tumbuh pada
nutrisi rendah.
 Memiliki bentuk morfologi yang tidak umum, yaitu:
prosthecae yang berbentuk seperti batang atau
kuncup.
 Bakteri ini sangat penting pada bidang agrokultur
termasuk pada proses fiksasi nitrogen yang
bersimbiosis dengan tanaman.
 Beberapa bakteri golongan ini juga bersifat
patogen pada tanaman dan manusia.
 Caulobacterales Caulobacter

Ehrlichia
Rickettsiales Rickettsia
Wolbachia

Beijerinckia -Agrobacterium
Bartonella -Bradyrhizobium
α-proteobakteria Rhizobiales
Brucella -Hyphomicrobium
Nitrobacter -Rhizobium

Acetobacter -Azospirillum
Rhodospirillales
Gluconobacter -Rhodosspirillum
 -Burkholderia
Burkholderiales -Bordetella
-Sphaerotilus

Hydrogenophilales -Thiobacillus

β-proteobakteria
Neisseriales Neisseria

Nitrosomonadales -Nitrosomonas
-Spirillum

Rhodocyclales Zoogloea
 Chromatiales Chromatium

-Beggiatoa -Thiomargarita
Thiotrichales
-Francisella

Legionellales -Legionella -Coxiella

-Azomonas -Azotobacter
pseudomonadales
γ-proteobakteria -Moraxella -Pseudomonas

Vibrionales Vibrio

-Citrobacter -Enterobacter
-Erwinia -Escherichia
Enterobacteriales -Klebsiella -Proteus
-Salmonella -Serratia
-Shigella -Yersinia

Pasteurellales -Pasteurella -Haemophillus

 Bdellovibrionales -Bdellovibrio

δ-proteobakteria Desulfovibrionales Desulfovibrio

Myxococcus
Myxococcalles
Stigmatella

Campylobacter
ε(epsilon) proteobacteria Campylobacterales
Helicobacter
 The Alphaproteobacteria grow at very low
levels of nutrients and have unusual
morphology such as stalks and buds. They
include agriculturally important bacteria
capable of inducing nitrogen fixation in
symbiosis with plants. The type order is
the Caulobacterales, comprising stalk-
forming bacteria such as Caulobacter.
 The Betaproteobacteria are highly
metabolically diverse and contain
chemolithoautotrophs, photoautotrophs,
and generalist heterotrophs. The type order
is the Burkholderiales, comprising an
enormous range of metabolic diversity,
including opportunistic pathogens.
 The Gammaproteobacteria are the largest
class in terms of species with validly
published names. The type order is
the Pseudomonadales, which include the
genera Pseudomonas and the nitrogen-
fixing Azotobacter.
 The Deltaproteobacteria include bacteria
that are predators on other bacteria and are
important contributors to the anerobic side
of the sulfur cycle. The type order is
the Myxococcales, which includes
organisms with self-organising abilities
such as Myxococcus spp.
 The Epsilonproteobacteria are often
slender, Gram-negative rods that are
helical or curved. The type order is
the Campylobacterales, which includes
important food pathogens such
as Campylobacter spp.
 Nonproteobacteria
 Merupakan bakteri Gram negatif
 Dapat melakukan fotosintesis
 Contoh: Cyanobacteri, Chlorobi atau
Green sulfurbacteria,Chloroflexi atau
green nonsulfurbacteri
 Anabaena
Cyanobacteria
Gloecapsa

Chlorobi
Clostridiales Clostridium

Nonproteobacteria Chloroflexi Mycoplasmatales Mycoplasma

Bacillus
Bacillales
Stapylococcus
Firmicutes
Streptococcus
Lactobacillales Lactobacillus
Enterococcus

Actinobacteria Actinomycetales Actinomyces

 Cyanobacteria Anabaena Cyanobacteria

Green non
Chloroflexi Chloroflexus
sulfur bacteria

Photosynthesizing
bacteria Green sulfur
Cholorobi Cholorobium
bacteria

Purple non
Rhodospirillum
sulfur bacteria
Proteobacteria

Purple sulfur
Chromatium
bacteria
 Domain Archaea
Desulfurococcales pyrodictium

Crenarchaeota (Gram Negatif)

Sulfolobales Sulfolobus

Methanobactyeriales Methanobacterium

Euryachaeota (Gram Positif)

Halobacterium
Halobacteriales
Halococcus
 Archaea
• Memiliki morfologi berbentuk batang, bulat
dan helix
• Beberapa termasuk gram positif dan gram
negatif
• Fisiologisnya, dapat bersifat aerob dan
anaerob
• Dalam pengambilan nutrisi dapat bersifat
kemoautotrof, fotoautotrof,
kemoheterotrof
 Yang paling menarik adalah dapat
bertahan pada kondisi ekstrim
(holofilik=dapat bertahan dalam
kondisi salinitas yang tinggi-
contohnya Holobacterium)
 Dapat pula bertahan dalam kondisi pH
optimum 2 dan suhu optimum >70 C
THANKS FOR YOUR
ATTENTION
 Domain bacteria
 Pada umumnya pada beberapa spesies bacteria
menyebabkan penyakit pada manusia, hewan,
tanaman serta organisme lain.
 Dalam kehidupan sehari-hari kita tidak dapat
hidup tanpa adanya bakteri karena pada
umumnya semua organisme (eukariyota)
membutuhkan bakteri.
 Dibagi menjadi: proteobacteria, cyanobacteria,
chlamydiae, spirochetes, bacteroidetes,
fusobacteria, firmicutes, actinobacteria.
Azospirillum
 merupakan bakteri agrikultural dan
termasuk bakteri tanah yang dapat
tumbuh dengan cara melakukan asosiasi
dengan akar pada beberapa tanaman
terutama pada rumput tropis.
 Bakteri ini menggunakan nutrisi dari hasil
ekskresi tanaman dan memfiksasi nitrogen
dari atmosfer
Acetobacter dan
Glukonobacter
 Acetobacter dan Glukonobacter
merupakan mikroorganisme yang sangat
penting bagi proses industri.
 Termasuk dalam organisme aerobik yang
mengubah etanol menjadi asam asetat
atau vinegar
Rickettsia

 merupakan Gram negatif dan berbentuk

rod shape atau batang (coccobacilli)
 Masuk ke tubuh inang melalui
fagositosis.
 Masuk secara cepat kedalam sitoplasma
sel dan memulai reproduksi dengan
pembelahan biner
Ehrlichia

 Termasuk dalam Gram negatif

 Hidup secara obligat dengan sel darah
putih
 Menyebabkan penyakit Ehrlichiosis,
kadang menyebabkan kematian
Caulobacter dan
Hyphomicrobium
 Caulobacter dapat ditemukan pada daerah
aquatik yang miskin nutrisi seperti danau
 Berbentuk batang dan memiliki tangkai
sehingga dapat naik ke permukaan
 Pengambilan nutrisi pada arus air dilakukan
dengan menggunakan tangkai tersebut.
 Hyphomicrobium berbentuk kuncup
 Reproduksi secara aseksual pada beberapa
yeast
Rhizobium dan
Agrobacteium
 Merupakan mikro organisme yang penting
pada kegiatan agrikultur. Bakteri ini khususnya
menginfeksi akar dari tanaman polong-
polongan seperti buncis, dan kacang polong.
 Bakteri ini terdapat pada formasi nodul yang
terdapat pada tanaman.
 Agrobacteium merupakan bkteri patogen pada
tanaman yang menyebabkan penyakit “Crown
Gall” yaitu penyakit yang menyebabkan
penggabungan antara batang dan akar
Brucella

 Merupakan bakteri berukuran kecil dan

non motil (tidak bergerak)
 Semua spesies Brucella obligat parasit
pada mamalia dan menyebabkan
penyakit Brucellosis.
Nitrobacter dan
Nitrosomonas
 Merupakan bakteri nitrifikasi, yang berperan
pada proses agrikultur
 Merupakan organisme kemo autrotof dan
menggunakan senyawa anorganik sebagai
sumber energi dan karbon dioksida sebagai
sumber karbon. Dari sumber tersebut bakteri
ini mensintesisnya menjadi senyawa kimia
kompleks
 Mereduksi komponen nitrogen:
-Oksidas ammonia menjadi nitrit oleh bakteri Nitrosomonas,
Nitrosococcus
- Oksidasi senyawa nitrit menjadi nitrat oleh bakeri Nitrobacter
 Thiobacillus

 Berperan penting dalam daur sulfur

 Merupakan bakteri kemoautotrof yang mampu
mendapatkan energi dari mengoksidasi sulfur
seperti hidrogen sulfida (H2S)
 Spirillum
 Habitatnya pada air bersih
 Bergerak dengan flagela polar
 Merupakan bakteri Gram negatif , aerobik dan
bentuknya relatif besar
 Sphaerotillus

 Berkapsul
 Ditemukan di air bersih
dan limbah
 Merupakan bakteri Gram
negatif dengan flagela
polar yang berbentuk
cekungan
 Bertahan hidup dengan
bantuan kapsul filamen
 Kapsul digunakan sebagai
pelindung dan menbantu
mengumpulkan nutrien
 Biasanya digunakan
dalam pengolahan limbah
 Burkholderia

 Sebagian besar bergerak dengan flagela polar

tunggal
 Merupakan bakteri aerobik dan Gram negatif
dan berbentuk batang
 Mampu mendegradasi lebih dari 100 molekul
organik yang berbeda
 Kemampuan ini merupakan faktor kontaminasi
lingkungan peralatan dan obat-obatan pada
rumah sakit,bisa hidup pada larutan disinfektan
 Bordetella

 Merupakan bakteri non motil, Gram negatif

dan berbentuk batang
 Merupakan bakteri pantogen yang
menyebabkan pertussis atau batuk rejan
 Neisseria
 Merupakan bakteri
aerobik, Gram
negatif dan
berbentuk bulat
(coccus)
 Biasanya terdapat
pada lendir
membran mamalia
 Merupakan bakteri
pantogen, termasuk
bakteri genoccocus
yang bisa
menyebabkan
penyakit
gonorrhoea dan
meningitis
 Zoogloea

 Merupakan bakteri yang berperan pada proses

pengolahan limbah, termasuk bakteri aerobik
 Bentuknya halus dan licin sehingga esensial
untuk kegiatan pengolahan limbah
 Beggiatoa

 Tumbuh dalam sedimen akuatik

 Memiliki filamen seperti cyanobakteria
namun tidak dapat melakukan fotosintesis
 Nutrisinya menggunakan hidrogen sulfida
(H2S) dan mengakumulasi granul-granul
sulfur.
 Francisella
 Merupakan genus yang kecil pada
prokariota
 Hanya dapat tumbuh pada media
kompleks “enrhiced with blood or tissue
extracts”
 Dapat menyebabkan penyakit tularemia
 Pseudomonas
 Bakteri gram negatif yang bergerak (motil)
menggunakan flagella polar
 Ekskresi secara ekstraselular
 Pada pseudomonas aeruginosa memiliki
pigmen warna hijau-biru
 Pada kondisi tertentu dapat menginfeksi
inang menyebabkan “septicemia” atau
infeksi darah, abscesses,dan meningitis
 Azotobacter dan Azomonas
 Merupakan bakteri yang memfiksasi
nitrogen
 Hidup bebas pada tanah
 Bakteri ini memerlukan sumber energi
seperti karbohidrat, yang memiliki
persediaan terbatas pada tanah
 Legionellales
Legionella
- Merupakan bakteri yang telah diisolasi
sebab telah diketahui bahwa
menyebabkan penyakit pneumonia
legionellosis
Coxiella
- Bakteri yang patogen pada mammalia
 Vibrionalles
 Merupakan Gram negatif yang hidupnya
fakultatif anaerobik
 Banyak ditemukan pada perairan

 Biasanya berbentuk batang

Ex : Vibrio cholerae merupakan sumber

penyakit kolera
 Enterobacterialles
 Merupakan Gram negatif berbentuk
batang.
 Fakultatif anaerobik
 Bergerak menggunakan flagella peritrik.
 Biasanya hidup pada usus manusia dan
hewan.
 Kebanyakan bisa melakukan fermentasi
glukosa dan karbohidrat lain.
 Salmonella
 Merupakan bakteri patogen.
 Biasanya hidup pada usus, unggas dan
sapi.
 Pada sanitasi yang buruk dapat
mengkontaminasi makanan.
 Menginfeksi hewan berdarah panas
 Shigella
 Menyebabkan penyakit “Bacillary disentry”
atau Shigellosis
 Seperti pada Salmonella, bakteri ini juga
ditemukan pada manusia
 Bakteri ini merupakan bakteri yang hampir
sama dengan E coli sebab juga
menyebabkan diare.
 Klebsiella
 Dapat ditemukan pada tanah atau air
 Beberapa bakteri jenis ini memfiksasi
nitrogen dari atmosfer.
 Pada bakteri Klebsiella pneumonia dapat
menyebabkan penyakit yang serius pada
saluran pernafasan.
 Yersinia
 Menyebabkan penyakit “Plague” atau
Black Death di Amerika Tengah
 Dibawa oleh hewan pengerat ( tikus)
 Kutu juga menyebarkan bakteri ini kepada
manusia dengan cara melalui organ
respirasi
 Erwinia

 Merupakan patogen pada tanaman yang

dapat menyebabkan akar menjadi busuk
atau lembek
 Bakteri ini menghasilkan enzim yang dapat
menghidrolisis pektin pada tanaman
 Enterobacter
 Dapat menyebabkan infeksi pada saluran
urin
 Dapat terdistribusi secara luas pada
hewan dan manusia melalui air, tanah,
sampah (limbah)
 Pasteurella
 Patogen pada hewan lokal
 Menyebabkan sepsis pada sapi, kolera
pada ayam, dan pneumonia pada
beberapa hewan
 Pada spesies Pasteurella multocida dapat
menginfeksi manusia melalui anjng dan
kucing
 Haemophilus
 Merupakan bakteri patogen, hidup pada
mucus membran dibawah saluran
respirasi, mulut, vagina, dan usus
 Contoh: Haemophilus influenzae dapat
menyebabkan influenza
Desulfovibrio
• Merupakan bakteri yang mampu
mereduksi sulfur
• Dapat ditemukan pada sedimen
anaerobik dan kebanyakan
menginfeksi usus hewan dan
manusia
• Bakteri ini mereduksi sulfur dan
sulfat dengan menggunakan
bantuan materi organik seperti
laktat, etanol.
Helicobacter

Memiliki banyak flagel, bentuknya

seperti kurva batang
Contoh: Helicobacter pylori dapat
menyebabkan kanker perut pada
manusia
 Cyanobacteria atau bakteri
fotosintetik oksigen
 Memiliki pigmen
warna biru-hijau
sehingga disebut alga
biru hijau.
 Umumnya hidup pada
perairan
 Bentuknya
menyerupai alga
aukariotik namun
istilah tersebut tidak
cocok karena
Cyanobacteria adalah
bakteri.
 Cyanobacteria juga
menghasilkan oksigen
(fotosintesis)seperti
layaknya pada algae.
 Bakteri fotosintetik
hijau-ungu
 Umumnya termasuk bakteri
anaerobik
 Habitat pada perairan dalam
seperti pada danau atau kolam.
 Seperti pada tanaman, bakteri ini
juga memproduksi karbohidrat
(dari proses fotosintesis)
 Habitatnya yang dalam
menyebabkan bakteri ini
berfotosintesis dengan
menggunakan spectrum cahaya,
yang tidak dimiliki oleh
organisme lain.
 Bakteri sulfur ungu dan hijau
mereduksi komponen sulfur
diantaranya adalah hidrogen
sulfida (H2S)
 Bakteri Gram positif
 Dibagi dalam 2 grup:
1. Memiliki rasio G dan C yang tinggi
2. Memiliki rasio G dan C yang rendah
contohnya
- Streptococcus memiliki rasio G dan C yang tinggi terdiri atas 33-
44 %.
- Clostridium memiliki rasio G dan C yang rendah terdiri atas 21-25
%
Walaupun bakteri Gram positif yang memiliki rasio G dan C rendah
merupakan mycoplasma (tidak memiliki dinding sel sehingga
sebenarnya tidak memiliki reaksi Gram)
 Firmicutes (rendah G dan C)
 Pada umumnya kelompok ini membentuk
endospora seperti Clostridium dan Bacillus
Contoh:
- Sthaphylococcus, Enterococus dan
Streptococcus digunakan dalam obat-
obatan
- Lactobacillus digunakan dalam industri
dengan cara memproduksi asam laktat.
 Clostridium
 Merupakan organisme obligat
anaerob
 Umumnya berbentuk batang yang
terdiri dari endospora yang
biasanya berukuran lebih besar
dari sel.
 Endospora ini sangat penting
penting peranannya pada industri
obat-obatan dan industri makanan,
karena endosporanya resistan
terhadap panas dan mengandung
zat kimia lain.
 Selain menguntungkan untuk
industri, bakteri ini juga
merugikan. Penyakit yang
disebabkan oleh bakteri ini adalah
tetanus (Clostridium tetani)
 Bacillus
 Berbentuk batang
 Memiliki endospora
 Biasanya ditemukan pada tanah
 Hanya patogen pada tanah
 Beberapa dapat menghasilkan antibiotik
 Non motil, fakultatif anaerob.
Contoh :
Bacillus anthracis menyebabkan penyakit antrax
pada sapi, domba dan kuda yang dapat
ditularkan pada manusia
 Sthaphylococcus
 Koloninya memiliki pigmen dengan warna
kuning.
 Umumnya fakultatif anaerob
 Berkembang dengan baik pada tekanan
osmotik yang tinggi dan uap air yang
rendah.
 Pigmen kuning itu digunakan sebagai
pelindung dari efek anti mikrobial dari
cahaya matahari
 Lactobacillus
 Banyak digunakan di bidang industri untuk
memproduksi asam laktat
 Biasanya pada manusia, bakteri ini
ditemukan pada vagina, usus, rongga
mulut
 Bakteri ini secara komersial digunakan
untuk memproduksi butter milk, yogurt,
asinan.
 Streptococcus
 Merupakan kelompok yang kompleks yang
responsibel terhadap penyakit.
contoh :
- S. pyogenes menyebabkan penyakit
demam, impetigo, rematik dan faringitis.
- S. mutans menyebabkan penyakit dental
(caries gigi)
 Mycoplasma
pneumonia
 Patogen terhadap
manusia
 Dapat menyebabkan
penyakit pneumonia
 Bakteri ini dapat hidup
pada media yang
menyediakan sterol
atau nutrisi lain yang
sesuai dengan
kebutuhannya
 Koloninya berdiameter
lebih kecil dari 1 mm.
 Actinobacteria
 Memiliki rasio G dan C yang tinggi
 Termasuk Gram positif
 Bentuknya bercabang misal Streptomyces
dan bentuk pleumorfik misal Gardnerella
 Chlamydiae
 Meliputi bakteri yang tidak memiliki
peptidoglikan pada dinding sel
 Memiliki siklus yang unik yang
memungkinkan mereka berbeda
karakteristiknya
 Gram negatif yang berbentuk bulat
 Sphirochaetes
Bergerak menggunakan dua atau lebih
filamen aksial
Contoh :
Borellia menyebabkan penyakit pada
tanaman lemon yang ditularkan melalui
kutu.
 Bacteriodetes
 Terdiri dari genus bacteroides yang biasanya
ditemukan pada usus manusia dan genus
prevotella yang biasa ditemukan pada mulut
manusia
contoh :
Cytophaga sangat penting untuk mendegradasi
selulosa dan kitin yang melimpah di tanah
Bergerak dengan cara meluncur untuk
bersentuhan dengan substrat sehingga reaksi
enzimatiknya sangat efisien.
 Fusobacterium

 Biasanya panjang dan lancip, berbentuk

seperti jarum.
 Di manusia biasanya terdapat pada gigi
dan menyebabkan penyakit gigi.