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PROTEINAS
PROTEINAS
Aminoácidos, importante clase de compuestos orgánicos que contienen un
grupo amino (NH2) y un grupo carboxilo (COOH).
Una proteína puede estar formada por una sola cadena o por varias de ellas unidas
por enlaces moleculares débiles. Cada proteína se forma siguiendo las instrucciones
contenidas en el ácido nucleico, el material genético de la célula. Estas instrucciones
son las que determinan cuáles de los veinte alfaaminoácidos se incorporan a la
proteína, y en qué orden relativo o secuencia lo hacen. Los grupos R de los
diferentes aminoácidos establecen la forma final de la proteína y sus propiedades
químicas. A partir de las veinte subunidades pueden formarse una gran variedad de
proteínas.
AMINOACIDOS HO
O NH2
OH HS
NH2
OH HO
NH2
OH
NATURALES
Aspartic Glutamic
Cysteine (Cys) Acid (Glu)
Acid (Asp)
O
NH2 O O H
N OH
H2N
O OH OH
N NH2
NH2
HO Esencial
OH OH
HO OH
NH2
NH2 NH2 NH Esencial
N
C
O
C C
α-L-aminoácidos
POLARIMETRO
Desviación
de la luz
polarizada
α-L-aminoácido
Luz
luz polarizador analizador
polarizada
PROTEINAS
AMINOACIDOS IONES DIPOLARES
A pesar de que en un aminoácido se encuentran en su estructura el
grupo amino y el grupo carboxílico, ciertas propiedades físicas como
químicas no concuerdan con ella, a diferencia de las aminas y los
ácidos carboxílicos solos, los aminoácidos son sólidos cristalinos no
volátiles que funden con descomposición a temperaturas
relativamente altas.
H3N+CHRCOOH OH-
Kb =
H3N+CHRCOO-
CH3 CH3
O PCl 5 O
H2N H2N
100°C Cl
OH
PROTEINAS
Formación de ésteres:
CH3 CH3
H3C
O OH O
H2N +
H2N
H
OH O CH3
Formación de amidas:
CH3 CH3
O NH3 O
H2N H2N
OH NH2
Reducción:
CH3 CH3
O LiAlH4 OH
H2N H2N
OH
PROTEINAS
REACCIONES DEL GRUPO AMINO -NH2
Formación de sales:
CH3 CH3
O HCl - + OH
H2N Cl H3N
OH
Alquilación:
CH3 CH3
O Cl CH3 H3C OH
H2N N
OH H
Conversión a amidas:
CH3 CH3
CH3
PCL5 O NH3 O
O H2N
H2N H2N
Cl NH2
OH
PROTEINAS
Reacciones con el ácido nitroso:
OH OH
+ N
NaNO 2 N
O + O
H2N H 0°C
H2N
OH OH
PROTEINAS
ENLACE PEPTÍDICO
Los aa. se unen en secuencia lineal, el grupo alfa carboxilo de un aa., se une
al grupo alfa amino de otro aa., por medio de un enlace peptídico o amídico.
CH3 O CH3
O O O
H2N + H2N + H2O
N
HO HO H2N H HO
NOMENCLATURA
Para nombrar péptidos, se empieza con el aa., que tiene el grupo alfa amino
libre o N terminal y se reemplaza la terminación ina del aa. Por il, excepto el
último aa., o final, que mantiene su nombre carboxilo terminal).
En los péptidos, los aa., se denominan residuos, ya que son los residuos que
quedan después de eliminar el agua después de la formación del enlace
peptídico.
PROTEINAS
PÉPTIDOS
Dipéptidos: se forma por la unión de dos aminoácidos con un enlace peptídico.
O CH3
H2N O
NH
HO
Tripéptidos tres aminoácidos y así sucesivamente.
O CH3 H OH
N
N O
H2N H HO
más de 50 aa
SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS
Las propiedades y estructura de péptidos y proteínas dependen de manera
fundamental de la secuencia de los aa., en la cadena peptídica.
1. Ruptura de los enlaces peptídicos de las proteínas por hidrólisis con HCl 6 M
a 110°C al vacío durante 16 – 72 horas, luego la mezcla se somete a
diferentes tipos de cromatografía, proceso en el cual cada aminoácido es
separado y cuantificado, este método presenta el problema de que la
hidrólisis puede afectar grupos de la cadena lateral de los aminoácidos y la
alta temperatura podría descomponerlos.
R1 O R3
pH 9
FENILISOCIANATO RESIDUO N-TERMINAL
NH S
O R2 O
N NH
H NH H
R1 O R3 FENILTIOCARBAMOILPEPTIDO
F F O
F OH
R2 O
NH S
O NH
+
H2N H
N
H O R3
DERIVADO R1
ANILINOTIAZOLINA
H2O +
H
NH
N
R1
O
FENILTIOIDANTOINA
PROTEINAS
3. Rompimiento específico de los péptidos: Muchas proteínas tienen cientos de
residuos de aa., y puede no ser posible determinar en un solo paso la
secuencia de toda la molécula.
TRIPSINA
tripsina
R1-Lys-Ala-R2 R1-Lys-COO + NH3-Ala-R2
PROTEINAS
QUIMOTRIPSINA
Hidroliza enlaces peptídicos en el lado carboxilo de residuos
aromáticos no cargados (fenilalanina, tirosina y tryptofano).
quimotripsina
R1-Phe-Ser-R2 R1-Phe-COO + NH3-Ser-R2
Proteasa S. aureus V8
R1 – Glu – Gli – R2 R1 – Glu – COO + H3N – Gli – R2
CH3
S
O O
Br
+
H2N NH N
NH H
BROMURO DE CIANOGENO
R1 O R3
O
O H3C S
H2N O +
NH N
R1 NH H
R3
H2O
O O
O
H2N
NH + H2N H
R1 O
R3
PROTEINAS
Con una proteína, cortada en péptidos manejables y determinada la
secuencia de cada péptido, el siguiente problema es ordenar en la secuencia
correcta. Para ello se necesitan juegos de secuencias de péptidos obtenidos
por diferentes métodos de rompimiento selectivo.
GLICINA
CLORURO DE CARBOBENZOILO
O OH
CARBOBENZOXIGLICINA O O
SOCl 2
H CH3
N H2N
+
O Cl O
CLORURO DE O O HO
CARBOBENZOXIGLICINA
ALANINA
H2N H3C O
O N OH
O O H
CARBOBENZOXIGLICILALANINA
H2
Pd
H2N H3C O
NH
CH3 O
N OH
O
O H
PROTEINAS
CLASIFICACION DE LAS PROTEINAS
DESNATURALIZACIÓN
Una proteína puede desnaturalizarse por: elevación o disminución del pH con lo que se
produciría un cambio del estado iónico de las cadenas laterales ionizables de la proteína
rompiendo puentes de hidrógeno y creando regiones de repulsión de cargas.
Estructura primaria
Estructura secundaria
Niveles estructurales superiores
PROTEINAS
ESTRUCTURA PRIMARIA
Glicil-alanil-fenilalanil-serinil-cisteinil-valinil-treonina
Tal como el NAD muchas moléculas que forman coenzimas son vitaminas que
deben proporcionarse en la dieta diaria para permitir un desarrollo o una
mantención adecuada de una estructura.
PROTEINAS
ESTRUCTURA SECUNDARIA
Cuando las cadenas laterales son grandes se pueden acomodar más adecuadamente por
medio de un tipo de estructura diferente. Cada cadena se enrolla como una hélice
(escalera de caracol), con puentes de H para mantener la estructura helicoidal. La
configuración L de los residuos exige que la hélice sea derecha llamada hélice alfa, y es
importante en la química de las proteínas.
ESTRUCTURA TERCIARIA
Se refiere a como las cadenas polipeptídicas se pliega para formar una estructura
compacta tridimensional , la cual se relaciona con la función biológica que cumple la
proteína.
Seis de estas super hélices se trenzan en torno a una séptima hélice recta, para formar
un cable de 7 hilos.
La estructura del colágeno combina la naturaleza helicoidal de las proteínas del tipo alfa
con los puentes de H entre cadenas de las del tipo beta. Se trenzan entre si tres
cadenas peptídicas, cada una en forma de una hélice izquierda, para formar una super
hélice derecha de tres hebras, las cadenas se mantienen unidad por puentes de H y los
anillos pirrolidínicos se acomodan en espacios dejados por H de la glicina.
Las proteínas son sumamente específicas en sus funciones fisiológicas, por ejemplo
enzimas que degradan compuestos alfa y no los beta.
ESTRUCTURA CUATERNARIA
Se refiere a las proteínas que contienen dos o más cadenas polipeptídicas unidas por
fuerzas no covalentes. Estas proteínas se llaman oligómeros, y dependiendo del número
de cadenas polipeptídicas pueden ser dímeros, trímeros, tetrámeros, etc.
PROTEINAS
A la manera como interactúan las subunidades de una proteína
multimérica se denomina estructura cuaternaria (muchas cadenas
juntas o polímeros), las subunidades se mueven una con respecto a
la otra.
En el ADN existe una región llamada promotor con una secuencia precisa, la cual es
la que indica el ARN que se va transcribir desde el gen. A más del promotor, en el
ADN existen otras secuencias que desempeñan un papel crucial en la regulación de la
transcripción. El proceso de transcripción es mejor conocido en procariotas, en las
eucariotas el proceso conocido actualmente es muy diferente a las primeras. Las
células eucariotas poseen genomas extranucleares en los cloroplastos y mitocondrias
y la regulación de estos genomas es de vital importancia para la función celular
SINTESIS DE ARN O TRANSCRIPCION
La enzima ARN polimerasa dependiente del ADN, cataliza la transcripción, esta
enzima tiene cierta afinidad por ciertas secuencias de ADN de los cromosomas,
los promotores. La fijación de la ARN polimerasa produce una fusión local
(desenrrollamiento y separación) de la doble hélice del ADN, que resulta en la
ruptura de los puentes de hidrógeno que se establecen entre las bases. Los
sustratos para ARN polimerasa son los ribósidos 5’trifosfatos (nucleótidos): ATP,
GTP, CTP y UTP. Un ion metálico divalente el Mg2+ o Mn2+ que se requieren
como cofactores. La síntesis de ARN generalmente se inicia en un nucleótido de
purina ATP o GTP, el cual es complementario al nucleótido que se encuentra en
el punto de inicio de la transcripción, sobre la cadena molde del ADN.
En la mayor parte de los casos sólo una cadena de ADN se transcribe en ARN
y por tanto se dice que la transcripción es asimétrica, Esto se relaciona con
evidencia que sugiere que un gen o una sección definida de ADN es
específica para un polipéptido, en otras palabras para un gen una proteína.
En algunos casos en que ambas cadenas de la misma región de ADN se
transcribe, es decir la transcripción es simétrica. Esto sucede con el ADN
mitocondrial de los mamíferos, sin embargo uno de los ARN transcritos es
degrado subsecuentemente.
SINTESIS DE ARN O TRANSCRIPCION
A diferencia de ADN polimerasa la ARN polimerasa no tiene actividad de
edición para corregir la incorporación errónea de nucleótidos, sin embargo
cualquier error que ocurra no se perpetúa genéticamente, ya que el ARN no
se usa como almacén de información genética.
Cada tres bases en la estructura del ARNm representan un codón, que a su vez
es reconocido por el ARNt.
Algunos aminoácidos pueden ser codificados por más de un codón, proceso que
se llama degeneración. Todos los aminoácidos excepto metionina y triptofano
son codificados por más de un triplete de nucleótidos. Existen tres codones que
no codifican para ningún aminoácido y se denominan codones sin sentido y
constituyen la señal que indica la terminación de la polimerización de los
aminoácidos, una vez que la proteína ha sido totalmente formada.
BIOSINTESIS DE PROTEINAS
CODIGO GENETICO
ACTIVACION
INICIO
TERMINACION
Después de múltiples ciclos de elongación a la cadena polipeptídica se añade el
último aminoácido, el cual completa la proteína codificada con el ARNm. La
terminación del polipéptido está regulada por uno de los tres tripletes sin
sentido, de terminación presentes en el ARNm que se encuentra
inmediatamente después del codón que codifica para el último aminoácido de la
cadena polipeptídica. La cadena de ARNt no contiene anticodones
complementarios para los codones sin sentido.
BIOSINTESIS DE PROTEINAS
MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES